Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
GAS5:7
Sequence Length
897 nt
GC Content
0.4069
CUUUUCGAGGUAGGAGUCGACUCCUGUGAGGUAUGGUGCUGGGUGCAGAUGCAGUGUGGCUCUGGAUAGCACCUUAUGGACAGUUGUGUCCCCAAGGAAGGAUGAGAAUAGCUACUGAAGUAAGUUGAAAAUUCCCUCUCAAAAAGGUUUAAAGCCAUUGGAUGUGCCACAAUGAUGACAGUUUAUUUGCUACUCUUGAGUGCUAGAAUGAUGAGGAUCUUAACCACCAUUAUCUUAACUGAGGCACCCAAAAUGGUGAGUUGGGGAACAUAGAGAGUACACCUAAGUUCACAUGAAGUUGUUUCUUCCCAGGUCCUAAAGAGCAAGCCUAACUCAAGCCAUUGGCACACAGGCAUUAGACAGAAAGCUGGAAGUUGAAAUGGUAAGUGAAACUGUAUCCAAGUAAGCAGGUAACUGGGCAAACUUCCUACGGCACAAAUGGCUUUUUAGUUACCUCCUAGUGCUGAAUGCAUUAAAUAAAUGGCGGAUUCUUGUCUUGUUAUGAUUAAUAAGAAAGUUUGUAAAUGCAGCCUGGAUGAUGAUAAGCAAAUGCUGACUGAACAUGAAGGUCUUAAUUAGCUCUAACUGACUAAAGGCAUUUGUUAGUUUUGGCAGGGGGUGAACACUCAUCUGUGGCUAUUCUAAGACCACUCUUAUUUCUUAGGUGGAGUCCAACUUGCCUGGACCAGCUUAAUGGUUCUGCUCCUGGUAACGUUUUUAUCCAUGGAUGACUUGCUUGGGUAAGGACAUGAAGACAGUUCCUGUCAUACCUUUUAAAGGUACAUGUUUUAUUGAUGUUAACGUUAAUUGAUUGAGCUACUGUUAGUGAUGAUUUUAAAAUUAAAGCAGAUGGGAAUCUCUCUGAGAAAGAAAAUGGAGAUUAAUCUUAAACUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-236.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -255.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 269.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((.(((((((....(((((((.(((((((.(((((((....((((.((......))))))..))))))).)))(((((....)))))((......))...(((((((((((.((.(..(((.(...(((((((.((((((((((..(((((((((...((((((...........(((((.(((((((.(((((.(((((((.....((((...(((((((((((((....................))))))).))))))((((.(((.(......)))).))))....((((......))))..((((.((....))...))))..)))).....))))))).)))).).))).)))))))))(((((((....((.(.(((....((((..........))))...))).).)))))))))...)))))))))))))))......)))).((((.((((....((((.....))))((((((.....((((((((....))))))))..)))))).....)))))))).........((((((((((((((.........))))....((((.((.....)))))).))))))))))..)))))).)))))))...))))).)).)))))))))))((((....))))....)))).).))))))...))))))).)).(((.((((.((((...((((.......(((((((((((.(.(.....).).))))))))))).....(((((...))))).((((((...))))))........(((((((....))))))).(((((.((((....))))..)))))............((((.(((...)))))))...........))))...)))))))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((,(((((((....(((((((.(((((((.(((((({.,{.((((.((......)))))).}))))))).})}(((((....))))){{.,,,..||...(((((((((((.((.{..{((,,...(((((((.(((({,((((..(((((((((...((((((.....,,,..(((((({(((((((.,{(((.(((((((.,(((((,{(.......,}.,)}))))}}.......}},,,.},.{{{||(((((((((((((.(((.{......,))).))))....((((......))))...{.{{.....}).)...)))))))),.})))))}}}}}.}}}),,.},,.|||,,}}))},,{|||....||}|,|||,..,||||,}}..,|,..}|||...}))},.},,})})},...)))))))))))))))......)))}.((((,(({,...|||||.....,,,,((((({.,,,.((((((((....)))))))),}))))))..,,.)})))}}},,,......((({{{{|||{{{{.........))))....{{{(,{,...,,}||}}}.}})))))))),,)))))).)))))))...)))),.)).))))))))))),{,,,,..)))}...,)))).).))))))...)))))))((((((......})))}),{(({,.||||,,(((((((((((.(.(.....}.).)))))))))))..,..(((((...))))).((((({...}))))),,,||||,{{{{{{{..,.)))))}}.||,.|}||..{,|||}||,,||,|,.....}})).}))}},|||||{|||{|||,....},.....})))}},..))}},...})}}.
Back