Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
GAS5:62
Sequence Length
1669 nt
GC Content
0.4721
CUUUUCGAGGUAGGAGUCGACUCCUGUGAGGUAUGUUUUAUCUUUGCGAAUGUUGCGGGUUUUGGGGCGCUCCAGCCUUUGUCUGCUAAGGUCACCCUGAAUUGACUGGGACUUCUAAGCCAGUCGCGCGCCUUUGCAGGGCCUACAAGUUGAGGAUGGUGGGGGAUUGCACAUAUGGUGCAUGCGUGACCUAAGCUGCGACUAUGUUAGAGUAGAACUGCGGAGAAGCCUCGGCUCUCGUGCCCUGCCUCUGAUGAAGCCUGUGUUGGUAGGGACAUCUGAGAGUAAUGAUGAAUGCCAACCGCUCUGAUGGUGGCACAUGCCGAGUCACCCGAGUAAGCUAUUGUUAAGGGCCGUGACCCGAGCCUCCAUCAGCCGUCCGCUCUCAUGAAAGGCUGUCGGUGGUAGUCCACGUGCUUAAGUGCCUGCAUUCCGCAGUGUCACCAAUAUUUCCAUUAGUGUUUCUUUUUUCUUUUUUGAGACCGAGCCUCGUUCUGUCACCCAGGCUGGAAUGCAGUGGCUCGACAUCGGUUAAUGGCAACCUCCGCGUCCCGAGUUAAGCAGUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGCGCGCGCCACCAUGCUAGGCUUUUAUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCGAGACUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCAGCCGUGGUCCCCCAACAUACUGGGAUUACAAGCCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCGCCAUCGGUGGUUCUUAACUGCGGGUGCAGUGCUUCUUUGUAACAUUAAGUGUAUCCUUUACCUGUCGCUAGAUAAUGAAUGGUAUGUUACCUGCAUCAUUGGUUUAAAAAGACGAACCGUUUUUUUAAAGAACACUCUUUAAAAAAAAGAACCGUGGAACAAUGAAUUAAAAUCUGUACCUGAUCUCUUUAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAUGGAGAGUCGGCUUGACUACACUGUGUGGAGCAAGUUUUAAAGAAGCAAAGGACUCAGAAUUCAUGAUUGAAGAAAUGCAGGGUUUUUAAUGACCACAACAAGCAAGCAUGCAGCUUACUGCUUGAAAGGUGAGGAUUGGAAAUGUUGGGACUAUUAUAAUUGCAGAAUACAUGAUGAUCUCAAUCCAACUUGAACUCUCUCACUGAUUACUUGAUGACAAUAAAAUAUCUGAUAUUCUGCAUUCCCAUGUAGCAUUUUAAUUGAAGUCUGUAAAUGUGGCUAAAAGUCUUGUCUUAUUUUUUGAGACAGGGUCUUGCCUCACCCAAGCUAGAGUGCAGUGGCCUUUGAAGCUUACUACAGCCUCAAACUUCUGGGCUCAAGUGAUCCUCAGCCUCCCAGUGGUCUUUGUAGACUGCCUGAUGGAGUCUCAUGGCACAAGAAGAUUAAAACAGUGUCUCCAAUUUUAAUAAAUUUUUGCAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-525 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -554.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 618.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((....)))))).((((..(((((((((((((((.....(((((((....((((((..(((((((((((.(((.(((((((........((((((..........))))))(((((((..(((((..(((((..(((...))).)))))...))))).....)))))..))))))))).)))...)))((((..(((((.((.(((.((((..((.((((.((.((.(((((((.((....)).))..(.(((((((....((((..........))))..))))))))((((((((..((((....)))).))))...)))).(((....))).))))))).)).))))))))))..)))...)).)))))))))))))))))...((((....))))))))))....)))))))...))).((((((.......(((((((((.((.((((((..((((((((((((((((((.(.((((((.((((((((.(((...((((((((...((((((((......))))...((((((.((((((.((.(((((((((((((.(((((......))))).....((((((.(((((.......(((((...((.((((((((.....((((....(((((((((((((((....)))))..(.((((....)))).).....)))).)))))))))).....)))))))).)).)))))))).))...)))))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((.((((.......((.(((.....)))))........)))).))..)))))..))))))))((((((.((((((((((((...))))))))))))...((((((((.....)))))...)))...))))))........((((((((((.....)))))))))).)))))).))))).)).)).)))))).)))).)).((((..(((((....)))))..))))...)))).....))))))))...)))...((.(((((....((((..(((((((((...(((...............)))...)))..)))))).))))....)))))))((((((......))))))...(((((((((.....))).))).)))......)))))))))))))).)..)))))).(((((...))))).....)))))))))))).))))))((((...((((....))))....)).))(((((.(((.((((((..(((((((((.....)))...))))))..(((((((((((.((((((((((((..........(((((((((((.((((.((((((.......(((......)))........)))).))........)))))).))))))))).)))))....)))))))................((.(((...(((((((((((((.....)))))))))).)))))).)).....(((.((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))).))))))))))).)))....)))))).))).)))))))))))))))).....))))))..))))).)))))))...))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{{{{((((((,,,.}}||||,(({((,((({{{{{{{{{|||.,,.}||}|||{,,{{(((({{...,||||{.,{{,((({((({,{{,{,,...,((((((..........)))))){{((((({..(((({{({{.,,{,(({.({{{,|{{({({.|{((|,,,,,||||||.{||||}},,.,})|||}}}||||,.,{,||||,(((((((((..((.,.(((|({((((,,(((((.({{{{..,{{{{..,.{||}||||{|},{{{||{{,...|{{{..{(({,,{{{,.,,,,|||}|||},.,{{{(.((({{{{..,,.{((....}}}..})}..}}))}.)).))),)|.}))).,})),,)),})).,,.))))))}})).)))}).,)))),,},,.}}.))),)),}))))))))||||},{{{{{(,,{{,,||||||{{,,,..{(,,,,,,||||{((((((.({(((((({,,,,,|||.|||}}},{{,||||}}.{{{{|||,..,}}}))))}}}||||||}||{||..|{.|||||||,{,{{,.(((((......)))))....}|||}}}}|{{.....|,,.|||||......,||}||||||{{{,||||{{{,(({...})).)))))},}|}},|,,}}||||,}},),||{|.,,}})),||.|||||{|{.........,))))}))}.,}|,,.((((((({(((((((({{(((.{{,|||||{{{,...{((((((({.{(((({{.{(((.......((,({(.....}}}}}.,,....,))}},)),.))))),.})))))))....{(((((........)))))},(((((((((((....)))))))))))))))))))).)}...,,,.........,,((((((((.....))))))))))}))))))})),,,.,,.),})))))),||||.||.((((..(((((....)))))..)))).,{|||,.,...,}}},))}..,))),..,{|(|,,|....{|||..(((((,(((.({((((({,{..{.{{{..{||{{,.|{{{{.,,,||{||,,..{{||||||.(((,(({,,...,))},)}}.|||,||}}}.}}}....})))}|||{.{{{{||||||||,,||,|{|{{,||||,{(,,{,....)),)}}}..|||||...))))}.,,,)}}}|,...{(((....}))),.||||{{{((((,.....}}||.,..(((((((((.....)))...))))))...{(((((({(({({,,,{((((((.{{{{{{.,,(,,,,|||,,|}||||.}}||||}}}},..,,,..}}.}}}}},..,,...,||,..,,,.....,}}},,.}}}})))))|},}|}|||}||||||}....}.,}}},},...}|,|||...(((((((((((((.....)))))))))).))),)).,)))))})),.((((.(((.((..(((((.(((......))).))))))).))).)))),))).))))))))),),}}})),,}}}.},}}}},)))))).)),,)}}..})))).,..|}}}||,}}}}},.,})))},,,|||.....,,,,..,},.,,},.
Back