Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
LY6E-DT:32
Sequence Length
1436 nt
GC Content
0.4805
GGCUCCUUGGGAUAGAUGGGGAAGCUGAGGCCCAGAAGGGGGCUGAGACCACCUCCCAGUUUCCCCAGUGAGGUGGCGCCUGAGCCACGGCCAGGCCCGGCCUCCUUCCACCCGGCCCUGCUGUGCGCGCGGCGGGUGCUGACCUGGCGAGGCCGGACAGGGGACCAGGUCGGGGUGACCGUCACUGACACCUGGACAGUCCUCGUUGUGUUCGGGGUGGGAAGCCCACGGGGAAGAGUGUAUCACAGCCAUUGGGAACUUUCUUCACCCAUCAAAGCCUCAGGGCUGAAGCAUCCUGAACAAGAACUCAGGAGAGUGAAAGAAACAGUUACCUGUCGGCUGCAGCUGGUACCAGCUCCCCACCCCGUACAGAGACCGAAGCGUCCUCUCUCUCCCCAUCACCCAGCACCAGACUCUGCCCCGCGACCUCAGCCUGCACCUGCUUCCUGGCUCCAUCCAGCCUUCCAGCCUCACUAGAUCAUCAUGGGCCACUGGCCAACACACAGGGCAGUGCCGAGCCCAGGCCGUGGUCACACAUGGCUGGGUUAGUAGCUGAAAACAUUGUUUUUCACUGGCCUCACAGUAAUGGCACCUGCCCCCAUUUUCUGUGAUUGAAUUUUUGGAUCCUGCUACCAGGUUAUGAUAGAUUUUAUGGUAUGUCUCAAGAUAUUGAGAUAAAGGUAAUAAAACAGCUAUAAAGUCCUGGCUCAAGAAGUGUUACAAACCCAAGCAGGGUAAAUACAAGAAAACUGCACCCAGACACAACAUAGUAAAAUUGCUGAAAACCAAAGAUGAAUAGAACACUUAACAGUUGGAGGAAAAAAGCCACAUUACCUUCAUAAGGACACCAAUCACACUAACAUCUGACUUCGAAAUAGAAAUAUAAAAGCCAAACUACAAGGGAAUGUGAUCUUCAAAAUAUUGAAAGAAUUUAAUUGUUAAGUGAAAUAAUUAACUGCCAACCUAAAUUCUAUUCCUAGUGGAAAUACUCUCCAAGAAUAAAGGUGAAAUAAAUACAGACUCACACAAGAGAAAUCAAGAGCGUUCUUCCUCAGGAGACAUGAGCUGAUUGGUAUAGAAGAGGUGUUUGAAACGUCCUUAGAGGGAGGGCUAGAGACACAGGGAGGAGAAACCUUCAGAACACACCUUCCAUUGAGGGCCAAAAAAGUCAACUAUCGAUUCUUUGAAAGUGCCCCAAACUCGUAAAUCUCUGGUGAUGCUGACCAAAAAAACAAUGAAGGAAGGCACCCUGUGAUGGGGAAGGAAAAGGGGAGAUUGCUGGAGAUCUGUGGAUAUUAAAAAUAGGCACAUAUACACUAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAAGGAUGAGUUCAUGUCCUUUGUAGUGACAUGGAUGAAGCUGAAAACCAUCAUUCUGAGCAAACUUUCGCAAGGACAGAAAACCAAACACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-443 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -470.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 340.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((((...((((((((..((.((.(((.....))).)).)).(((((((.(..........).))))))).(((((.((....)))))))((((((((...(((..((((((((((((....)))))))).))))...))).))))))))(((((((((...(((.(((((...........))))).))).))))))..)))((.(((((((((...(((...)))..(((((((((((((((((.((..(((((((((((.(.....((((....))))......((((((........))))))).))).)))))..)))..)).)).)))))....))))))..))))))))))))).))((((((......)).))))...)))))))).))))(((........))).((((((.((((((((.(.(((..(((((..(((((((((((((((((((.((((((((.....(((((((...))))........((((((((((.(((((((.(((((......)))))))))))).......(((((......)))))((((......))))...)))).)))))).....((((((......((((((((..((((....))))........(((((((((((.((((((((....))))))))...((......)).)))))))))))((((....((...(((.....((((.....))))....)))......))....))))........(((((....)))))....))))))))..))))))(((((((((((((((..........(((((..((((.....((...))...................(((......)))..................))))..))))).(((((((....))).)))).)))))))))))))))...........((((.((((..(((((........((((.......)))))))))..))))..............(((......))).(((((.(..((((((((....))))).)))..))))))))))..((((..((((((.....((((((.....))))))...........(((((.....))))).))))))..))))..(((.((((...........(((.((((....)))).))))))))))...))).....)))))))).)))..................)))))))....)).))))))).))))).)))).))...))).))).)).)))).........((((...((((.....)))).....))))..)))).....(((((((........)))))))((((((...(((......(((...........(((..((........))..))))))....)))..)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({(.,,((((...((((((((..((.((.(((.....))).)).)).(((((((.{.,........).))))))).(((((.((....)))))))((((((((...(((..((((((((((((....)))))))).))))...))).)))))))),{.((((((...(((.(((((........,,.))))).))).))))))..|,|((.(((((((((...(((...)))..((({(((((((((((,,.(({{(((((((((((.,.....((((....))))......((((((........))))))}.)))}}})))..)))}.)),},.)))))....)))))),.)))}))))))))).))|((((,.,....}}},)))},.)))))))).))))|{,......,,|||{({((((.(((((({{.(.(((..(((((..(((((((((((((((((((.((((((((......{{((((..,|}||........((((((((((.(((((({{(((((......))))))))))))......,(((((,...,,)))))|(((......)))}..|)))),,))))).,,,,,{||||},.,..(((((((({{((((({.,|{((,,.,,{{,({((((((({(.((((((((....))))))))...,,.,,,..},.}))))}}}}})||||,.......,||||....|||,.}}}})))).............{|{....}})........{((({....))))}....}))}}))),,,||,,.(((((((((((((((..........(((((,.((((.....((...,,...,...........,,..{((......))}..................}))).,))))).(((((({....}))))})).)))))))))))))))...........,{,{.{(((..{((((.,,|,...{|||.......}}},)))))..)))),.............(((......))).{(((,,(..((((((((....))))).)))..))))))}}}|,,{{{|.|((({((,....((((((,,.||||||}}..........,(((((.....))))).,..,.,.)))))).|||,||||........,,.{{{.|{{{,,.,))}}.})))))}}},...,,,.....)))))))).))),.................)))))))....)).))))))).))))).,))).})...)))}}}).}},|||}.,,,.....|||{.},||,{.....||||,....,}}},.}}))......,((((({,{{{{{{|||||,,,,||,|}}}}||||.....,,.......))}}}}|,,{|......,,))..)),}}},...,,...,,,}},.
Back