Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

HOTAIR:2

Sequence Length

2368 nt

GC Content

0.4861

CCAGUUCUCAGGCGAGAGCCGCGGCUGACAGGGUCUGGGACAGAAGGAAAGCCCUCCAGCCUCCAGGCCCUGCCUUCUGCCUGCACAUUCUGCCCUGAUUUCCGGAACCUGGAAGCCUAGGCAGGCAGUGGGGAACUCUGACUCGCCUGUGCUCUGGAGCUUGAUCCGAAAGCUUCCACAGUGAGGACUGCUCCGUGGGGGUAAGAGAGCACCAGGCACUGAGGCCUGGGAGUUCCACAGACCAACACCCCUGCUCCUGGCGGCUCCCACCCGGGACUUAGACCCUCAGGUCCCUAAUAUCCCGGAGGUGCUCUCAAUCAGAAAGGUCCUGCUCCGCUUCGCAGUGGAAUGGAACGGAUUUAGAAGCCUGCAGUAGGGGAGUGGGGAGUGGAGAGAGGGAGCCCAGAGUUACAGACGGCGGCGAGAGGAAGGAGGGGCGUCUUUAUUUUUUUAAGGCCCCAAAGAGUCUGAUGUUUACAAGACCAGAAAUGCCACGGCCGCGUCCUGGCAGAGAAAAGGCUGAAAUGGAGGACCGGCGCCUUCCUUAUAAGCUCGUUGGGGCCUAAGCCAGUACCGACCUGGUAGAAAAAGCAACCACGAAGCUAGAGAGAGAGCCAGAGGAGGGAAGAGAGCGCCAGACGAAGGUGAAAGCGAACCACGCAGAGAAAUGCAGGCAAGGGAGCAAGGCGGCAGUUCCCGGAACAAACGUGGCAGAGGGCAAGACGGGCACUCACAGACAGAGGUUUAUGUAUUUUUAUUUUUUAAAAUCUGAUUUGGUGUUCCAUGAGGAAAAGGGAAAAUCUAGGGAACGGGAGUACAGAGAGAAUAAUCCGGGUCCUAGCUCGCCACAUGAACGCCCAGAGAACGCUGGAAAAACCUGAGCGGGUGCCGGGGCAGCACCCGGCUCGGGUCAGCCACUGCCCCACACCGGGCCCACCAAGCCCCGCCCCUCGCGGCCACCGGGGCUUCCUUGCUCUUCUUAUCAUCUCCAUCUUUAUGAUGAGGCUUGUUAACAAGACCAGAGAGCUGGCCAAGCACCUCUAUCUCAGCCGCGCCCGCUCAGCCGAGCAGCGGUCGGUGGGGGGACUGGGAGGCGCUAAUUAAUUGAUUCCUUUGGACUGUAAAAUAUGGCGGCGUCUACACGGAACCCAUGGACUCAUAAACAAUAUAUCUGUUGGGCGUGAGUGCACUGUCUCUCAAAUAAUUUUUCCAUAGGCAAAUGUCAGAGGGUUCUGGAUUUUUAGUUGCUAAGGAAAGAUCCAAAUGGGACCAAUUUUAGGAGGCCCAAACAGAGUCCGUUCAGUGUCAGAAAAUGCUUCCCCAAAGGGGUUGGGAGUGUGUUUUGUUGGAAAAAAGCUUGGGUUAUAGGAAAGCCUUUCCCUGCUACUUGUGUAGACCCAGCCCAAUUUAAGAAUUACAAGGAAGCGAAGGGGUUGUGUAGGCCGGAAGCCUCUCUGUCCCGGCUGGAUGCAGGGGACUUGAGCUGCUCCGGAAUUUGAGAGGAACAUAGAAGCAAAGGUCCAGCCUUUGCUUCGUGCUGAUUCCUAGACUUAAGAUUCAAAAACAAAUUUUUAAAAGUGAAACCAGCCCUAGCCUUUGGAAGCUCUUGAAGGUUCAGCACCCACCCAGGAAUCCACCUGCCUGUUACACGCCUCUCCAAGACACAGUGGCACCGCUUUUCUAACUGGCAGCACAGAGCAACUCUAUAAUAUGCUUAUAUUAGGUCUAGAAGAAUGCAUCUUGAGACACAUGGGUAACCUAAUUAUAUAAUGCUUGUUCCAUACAGGAGUGAUUAUGCAGUGGGACCCUGCUGCAAACGGGACUUUGCACUCUAAAUAUAGACCCCAGCUUGGGACAAAAGUUGCAGUAGAAAAAUAGACAUAGGAGAACACUUAAAUAAGUGAUGCAUGUAGACACAGAAGGGGUAUUUAAAAGACAGAAAUAAUAGAAGUACAGAAGAACAGAAAAAAAAUCAGCAGAUGGAGAUUACCAUUCCCAAUGCCUGAACUUCCUCCUGCUAUUAAGAUUGCUAGAGAAUUGUGUCUUAAACAGUUCAUGAACCCAGAAGAAUGCAAUUUCAAUGUAUUUAGUACACACACAGUAUGUAUAUAAACACAACUCACAGAAUAUAUUUUCCAUACAUUGGGUAGGUAUGCACUUUGUGUAUAUAUAAUAAUGUAUUUUCCAUGCAGUUUUAAAAUGUAGAUAUAUUAAUAUCUGGAUGCAUUUUCUGUGCACUGGUUUUAUAUGCCUUAUGGAGUAUAUACUCACAUGUAGCUAAAUAGACUCAGGACUGCACAUUCCUUGUGUAGGUUGUGUGUGUGUGGUGGUUUUAUGCAUAAAUAAAGUUUUACAUGUGGUGAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-762.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -807.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 850.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

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Thermodynamic Ensemble Prediction

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