Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC00963:6
Sequence Length
1067 nt
GC Content
0.5389
CUGAGUCAUCGCCGCCCCCGGCCCCGACGCUGGCCUGCGGCGUCUGUUUGUGCAGAGCGAGGCCCCGCCGGCCGGGCUUGACGUCAGGCUGGCAGGGCCUGGAACGGCCCCGCAUCGCGGCCCCCUGGGGGCAGGACGACACCGCUGGGGGCCGAGGGCAGGGCACGCCUUCGGAAUCCGGCUUCGAAGCCGGCCGCCUGACCUGGGGCAAGUGCUUUCAACUCUCUGAACUUCGGUUCCUCAUCUGCCAGUUGGCAGACGCUCAGCAAAUCUUCCUAGACUCACGGGGCGAAUUGUACAGUUGGGUAAAUCGAGGCCCAGAGAUGGCAAAAGGACCGUCCAAGGUCGUACAGCCACCCGGAAUUACAAUUCUUUUCUGCCGGGUCACACGCUGUCAUCCACGUGUUACCUAAGAGAGCUUUCCAGCCUGUGCUAAGAAAACUGCCCCACAUCAUCUGCAGUAGGACGGGGGAGUUGGAGCCCUGGUCAGGCCACUCUGCUACUGACCACAGUUUUCUCAUCUCUAAAAAGGCGCAGUAACAAUAUAAUUACCGUAUGCAGUCCCCCAGGAUACAGGGUCAAAGGAGAGCACAACCAUCGCAGUUGGAAGCCCAUGGGGCAGGGCCCAGGACACAGUGAGCAUACAAUAGACAUUAGCUGCUGUGGUGUCUUGAUUUCAAGCCCAGUGCAGAUGCAUCUGACUUACGAAACUUCAGUGACACCUGCUCUGUGCCAGACACUGAAGAUGGAGCAGUGAACAGCACUGACCCAGCCUGUCCUCCUGUUGCCUGCAGGCCAGAUGCCGUUCCAUUGUUUGCUGACUUUCAUUGAUUCUAUGAGAAGUCUGCAGUCUUUUGCAGCGUUGUUUUCCUAUGUAUAAUUGUCUCCUCCCACCCCACUCACCCCAGCUGCUUUCCACAUUCUCUCUCUUUGAUUUUCAGCAGUCUGCCCAUGAUGUGCCUAAAUAGGACUUUCUUUGCAUUCAUCUUGGCUGGGGCUCACUGAACUUUCUGAAUCUGUAGAUUAAUUUUCUUUUUUCAAUAAACCUUGGAAUAUUUUCAGCAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-383.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -400.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 195.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((....((((((..(((((......)))))...))))))(((((....))))).(.((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))).)..((((((.((.((.((((((((.(.((...........)).).)))))))).)))).)))).)).....((...((((((....))))))...)).((..(((((((.((((((((...((((((..((((((((.((((((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))))))..))))))))..)))))).(((...(.((((......)))).)...)))((((((..................)))))).(((((.((.....))))))).......))))))((((.(((....)))..)))))))))))))..))((((((((.......(((((((((((((((((((((((......(((.((((....)))).........((((...(((((((((((........))))........((((....))))..(((((((((((((((..........((((((((.......(((((..(((...((((.(((((..(((((....(((((....((((..(((.(.((((....))))))))..))))..(((((((..........((((((((....((((.....).))).)))))))).(((..(((((.....)))))..)))((((((.............)))))))))))))((((.((....((((.(((((((((.......))))).)))).)))).....)).)))).)))))...)))))...))))).))))))).)))))......))))))))..........))))).))))))))))..(((...)))......)))))))...)))).........))).....)))))))))))))).)..))))))))....))))))))...........((((((......))))))....))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({....((((((..(((((......)))))...))))))(((((....))))).(.((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))).)..((((((.((.((.((((((((.(.((,........,.)).).)))))))).)))).)))).))....,((...((((((....)))))),,.}},((..((((((,,((((((((...((((((..((((((((,((({((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))})))..))))))))..)))))),(((...{.((((......)))).}...)))|{{(((,,...........,,,,.}}||||.(((((.((.....))))))).,,,,..)))))){(((.(((....)))..)))}}))))))))..}}|(((((((......,((((((({{((((((((((((((......(((.{(((....))))..........{{,...{{(((({((({........}))}.||.,}|.{{{{....)}}}.,,{(((((((((((((..........((((((((.......(((((..(((...((((.(((((..(((((....(((((...(((((..{((,(.((((....))))}}||{{||}|..(((((((..........((((((((.,.,|{((.,,,.}},}).)))))))).{((.,(((((.....)))))..))}((((((.........}...))))))))))))).}}}.}|,,|.{(((.(((((((((.......)))))))))).)))}.,....)))))..)))))...)))))...))))).))))))).)))))......))))))))..........))))).)))))))}}|.||||}.,})),.,||{}||||}}...,}}}....,,,..)))..,,,)})))))))))))).),.})))))))....))))))),...........{(((({......))))))....})))).....
Back