Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LINC02328:58
Sequence Length
1760 nt
GC Content
0.3278
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-423.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -459.7
Frequency: 0.0000
Diversity: 395.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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