Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC00963:32
Sequence Length
3250 nt
GC Content
0.5498
ACCACAUGUGACAUGGUGGGACAUGCCGGAAUCUUCCAGAGAGGUGGGCCACAUGUGACAUGGUGGGACAUGCCGGAAUCUUCCAGAGAGAAGCAAGGUCUCGCUGUGUUACCCUGGCUGGAGUGCAGUGGCUACUUACAGGCAUGAUCAUAGCAUACUGCAGCCUCGAACUCCUGGACUAGAGCAGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUGCAGACACGCACCACAGAGCCCAGCCUGAGUCAUUUUGAUUCUGUAACUGGCUUCCUCUCGGCGGGCAGGCUCACACCCUCCACCCCCAGCUGGAGAUGGAAGGAGGAUGCUCACCGCCCAUUCCUCAUGCAGGCCAUCGAUGGAAAUGUCAGACAGUGCGAGUCCACGCCUGAACACUUCUGGGGUCCGCUCUGGGACUGACACUGGCAGAUCCAUCGGUGAGCUCCCGCCUGCCACCUCUGGGCCUGCAUUGCGGUGAUAGGGCCAAGGGCCUGGGCCUUCAAUUCUCCAGACUUGCCAAAAUGCUCAGCGCAGGCCUCGUCGGCAACUGCAGACAAGCAGAGGCAGCACCUGGGCUCUGCCUGUGCCUGGCACAGUGAAGCGAGGGUGGGGGCAGGAAUGAGGGUCCUCUCCAUGCAAGGGGGGAAGAUAGAAGAACAAAAUUUCACCCUAAUGUAGUGUCUUUAGACCGUGCAAUGUUGUGCUCCUGUUAGUCUGAUAUCAGGGGCUUGCAGCCUGGCAAAGGAAAAAAAACAGGCUGAGGCACAUGAUAGAAGACAGGCAGGGAUGCCACAAUCAUAACCAUGGCAAAGACCAGGAUCAGAAAGGCCCACCAUCUCUGACCCCAAAUCCCUGGGCAGAUGGUUCCAGAACUCAGAAUUUUCCCAGUUGUAGAAAGAUGGGGCCAGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGGAGUACAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCGGGCGUGGCGAUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGCCAGGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCGCGCCACUACACUCCAGUCCGGGCGACAGAGCAAGAGUCCAUUCCCCCACCACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAUGAUGUGAUACAUAUCACAUAUUUCCUAACACCCCCAACCAAACACAUUUAUGCAUAUGCAUAAAGCAGACGAGGAAAGAUUCUAAAUAGGCUCUGAAUCUCAGUUUUCUCAUCUCUACAAUGGGGCAGUGAUGGCAUGCACCUCCCAGGGCUGUUCUGAGAAUCUGAUGCCUCCCAUUGCACUGGUGAGCCUGGCACAGGCACAGGUCCCACCCCAGGCCCUUUGAACUGGCUGUUCCUUUGGCCUGGAACAUUCCUCCCCAGAUACCUCCUGAGAGGGCUCCCUCACUUCCUUCAAGGCACUGCUCAAAUGCUACCUCUUCACAGAGGCUUUCCCUGACCACCCCGUCUCUUUCCUCUUCCUGCAUAGCCUCUGUCACCUGACAUUUUAUGUCAUAAAUUACUCAUUUAUUAAUUUCCUGCUCUCCCACAGUGGCACCCGAGCUCUGUGAGGGCAAGACUUUGUUCGGUUGUGGGCUAUGCCCCCAACCCCUCGGACAGUGCCUGCACAGGUGGACAUUUUUGUUGGAUGAAGGAUUUUCUGUUAAAUGUGUCUGGCACACACAGAAAAACAAAGCCCAGCAGGUACGAUGGUGAUUAUUAUUGUUACUGGUGGCGCUCUAUUAUUGUUAUUAGUGUCUGUUGAAAAAGACCCUGAGCUAUACCAGCCCUUGGUUCUCCAGCCUGUGAAAUGGGCAUCCUGGGCACUGAGGCACUAGCCUUGGGAAGCUGAUAGGGGGUCCCUGCAGGAGAGACAAAGAACACUGCCCACCCCCCCGGGGGAGCCUGCGCCCCUCACCGGAAAGAGAAGCAGGGGGGAGCAGAGGGAGCUUGCAGCCCCACACGCAGGGCUGCCAGAAGGCCAUACAUAAUUCAUUGCCAAAUGGGGCUGCGGGCGGCUCUCCGCGGCGUGCGCUGGGGGCUCACUCUGCGCCUGGCACUUCGCUGACUGCGCCUCACACGUUGCCUCAUUGCAUCUUCAUGGAUUUGCAGGGUGUGACCCUUCCCCCUGUUUUACCCAGGGGGAUCCUGAGGCUCAGAGGAUGGGGCCACCGUGCUAGUCACACAGCCUCUCUGUGGCCAAGCUGGGCCUCGGGCCAGCAGAUUCGGCCCCCAGCGGCCCCCAUUCACUGCCUCUCUGCUGAGGGAAAAGACGGGCCUGGGGAGCGGGUGGGAGGCACAAAGGAGACCCCGCUCUGAGACAGGCUGCAGAAGAGGGAGCUGGGUCUCAGCAGGGCUGGGGAAGGCUCUGGCCCCAGCCCUCCGCCCAACCCCCUGCCCUCCUCUCCUGGAGGAGAUGCUCCCCAAAUUAGCCAUCAUGAGCGCUGGCUCUGGGGGUUGGGCGUUGGGGAGCAGUUUGCUCAGCUGUAAAAUGGGAAUAACAGAAGCCGUCCCUGGGACUAUGAGAUCAAGGUGCUCAAGAAAAGUGGUGUCUGCUGAGGGGAAAAGCCAGUCCCAAAAGGUUGCAUACUCUCAUUCUGUUUAUUUGUUUUUGUUUUUGAGACAGGGUCUCGCCCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGGCGCAAUAUGGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCUGGGCUCAAGUGAUCCUCCCAUCUCAGACCCUCAAGGAGCUGGGGCUACAGGCACGUGCCACCGUGUCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUUGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGAGCUCAGGUGAUCCGCCUGCCUUGGCCUGCGAUAAAAUUGCACAGAAGUAAAUACACACACGUGAGGAUACGGAAAACCGGGGAAACCUGAGCAAGAGCAGUCAGACCCCGGCUGUGAUGGCGCCCAGUAGUUCUGCGAGAUGUUACCAUUGGGGAAACUGAGUGAAGGCGGGUACCUGGGAUCCCUCUGUUUUCUUUUUUGUUGUUGUUGUUAUUUUGAGAUGAAGUUUCCCUCUUGUUGCCCAGGCUGGGUGAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACACGCGUGAGCCACUGUGCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1468.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1518.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 568.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((..((...))..)))))..)).......((((((((((((((....(((((((((((((((.(((.....((((...))))...)))..)))))))))))))))((((((((((((((((((((((....((....))....)))).)))))))..)))...(((.((((((((.((((.....)))))).))..)))))))))))))))..(((......)))...(((.((...))))).....(((((((((((...(((.((.((....)).)).)))((((.(((((((.........(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(((...))).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....)))))))).)).)).))).))))...)))).....)))))...)))))))((((((((....((.(((.((((((((.(((.((..((((......))))..)).).))..)))).))))))).)).))))).))).....))))))).)))).(((..(((....)))))).((((..((((..((((...........))))..))))..))))..((((((.(.(((((..((((((((((((((((.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).)))))))..).))))).)))...))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))..((((......))))....((((((((....(((.((((.....)))).).))....))))))))(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((((......((((((((((((((((((((.(((..((((((((.((((((((.((.(((.(((((((...((((.(((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((...((.((((((((..(((((((((.(((.(((((((..(((((...((((((((((((.........................((..(((((((....)))))))..)).(((.((((((((...........((((((....))))))((.(((.((((((((((((............))))))....)))))).)))))....)))))..))).)))...((((((((((((((.(((.......((((.....(((((((.....((((.(((((((....)).)))))..))))(((((((....((((.....))))....))))))).......((((((((.......((((((.(((((((((......(((..(((.(((((((...((..(((((....))))).................((((((((.((((.((((((.(.(((((((((.(((((((...)))))((((((.....))))))(((..((.(((((((..((((.(((......)))))))))))))).))..)))...(((((.((((...)))).)))))(((.(((...((((((((((((((((..........((((.((((..(((((((....(((((...))))).)))))))(((((((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))).)))......))))).((((.((((........)))).))))(((.....))))))).)))))))).))))))...))))))))).)))..(((((((....)))))))..)).))))))))).)...))))))))))..........((.(((((((((((((....((((((..((((((.((((..(((..(((((((((.((.(((((.(((((((((((((...((((((((.......))))............))))....)))))))))))))..))))).))......(((((((((((...(((((...((((....(((.....)))..((((((.((((.((..((......))..))...)))).))))))....((((((((.......))))))))..(((((((((((((.((((.....)))).)).((((((.((...)).))))))....))))))))))))))))))))...))))))))))).))))).....))))))))))).))))))....).)))))))))))...))))))))).....))))))))...))..)))).))))))...))))))))))))...)))))).((((((((((..(....)..)))))))))).((((((((((((...(((((......))))).((((((.........)).))))..((((....)))).))))))))))))))))))))(((((.....)))))...)))))))....))))))).).))))))))............))))).........))))))........)))))).((((..........))))....)))))..)))))))...................((((((((...)))))))).))).)))))))))..)))))))).))...))))))))))))))))).))))))))).))))))))).))))...))))).))))).)).)))))))).))))))))))))))))...)))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))))))))...((((((...))))))..(((((((..(((((((...(((((.(((((...(((((...((((..((.....((.((((.((((((..(((((..(.(.(((.....))).).)..)))))..))))))...)))).))...)))))).)))))......))))).)))))...)).)).)))..)))))))(((..((....)).))).....(((.((((.(((((...))))))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(({((((...|}},,))}.,,.,|,.((({{{.{{((((((((((((((....(((((((((((((((.(((.....((({...))}}...)))..))))))))))))))),{,((((((,(((({(((((((....({....))....)))).}}|||||,,||}...((,(((((((.({((((.....)))}})}))..)))))})||||||||.||||,,....}},,..},|.}})))))),}.,...(((((((((((...(({.(((((((((.(((((.((((((,{,{(((((((((,{.,(((((((..(((((...,.((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(({...})).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....))))))))},).)).))).))))...)))).,...)))))...))))))){(((((((....((.(((.((((((((.(({.((..((((......))))..)).}.}}..)))).))))))).)).))))).)))...,,}.)))))))))..},..))})}}.))).})).,))..))))))))).,))..{{,......})}...,,....,.,.((((((.(.(((((..((((((((((((((({.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).}))))))..),})))).)))...))))))))))))))))))))))}.)))))))).))))))..((((......})))..}},||||||,....,,,.,,,,.,{{{|,||.,.,,.,..)))))},.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.,{(((({,....((((((((((((((((((((,,{({.((((((((.((((((({.((.(((.(((((((...((((.(((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((...((.((((((((..(((((((((.(((.(((((.((.((({,,,.,(((((({,{{{,,,,,............,,..,,.,(({,(((((((....))))))),})},{,,.((((((((..........,((((((....))))))|{.(((.((((((((((((............))))))....)))))).)))}}....)))))..))).,||,,.((((((((((((((.((((((....(((,,(((((((((((,,...((((.(((((((....)).))))},.))))(((((((....((((.....))))....)))))))......,((((((((....((((((((,((((((((((((((((..((((((..((((({..{((,.,,,,...{((((((((......(((......)))...........,..,.,.})))))))|....((((((...)))))|,{{{{.....,,}},.,,,..((.(((((({.,((((.(((......)))))))))))))).)}..,||,,,(((((.((((...)))).))))).,.,||},,(((((({((((((((((,,.....,..((((.((((.,(((((((....(((((...))))).)))))))|{{{{((((((.(((..((((((((....))))))))..))).))).)))......}}}},.((((.((((........)))).))))(((.....))))))).)))))))},))))))...})))))),},)))}},|||||}}...))))))))))).))).}))))))))}).)))))).,..........,,.,{{.((((,..|)))}.((((((..((((((.{{{..{(((,.(((((((((.((.(((((.(((((((((((((...((((({((.......))))............})))....)))))))))))))..))))).))......(((((((((((.,.(((((...((((....(((.....)))..((((((.((((.{{..({......}).,))...)))).))))))....((((((((.......))))))))..(((((((((((.,..{,,{{(({{.|,{|{.{{...|,}}}..}...))))))...)))))))))))))))))))).,.))))))))))).))))).....))))})))))).))))))....).))))))))))))).))))))))))),....,({{{{{{.(({((,,,.|,|,||.,.}..},,))))),}}}))))||.((((((((((..(....)..)))))))))).((((((((((((...(((((......))))).((((((.........)),,)))..((((....)))).)))))))))))),}}}}||{{{,,,}}))),,)}}}...}),))).,..)))))}).).))))))))...,{,,..,..})}}),,,......,}))))}.,},}|,|||}},.{(((...,......)))),,...))})}.}}}),}},..,}.},},,..,,,,}.|||,})}|)).)).))))).))).)))))))))..)))))))).))...))))))))))))))))).))))))))).))))))))).))))...))))).))))).)).}))))))).)))))))),)))))))...)))))))))))))))...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))).))))))))).))))))))))))))))))))))...((((((...))))))..(((((((..(((((((.,.(((((.(((((...(({((,..((((,.{(.....((.((((.((((((..(((((,.(.(.(((.....))).).}.,)))))..))))))...)))).))...}))))).)))}),.,...))))).)))))...))}})}}))..)))))))((({.{,....,,.,)),,...(((.((((.(((((...))))))))).))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))...
Back