Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HOTAIR:1
Sequence Length
2421 nt
GC Content
0.4857
CCAGUUCUCAGGCGAGAGCCGCGGCUGACAGGGUCUGGGACAGAAGGAAAGCCCUCCAGCCUCCAGGCCCUGCCUUCUGCCUGCACAUUCUGCCCUGAUUUCCGGAACCUGGAAGCCUAGGCAGGCAGUGGGGAACUCUGACUCGCCUGUGCUCUGGAGCUUGAUCCGAAAGCUUCCACAGUGAGGACUGCUCCGUGGGGGUAAGAGAGCACCAGGCACUGAGGCCUGGGAGUUCCACAGACCAACACCCCUGCUCCUGGCGGCUCCCACCCGGGACUUAGACCCUCAGGUCCCUAAUAUCCCGGAGGUGCUCUCAAUCAGAAAGGUCCUGCUCCGCUUCGCAGUGGAAUGGAACGGAUUUAGAAGCCUGCAGUAGGGGAGUGGGGAGUGGAGAGAGGGAGCCCAGAGUUACAGACGGCGGCGAGAGGAAGGAGGGGCGUCUUUAUUUUUUUAAGGCCCCAAAGAGUCUGAUGUUUACAAGACCAGAAAUGCCACGGCCGCGUCCUGGCAGAGAAAAGGCUGAAAUGGAGGACCGGCGCCUUCCUUAUAAGUAUGCACAUUGGCGAGAGAAGUGCUGCAACCUAAACCAGCAAUUACACCCAAGCUCGUUGGGGCCUAAGCCAGUACCGACCUGGUAGAAAAAGCAACCACGAAGCUAGAGAGAGAGCCAGAGGAGGGAAGAGAGCGCCAGACGAAGGUGAAAGCGAACCACGCAGAGAAAUGCAGGCAAGGGAGCAAGGCGGCAGUUCCCGGAACAAACGUGGCAGAGGGCAAGACGGGCACUCACAGACAGAGGUUUAUGUAUUUUUAUUUUUUAAAAUCUGAUUUGGUGUUCCAUGAGGAAAAGGGAAAAUCUAGGGAACGGGAGUACAGAGAGAAUAAUCCGGGUCCUAGCUCGCCACAUGAACGCCCAGAGAACGCUGGAAAAACCUGAGCGGGUGCCGGGGCAGCACCCGGCUCGGGUCAGCCACUGCCCCACACCGGGCCCACCAAGCCCCGCCCCUCGCGGCCACCGGGGCUUCCUUGCUCUUCUUAUCAUCUCCAUCUUUAUGAUGAGGCUUGUUAACAAGACCAGAGAGCUGGCCAAGCACCUCUAUCUCAGCCGCGCCCGCUCAGCCGAGCAGCGGUCGGUGGGGGGACUGGGAGGCGCUAAUUAAUUGAUUCCUUUGGACUGUAAAAUAUGGCGGCGUCUACACGGAACCCAUGGACUCAUAAACAAUAUAUCUGUUGGGCGUGAGUGCACUGUCUCUCAAAUAAUUUUUCCAUAGGCAAAUGUCAGAGGGUUCUGGAUUUUUAGUUGCUAAGGAAAGAUCCAAAUGGGACCAAUUUUAGGAGGCCCAAACAGAGUCCGUUCAGUGUCAGAAAAUGCUUCCCCAAAGGGGUUGGGAGUGUGUUUUGUUGGAAAAAAGCUUGGGUUAUAGGAAAGCCUUUCCCUGCUACUUGUGUAGACCCAGCCCAAUUUAAGAAUUACAAGGAAGCGAAGGGGUUGUGUAGGCCGGAAGCCUCUCUGUCCCGGCUGGAUGCAGGGGACUUGAGCUGCUCCGGAAUUUGAGAGGAACAUAGAAGCAAAGGUCCAGCCUUUGCUUCGUGCUGAUUCCUAGACUUAAGAUUCAAAAACAAAUUUUUAAAAGUGAAACCAGCCCUAGCCUUUGGAAGCUCUUGAAGGUUCAGCACCCACCCAGGAAUCCACCUGCCUGUUACACGCCUCUCCAAGACACAGUGGCACCGCUUUUCUAACUGGCAGCACAGAGCAACUCUAUAAUAUGCUUAUAUUAGGUCUAGAAGAAUGCAUCUUGAGACACAUGGGUAACCUAAUUAUAUAAUGCUUGUUCCAUACAGGAGUGAUUAUGCAGUGGGACCCUGCUGCAAACGGGACUUUGCACUCUAAAUAUAGACCCCAGCUUGGGACAAAAGUUGCAGUAGAAAAAUAGACAUAGGAGAACACUUAAAUAAGUGAUGCAUGUAGACACAGAAGGGGUAUUUAAAAGACAGAAAUAAUAGAAGUACAGAAGAACAGAAAAAAAAUCAGCAGAUGGAGAUUACCAUUCCCAAUGCCUGAACUUCCUCCUGCUAUUAAGAUUGCUAGAGAAUUGUGUCUUAAACAGUUCAUGAACCCAGAAGAAUGCAAUUUCAAUGUAUUUAGUACACACACAGUAUGUAUAUAAACACAACUCACAGAAUAUAUUUUCCAUACAUUGGGUAGGUAUGCACUUUGUGUAUAUAUAAUAAUGUAUUUUCCAUGCAGUUUUAAAAUGUAGAUAUAUUAAUAUCUGGAUGCAUUUUCUGUGCACUGGUUUUAUAUGCCUUAUGGAGUAUAUACUCACAUGUAGCUAAAUAGACUCAGGACUGCACAUUCCUUGUGUAGGUUGUGUGUGUGUGGUGGUUUUAUGCAUAAAUAAAGUUUUACAUGUGGUGAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-775.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -822.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 686.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....))))(((((.((((...((.((((((......((....))((((..((((((..(((((((((((((.((((..(((((..(((..(((((...(((((((((....(((((((((.((.....)).))).)))))).....(((((..((((.....((((((((.(.(((.....))))))))))))..(((((((((((((......))))(((((((((((((..........)))....))).)))))))..((((((.(((((((....))))..)))..)))))).))))))))).........))))..)))))))))).))).)...))))))))...)))))...))))))))))).))))))..))))).)..)))))))))).)).))).).)))))..(((((((...((((((.(((..((((((((.(((((......((((.((((((((..........((((((.((((.(((((..(((........)))......)))))))))(((.....................)))(((((..((((((.(((((...(((((((.(((((((((.(((.((((((.....(((((.......))))).....(((((....((..((((.....(.(((((((((((.......((((((.......(((........)))..(((......))).((.((((((((((((.(((....(((((........((((.(((((...(..((((.(((.......)))..........(((((.....)))))((((....(((((((.(((.((....(((.....((((((..((((.((.(.....).))..))))..))))))))).)).))))))))))))))....((((.....((((((((((((((.......)))))).))))))))))))....((((......)))).......))))..))))))...)))))))))))).)))))))).)))).)).....((((.....)))).((((((....)))).))((((.(((.....)))..)))).((((((((.(.((((((..((((.....)))).))))))))).))))))))))))..........))))))))).)).)......))))..))(((((((.((((....((((((..............((((((((.(.........(((((.......((((((((...(((((...(((((....)))))........)))))..))))))))......)))))..........).)))).)))))))))))))).)))).)))...))))))))))).))).)))))..))))..)))))))......(((.((((((((.((.(((........)))..)).))).)))))))).....((((((.(..(((((..((...(((((((.((...(((((.((..(((.(((((.((.....))..)))))..)))..)))))))........(((((((..(((((((((((...)))))))))))....)).)))))..((((((((((........))))))...))))...))))))))).)))))))..)..))))))))))))))))).((..((((......))))..))........))))).........))))))....(((((((.(((.((((..((((...)))).((((((....))))))((((((..(((.(((((((((........((....))(((((((......(((((.....))))).)))))))((((((((....))))))))..)))))...)))).))).....))))))(((...))).......))))))))))))))...............(((((....))))).....)))))))))))).)))))..))))))))..))).....................................(((((......)))))....))))))...)))))))......((((((((((....(((((((.......)))))))............(((((((.......))))))).(((((.((...)).)))))................(((......))).((((((((.....((((((((...))))))))....)))))))).......)))))))))).((.(((((((....))))))).))((((.....)))))))))...(((((.((....)).)))))(((.((((((((((((.(((.((.((.(((((((((.....)))))).))).)).)).)))..))))(((((......)))))....)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((.{((||,.||{(({({{(.(((((((((((...{.,((.....}|)}}..,,})))))))))){{{,({||(({({,..{((({(..(.(((((((...))))))).}..))))))||)|)|)}..{{({..{|({((({((((((((,(({{..{{|....((((((((.{.(((.....)))}))))))))..{{{{{({((((((......))))||{{{((((((,{.,{,.,.,,,{||{|.,}||,|||}||}..((((((.{({((((....))))..}))..)))))).))})))||}..,,.....,,{((,{{((({((,{,{||,|},.|}||.,,},))}},..,))})}})}))})),))))),.,))))}.,,,})))))))))))},))}.,,))))},,||||{{{,.{((((,{,{{{,.,,,,,{||||||||.....,((({.((((({{{,|||,,,...{{{{,{.((((.(((((..(({........))}......))))))))),{{|||........,,{{{.....|||({{,{..((((((.(((((...(((((((.(((((((((.(((.((((((.....(((((.......))))),....{((({...,((..((((.....(.(((((((((((..,,...((((((.......(((........}))..(((......))).{{.{{((((((((((.(((....(((((.......{((((.((((({..,..((((.{{{..,,,,.||,,||,..,...,{{{{.....}))},|{{{....(((((({{(((.((....(((.....((((((..((((.{{.,.....,.}}..))))..))))))))}.)).))))))))))}}}}....({((|....((((((((((((((.......))))))},)))))))}}})....||||......)))}.......)))).}})))))...)))})))))))).))))))))}}}}|.||{{|,.{{{{.....))))}|{((((....)))).||(({{.{||},,,.}}).,))}}.((((((((.(.((((({,.((((.....)))).))))))))).)))))}))))))......,,..))))))))).)).)......))))..))|((((((.((((....((((({............,,((((((((.(,........(((((.......((((((((.{,(((((..,(((((....))))),,......))))),.))))))))......))))}..........}.)))))}})))))))))))).)))).)),...})))))))))).))).))))).,))))..)))))))......(({{((((({{({((,({{..,,,,..}||.,}}.}))})))))))).....((((((.(..(((((..((...(((((((.((...((((,,((..(((.(((((.((.....))..)))))..)))..)))))))..{((((((((((((,.(((((((((((...))))))))))).}}.)).)))))...)))}}|,||,.........,}}},.....},..))))))))).)))))))..)..))))))))))))))))).{{..((((......))))..}).....,}})||||{.......,|||}},.}}}|((((({,((,{((((..{(((,,.}}}}.,,{{,|,,,,,},,,,{(((((.,(((.((((((({{.|.|,{,.((({..{{{{.,,.{{{{{{,((({(.,,..,}}))}}}.}}))}|,|||||}}}}))),))},..}))))...)))).))}.....)))))|(({...})))......))))))))))))),.........}}}},.(((((....))))).,}}}))}}}}}}}})),))))},}}}}}},,...,...........((,{{{{,{,............,,{({{{.{((,{.....|||},,,,}))}})},.}))))},}}}}}.{{{{{{{{||..|,(((((((.......)))}}}}.,.....,,...(((({{{.......|||}|}}.,((((,((,,,||.|||||,,,.|,|{{,..,,,,(({.,,...|||,({{{{{||,..,.{(((((((...)))))))).},.)))))))).......}}}}}}}}},.((.(((((((....))))))).)),,,|,}))))))).|})|}||||{|||||,|,|||{||||.,||}|{||||{{|{{{.{{|.{{.{{,{{(((((((.....)))))))})).)),)),))),.))}}{{{||,,....))}}},..,)))}))))))),}},,.
Back