Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HOTAIR:7
Sequence Length
2362 nt
GC Content
0.4818
CCUCCAGGCCCUGCCUUCUGCCUGCACAUUCUGCCCUGAUUUCCGGAACCUGGAAGCCUAGGCAGGCAGUGGGGAACUCUGACUCGCCUGUGCUCUGGAGCUUGAUCCGAAAGCUUCCACAGUGAGGACUGCUCCGUGGGGGUAAGAGAGCACCAGGCACUGAGGCCUGGGAGUUCCACAGACCAACACCCCUGCUCCUGGCGGCUCCCACCCGGGACUUAGACCCUCAGGUCCCUAAUAUCCCGGAGGUGCUCUCAAUCAGAAAGGUCCUGCUCCGCUUCGCAGUGGAAUGGAACGGAUUUAGAAGCCUGCAGUAGGGGAGUGGGGAGUGGAGAGAGGGAGCCCAGAGUUACAGACGGCGGCGAGAGGAAGGAGGGGCGUCUUUAUUUUUUUAAGGCCCCAAAGAGUCUGAUGUUUACAAGACCAGAAAUGCCACGGCCGCGUCCUGGCAGAGAAAAGGCUGAAAUGGAGGACCGGCGCCUUCCUUAUAAGUAUGCACAUUGGCGAGAGAAGUGCUGCAACCUAAACCAGCAAUUACACCCAAGCUCGUUGGGGCCUAAGCCAGUACCGACCUGGUAGAAAAAGCAACCACGAAGCUAGAGAGAGAGCCAGAGGAGGGAAGAGAGCGCCAGACGAAGGUGAAAGCGAACCACGCAGAGAAAUGCAGGCAAGGGAGCAAGGCGGCAGUUCCCGGAACAAACGUGGCAGAGGGCAAGACGGGCACUCACAGACAGAGGUUUAUGUAUUUUUAUUUUUUAAAAUCUGAUUUGGUGUUCCAUGAGGAAAAGGGAAAAUCUAGGGAACGGGAGUACAGAGAGAAUAAUCCGGGUCCUAGCUCGCCACAUGAACGCCCAGAGAACGCUGGAAAAACCUGAGCGGGUGCCGGGGCAGCACCCGGCUCGGGUCAGCCACUGCCCCACACCGGGCCCACCAAGCCCCGCCCCUCGCGGCCACCGGGGCUUCCUUGCUCUUCUUAUCAUCUCCAUCUUUAUGAUGAGGCUUGUUAACAAGACCAGAGAGCUGGCCAAGCACCUCUAUCUCAGCCGCGCCCGCUCAGCCGAGCAGCGGUCGGUGGGGGGACUGGGAGGCGCUAAUUAAUUGAUUCCUUUGGACUGUAAAAUAUGGCGGCGUCUACACGGAACCCAUGGACUCAUAAACAAUAUAUCUGUUGGGCGUGAGUGCACUGUCUCUCAAAUAAUUUUUCCAUAGGCAAAUGUCAGAGGGUUCUGGAUUUUUAGUUGCUAAGGAAAGAUCCAAAUGGGACCAAUUUUAGGAGGCCCAAACAGAGUCCGUUCAGUGUCAGAAAAUGCUUCCCCAAAGGGGUUGGGAGUGUGUUUUGUUGGAAAAAAGCUUGGGUUAUAGGAAAGCCUUUCCCUGCUACUUGUGUAGACCCAGCCCAAUUUAAGAAUUACAAGGAAGCGAAGGGGUUGUGUAGGCCGGAAGCCUCUCUGUCCCGGCUGGAUGCAGGGGACUUGAGCUGCUCCGGAAUUUGAGAGGAACAUAGAAGCAAAGGUCCAGCCUUUGCUUCGUGCUGAUUCCUAGACUUAAGAUUCAAAAACAAAUUUUUAAAAGUGAAACCAGCCCUAGCCUUUGGAAGCUCUUGAAGGUUCAGCACCCACCCAGGAAUCCACCUGCCUGUUACACGCCUCUCCAAGACACAGUGGCACCGCUUUUCUAACUGGCAGCACAGAGCAACUCUAUAAUAUGCUUAUAUUAGGUCUAGAAGAAUGCAUCUUGAGACACAUGGGUAACCUAAUUAUAUAAUGCUUGUUCCAUACAGGAGUGAUUAUGCAGUGGGACCCUGCUGCAAACGGGACUUUGCACUCUAAAUAUAGACCCCAGCUUGGGACAAAAGUUGCAGUAGAAAAAUAGACAUAGGAGAACACUUAAAUAAGUGAUGCAUGUAGACACAGAAGGGGUAUUUAAAAGACAGAAAUAAUAGAAGUACAGAAGAACAGAAAAAAAAUCAGCAGAUGGAGAUUACCAUUCCCAAUGCCUGAACUUCCUCCUGCUAUUAAGAUUGCUAGAGAAUUGUGUCUUAAACAGUUCAUGAACCCAGAAGAAUGCAAUUUCAAUGUAUUUAGUACACACACAGUAUGUAUAUAAACACAACUCACAGAAUAUAUUUUCCAUACAUUGGGUAGGUAUGCACUUUGUGUAUAUAUAAUAAUGUAUUUUCCAUGCAGUUUUAAAAUGUAGAUAUAUUAAUAUCUGGAUGCAUUUUCUGUGCACUGGUUUUAUAUGCCUUAUGGAGUAUAUACUCACAUGUAGCUAAAUAGACUCAGGACUGCACAUUCCUUGUGUAGGUUGUGUGUGUGUGGUGGUUUUAUGCAUAAAUAAAGUUUUACAUGUGGUGAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-747.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -795.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 495.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((.(((((...((.(((..((((((..(.(((((((...))))))).)..))))))..))).))..((((..(.((((((((((((((.((((..((((...((((((((.(.(((.....))))))))))))..(((((((((((((......))))(((((((((((((..........)))....))).)))))))..((((((.(((((((....))))..)))..)))))).)))))))))...........(((((((((.((.(((((.(...((((.....))))....))))).).)).)))))))))..))))......)))))))))).))))...)))))..))))))))).)))))...(((..((((((((.(((((......((((.((((((((..........((((((.((((.(((((..(((........)))......)))))))))(((.....................)))(((((..((((((.(((((...(((((((.(((((((((.(((.((((((.....(((((.......))))).....(((((....((..((((.....(.(((((((((((.......((((((.......(((........)))..(((......))).((.((((((((((((.(((....(((((........((((.(((((...(..((((.(((.......)))..........(((((.....)))))((((....(((((((.(((.((....(((.....((((((..((((.((.(.....).))..))))..))))))))).)).))))))))))))))....((((.....((((((((((((((.......)))))).))))))))))))....((((......)))).......))))..))))))...)))))))))))).)))))))).)))).)).....((((.....)))).((((((....)))).))((((.(((.....)))..)))).((((((((.(.((((((..((((.....)))).))))))))).))))))))))))..........))))))))).)).)......))))..))(((((((.((((....((((((..............((((((((.(.........(((((.......((((((((...(((((...(((((....)))))........)))))..))))))))......)))))..........).)))).)))))))))))))).)))).)))...))))))))))).))).)))))..))))..)))))))......(((.((((((((.((.(((........)))..)).))).)))))))).....((((((.(..(((((..((...(((((((.((...(((((.((..(((.(((((.((.....))..)))))..)))..)))))))........(((((((..(((((((((((...)))))))))))....)).)))))..((((((((((........))))))...))))...))))))))).)))))))..)..))))))))))))))))).((..((((......))))..))........))))).........))))))....(((((((.(((.((((..((((...)))).((((((....))))))((((((..(((.(((((((((........((....))(((((((......(((((.....))))).)))))))((((((((....))))))))..)))))...)))).))).....))))))(((...))).......))))))))))))))...............(((((....))))).....)))))))))))).)))))..))))))))..))).........((((((((((..............(((((..((((.((..((((...))))....)).))))..))))).((((((((((....(((((((.......)))))))............(((((((.......))))))).(((((.((...)).)))))................(((......))).((((((((.....((((((((...))))))))....)))))))).......)))))))))).((.(((((((....))))))).))...))))))))))...(((.......)))...)))))(((.(((.((((((((((((.(((.((.((.(((((((((.....)))))).))).)).)).)))..))))(((((......)))))....))))))))))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.(((((.(((((..,((.(((..((((((..(.(((((((...))))))).)..))))))..))),))..((((..(.((((((((((((((.((((..(((....((((((((.{.(((.....)))}))))))))..{{{{(({((((((......))))||{{{{(((((,{.,(,.,.,,,{||,{.,}||,|||}||}..((((((.{({((((....))))..}))..)))))).))})))}|}...,.....,,((({({(((,((.{{{{|.|},.||||...,,))},...}))})},),)),))})))))..,)))),.,,..))))))))))},)))...)))))..))))))))).))))).{{(((,{((((((((,(((((......((((.((((((((.,........((((((.((((.(((((..(((........)))......)))))))))(((..............,......})}(((((..((((((.(((((...(((((((.(((((((((.(((.((((((.....(((((.......))))),....{((({...,((..((((.....(.(((((((((((..,,...((((((.......(((........)))..(((......))).{{.{{((((((((((.(((....(((((.......{((((.((((({..,..((((.{{{..,,,,.||,,||,..,...,{{{{.....}))},|{{{....(((((({{(((.((....(((.....((((((..((((.{{.,.....,.}}..))))..))))))))}.)).))))))))))}}}}....({((|....((((((((((((((.......))))))},)))))))}}})....||||......}))}.......)))).}})))))...)))})))))))).))))))))}}}}|.||{{|,.{{{{.....))))}|{((((....)))).||(({{.{||},,,.}}).,))}}.((((((((.(.((((({,.((((.....)))).))))))))).)))))}))))))......,,..))))))))).)).)......))))..))|((((((.((((....((((({............,,((((((((.(,........(((((.......((((((((.{,(((((..,(((((....))))),,......))))),.))))))))......))))}..........}.)))))}})))))))))))).)))).)),...})))))))))).))).))))).,))))..)))))))......(({{((((({{({((,({{..,,,,..}||.,}}.}))})))))))).....((((((.(..(((((..((...(((((((.((...(((({,((..(((.(((((.((.....))..)))))..)))..)))))))..{((((((((((((,.(((((((((((...))))))))))).}}.)).)))))...)))}}|,||,.........,}}},.....},..))))))))).)))))))..)..))))))))))))))))).{{..((((......))))..})........))))).........))))))...,{((((({,((,{((((..{(((,,.}}}}.,,{{,|,,,,,},,,,{(((((..(((.(((((((({.|.|,{,.((({..{{{{.,,.{{{{({,((({(.,...,}}))}}}.}}))}|,|||||}}})))),))},..}))))...)))).))).....)))))|(({...})))......)))))))))))))}...............(((((....)))))...}.)))))))))))).))))).,))))))}}..}}},,,,.,},.((((((((((...,........,,(((((..((((.{{,.((({...})))..})).,})))..))))).((((((((((..,.(((((((.......)))))))............(((((({.......}}}}}}}.{((({.{{...}}.|}|||,,,.,.,|,.......({{,,,,,,|||,({{{{{||,,.,.||||{{{{..,)))))))),},.}}})))))..,....)))))))))).((.(((((((....))))))).))...))))))))))...(((.......)))...})))){(({({(.((((((((((((.(((.((.((.(((((((((.....))))))},)).)).)).)))..)}}}(((((......)))))....)))))))))}).})),.
Back