Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

LINC00963:41

Sequence Length

2297 nt

GC Content

0.5855

AUUCCUUUCCGCUGAACUGGGCGCCCGGGCCCGCGCCGCGCCCUGCACGCCUCGCGCCCGGCGAUCGGGCCCAGGGCGGGGGAGCAGGGAGGCGGCCCCAGCCGGUCGCCGGCGCCCCCAGGCGCUGCUUCCCAGGAGCUCGGCUCCCCGGGAUGGAAGGGACUGAUACCCAGUUAAUGGGCGUGGAGCCUGAGCCCCUGAGGGUCGUCGCUAACGGGGGUCGCUCAGCAGGGCCGGCCUCCGCUGCCUGCCCGGGGUGUCUAAUCACCUCUCCGAUCCUUUGCCCGGAUCUGAGCUUCGUCAUUCACGCCCCUCCUCCCUGGCGACUUUGGGCCUGGUGACAGUCCCCCGACCCUCGCAGAGCCAGGGGCACAGUAGGCGCCUUAGCCACUGGCAGAAUUUCACCGGCGCUCUGCCCGACGCCCCCAGCCCCAGGGCCGGGCGUGGGUGGAAGUGUCUGGAAGGGUGGGUUCACCAGGGCUGGGCACGUCAGCGGCCCCGUACAGAGAAUCCGGUGCCUGGGGUCUCUGGAGGGGGUACUCAGAGUAUCCGAGGAGGAGACUCCUGGAUGCUAACAGAGCCCCCAGUUAGGAGCAGUCCGCGAGACAGUUGGUAACAGUGCUGGCCUUGCCCGGGCGCCGGAAGGUUCCGUGAGGCCCAGCAAGUCCUGACUUGGCACAGGGCCCAGCACACGGUAAGCGCUCGGUACUUGGUCACUGUUGCUUGAUUUUACCAUUUCGGAGGGGCUCAUCUACGCCUAGCAAAGCCCCCCUCCCGGUGACCCAAGGGGAGCUCCAGAAUGUUGAGCGGCUGAGCGGCCUGGCUCCUCCUCUCGACCCCAUCGAGCCAAGUGUCGAAAUCAUCCCAGACGAAGCUGCUGAGCAGAAAUUUCCAGUCUCCCUGGCAAAGCUGGGAAGAUUUUGGGUGCGGCUCAGAGACGCAGCUGGGUCGGCUCUGUGGGGCCAGGGCUGGGGAGGGACCCCAAGAUGUUCUAUGAGACCCAAGCAGCACCCCCAACUUGGGUUGGGGGCGUUGGGGGGUGGAGCCUGGCCUCCUGCUGAGCCCCAGAGCUGAUACAGCACAGGUAAAAGCCCAUUGUUCUCAGUGGUCCACAGAGGCUCAGGGCAGGAGCAAGAUCAGGGUUCGGGUGCUGGCGCCACCCCUCGUUUAGCCCCUACCUGGGAUCUGAGGGAGCACCCAUCCUUGGAAUGCAGGAUAAUAGGGUUGCUGUGAGGAUGGAAGGAGACUGUGCCCAUGAACACUUGACACAGCUCCCUGCCCUGGGGAAAGCACCCAGGAAAUGCGGGCUGUUUGUCUUAGUGAUGUUCCACUUAAUAGCACUUGCGGUGGCUCCCUGGCCCCCGAGGAGCCCACCUUGCCAGUUCUUGGCCACAAGAGUACGAGCCCCUCUGUCAGGACGGUGGGUCUCAUUGAGGCCAUCCUUAUCCUGAGCAACCUAAAGAACUCACAUGGAACUUAGCAAACAGGCAGACCCUUGCCUUGUUCUCAGGGCUGUGUGAUCCCGGGUGAGCAACUCGGCCUCUCUGAACCUGGUUCUCCUCUGCAAAACAGAGAUGAUGGCCUGGGACCCUCUCCCACUACAGGGAAGUAGCAUUGGAGGGGGAAGAGACAGGGGGAGCGUCCCAGCACUGCCCAAAAUUGGACAGGUGACUUUGGACAAGUCUGAAUGAGACUGAAUAAGACAAAACGGAGUAACAUUAGAGCUUGCUGGCUACUCUCUGCCCUGGGCCGGUGCUAGAUGUUUUACAUGCACUGUUAAUCACUGUUACUCGUGGAGGGAGAUUUUAUUAUUAACUUUCUUUUCCAGAUGAGGUAACUGAGGCUCAGAGAGGUUGAUUCACUUUCUCAAGGACACACAGCUAGGAAAUGAUAGAGUCACGAUUCAAACCAUCAUUUGUUGGCUUAGAGCCUGAAUCCCUAAAGAAAAAGCAGGCAGGGUGUAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCAGUUUGGUAGGCUGAGGCUGGAGGCUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGACAACGUGGCGAAACCUCAUCUCUACAAAAAUACAAAAAUUAGCCCGGCCUGAUGGAGCGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACCUGAGCCUGGGGAGGUCAAGGCUGCAGUGAACCGUGAUCGCGCCCCUGCACUCCAUACAGCCUGGACAGCAGGAUGAGACUCCGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGAAAAAAGGAAAGAAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-980.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1018.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 641.05

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((.((......(((((((((((..(.(((((((((.((....((((((((((.....)))))((((((.(((((.((.((((((((((....(((((...)))))(((....))))))))))))).(((((((((....(((((..(((.(((((((.....)))))...((((((((((.(((.(((((((((.(((.(((....))).)).).)))))..))))))).)))))).))))....((((((......)))))).))..)))....)))))..))))))))).........)).))))).)))))).......((.((((((((...((((((..((((.((...)).))))((.((((.(((......))))))))).........((((((((((((((.((((((...(((....))).)))))))))))).)))).))))..))).))).)))))))).))((((.((....))))))....((((((.(((((...))))).))))))..((((((.((...(((((((.(((((....))))))))))))...)).)))))).....(((....))))))))...)).)).....)))).))))..)))))))))))(((.(((((.((((((((((.(..((((((((..(((((((((((.((.((.((((....)).)))).)).)))).))).))))...............((((((((((...(((.....((..(((((((((...((....)).))))).((((.........))))))))..))((((.((((((.((((((((((((.((((.((((((...((((((.((((((......((((...))))...(((((((.....)))).))).)))))).))))))((((((.(((............(((((((((((....)))))((((((((((.....)))))....)))))....))))))))).))))))...)))))).))))))).))))))))).)))))).))))((((((((((((((.(.((((...)))).).)).......((((((....))))))........)))))..)))))))(((((....(((((((((.(((((.(((((((((((..(((((((((((((.(.((((((((.(....).)))))))).).))))....)))))..)))))))))......((((.(((((..((........)).)))))))))....((((((.......))))))....(((((.((((......((((......))))....))))))))))))))).))..))).)))))...))))..)))))....(((((....)))))))).))))))))))))))))))).)))))))))).)).))).)))...(((((((..................(((.(((......((((((........((((((....)))))).(((((.(((.(((.(((....(((((((((((((.(((.(.((..(((((.....)))))..)).((((((((.((((((((..((((......))))....))))))))......((((((((((((((.((((((..(((....)))...)))).))..)))).(((((.....)))))................((((((......).))))).))).))))))).))))))))(((((...((((...)))))))))..........((((((((((((((((((..(((....))).)))))))))...)))).)))))).))).)))))))))))))....))).)))..))))))))((((((.(((((((.((((....)))).....))))))).))))))....(((((.................))))).(((..((..(((....)))..))..))).((.((((.((((((((.(((((..(((((....)))))..((((..((((....(((((.....)).))).....)))).))))................))))))))))).)).))))))))))))))).)))....)))))))((((.((((((.....)))))).))))(((((((.(((.(((.((.((........)).)))))(((((..((((.......))))..))))).)))..)))).))).............................)).).))))))))..................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{((((((((((((({((((((((((((((..(.(((((((,,,((..,.((((((((((|....))))){{((((,(((((.((.((((((((((,...(((((...)))))(((....))))))))))))).(((((((((.{{{,{((({{((({((((,{({{{{{|,|,...,((((((((((.(((.(((((((((.(((.(((....))).)).).)))))..))))))).)))))).))))}..,,|||||}}...,),))),})),,))),..,,,,))}.))))))))),,.......)),))})).))))))...,...((,((((((((...((((((..((((.((...)).))))((.((((.(((......))))))))).....,,{.({((((((((((((,{(((((...(((....))).)))))))))))),,)))})}))..))).))),)))))))),)}(({{.{{,..,)))))),...((((((.(((((...))))).))))))..((((((.((...(((((((,{((((....))))))))))))...}).)))))).....(((....)))))))).|.}|,|},,...)))).)))}..)))))))))))(((.(((((.((((((((((.(..((((((((..(((((((((((.((.((.((({....)),)))).)).)))).)))}}))).{,..........,,((((((((((...,,{{{.,,((..((({(((((...((....)).))))).|||{.,....,}})}))||||.,||((((.((((((.((((((((({{{.({(({((,,({.{{((((((.((((((.,...,((({..,))}}...,{{((((.....)))).,,.})))))).)))))))|,{||}|||}.,....||.(((((((((((((.,..})}}){{{{{(((((.....)))))....}})))....))))),,)).)),|||{{{||,,,,}))))))).))))))))).)))))).)))){{{{|||{||||{{.,.((((...)))).,.||,....|,((((((....)))))).,....,.)))}||{|||||||((,{{.{,,(((((((((,((,({,{(({(((((({..(((((((((((((.(.((((((((.,....}.)))))))).).))))....)))))..))))}))))..|}..||{{.{{|||,,|,.},,,.},)),}}}}))))),},}|||(((.......))))))....{{{{(.(({{,,,...((((......))))..,,)))}))}))||||||{||.{||}.}))),}})))))}})}}))..,,(((((....)))))},,.))))))))))))))))))}.)))))))))).))}})).)))...,{(((((,..,{,...,..,,,....}}..,},||..,{{((((({....}))))},)))}}}))}{{((((((.(((.(((.(((..,.(((((((((((((.(((.{.((..(((((.....)))))..)}.((((((((.((((((((..((((......))))....))))))))......((((((((((((((.(((((((.(((....))).)))})).)}..)))).(((((.....)))))...............,{(({{{......}.))))).))).))))))),))))))))(((((...{{({...})}})))))..........((((((((((((((((((..{,,....,)).))))))))))}.,)))}}))))}.))).))))))))))))).,..))).)))..)))))))))||{{{.(((((((.(,{{....,,,,...,.))))))).)))))}....(((((..,,......,......))))).(((,.{{..{||.,..))),,)}..})).,)}))))})),(((({.(((({{.(((((....))))),.{{||,,|{{{.,,.((({{.....}}.))).....|||}{||||................},}|||||}||{((((((.(({((((((((....}}}),.,)))(((((.((((((.....)))))).)))))((((.(((({.((,|......}.)).))))).,.)))),)).)))))).}))}}})).,.||}|||}}.,.,})))},..............................,,,),))))))},.......,,,,,,.....