Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:10
Sequence Length
6084 nt
GC Content
0.3902
AACCUAUUUUUAACCGAAGAACUACUUUUUGCCUCCCUCACAAAGGCGGCGGAAGGUGAUCGAAUUCCGGUGAUGCGAGUUGUUCUCCGUCUAUAAAUACGCCUCGCCCGAGCUGUGCGGUAGGCAUUGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCUUCUGCUGAGGGGGCAGGCGGAGCUUGAGGAAACCGCAGAUAAGUUUUUUUCUCUUUGAAAGAUAGAGAUUAAUACAACUACUUAAAAAAUAUAGUCAAUAGGUUACUAAGAUAUUGCUUAGCGUUAAGUUUUUAACGUAAUUUUAAUAGCUUAAGAUUUUAAGAGAAAAUAUGAAGACUUAGAAGAGUAGCAUGAGGAAGGAAAAGAUAAAAGGUUUCUAAAACAUGACGGAGGUUGAGAUGAAGCUUCUUCAUGGAGUAAAAAAUGUAUUUAAAAGAAAAUUGAGAGAAAGGACUACAGAGCCCCGAAUUAAUACCAAUAGAAGGGCAAUGCUUUUAGAUUAAAAUGAAGGUGACUUAAACAGCUUAAAGUUUAGUUUAAAAGUUGUAGGUGAUUAAAAUAAUUUGAAGGCGAUCUUUUAAAAAGAGAUUAAACCGAAGGUGAUUAAAAGACCUUGAAAUCCAUGACGCAGGGAGAAUUGCGUCAUUUAAAGCCUAGUUAACGCAUUUACUAAACGCAGACGAAAAUGGAAAGAUUAAUUGGGAGUGGUAGGAUGAAACAAUUUGGAGAAGAUAGAAGUUUGAAGUGGAAAACUGGAAGACAGAAGUACGGGAAGGCGAAGAAAAGAAUAGAGAAGAUAGGGAAAUUAGAAGAUAAAAACAUACUUUUAGAAGAAAAAAGAUAAAUUUAAACCUGAAAAGUAGGAAGCAGAAGAAAAAAGACAAGCUAGGAAACAAAAAGCUAAGGGCAAAAUGUACAAACUUAGAAGAAAAUUGGAAGAUAGAAACAAGAUAGAAAAUGAAAAUAUUGUCAAGAGUUUCAGAUAGAAAAUGAAAAACAAGCUAAGACAAGUAUUGGAGAAGUAUAGAAGAUAGAAAAAUAUAAAGCCAAAAAUUGGAUAAAAUAGCACUGAAAAAAUGAGGAAAUUAUUGGUAACCAAUUUAUUUUAAAAGCCCAUCAAUUUAAUUUCUGGUGGUGCAGAAGUUAGAAGGUAAAGCUUGAGAAGAUGAGGGUGUUUACGUAGACCAGAACCAAUUUAGAAGAAUACUUGAAGCUAGAAGGGGAAGUUGGUUAAAAAUCACAUCAAAAAGCUACUAAAAGGACUGGUGUAAUUUAAAAAAAACUAAGGCAGAAGGCUUUUGGAAGAGUUAGAAGAAUUUGGAAGGCCUUAAAUAUAGUAGCUUAGUUUGAAAAAUGUGAAGGACUUUCGUAACGGAAGUAAUUCAAGAUCAAGAGUAAUUACCAACUUAAUGUUUUUGCAUUGGACUUUGAGUUAAGAUUAUUUUUUAAAUCCUGAGGACUAGCAUUAAUUGACAGCUGACCCAGGUGCUACACAGAAGUGGAUUCAGUGAAUCUAGGAAGACAGCAGCAGACAGGAUUCCAGGAACCAGUGUUUGAUGAAGCUAGGACUGAGGAGCAAGCGAGCAAGCAGCAGUUCGUGGUGAAGAUAGGAAAAGAGUCCAGGAGCCAGUGCGAUUUGGUGAAGGAAGCUAGGAAGAAGGAAGGAGCGCUAACGAUUUGGUGGUGAAGCUAGGAAAAAGGAUUCCAGGAAGGAGCGAGUGCAAUUUGGUGAUGAAGGUAGCAGGCGGCUUGGCUUGGCAACCACACGGAGGAGGCGAGCAGGCGUUGUGCGUAGAGGAUCCUAGACCAGCAUGCCAGUGUGCCAAGGCCACAGGGAAAGCGAGUGGUUGGUAAAAAUCCGUGAGGUCGGCAAUAUGUUGUUUUUCUGGAACUUACUUAUGGUAACCUUUUAUUUAUUUUCUAAUAUAAUGGGGGAGUUUCGUACUGAGGUGUAAAGGGAUUUAUAUGGGGACGUAGGCCGAUUUCCGGGUGUUGUAGGUUUCUCUUUUUCAGGCUUAUACUCAUGAAUCUUGUCUGAAGCUUUUGAGGGCAGACUGCCAAGUCCUGGAGAAAUAGUAGAUGGCAAGUUUGUGGGUUUUUUUUUUUUACACGAAUUUGAGGAAAACCAAAUGAAUUUGAUAGCCAAAUUGAGACAAUUUCAGCAAAUCUGUAAGCAGUUUGUAUGUUUAGUUGGGGUAAUGAAGUAUUUCAGUUUUGUGAAUAGAUGACCUGUUUUUACUUCCUCACCCUGAAUUCGUUUUGUAAAUGUAGAGUUUGGAUGUGUAACUGAGGCGGGGGGGAGUUUUCAGUAUUUUUUUUUGUGGGGGUGGGGGCAAAAUAUGUUUUCAGUUCUUUUUCCCUUAGGUCUGUCUAGAAUCCUAAAGGCAAAUGACUCAAGGUGUAACAGAAAACAAGAAAAUCCAAUAUCAGGAUAAUCAGACCACCACAGGUUUACAGUUUAUAGAAACUAGAGCAGUUCUCACGUUGAGGUCUGUGGAAGAGAUGUCCAUUGGAGAAAUGGCUGGUAGUUACUCUUUUUUCCCCCCACCCCCUUAAUCAGACUUUAAAAGUGCUUAACCCCUUAAACUUGUUAUUUUUUACUUGAAGCAUUUUGGGAUGGUCUUAACAGGGAAGAGAGAGGGUGGGGGAGAAAAUGUUUUUUUCUAAGAUUUUCCACAGAUGCUAUAGUACUAUUGACAAACUGGGUUAGAGAAGGAGUGUACCGCUGUGCUGUUGGCACGAACACCUUCAGGGACUGGAGCUGCUUUUAUCCUUGGAAGAGUAUUCCCAGUUGAAGCUGAAAAGUACAGCACAGUGCAGCUUUGGUUCAUAUUCAGUCAUCUCAGGAGAACUUCAGAAGAGCUUGAGUAGGCCAAAUGUUGAAGUUAAGUUUUCCAAUAAUGUGACUUCUUAAAAGUUUUAUUAAAGGGGAGGGGCAAAUAUUGGCAAUUAGUUGGCAGUGGCCUGUUACGGUUGGGAUUGGUGGGGUGGGUUUAGGUAAUUGUUUAGUUUAUGAUUGCAGAUAAACUCAUGCCAGAGAACUUAAAGUCUUAGAAUGGAAAAAGUAAAGAAAUAUCAACUUCCAAGUUGGCAAGUAACUCCCAAUGAUUUAGUUUUUUUCCCCCCAGUUUGAAUUGGGAAGCUGGGGGAAGUUAAAUAUGAGCCACUGGGUGUACCAGUGCAUUAAUUUGGGCAAGGAAAGUGUCAUAAUUUGAUACUGUAUCUGUUUUCCUUCAAAGUAUAGAGCUUUUGGGGAAGGAAAGUAUUGAACUGGGGGUUGGUCUGGCCUACUGGGCUGACAUUAACUACAAUUAUGGGAAAUGCAAAAGUUGUUUGGAUAUGGUAGUGUGUGGUUCUCUUUUGGAAUUUUUUUCAGGUGAUUUAAUAAUAAUUUAAAACUACUAUAGAAACUGCAGAGCAAAGGAAGUGGCUUAAUGAUCCUGAAGGGAUUUCUUCUGAUGGUAGCUUUUGUAUUAUCAAACAGGUAUCUCUUCGUUAUCAGAAGAGUUGCUUCAUUUCAUCUGGGAGCAGAAAACAGCAGGCAGCUGUUAACAGAUAAGUUUAACUUGCAUCUGCAGUAUUGCAUGUUAGGGAUAAGUGCUUAUUUUUAAGAGCUGUGGAGUUCUUAAAUAUCAACCAUGGCACUUUCUCCUGACCCCUUCCCUAGGGGAUUUCAGGAUUGAGAAAUUUUUCCAUCGAGCCUUUUUAAAAUUGUAGGACUUGUUCCUGUGGGCUUCAGUGAUGGGAUAGUACACUUCACUCAGAGGCAUUUGCAUCUUUAAAUAAUUUCUUAAAAGCCUCUAAAGUGAUCAGUGCCUUGAUGCCAACUAAGGAAAUUUGUUUAGCAUUGAAUCUCUGAAGGCUCUAUGAAAGGAAUAGCAUGAUGUGCUGUUAGAAUCAGAUGUUACUGCUAAAAUUUACAUGUUGUGAUGUAAAUUGUGUAGAAAACCAUUAAAUCAUUCAAAAUAAUAAACUAUUUUUAUUAGAGAAUGUAUACUUUUAGAAAGCUGUCUCCUUAUUUAAAUAAAAUAGUGUUUGUCUGUAGUUCAGUGUUGGGGCAAUCUUGGGGGGGAUUCUUCUCUAAUCUUUCAGAAACUUUGUCUGCGAACACUCUUUAAUGGACCAGAUCAGGAUUUGAGCGGAAGAACGAAUGUAACUUUAAGGCAGGAAAGACAAAUUUUAUUCUUCAUAAAGUGAUGAGCAUAUAAUAAUUCCAGGCACAUGGCAAUAGAGGCCCUCUAAAUAAGGAAUAAAUAACCUCUUAGACAGGUGGGAGAUUAUGAUCAGAGUAAAAGGUAAUUACACAUUUUAUUUCCAGAAAGUCAGGGGUCUAUAAAUUGACAGUGAUUAGAGUAAUACUUUUUCACAUUUCCAAAGUUUGCAUGUUAACUUUAAAUGCUUACAAUCUUAGAGUGGUAGGCAAUGUUUUACACUAUUGACCUUAUAUAGGGAAGGGAGGGGGUGCCUGUGGGGUUUUAAAGAAUUUUCCUUUGCAGAGGCAUUUCAUCCUUCAUGAAGCCAUUCAGGAUUUUGAAUUGCAUAUGAGUGCUUGGCUCUUCCUUCUGUUCUAGUGAGUGUAUGAGACCUUGCAGUGAGUUUAUCAGCAUACUCAAAAUUUUUUUCCUGGAAUUUGGAGGGAUGGGAGGAGGGGGUGGGGCUUACUUGUUGUAGCUUUUUUUUUUUUUACAGACUUCACAGAGAAUGCAGUUGUCUUGACUUCAGGUCUGUCUGUUCUGUUGGCAAGUAAAUGCAGUACUGUUCUGAUCCCGCUGCUAUUAGAAUGCAUUGUGAAACGACUGGAGUAUGAUUAAAAGUUGUGUUCCCCAAUGCUUGGAGUAGUGAUUGUUGAAGGAAAAAAUCCAGCUGAGUGAUAAAGGCUGAGUGUUGAGGAAAUUUCUGCAGUUUUAAGCAGUCGUAUUUGUGAUUGAAGCUGAGUACAUUUUGCUGGUGUAUUUUUAGGUAAAAUGCUUUUUGUUCAUUUCUGGUGGUGGGAGGGGACUGAAGCCUUUA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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1653.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1769.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 1806.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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