Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:12
Sequence Length
7276 nt
GC Content
0.3920
CUUUUUGCCUCCCUCACAAAGGCGGCGGAAGGUGAUCGAAUUCCGGUGAUGCGAGUUGUUCUCCGUCUAUAAAUACGCCUCGCCCGAGCUGUGCGGUAGGCAUUGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCUUCUGCUGAGGGGGCAGGCGGAGCUUGAGGAAACCGCAGAUAAGUUUUUUUCUCUUUGAAAGAUAGAGAUUAAUACAACUACUUAAAAAAUAUAGUCAAUAGGUUACUAAGAUAUUGCUUAGCGUUAAGUUUUUAACGUAAUUUUAAUAGCUUAAGAUUUUAAGAGAAAAUAUGAAGACUUAGAAGAGUAGCAUGAGGAAGGAAAAGAUAAAAGGUUUCUAAAACAUGACGGAGGUUGAGAUGAAGCUUCUUCAUGGAGUAAAAAAUGUAUUUAAAAGAAAAUUGAGAGAAAGGACUACAGAGCCCCGAAUUAAUACCAAUAGAAGGGCAAUGCUUUUAGAUUAAAAUGAAGGUGACUUAAACAGCUUAAAGUUUAGUUUAAAAGUUGUAGGUGAUUAAAAUAAUUUGAAGGCGAUCUUUUAAAAAGAGAUUAAACCGAAGGUGAUUAAAAGACCUUGAAAUCCAUGACGCAGGGAGAAUUGCGUCAUUUAAAGCCUAGUUAACGCAUUUACUAAACGCAGACGAAAAUGGAAAGAUUAAUUGGGAGUGGUAGGAUGAAACAAUUUGGAGAAGAUAGAAGUUUGAAGUGGAAAACUGGAAGACAGAAGUACGGGAAGGCGAAGAAAAGAAUAGAGAAGAUAGGGAAAUUAGAAGAUAAAAACAUACUUUUAGAAGAAAAAAGAUAAAUUUAAACCUGAAAAGUAGGAAGCAGAAGAAAAAAGACAAGCUAGGAAACAAAAAGCUAAGGGCAAAAUGUACAAACUUAGAAGAAAAUUGGAAGAUAGAAACAAGAUAGAAAAUGAAAAUAUUGUCAAGAGUUUCAGAUAGAAAAUGAAAAACAAGCUAAGACAAGUAUUGGAGAAGUAUAGAAGAUAGAAAAAUAUAAAGCCAAAAAUUGGAUAAAAUAGCACUGAAAAAAUGAGGAAAUUAUUGGUAACCAAUUUAUUUUAAAAGCCCAUCAAUUUAAUUUCUGGUGGUGCAGAAGUUAGAAGGUAAAGCUUGAGAAGAUGAGGGUGUUUACGUAGACCAGAACCAAUUUAGAAGAAUACUUGAAGCUAGAAGGGGAAGUUGGUUAAAAAUCACAUCAAAAAGCUACUAAAAGGACUGGUGUAAUUUAAAAAAAACUAAGGCAGAAGGCUUUUGGAAGAGUUAGAAGAAUUUGGAAGGCCUUAAAUAUAGUAGCUUAGUUUGAAAAAUGUGAAGGACUUUCGUAACGGAAGUAAUUCAAGAUCAAGAGUAAUUACCAACUUAAUGUUUUUGCAUUGGACUUUGAGUUAAGAUUAUUUUUUAAAUCCUGAGGACUAGCAUUAAUUGACAGCUGACCCAGGUGCUACACAGAAGUGGAUUCAGUGAAUCUAGGAAGACAGCAGCAGACAGGAUUCCAGGAACCAGUGUUUGAUGAAGCUAGGACUGAGGAGCAAGCGAGCAAGCAGCAGUUCGUGGUGAAGAUAGGAAAAGAGUCCAGGAGCCAGUGCGAUUUGGUGAAGGAAGCUAGGAAGAAGGAAGGAGCGCUAACGAUUUGGUGGUGAAGCUAGGAAAAAGGAUUCCAGGAAGGAGCGAGUGCAAUUUGGUGAUGAAGGUAGCAGGCGGCUUGGCUUGGCAACCACACGGAGGAGGCGAGCAGGCGUUGUGCGUAGAGGAUCCUAGACCAGCAUGCCAGUGUGCCAAGGCCACAGGGAAAGCGAGUGGUUGGUAAAAAUCCGUGAGGUCGGCAAUAUGUUGUUUUUCUGGAACUUACUUAUGGUAACCUUUUAUUUAUUUUCUAAUAUAAUGGGGGAGUUUCGUACUGAGGUGUAAAGGGAUUUAUAUGGGGACGUAGGCCGAUUUCCGGGUGUUGUAGGUUUCUCUUUUUCAGGCUUAUACUCAUGAAUCUUGUCUGAAGCUUUUGAGGGCAGACUGCCAAGUCCUGGAGAAAUAGUAGAUGGCAAGUUUGUGGGUUUUUUUUUUUUACACGAAUUUGAGGAAAACCAAAUGAAUUUGAUAGCCAAAUUGAGACAAUUUCAGCAAAUCUGUAAGCAGUUUGUAUGUUUAGUUGGGGUAAUGAAGUAUUUCAGUUUUGUGAAUAGAUGACCUGUUUUUACUUCCUCACCCUGAAUUCGUUUUGUAAAUGUAGAGUUUGGAUGUGUAACUGAGGCGGGGGGGAGUUUUCAGUAUUUUUUUUUGUGGGGGUGGGGGCAAAAUAUGUUUUCAGUUCUUUUUCCCUUAGGUCUGUCUAGAAUCCUAAAGGCAAAUGACUCAAGGUGUAACAGAAAACAAGAAAAUCCAAUAUCAGGAUAAUCAGACCACCACAGGUUUACAGUUUAUAGAAACUAGAGCAGUUCUCACGUUGAGGUCUGUGGAAGAGAUGUCCAUUGGAGAAAUGGCUGGUAGUUACUCUUUUUUCCCCCCACCCCCUUAAUCAGACUUUAAAAGUGCUUAACCCCUUAAACUUGUUAUUUUUUACUUGAAGCAUUUUGGGAUGGUCUUAACAGGGAAGAGAGAGGGUGGGGGAGAAAAUGUUUUUUUCUAAGAUUUUCCACAGAUGCUAUAGUACUAUUGACAAACUGGGUUAGAGAAGGAGUGUACCGCUGUGCUGUUGGCACGAACACCUUCAGGGACUGGAGCUGCUUUUAUCCUUGGAAGAGUAUUCCCAGUUGAAGCUGAAAAGUACAGCACAGUGCAGCUUUGGUUCAUAUUCAGUCAUCUCAGGAGAACUUCAGAAGAGCUUGAGUAGGCCAAAUGUUGAAGUUAAGUUUUCCAAUAAUGUGACUUCUUAAAAGUUUUAUUAAAGGGGAGGGGCAAAUAUUGGCAAUUAGUUGGCAGUGGCCUGUUACGGUUGGGAUUGGUGGGGUGGGUUUAGGUAAUUGUUUAGUUUAUGAUUGCAGAUAAACUCAUGCCAGAGAACUUAAAGUCUUAGAAUGGAAAAAGUAAAGAAAUAUCAACUUCCAAGUUGGCAAGUAACUCCCAAUGAUUUAGUUUUUUUCCCCCCAGUUUGAAUUGGGAAGCUGGGGGAAGUUAAAUAUGAGCCACUGGGUGUACCAGUGCAUUAAUUUGGGCAAGGAAAGUGUCAUAAUUUGAUACUGUAUCUGUUUUCCUUCAAAGUAUAGAGCUUUUGGGGAAGGAAAGUAUUGAACUGGGGGUUGGUCUGGCCUACUGGGCUGACAUUAACUACAAUUAUGGGAAAUGCAAAAGUUGUUUGGAUAUGGUAGUGUGUGGUUCUCUUUUGGAAUUUUUUUCAGGUGAUUUAAUAAUAAUUUAAAACUACUAUAGAAACUGCAGAGCAAAGGAAGUGGCUUAAUGAUCCUGAAGGGAUUUCUUCUGAUGGUAGCUUUUGUAUUAUCAAACUUUUUUCAGAUAACAUCUUCUGAGUCAUAACCAGCCUGGCAGUAUGAUGGCCUAGAUGCAGAGAAAACAGCUCCUUGGUGAAUUGAUAAGUAAAGGCAGAAAAGAUUAUAUGUCAUACCUCCAUUGGGGAAUAAGCAUAACCCUGAGAUUCUUACUACUGAUGAGAACAUUAUCUGCAUAUGCCAAAAAAUUUUAAGCAAAUGAAAGCUACCAAUUUAAAGUUACGGAAUCUACCAUUUUAAAGUUAAUUGCUUGUCAAGCUAUAACCACAAAAAUAAUGAAUUGAUGAGAAAUACAAUGAAGAGGCAAUGUCCAUCUCAAAAUACUGCUUUUACAAAAGCAGAAUAAAAGCGAAAAGAAAUGAAAAUGUUACACUACAUUAAUCCUGGAAUAAAAGAAGCCGAAAUAAAUGAGAGAUGAGUUGGGAUCAAGUGGAUUGAGGAGGCUGUGCUGUGUGCCAAUGUUUCGUUUGCCUCAGACAGGUAUCUCUUCGUUAUCAGAAGAGUUGCUUCAUUUCAUCUGGGAGCAGAAAACAGCAGGCAGCUGUUAACAGAUAAGUUUAACUUGCAUCUGCAGUAUUGCAUGUUAGGGAUAAGUGCUUAUUUUUAAGAGCUGUGGAGUUCUUAAAUAUCAACCAUGGCACUUUCUCCUGACCCCUUCCCUAGGGGAUUUCAGGAUUGAGAAAUUUUUCCAUCGAGCCUUUUUAAAAUUGUAGGACUUGUUCCUGUGGGCUUCAGUGAUGGGAUAGUACACUUCACUCAGAGGCAUUUGCAUCUUUAAAUAAUUUCUUAAAAGCCUCUAAAGUGAUCAGUGCCUUGAUGCCAACUAAGGAAAUUUGUUUAGCAUUGAAUCUCUGAAGGCUCUAUGAAAGGAAUAGCAUGAUGUGCUGUUAGAAUCAGAUGUUACUGCUAAAAUUUACAUGUUGUGAUGUAAAUUGUGUAGAAAACCAUUAAAUCAUUCAAAAUAAUAAACUAUUUUUAUUAGAGAAUGUAUACUUUUAGAAAGCUGUCUCCUUAUUUAAAUAAAAUAGUGUUUGUCUGUAGUUCAGUGUUGGGGCAAUCUUGGGGGGGAUUCUUCUCUAAUCUUUCAGAAACUUUGUCUGCGAACACUCUUUAAUGGACCAGAUCAGGAUUUGAGCGGAAGAACGAAUGUAACUUUAAGGCAGGAAAGACAAAUUUUAUUCUUCAUAAAGUGAUGAGCAUAUAAUAAUUCCAGGCACAUGGCAAUAGAGGCCCUCUAAAUAAGGAAUAAAUAACCUCUUAGACAGGUGGGAGAUUAUGAUCAGAGUAAAAGGUAAUUACACAUUUUAUUUCCAGAAAGUCAGGGGUCUAUAAAUUGACAGUGAUUAGAGUAAUACUUUUUCACAUUUCCAAAGUUUGCAUGUUAACUUUAAAUGCUUACAAUCUUAGAGUGGUAGGCAAUGUUUUACACUAUUGACCUUAUAUAGGGAAGGGAGGGGGUGCCUGUGGGGUUUUAAAGAAUUUUCCUUUGCAGAGGCAUUUCAUCCUUCAUGAAGCCAUUCAGGAUUUUGAAUUGCAUAUGAGUGCUUGGC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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1997.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2142.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 1663.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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