Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC00963:66
Sequence Length
2514 nt
GC Content
0.5171
ACUCCCUCUAUUGCCUCUCCAGACCCAGACUUCACCCUCAGGUCACCCUCACCUGGACUUUGGGGUGCCCCACACCCCGCCCCAGGCCCUGGCCUCUGGAAUAUUUGGAAACUUGAACUGGGCCAGAGGCUUAAGCUCACAUCUGUCUGGAGCCUCAACUUUCUCCUCUGUAAAAUGGGCUAACACUGAAAGAACCUUGCAGAAUCUCAGCAACGUCACAGAGGACAUUGUUAGCACAGCCAGCGGGCUCCUGCUGGGCUGAGUUUGUGGGUAAUCCAAGCCUCGGCAGGUACAGUUCCUCCCUCAGGGCCCAGGACACAGUGAGCAUACAAUAGACAUUAGCUGCUGUGGUGUCUUGAUUUCAAGCCCAGUGCAGAUGCAUCUGACUUACGAAACUUCAGUGACACCUGCUCUGUGCCAGACACUGAAGAUGGAGCAGUGAACAGCACUGACCCAGCCUGUCCUCCUGUUGCCUGCAGGCCAGAAGCAAGGUCUCGCUGUGUUACCCUGGCUGGAGUGCAGUGGCUACUUACAGGCAUGAUCAUAGCAUACUGCAGCCUCGAACUCCUGGACUAGAGCAGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUGCAGACACGCACCACAGAGCCCAGCCUGAGUCAUUUUGAUUCUGUAACUGGCUUCCUCUCGGCGGGCAGGCUCACACCCUCCACCCCCAGCUGGAGAUGGAAGGAGGAUGCUCACCGCCCAUUCCUCAUGCAGGCCAUCGAUGGAAAUGUCAGACAGUGCGAGUCCACGCCUGAACACUUCUGGGGUCCGCUCUGGGACUGACACUGGCAGAUCCAUCGGUGAGCUCCCGCCUGCCACCUCUGGGCCUGCAUUGCGGUGAUAGGGCCAAGGGCCUGGGCCUUCAAUUCUCCAGACUUGCCAAAAUGCUCAGCGCAGGCCUCGUCGGCAACUGCAGACAAGCAGAGGCAGCACCUGGGCUCUGCCUGUGCCUGGCACAGUGAAGCGAGGGUGGGGGCAGGAAUGAGGGUCCUCUCCAUGCAAGGGGGGAAGAUAGAAGAACAAAAUUUCACCCUAAUGUAGUGUCUUUAGACCGUGCAAUGUUGUGCUCCUGUUAGUCUGAUAUCAGGGGCUUGCAGCCUGGCAAAGGAAAAAAAACAGGCUGAGGCACAUGAUAGAAGACAGGCAGGGAUGCCACAAUCAUAACCAUGGCAAAGACCAGGAUCAGAAAGGCCCACCAUCUCUGACCCCAAAUCCCUGGGCAGAUGGUUCCAGAACUCAGAAUUUUCCCAGUUGUAGAAAGAUGGGGCCAGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGGAGUACAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCGGGCGUGGCGAUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGCCAGGAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCGCGCCACUACACUCCAGUCCGGGCGACAGAGCAAGAGUCCAUUCCCCCACCACCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAUGAUGUGAUACAUAUCACAUAUUUCCUAACACCCCCAACCAAACACAUUUAUGCAUAUGCAUAAAGCAGACGAGGAAAGAUUCUAAAUAGGCUCUGAAUCUCAGUUUUCUCAUCUCUACAAUGGGGCAGUGAUGGCAUGCACCUCCCAGGGCUGUUCUGAGAAUCUGAUGCCUCCCAUUGCACUGGUGAGCCUGGCACAGGCACAGGUCCCACCCCAGGCCCUUUGAACUGGCUGUUCCUUUGGCCUGGAACAUUCCUCCCCAGAUACCUCCUGAGAGGGCUCCCUCACUUCCUUCAAGGCACUGCUCAAAUGCUACCUCUUCACAGAGGCUUUCCCUGACCACCCCGUCUCUUUCCUCUUCCUGCAUAGCCUCUGUCACCUGACAUUUUAUGUCAUAAAUUACUCAUUUAUUAAUUUCCUGCUCUCCCACAGUGGCACCCGAGCUCUGUGAGGGCAAGACUUUGUUCGGUUGUGGGCUAUGCCCCCAACCCCUCGGACAGUGCCUGCACAGGUGGACAUUUUUGUUGGAUGAAGGAUUUUCUGUUAAAUGUGUCUGGCACACACAGAAAAACAAAGCCCAGCAGAUGCCGUUCCAUUGUUUGCUGACUUUCAUUGAUUCUAUGAGAAGUCUGCAGUCUUUUGCAGCGUUGUUUUCCUAUGUAUAAUUGUCUCCUCCCACCCCACUCACCCCAGCUGCUUUCCACAUUCUCUCUCUUUGAUUUUCAGCAGUCUGCCCAUGAUGUGCCUAAAUAGGACUUUCUUUGCAUUCAUCUUGGCUGGGGCUCACUGAACUUUCUGAAUCUGUAGAUUAAUUUUCUUUUUUCAAUAAACCUUGGAAUAUUUUCAGCAUAAUUUUUUUCCUGUCUUCUUCUCUCUCUUUUCUCCUCUGAAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-908.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -950.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 489.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((.(((.((((..((((.((((...((((((.......)))))).....((((((.....))))))(((((((.((..(((((((((..((.((.((...)).)).))..)))))))))......((((((.....((((..........))))........((((((..((.((((((.....((((.((...)).)))).((((.((((((...(((.((((.((((....))))...((((((.(((((..(((((........((((.((.(((.......))).))...))))..((((.(((((..(((((....(((((...(((((.(((((((((((((((((((..((((((....))).))).)))..))))..)))).)))))).))..((((((((((((....((((((((((((.....)))))..(((((.(((((.(((((.....((((((((((.((..((.((((((.((((.(((.((((((((((.((((((.........((..((((...((.((((((((((((...(((((((....((((((((((((((.((((((((((.(((.((((((((.(((((.((.(((((((...((((.((((((((..(((((((((((...(((.((.((....)).)).)))((((.(((((((.........(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(((...))).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....)))))))).)).)).))).))))...)))).....)))))...)))))))((((((((....((.(((.((((((((.(((.((..((((......))))..)).).))..)))).))))))).)).))))).))).....))))))).)))).(((..(((....)))))).((((..((((..((((...........))))..))))..))))..((((((.(.(((((..((((((((((((((((.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).)))))))..).))))).)))...))))))))))))))))))))))).((...(((((((.....((((......)))).))))))).))...)))))).............(((((..(((((((.((((((.(.(.((((((.(.((((.((((((....)))))).)))).))))))).).))))))).(((((((.(((...)))...)))))))............)))))))))))).....................)).))))))))...))).)).))))).)))))))).))).)))))))))).))))))))))))))....)))))))...)))))))))))).))...)))))))))))).)))))))))).))).)))).)))..))).))......................................((..(((((((....)))))))..)).......................(((((((....)))))))(((((.(((((((((........(((((.((((....((((((((((.........((((((((((..(((((.....((.((((.....)))).)).....)))))...))))))...((((.(((((((....)).)))))..))))(((((((....((((.....))))....)))))))..........)))).........))))))))))...........)))).))).))((......))..(((((....)))))........(((......)))))))))))).).))))...)).)))).....((((((...)))))).....................((.(((((((..((((.(((......)))))))))))))).))..(((((((((((.((((...)))).)))))....)))))).))))))))))).))))).....)))))..........)))))))....)))))))))))).......(((((((((...((....)).)))...))))))((.(((((((((.......))))).)))).))........)))))..)))))...)))))...))))).)))))))))...))))).))))))))))....)))...)).)))).))))))))))..))..))))))))))))(((....)))....................)))))))))....))))...))))..)))).)))............((((((......))))))........))).............................((((......)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,,..(((.((((..((((.((((...{(((((.......)))))).....((((((.....))))))((((((({((..(((((((((..({.((,{,...}},)}.})..))))))))}...(({(.{{......}}))))...............,|,...((((((..((.((((((,....{(((.{,...,}.)))}.|{{{.((((((...{({.((({.((((....))))...((((((.(((((..(((((........((((.((.(((.......))).))...))))..((((.(((((.,((({(....(({({...{{{{{,||(((((((((({((({{(..((((((....))).))).})}..)))}..)))).)))))),|},,{(((((((((((....({((({,(((((.....)))))..||{((.(((((.(((({....,((((((((((.((..((.((((((.((((.(((.((((((((((.((((((.........({..((((.,.((.((((((((((((...(((((((....((((((((((((((.((((((((((.(((.((((((((.(((((.((.(((((((...((((.(((((((((.(((((((((((...(({.(((((((((.(((((.((((((,{,{(((((((((.{.,(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(({...})).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....))))))))},).)).))).))))...)))).,...)))))...))))))){(((((((....((.(((.((((((((.({{.((..((((......))))..)).}.}}..)))).))))))).)).))))).)))...},}.)))))))))..},..))})}}.))).})).,))..))))))))).}}}..{{,......}}}.,.,,...,,.,.((((((.(.(((((..((((((((((((((({.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).}))))))..),})))).)))...))))))))))))))))))))))}.((...(((({{(,{{..((((......))))}))))))).}}.},|))))).....,,..,.,,(((({.,(((((((.((((((.,.{.((((((.(.((((.((((({....}))))).)))).))))))).}.})))))).(((((((.({{...}))...)))))))......,,....)))))))))))).....................)).))))))))...))).)).))))).)))))))).))).)))))))))).))))))))))))))....)))))))...)))))))))))).)).,.)))))})))))).)))))))))).))).)))).)))..))).))..................................,..,{{{,(((((((....))))))),})),......................{((((((....))))))}(((((.(((((((((,,,.....,{,..,{||,,,},}}.,,}}}|.,,,......||(((.(((((.((.,.((.((((.(((((..,.((((.{.....{.(((,...,,..}},..((((.(((((((....)).))))},.))))(((((((....((((.....))))....)))))))............))))....})))).)))))).}).))))).}}}...,{({{.{{,.....,)),.((({{....|)))},.......(((......)))})))))))).,.,)))...)).)))).....{(((((...)))))},{{{{.....,,,,,......{{.(((((({.,((((.(((......)))))))))))))).)}..{((((((((((.((((...)))).)))))....)))))}.))))))))))).))))).....)))))..........}))))))....)))))))))))).,,||.,{{{{{,.{{.||||||,,}}.},,...})))}|||,(((((((((.......))))))}))).||||....,})))))..)))))...)})))...))))).)))))))))...))))).))))))})))....}}}.,.}).}}}}.))}}})))))..))..)))))){{{|{|(,,....|}},...,,},,)))..,,,,..)))))))))....))))...))))..)))).)))............,{{{{{......}}))}}....,,,,|.,.............,...............,{{{......)))}.
Back