Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC00963:2
Sequence Length
1887 nt
GC Content
0.5813
GCGGCCGCCUCUCCACGCCCUGCCCCGGGCCGCCCGCCAGGCCGCCGUUUCCCGGAGCCGGCCCCCUCCCGCCCUCGCGGCCGGCUGAUGUCAUCUGCACACAACUUUCCGCUUCCCGGCCCGUCUCGGGGCCCUGAGUCAUCGCCGCCCCCGGCCCCGACGCUGGCCUGCGGCGUCUGUUUGUGCAGAGCGAGGCCCCGCCGGCCGGGCUUGACGUCAGGCUGGCAGGGCCUGGAACGGCCCCGCAUCGCGGCCCCCUGGGGGCAGGACGACACCGCUGGGGGCCGAGGGCAGGGCACGCCUUCGGAAUCCGGCUUCGAAGCCGGCCGCCUGACCUGGGGCAAGUGCUUUCAACUCUCUGAACUUCGGUUCCUCAUCUGCCAGUUGGCAGACGCUCAGCAAAUCUUCCUAGACUCACGGGGCGAAUUGUACAGUUGGGUAAAUCGAGGCCCAGAGAUGGCAAAAGGACCGUCCAAGGUCGUACAGCCACCCGGAAUUACAAUUCUUUUCUGCCGGGUCACACGCUGUCAUCCACGUGUUACCUAAGAGAGCUUUCCAGCCUGUGCUAAGAAAACUGCCCCACAUCAUCUGCAGUAGGACGGGGGAGUUGGAGCCCUGGUCAGGCCACUCUGCUACUGACCACAGUUUUCUCAUCUCUAAAAAGGCGCAGUAACAAUAUAAUUACCGUAUGCAGUCCCCCAGGAUACAGGGUCAAAGGAGAGCACAACCAUCGCAGUUGGAAGCCCAUGGGGCAGCAGGGCCCAGGACACAGUGAGCAUACAAUAGACAUUAGCUGCUGUGGUGUCUUGAUUUCAAGCCCAGUGCAGAUGCAUCUGACUUACGAAACUUCAGUGACACCUGCUCUGUGCCAGACACUGAAGAUGGAGCAGUGAACAGCACUGACCCAGCCUGUCCUCCUGUUGCCUGCAGGCCAGAAGCAAGGUCUCGCUGUGUUACCCUGGCUGGAGUGCAGUGGCUACUUACAGGCAUGAUCAUAGCAUACUGCAGCCUCGAACUCCUGGACUAGAGCAGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUGCAGACACGCACCACAGAGCCCAGCCUGAGUCAUUUUGAUUCUGUAACUGGCUUCCUCUCGGCGGGCAGGCUCACACCCUCCACCCCCAGCUGGAGAUGGAAGGAGGAUGCUCACCGCCCAUUCCUCAUGCAGGCCAUCGAUGGAAAUGUCAGACAGUGCGAGUCCACGCCUGAACACUUCUGGGGUCCGCUCUGGGACUGACACUGGCAGAUCCAUCGGUGAGCUCCCGCCUGCCACCUCUGGGCCUGCAUUGCGGUGAUAGGGCCAAGGGCCUGGGCCUUCAAUUCUCCAGACUUGCCAAAAUGCUCAGCGCAGGCCUCGUCGGCAACUGCAGACAAGCAGAGGCAGCACCUGGGCUCUGCCUGUGCCUGGCACAGUGAAGCGAGGGUGGGGGCAGGAAUGAGGGUCCUCUCCAUGCAAGGGGGGAAGAUAGAAGAACAAAAUUUCACCCUAAUGUAGUGUCUUUAGACCGUGCAAUGUUGUGCUCCUGUUAGUCUGAUAUCAGGGGCUUGCAGCCUGGCAAAGGAAAAAAAACAGGCUGAGGCACAUGAUAGAAGACAGGCAGGGAUGCCACAAUCAUAACCAUGGCAAAGACCAGGAUCAGAAAGGCCCACCAUCUCUGACCCCAAAUCCCUGGGCAGAUGGUUCCAGAACUCAGAAUUUUCCCAGUUGUAGAAAGAUGGGGCCAGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGGAGUACAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-772.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -801.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 395.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((....(((((((((((((((..((..((((((((.....)))((((((((.......((....)))))))))).......((((((((.(((....((((..(.((((.((.((((((((..(.((.......)).)..)))))))).)).)))).).))))...))))))))))).(.((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))).)..)))))..))...)))))))....))))))))..(((.((((((((((((((((((.......))))))))...((((((....))))))..((((((((.(((((....((((((...((((((..((((((((.((((((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))))))..))))))))..)))))).(((...(.((((......)))).)...)))((((((..................)))))).(((((.((.....))))))).......))))))..((((((((((.((......(((((............))))))).)))))....))))))))))))))))))....((((.((((....))))..................(((..((((........)))))))..)))).)))))))....).)))))...)))))).....((((.((........))..))))((((((((((..((((.((((((.(((...............)))))))))((((((.........((.(((.((((.((((.((((...........)))))).)).)))).))).)).))))))......(((..(((((.....)))))..))).))))..).))))))))).)).))))(((.(((.(((.((((((((((..((.((((((..(((((((((((....((....))....)))).)))))))..((((((((((((.(((..((..((((.(((((((..((.(((((((..(((((((.(((((.((((((((.(((.((...))))).....(((((((((((...(((.((.((....)).)).)))((((.(((((((.........(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(((...))).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....)))))))).)).)).))).))))...)))).....)))))...)))))))((((((((....((.(((.((((((((.(((.((..((((......))))..)).).))..)))).))))))).)).))))).))).....))))))).)))).(((..(((....)))))).((((..((((..((((...........))))..))))..))))..((((((.(.(((((..((((((((((((((((.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).)))))))..).))))).)))...))))))))))))))))))))))).((((((((((((.....((((......)))).)))))))((.(.((((..((....))..)))).).))......))))).))))).)))((....))))))).))))))).))))))).))...))))))).))))...))..))))))))))))))).)))))).))..)))))))))).))).))).)))....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({{((,,..((.(((((((((((((((..((..((((((((.....)))((((((((.......,,....),)))))))).......((((((((.(((....((((..{.((((.((.((((((((..(.({.......)}.,..)))))))).)).)))).).))))...))))))))))).(.((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))).)..)))))..))...)))))))....)))))))).)).....((((((..((((((((.{....,))))))))..))))))...}}}),))))))).(((..((((((,,{{((((((...((((((..((((((((,((({((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))})))..))))))))..)))))),(((...{.((((......)))).}...)))|{{(((,,...........,,.,.}}||||.(((((.((.....))))))).,,,,..)))))){{((.(((....)))..))}}}})))))))..))}.....(((((((((((((((.|{((((..((((((({{......}}..)))))))..))}},},},.}}}......|{{({.((((........)))).)).{{{..((((((.|....,.))).....)))..)),..,({,,.,,..,}|,..}}|,.,||((((((((((..((((.((((((.(((...............)))))))))({(((({(....,,,({.(((.((((.{{{{.|||{...........})))|}.)).)}}}.}}}.)),))}))),,,,,.(((..(((((.....)))))..))).))))..}})))))))))}.,,||||,,..,,..)))}((((((((((..((.((((((..(((((((((((....((....))....)))).)))))))..((((((((((((,{((.{(({{(,,,.,||||||,.(((,(((,,({{(((((((.(((,,.,,,|||,,.{,{.((...}}|||{({{.(((((((((((...(({.(((((((((.(((((.((((((,,,{(((((((((.,.,(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(({...})).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....))))))))},).)).))}.))))...)))).,...)))))...))))))){{((((((....((.(((.((((((((.({{.((..((((......))))..)).}.}}..)))).))))))).)).))))).))}...},}.)))))))))..}}..}),)}}.))).})).,))..))))))))).,}}..,,,.....,})}.,.,,...,,,,.((((((.(.(((((..((((((((((((((({.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).}))))))..),})))).)))...))))))))))))))))))))))}.||},,{((({{{{{{.,((({......))))}))))))),|},.,|||}}|,....))}}))))}).,,....))))))|{||||,.,|,(({{{{,|}||||.||||||,...}))))),)}}},))))))},),,}})))}.)}))))))))))))).)))))).))..))))))))))..))))))).))))}.................
Back