Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

LINC00963:8

Sequence Length

2828 nt

GC Content

0.5516

GUUUGUGCAGAGCGAGGCCCCGCCGGCCGGGCUUGACGUCAGGCUGGCAGGGCCUGGAACGGCCCCGCAUCGCGGCCCCCUGGGGGCAGGACGACACCGCUGGGGGCCGAGGGCAGGGCACGCCUUCGGAAUCCGGCUUCGAAGCCGGCCGCCUGACCUGGGGCAAGUGCUUUCAACUCUCUGAACUUCGGUUCCUCAUCUGCCAGUUGGCAGACGCUCAGCAAAUCUUCCUAGACUCACGGGGCGAAUUGUACAGUUGGGUAAAUCGAGGCCCAGAGAUGGCAAAAGGACCGUCCAAGGUCGUACAGCCACCCGGAAUUACAAUUCUUUUCUGCCGGGUCACACGCUGUCAUCCACGUGUUACCUAAGAGAGCUUUCCAGCCUGUGCUAAGAAAACUGCCCCACAUCAUCUGCAGUAGGACGGGGGAGUUGGAGCCCUGGUCAGGCCACUCUGCUACUGACCACAGUUUUCUCAUCUCUAAAAAGGCGCAGUAACAAUAUAAUUACCGUAUGCAGUCCCCCAGGAUACAGGGUCAAAGGAGAGCACAACCAUCGCAGUUGGAAGCCCAUGGGGCAGGUACCCAGACUUCACCCUCAGGUCACCCUCACCUGGACUUUGGGGUGCCCCACACCCCGCCCCAGGCCCUGGCCUCUGGAAUAUUUGGAAACUUGAACUGGGCCAGAGGCUUAAGCUCACAUCUGUCUGGAGCCUCAACUUUCUCCUCUGUAAAAUGGGCUAACACUGAAAGAACCUUGCAGAAUCUCAGCAACGUCACAGAGGACAUUGUUAGCACAGCCAGCGGGCUCCUGCUGGGCUGAGUUUGUGGGUAAUCCAAGCCUCGGCAGGUACAGUUCCUCCCUCAGCAGGGCCCAGGACACAGUGAGCAUACAAUAGACAUUAGCUGCUGUGGUGUCUUGAUUUCAAGCCCAGUGCAGAUGCAUCUGACUUACGAAACUUCAGUGACACCUGCUCUGUGCCAGACACUGAAGAUGGAGCAGUGAACAGCACUGACCCAGCCUGUCCUCCUGUUGCCUGCAGGCCAGGUUUUUUCAGACGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGGAGUACAGUGGUGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCUCAAGUAGCUGAGAUUACAGACGUGUGUCACCAUGCCCUGUUAAUUUUUGUUUGUUUGUUUUGUUUUUUGUUUUGUUUUGUUUCGUUUUUUGUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCCCCGAUCUCGGCUCACCGCAAGCUCCGCCUCGCGGGUUCAUGCCAUUCUCCGGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCAUCCGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUAUUUUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACUGUGUUAGCCAGGAUGGUCUCGAUCCCCUGACCUUGUGAUCCACCCAAGGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGUGCCCGGUCAAUUUUUAUAUUUUUUGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUGUCGAACUCCCGACCUCAGGUGAUUGUCGGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCAGCCGGUGGGCAGCCAGUUGUGUUCCGGGAGGAGGAGGACACCCUGGAAAGACAGUGGGGCCAGACACUGAACUGCCUUUGGAAGCAAGUAGGAGCAACAGCGAAGGUUUGCUGGCUCAGAAGCAAGGUCUCGCUGUGUUACCCUGGCUGGAGUGCAGUGGCUACUUACAGGCAUGAUCAUAGCAUACUGCAGCCUCGAACUCCUGGACUAGAGCAGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUGCAGACACGCACCACAGAGCCCAGCCUGAGUCAUUUUGAUUCUGUAACUGGCUUCCUCUCGGCGGGCAGGCUCACACCCUCCACCCCCAGCUGGAGAUGGAAGGAGGAUGCUCACCGCCCAUUCCUCAUGCAGGCCAUCGAUGGAAAUGUCAGACAGUGCGAGUCCACGCCUGAACACUUCUGGGGUCCGCUCUGGGACUGACACUGGCAGAUCCAUCGGUGAGCUCCCGCCUGCCACCUCUGGGCCUGCAUUGCGGUGAUAGGGCCAAGGGCCUGGGCCUUCAAUUCUCCAGACUUGCCAAAAUGCUCAGCGCAGGCCUCGUCGGCAACUGCAGACAAGCAGAGGCAGCACCUGGGCUCUGCCUGUGCCUGGCACAGUGAAGCGAGGGUGGGGGCAGGAAUGAGGGUCCUCUCCAUGCAAGGGGGGAAGAUAGAAGAACAAAAUUUCACCCUAAUGUAGUGUCUUUAGACCGUGCAAUGUUGUGCUCCUGUUAGUCUGAUAUCAGGGGCUUGCAGCCUGGCAAAGGAAAAAAAACAGGCUGAGGCACAUGAUAGAAGACAGGCAGGGAUGCCACAAUCAUAACCAUGGCAAAGACCAGGAUCAGAAAGGCCCACCAUCUCUGACCCCAAAUCCCUGGGCAGAUGGUUCCAGAACUCAGAAUUUUCCCAGUUGUAGAAAGAUGGGGCCAGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCAUUUUGGGAGUACAAGGUGGGCGGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAUGCCGUUCCAUUGUUUGCUGACUUUCAUUGAUUCUAUGAGAAGUCUGCAGUCUUUUGCAGCGUUGUUUUCCUAUGUAUAAUUGUCUCCUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1200.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1243.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 604.43

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((((((.((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))).)..((((((.((.((.((((((((.(.((...........)).).)))))))).)))).)))).)).....((...((((((....))))))))((((((((.(((((....((((((...((((((..((((((((.((((((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))))))..))))))))..)))))).(((...(.((((......)))).)...)))((((((..................)))))).(((((.((.....))))))).......))))))..((((((((((.((......(((((............))))))).)))))....))))))))))))))))))..)))))).)).))).((((((....(((....((((.(((((.((((........)))).(((.(((((......(((((((((((((..((((((....((((((((((..(((.(((((..(..(((((..(((((..(...((..((((((......(((((....(((((((.....)))))))..)))))...))))))..)).)..)))))..)))))..))))))..(((((((.(((........).)).))))))).......))).))))......(((((((((((((((((((((((((.......((((((.....(((((((.((((.((((((..(((((((.((((((((((((((((((.((....)))))).))))))(((.......)))...)))))))))))).....(((((.(((...............))))))))(((((((((((((((((..((((((....))).))).)))..))))..)))).)))))).)))))))))..)))).......(((..(((((.....)))))..)))...))))))).)))))))))))....)))))))))))((((((((...))))))))...(((((((((...((((((((((....(((.(((((((..((((((((....(((.(((((((..((((...((((((..(....)..))))))...((((..(((((....))))).))))......................................((((((..................))))))))))..))))).))..))).)))).))))))))))))))(((....)))....((((.((......)).))))..))))))))))))))))))).....(((((..((((((((......(((....)))......))))))))....(((.((((......)))).)))))))).......)))))))))..)))))))))..)))..))))))))).)))).....((((....))))((((......))))......((((((......))))))((((..........((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((.(((((.(((.((((((((((((((..(((((..((((.(((((((......))).))((((((.......(((((........)).))).((((((.((((((.(.((((((........)))))).).)))))))))).)))))))).((((((((((((((....((....))....)))).)))))))..)))(((((.((.......)).)))))...))))))..))))).)))))((((((.(((.............)))..))))))..((((((...))))))..))))))))).))).))))))))).......(((((((.........(((((((..(((((.....((((...(((((((((.((((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(((...))).)).))..))))..).))))...))))))..))))))((((.((........))))))....)))))))).)).)).))).))))...)))).....)))))...)))))))((((((((....((.(((.((((((((.(((.((..((((......))))..)).).))..)))).))))))).)).))))).))).....)))))))((((((((.(((.(((((.(((((.((((..((((..((((...........))))..))))..))))(.((((((.(.(((((..((((((((((((((((.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).)))))))..).))))).)))...))))))))))))).)))...))..)))))..))).)))).)))).....(((((.(..((..(((.(.((((..((....))..)))).).)))..))..).))))).)).))))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))).))).)))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))....))))).))).(((((((((.......))))).))))(((((....)))))))))).))))...)))...)))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,{,((((((((,,((((((.(((((((.(((.....))).))))))).)))))){({,(((({(.((.,{.((((((((.(.((,........,.)).).)))))))).||}|.}}}}.}},,,,,((...((((((....)))))),,{||((({(,(((((..,.((((((...((((((..((((((((,((({((((((....)))))).(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))})))..))))))))..)))))){(((...{.((((......)))).}...)))|,{(((,,...........,,,,.}}||||.(((((.((.....))))))).}}},..)))))),{(({((({{{{}||..,,,,|{|||}}},..,,..,,}}}}}}},}}||||{|,}}|||||}}|||||||||..,,,,)}.,)})))}|,{|||,...{,,.........|{{((,((((........}}||,|,.,}},,}}}},,.(((((((((((((..((({{(....((((((((((..(((.((((,.{(..(((((..(((((..,...((..((((((......(((((....(((((((.....)))))))..)))))...))))))..)).,..)))))..)))))..))))))..(((((((.(((........).)).))))))).......))).))))......(((((((((((((((((((({(({{......,((((({.....(((((({.{(({.((((((..(((((((.(((((((((((((({{{{,((....})))}},))))))(((.......)))...})))))))))))....{(((((.(((...............))))))))|((((((((((((({((..((((((....))).))).))}..))))..)))).)))))}.))))))))).,}})},,,..,.(((..(((((.....)))))..))).,,))))))).))))))))))),,..)))))))))))((((((((...))))))))...(((((((((...((((((((((.{..(((.(((((((..((((((((....(((.(((((((..((((...((((((..(....)..)))))),,,((((.,((({(....))))}.)))}.,},..................................((((({..................})))))))))..))))).))..))).)))).)))))))))))))){{|,...}}|....|||{.{{|.,,||,}.))))},)))))))))))))))))))..{,,{({{(..((((((((......(((....)))......))))))))....{((.((((......)))).)))})))),......)))))))))..))))))}})..)))..)))))))))}}))).....{(((....)))|((((......))))}.....((((((.,....))))))}})},,,.......,,,,,..((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((((((((((((((((.((((((..((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((({.(((((.(((.((((((((((((((..(((((..((((.({(((((......))).)){{{{{{.....,,{((((,{{{{,.,||,|||.(((((,{((((((.(.((((((........)))))).).)))))))))).))))}))){({((((((((((((....((....))....)))).)))))))..},,{{{||,|{...,}}})),)))))...})))))..))))).)))))((((((.(((,......,,....,,,.,))))))..((((({...})))))..))))))))).))).)))))}|||,,{({{.,.{(((((({{{,,..{{{{{{{,,({{((.,,,.((((...(((((({((.{(((((((((...((((((..((((((.((((.(((((..((.((.(({...})).)).))..))))..).))))...))))))..))))))|||(.((........)))))}...,))))))))||}.)).}}}.))))...}))),}.,,}}|}|...|}}}}}},(((((({....((.(((.((((((((.({{.((..((((......))))..)).}.,,,.)))).))))))),)).})))).}}}...},}})))))}))},,||,.}}}}|||||{{{{{.{{{{.|{{|||{{...............}))).))))..)))}{.((((((.(.(((((..((((((((((((((({.((((..(((((...((((.(((((((...............)))))))))))...)))))..)))).}))))))..),})))).)))...))))))))))))},}},,,.,,..|||||,{{{|,{|{{.,(({{......})))}))}|||{((.(.{{{(..{(....}}..)))).).))....}}))))),}}})).))))))))))))))))))))))))))))))))))..)))))).)))}}))))))))))))).))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).,}},}}}}},,},..,.,(((.(((((((((.......)))))))))).)))}.,..})))})}}}}.,,,,...,))}},)),,,,.........