Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

H19:6

Sequence Length

2308 nt

GC Content

0.6352

GGGAGGGGGUGGGAUGGGUGGGGGGUAACGGGGGAAACUGGGGAAGUGGGGAACCGAGGGGCAACCAGGGGAAGAUGGGGUGCUGGAGGAGAGCUUGUGGGAGCCAAGGAGCACCUUGGACAUCUGGAGUCUGGCAGGAGUGAUGACGGGUGGAGGGGCUAGCUCGAGGCAGGGCUGGUGGGGCCUGAGGCCAGUGAGGAGUGUGGAGUAGGCGCCCAGGCAUCGUGCAGACAGGGCGACAUCAGCUGGGGACGAUGGGCCUGAGCUAGGGCUGGAAAGAAGGGGGAGCCAGGCAUUCAUCCCGGUCACUUUUGGUUACAGGACGUGGCAGCUGGUUGGACGAGGGGAGCUGGUGGGCAGGGUUUGAUCCCAGGGCCUGGGCAACGGAGGUGUAGCUGGCAGCAGCGGGCAGGUGAGGACCCCAUCUGCCGGGCAGGUGAGUCCCUUCCCUCCCCAGGCCUCGCUUCCCCAGCCUUCUGAAAGAAGGAGGUUUAGGGGAUCGAGGGCUGGCGGGGAGAAGCAGACACCCUCCCAGCAGAGGGGCAGGAUGGGGGCAGGAGAGUUAGCAAAGGUGACAUCUUCUCGGGGGGAGCCGAGACUGCGCAAGGCUGGGGGGUUAUGGGCCCGUUCCAGGCAGAAAGAGCAAGAGGGCAGGGAGGGAGCACAGGGGUGGCCAGCGUAGGGUCCAGCACGUGGGGUGGUACCCCAGGCCUGGGUCAGACAGGGACAUGGCAGGGGACACAGGACAGAGGGGUCCCCAGCUGCCACCUCACCCACCGCAAUUCAUUUAGUAGCAGGCACAGGGGCAGCUCCGGCACGGCUUUCUCAGGCCUAUGCCGGAGCCUCGAGGGCUGGAGAGCGGGAAGACAGGCAGUGCUCGGGGAGUUGCAGCAGGACGUCACCAGGAGGGCGAAGCGGCCACGGGAGGGGGGCCCCGGGACAUUGCGCAGCAAGGAGGCUGCAGGGGCUCGGCCUGCGGGCGCCGGUCCCACGAGGCACUGCGGCCCAGGGUCUGGUGCGGAGAGGGCCCACAGUGGACUUGGUGACGCUGUAUGCCCUCACCGCUCAGCCCCUGGGGCUGGCUUGGCAGACAGUACAGCAUCCAGGGGAGUCAAGGGCAUGGGGCGAGACCAGACUAGGCGAGGCGGGCGGGGCGGAGUGAAUGAGCUCUCAGGAGGGAGGAUGGUGCAGGCAGGGGUGAGGAGCGCAGCGGGCGGCGAGCGGGAGGCACUGGCCUCCAGAGCCCGUGGCCAAGGCGGGCCUCGCGGGCGGCGACGGAGCCGGGAUCGGUGCCUCAGCGUUCGGGCUGGAGACGAGGCCAGGUCUCCAGCUGGGGUGGACGUGCCCACCAGCUGCCGAAGGCCAAGACGCCAGGUCCGGUGGACGUGACAAGCAGGACAUGACAUGGUCCGGUGUGACGGCGAGGACAGAGGAGGCGCGUCCGGCCUUCCUGAACACCUUAGGCUGGUGGGGCUGCGGCAAGAAGCGGGUCUGUUUCUUUACUUCCUCCACGGAGUCGGCACACUAUGGCUGCCCUCUGGGCUCCCAGAACCCACAACAUGAAAGAAAUGGUGCUACCCAGCUCAAGCCUGGGCCUUUGAAUCCGGACACAAAACCCUCUAGCUUGGAAAUGAAUAUGCUGCACUUUACAACCACUGCACUACCUGACUCAGGAAUCGGCUCUGGAAGGUGAAGCUAGAGGAACCAGACCUCAUCAGCCCAACAUCAAAGACACCAUCGGAACAGCAGCGCCCGCAGCACCCACCCCGCACCGGCGACUCCAUCUUCAUGGCCACCCCCUGCGGCGGACGGUUGACCACCAGCCACCACAUCAUCCCAGAGCUGAGCUCCUCCAGCGGGAUGACGCCGUCCCCACCACCUCCCUCUUCUUCUUUUUCAUCCUUCUGUCUCUUUGUUUCUGAGCUUUCCUGUCUUUCCUUUUUUCUGAGAGAUUCAAAGCCUCCACGACUCUGUUUCCCCCGUCCCUUCUGAAUUUAAUUUGCACUAAGUCAUUUGCACUGGUUGGAGUUGUGGAGACGGCCUUGAGUCUCAGUACGAGUGUGCGUGAGUGUGAGCCACCUUGGCAAGUGCCUGUGCAGGGCCCGGCCGCCCUCCAUCUGGGCCGGGUGACUGGGCGCCGGCUGUGUGCCCGAGGCCUCACCCUGCCCUCGCCUAGUCUGGAAGCUCCGACCGACAUCACGGAGCAGCCUUCAAGCAUUCCAUUACGCCCCAUCUCGCUCUGUGCCCCUCCCCACCAGGGCUUCAGCAGGAGCCCUGGACUCAUCAUCAAUAAACACUGUUACAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1055.7 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1093.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 614.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((.((((.....(((((.((((..(((......))).....(((((((.....((((((..(((((..((((((((((.(((.((((.(((((.(((..((((((....))))))....(((........)))..((((((.(((..((((...((((((..(((((((((.((((((((((..(((((.(....).)).(.(((.(((((((((.((((((.((((.((((((.((((((((.((((.((...(((((.(((....((.......))....))))))))..)).)))).((((((((((....))))).)))))..((.((...)).))...))))))))....(((......))).(((((((((((.(.((((((..(((.(((...((.((((((((.......))))))))(((.(((.(.(((.((((.((((((((.(((((..(((((((((((((......))))))))..))))).))))).)))).)))).))))..))).)))))))..((((((((.((((..((((((((((((((((((((((.((((...((((((......))))))........(.((((((((((...)))))..))))).).(((((((.((((((..(((((((..(((..((((((((((..((((.((((....(.((((((...)))))).)((((.(((...((......))......))).)))).....(((((((((..(((((.(.((.(((.(((((((((............((......)).(((((((((.(((((....)))))..)))))))))((((((.((((.....(.....).....)))).)))))))))))))....((......)).)).))).)).).)))....))..))))))))).)))).))))(((((......)))))....((((.((((((...((((((((((((..(((.((.(.((((((...)))).)).)..)).)))....))))...((((..((((.((((((((....(((...((((((((((((..(((.....)))..)))).)))))))))))..)))))))).))))..)))))))).))))..)))))).))))(((((......))))).((((.((((..((((((.....((((((.((.((...((((((..((((((.(((((((((((((.....((((((((((......))))..))))))(((......)))))).))))))))))..))))))((((((((((........))))))))))..(((((......))))).(((((....(((......)))...((((((((.(((.(((....((((........))))..))).)))..((((.(((.((((((.......)))))))))....)))).((((((((((((((.(((..((.(((((((((((((((((((((......))))).(((((......).)))).(((((....)))))............))))))))))....)))).))))..)))((((........))))..........((((((((((................((((((....(((..((....((((...)))).....))..)))))))))))))))))))...))).)))))))))))..............))))))))...))))))))))).)).))))))))))))))....)))).))))..)))))))))).)))((.(((((((((.....)))))......(((((((...((((........)))))))))))....))))))....)))))))))))))))))))).......))))))))))))....)))))))))))))))))))))))))).(((((((((.(((((((((((((((...((...((.(....(((.((((........)))))))...).)).)).))))))))))))...))).))))))))).((((....))))))...))).))))))))).)....))))).....))))))...))))))...)))).))..)))).))))))))).))).)..)))..))))))))))..))))).)))))).))))...))))..))).)))))).......))).))))).)))).)))))))))))))..))))))))))))))))))(((((((((....))))))))).)))).)))))......)))).)).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((.((((..,,.(((((.((((..({(,.....))},....,{((({,...,{((((((..(((((..((((((((((.(((.((((.(((((.(((.,((((((....)))))).,.,(((........))),.((((((.(((.,((((...(((({{..(((((((((.((((((((((..(((({.,....,.,,.{.(((.(((((((((.((((((.((((.((((((.,{{{{(((,(({{.((,,,(((({.(((.,,.((,,..,,.}||...}}}}}}))..}}.)))).((((((((((....))))).))))).,||}||.,,||,,|,{,||||||||(,{.(((......))).({{{||{||{,.{.{(({({,.(((,{{{.},||{{(({,(((....{{{|,|||||,(((.(((.(.(((.((((,((({((((.(((((..((((({(((((((......)))))))}..))))).))))).)))).)))).))))..))).))))))).}|||||||||((((.,((((((((((((((((((((((.((({...((((((......)))))),,,,....(.(((({(((({...}))))..})))).).(((((((.(((((({.(((({(({.{{,,,((((((((((..{,.(((((..{,.,((((((({{..|||||{{((((((((.....(((,..(((((((((((.(........,..))))))..,))))).,}}.))|.((((..(({.........{{{|(.,.|(({,.{((((((((.(((({....}))))..)))))))))}}}..,}|}}}}},.))}}........((((((((((((((,({((.((({,.{,((.((.,,.,({(....,,})).||||,,|.{{{{||{|,,.,..,,)(((((......))))).}}}))))..))))}}}})}}}}.)))).)))}})))))))))))}})}))}||,((((.((((((,.{{{{({....,,{{..||||}|,,|||||}.}}||,...((((((((((((..(((.....)))..)))).))))))))}||{.|||}},||,}}},..,)))}.)).}||{..(((((((|,((((,{(,.,{{{||{({,.,{,||{|{{{,(((.(((((.{((((,.(((((.(((.((((((((((((.(((((((((({(({,...((((((((((......))))..))))))(((......)))))).))))))))))..))))),((((((((((........)))))))))).,(((((......))))).,{(((({..{((,.....}}|.,|||||||||.|{{,.{...,.((((........)))){{|||{.||{{..||.,.((((((((((((((.(((..(((((.....)))))..))).)))).)))..{(((((({....}))))))}..}})))))..,...)))),))}}}}...))))))).))).))))),,..})))....,,,....,,.,||{.,,,.,}}}}}})..))))),))),,}...))),..........((((((((((,............,,.((((((....(((..((....((((...)))).....))..)))))))))))))))))))...,,},,)))))}})))).............||.,,}}....}}..))))))).,).,))))))))).,,.)))))}),,,.....)))))))))).))|(({({,,(((((.....)))))......(((((((...((((,,...,,.)))))))))))}))))))))}..,.))))))))))})))))))))..,,...))))))))))))....)))))))))))))}))))...,}}}}.(({{(((({.((((((((((((({|...|||,,||,,....{{,.{{{{....,,,.}}}}}}}..,|.||.}}.,}))))))))))...})).))))))))),||||..,})))),},.,)}).)))))))))|}|.,,.)))))).},)}})))}}}))))))...)))).))..)))).))))))))).))).),.)))..))))))))))..))))).))))}).))))...)))),.))).)))))).......))).))))).)))).)))))))))))))..))))))))))))))))}|(((((((((....)))))))))})))).)))))..,...)))).)}.,.....