Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC02139:9
Sequence Length
2005 nt
GC Content
0.5012
GGGAGGAGCAGCCCAUUUCCAAGCCGGGAUGCAGUUCCAGGGCAGGCAGUAGAGGCCCAGGUGCAACCCCCAGCCCAGGAGGAGACUUGACUCGCCUGAGGUCAGCUGGAGCCAGGAACACCUUUGUGCAACAGCUGCCGUGGCCCAUCUGUGAGAGACACGUGGACCCCGUGCCUCGAAACAGGCAGUGUUGUAAGCACGGGGACAGAGACGUACGUGAGCAGAUGGAACCCCCGAAGACCUGCAGCUGUCAUCCUGGGACUGUGUGCCCGGCACUGUGCUAAAUGCUCCCUGGGGCAUCUCGUGUAACCUUUGCAGGAACCCUAAAAACGACGAUCAGAUUAGCCUCCUCCUCUUGAAAAUGGAGACAAAAUUCAAAUAACAUAAACUUCACCACUUUAACCAUUUUAUUUUAUUUACAUAUUUUUUUUGAGACAGAGUCUCGCUCUGUUGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUGUAGGCUCUCUGCAACCUGGGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUGUCUCAGCCUCCCGCGCAGCUGGGACUGCAGGGGUGUUCCACCACACCCAGCCAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCCACAUGUUGGCCAGGAUGGUUUCGGUCUCUUGACCUCAUGAUCUGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCUGGCCCACUUUAACUAUUUUAAAGGGUACAAUUCAGUGGCGUUCAGUGCAGUCAUGAGGUUGUGCAGCCACCACCUGUAUCUCAUUUCAGAAUAUGCCCAUCACUCCAAAAGGAAAACCCUAUCCCCACGAUCCGUGGUUCCCCAGCCCCCUGGCCCCCAGCCCUAAGCAGCCACUAAGCUGCCUUCUGUCUCUACGGAUUGCCGGUUUUGGGUAUUUCAUGUCGAUGGGAUCAGUGUGUGGCCUUGUGUCUGGCUUCUGUCUCCAGGCAUAUGUUGUCAAGGGCUAUCAUUCCUUUUCUUGGCCAAAUAAUGCUCCAUGUUGUGGACACAUCGUAUUUUGUUUAUCCGUUCACCUGCUGAUGCAUGCCAGAUGGUUGUUUCCAACUUUUUAAUUCCCAUUAUAAAGAUAAGGAAACUGGCCAGGUGCGGUGGCUCAAGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGUGCAUCACCUGAGGUCGGGAGUUUGAGACCAGUCUGACCCACACAGCGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUCAGCUGGGCGUGGUGGUGUGAGCCUGUAAUCCCAGCUACUCAGAAGGCUGAGGCAUGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGCGAAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCGCGCCACUGCGCUUCAGCCUGGGAGACAGAGACUCUGUCUCUAAAUAAAUAAAUAAACAAACAAAUAAAUAAAUGUAAACUGAGGCUAAACCGCUCCACUCAGGGUCAACACCUGCCCUGUGACCCAGCAGUUCCACUUUUCGGUAUUUAUCUAGGAGAAAUGAGAACACAUGUCCACACAAAGACCUGUGCACAAAUGUUCACAGCAUCUUUCUCUGUAAUAACUUCGAGCUGGCAACGAUCCAAAUAUCCAUCCACAGGAGCUGGGUAAACAAACCGUGGUGUCAUCCUGGAGUGGGACGCUCCUCAUCAGGAAAGAGGAAAGAAUGACCCAUGCACGCAGCAGCUUGGAAGAGUCUCAAAAACAAGAUGCCAAUGAAGGAAGCCAGGCACGGGACUGCAACUGUAAGCUGUGACUCUGUGUGACUCCAGCGGUACGAACUUCCAGGAAAAGCAAAAAUAUGGGACAGAGUAUCCACAAGUGGCAUUCAGGGACUGGAGUGGGAACUGGCAGGGAAAGGGGAAAUGUAUUGAUUAUUUCGAUUGCAGUGGUGGGGAGGAGGGUGGACACCUGUGCCAAACUCACUUAAAACGGAUGUAUUUUAUUGUAUAAAUUAUGCCUCAAUGAAAUCCAUUCAUAAAAAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-859.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -891.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 394.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((........)))........(((.(((......)))..)))((..(((...(((.(((((((.((((((..((((.(((.........)))(((...((.((((((..((((((......)))).))..))))))))..)))((((((((..(.(..((((...((((((((.....((((.....))))....))))))))......)))).).)..))))))))...((((.....(((((..(((((.((((((((...(((((((((..(((((((....(((.(((..((((((((.(((((...))))).)).....................((((((((((((..........)))).........((((((.(((((..................))))).))))))...(((((.(((.(((((((((((((....((((.(((((((((((((((((((((((((.(.(((((.(((((((((..((((((((((((((((..(((((((((((((((.(.(.(.((((((((.((((((......(((((((.((((((...((((((((((((((((((((((.(((((((....(((.((.((((.(((((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..((((((.....)))))).((((((((..(((((((.....)).)))))..)))))))).((((((((.((.((((((((.(((((.(((((((..(((.....(((.....))).......((((((((((.....(((....((((...))))......(((((......)))))...)))...))))))))))..)))..)))))))))).))..))))))))))))).)))))..(((((((((.........)))))))))..........(((((.............))))).....((((..((.((.(((((((((........)))......))))))..))))..))))(((....))).((((((..((((.((((....)))).))))....)))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))..)))))))))))).))))))))).)))).)).)))....))))))).))))))))))))))))))))))....)))))).)))))))......)))))).)))))))).).).).))))))))))...)))))..))))))))))))))))..))))))))).))))).).)))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))).))).)))))..............................))))))))..((.((((((((((((..(((((((...(((.(((((((.((((((...(((((...((((...(((((((((.(((((..(((.((((........)))).)))..))))).)).....)))))))...))))..))))).))).)))..........(((.......))))))))))..)))...)).))))).))))).))))))).)).(((((.........))))).(((.....(((.((........)).))).....))).........)))))).....))).)))..)))))))..))).........((((.((.((.....)).))))))))))))...))))))))....((......)).)))))(((.(((((........(((((...)))))))))).))).)))))....))))...((((((((.....)))).))))....))))..)).)))).).)))))).)))..)))..))......(((((.(((((((((..............))))))))).)))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({({({{(,{.{,.......((((((((((((((((((((..((((((.,{(({,{,(({{{..,{.,,.|||{,||.,{{{......))){||}}.((.((((((..((((((....,,}})).))..)))))))),.||,((((((((..(.{..((((...((((((((.....((((.....))))....))))))))......)))).}.)..))))))))...},.,.....})).}.)))))).)))))))))))))).))))))..}}.}},...)}))))}(((((,,,.((.(((({...})))).)).}}}},...........,.,.,{(.(((((((({,{({{,..{{,,,.},...}}}}}.............(((((({.,...{,,{(({{(({,((((..(((((.(({.((((((((((({,..{(((((.(((((((((((((((((((((((((.{.(((((.(((((((((..((((((((((((((((..(((((((((((((((.(.(.(.((((((((.((((((......(((((((.((((((..{((((((((((((((((((((((.(((((((....(((.((.((({.(((((((({.((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((..((((((.....)))))).((((((((..(((((((.....)).)))))..)))))))).(((((((((((.((((((((.(((((.(((((((..,,{,,...,|||....,,,...,,..((((((((((.....(((....||||,...,,},.....(((((......)))))...}})...))))))))))..))}..)))))))})).))..))))))))))),),)))))..(((((((((,....,...))))))))).|..{{{{{{((,,,..........,}})))),.....((((..((.((.(((((({((........))}......))))))..))))..))))|{{.,..))}.((((((..((((.((({....}))).))))....)))))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))..)))))))))))).})))))))).}))).)).)))....))))))).)))))))))))))))))))))),}..)))))).)))))))......)))))).)))))))).).).).))))))))))}..}))))..))))))))))))))))..))))))))).))))).}.))))))))))))))))))))))))).,))))))))))))))))).})).)))))..))}}......,,}}}}.,,,,},...,{|||{{|,..{{{|{{{{|,((((({.....,,,}||||}..{((({((,((((((,..(((((...((((...(((((((((.(((((..(((.((((........)))).)))..))))).}}...,,)))))))...)))}..})))}.|||.}}}...,,....,{((.,,,...)))}}))))).......{(,((({((((({(((({({(((.,,.|||{|.,,,,,...}}}}}.....}},)))|||({{(({(({{((((,{.{((((((........|.((((..,,..,.....},))))})))))).,...}.)}}}))),,..,|}}}}))}}))))},{{{{{....|{((|,,.....,.......))))}....})}))}....})))))}})}.)),,)))))))),,,})))).))}..,)))},,,{({{{{{{.....))))}})))))))))))))))))).}||.|..}}}}.)}...,,,.,,......(((((.(((((((((,,,,....,}},..))))))))).)))))..........
Back