Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC01541:1
Sequence Length
2718 nt
GC Content
0.3631
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-654.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -713.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 676.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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