Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC00963:15
Sequence Length
1654 nt
GC Content
0.5290
GUGCUAAGAAAACUGCCCCACAUCAUCUGCAGUAGGACGGGGGAGUUGGAGCCCUGGUCAGGCCACUCUGCUACUGACCACAGUUUUCUCAUCUCUAAAAAGGCGCAGUAACAAUAUAAUUACCGUAUGCAGUCCCCCAGGAUACAGGGUCAAAGGAGAGCACAACCAUCGCAGUUGGAAGCCCAUGGGGCAGCCCAGUGCAGAUGCAUCUGACUUACGAAACUUCAGUGACACCUGCUCUGUGCCAGACACUGAAGAUGGAGCAGUGAACAGCACUGACCCAGCCUGUCCUCCUGUUGCCUGCAGGCCAGACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUCAAGUAGCUGAGAUUACAGACGUGUGUCACCAUGCCCUGUUAAUUUUUGUUUGUUUGUUUUGUUUUUUGUUUUGUUUUGUUUCGUUUUUUGUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCCCCGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCGCGGGUUCAUGCCAUUCUCCGGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCAUCCGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUAUUUUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCCCCUGACCUUGUGAUCCACCCAAGGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGUGCCCGGUCAAUUUUUAUAUUUUUUGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUGUCGAACUCCCGACCUCAGGUGAUUGUCGGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCAGCCGGUGGGCAGCCAGUUGUGUUCCGGGAGGAGGAGGACACCCUGGAAAGACAGUGGGGCCAGACACUGAACUGCCUUUGGAAGCAAGUAGGAGCAACAGCGAAGGUUUGCUGGCUCAGAAGCAAGGUCUCGCUGUGUUACCCUGGCUGGAGUGCAGUGGCUACUUACAGGCAUGAUCAUAGCAUACUGCAGCCUCGAACUCCUGGACUAGAGCAGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUGCAGACACGCACCACAGAGCCCAGCCUGAGUCAUUUUGAUUCUGUAACUGGCUUCCUCUCGGCGGGCAGGCUCACACCCUCCACCCCCAGCUGGAGAUGGAAGGAGGAUGCUCACCGCCCAUUCCUCAUGCAGGCCAUCGAUGGAAAUGUCAGACAGUGCGAGUCCACGCCUGAACACUUCUGGGGUCCGCUCUGGGACUGACACUGGCAGAUCCAUCGAUGCCGUUCCAUUGUUUGCUGACUUUCAUUGAUUCUAUGAGAAGUCUGCAGUCUUUUGCAGCGUUGUUUUCCUAUGUAUAAUUGUCUCCUCCCACCCCACUCACCCCAGCUGCUUUCCACAUUCUCUCUCUUUGAUUUUCAGCAGUCUGCCCAUGAUGUGCCUAAAUAGGACUUUCUUUGCAUUCAUCUUGGCUGGGGCUCACUGAACUUUCUGAAUCUGUAGAUUAAUUUUCUUUUUUCAAUAAACCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-578.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -608.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 430.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.((.........((((((((.......(((((((((((((((((((((((......(((.((((....)))).........((((...(((((((((((........))))........((((....))))..(((((((((((((((..........((((((((.......(((((..((.(((.((((.((((.((((...........)))))).)).)))).))).)).....((((((((.(((((.....(((.(((((((((((((((....(((((.....)))))...((((((((...))))))))..)))))))).)).))))).)))((((..(((.(((((((..((((((((....(((.(((((((..((((...((((((..(....)..))))))...((((..(((((....))))).))))......................................((((((..................))))))))))..))))).))..))).)))).))))))))))))))..)))).(((....)))...)))))..((((.(((((...(((.......)))...)))))..))))((((((((......(((....)))......)))))))).............)))))))).((((((((((.((((...(((((...((((.(...).)))).)))))...))))...)))).((((....))))......(((((((((..(((((((((((..((((.(((.(((((((.........((((((....)))))).........))))))).)))))))((((......))))....(((((.((((..((((..(((((((....((((((......((.(((((((.....((((.(((((.(((.((((((((((((((..(((((..((((.(((((((......))).))((((((.......(((((........)).))).((((((.((((((.(.((((((........)))))).).)))))))))).)))))))).((((((((((((((....((....))....)))).)))))))..)))(((((.((.......)).)))))...))))))..))))).)))))((((((.(((.............)))..))))))..((((((...))))))..))))))))).))).))))))))).))))))).)).......))))))))).)).))))))..)))).)))))........))))))).(((.(((((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(((...))).)).))..))))..).))))...))))))..))))))))))))(((.((....((((.(((((((((.......))))).)))).)))).....)).))).))))..))))).))))...))))))......)))))......))))))))..........))))).))))))))))..(((...)))......)))))))...)))).........))).....)))))))))))))).)..))))))))....)))))))))).)))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,....{((((((.{{.........((((((((......,((((((({{((((((((((((((.....,(((.((((....))))........,.{{,...{((((({((((........}))}.||.,||.({({....)}))..,{(((((((((((((..........((((((((..{{{{.,,|||}.{{,((({((,{.,|||.|||{..........,||||||,||,{|((.|||.||{{|.||}|||||.|(((((,,,,.(((.(((((((((((((((....(((((.....)))))...((((((((...))))))))..)))))))).)).))))).)))((((..(((.(((((((..((((((((....(((.(((((((..((((...((((((..(....)..)))))),,,((((.,((({(....))))}.)))}.,},..................................((((({..................})))))))))..))))).))..))).)))).))))))))))))))..)))).{((,,..||||..||}}||||,{|||((((((((((.......(((,...|||....|||((((((((......(((....)))......))))))))....{((.((((......)))).))).{(((,.((((.,.(((((...((((.(...}.)))).)))))...))))..,.))).|(((....)))|((((......))))}.....)))))))))),{||.{((,{(((,.,,((((((.....)))))))}|,||},...,}}.})))))))|)))|)))|||{.....,}}}|.,|.}}|}}..}})})}}|{|||,,((((..,.{{||||,.....((||{|||||...,.{|||}|||||}|||.||||||,,{{{|||.{((((({{(((({(({{(((,{{{{{(|(((((((,.{...{{{..(((((...(({(((.{({,(((((,{((((((.(.((((((........)))))).).)))))))))).})}}{{{{((.((((,(((((({....{{....))....)))).,,|||||{{|{,,..{{,{(({{{{,{|{{||,,,..)))))))}}..)))})}),,|{{|||.|||}}}....}},},.}.,.}))))))}.((((({...})))))....))),)))}))...,))))),)})}})),}.,,{((({...,,.,.}))}),{{{{,{(((({.{{.....}}....}))}}...,.(({{(((((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(({...})).)).))..))))..).))))...))))))..))))))))))))}}})))},,.,(((.(((((((((.......)))))))))).)))},},})).))).),}))}}))}..............))))))).,,,)),.....))))))))..........))))).))))))))}}.||||}..})),.,||{}||||}}...,}}},........))).....)})))))))))))).)..})))))))....)))))))),,.}}}})}}....,..........
Back