Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:24
Sequence Length
4735 nt
GC Content
0.3903
GGCAGCCAGCGCAGGGGCUUCUGCUGAGGGGGCAGGCGGAGCUUGAGGAAACCGCAGAUAAGUUUUUUUCUCUUUGAAAGAUAGAGAUUAAUACAACUACUUAAAAAAUAUAGUCAAUAGGUUACUAAGAUAUUGCUUAGCGUUAAGUUUUUAACGUAAUUUUAAUAGCUUAAGAUUUUAAGAGAAAAUAUGAAGACUUAGAAGAGUAGCAUGAGGAAGGAAAAGAUAAAAGGUUUCUAAAACAUGACGGAGGUUGAGAUGAAGCUUCUUCAUGGAGUAAAAAAUGUAUUUAAAAGAAAAUUGAGAGAAAGGACUACAGAGCCCCGAAUUAAUACCAAUAGAAGGGCAAUGCUUUUAGAUUAAAAUGAAGGUGACUUAAACAGCUUAAAGUUUAGUUUAAAAGUUGUAGGUGAUUAAAAUAAUUUGAAGGCGAUCUUUUAAAAAGAGAUUAAACCGAAGGUGAUUAAAAGACCUUGAAAUCCAUGACGCAGGGAGAAUUGCGUCAUUUAAAGCCUAGUUAACGCAUUUACUAAACGCAGACGAAAAUGGAAAGAUUAAUUGGGAGUGGUAGGAUGAAACAAUUUGGAGAAGAUAGAAGUUUGAAGUGGAAAACUGGAAGACAGAAGUACGGGAAGGCGAAGAAAAGAAUAGAGAAGAUAGGGAAAUUAGAAGAUAAAAACAUACUUUUAGAAGAAAAAAGAUAAAUUUAAACCUGAAAAGUAGGAAGCAGAAGAAAAAAGACAAGCUAGGAAACAAAAAGCUAAGGGCAAAAUGUACAAACUUAGAAGAAAAUUGGAAGAUAGAAACAAGAUAGAAAAUGAAAAUAUUGUCAAGAGUUUCAGAUAGAAAAUGAAAAACAAGCUAAGACAAGUAUUGGAGAAGUAUAGAAGAUAGAAAAAUAUAAAGCCAAAAAUUGGAUAAAAUAGCACUGAAAAAAUGAGGAAAUUAUUGGUAACCAAUUUAUUUUAAAAGCCCAUCAAUUUAAUUUCUGGUGGUGCAGAAGUUAGAAGGUAAAGCUUGAGAAGAUGAGGGUGUUUACGUAGACCAGAACCAAUUUAGAAGAAUACUUGAAGCUAGAAGGGGAAGUUGGUUAAAAAUCACAUCAAAAAGCUACUAAAAGGACUGGUGUAAUUUAAAAAAAACUAAGGCAGAAGGCUUUUGGAAGAGUUAGAAGAAUUUGGAAGGCCUUAAAUAUAGUAGCUUAGUUUGAAAAAUGUGAAGGACUUUCGUAACGGAAGUAAUUCAAGAUCAAGAGUAAUUACCAACUUAAUGUUUUUGCAUUGGACUUUGAGUUAAGAUUAUUUUUUAAAUCCUGAGGACUAGCAUUAAUUGACAGCUGACCCAGGUGCUACACAGAAGUGGAUUCAGUGAAUCUAGGAAGACAGCAGCAGACAGGAUUCCAGGAACCAGUGUUUGAUGAAGCUAGGACUGAGGAGCAAGCGAGCAAGCAGCAGUUCGUGGUGAAGAUAGGAAAAGAGUCCAGGAGCCAGUGCGAUUUGGUGAAGGAAGCUAGGAAGAAGGAAGGAGCGCUAACGAUUUGGUGGUGAAGCUAGGAAAAAGGAUUCCAGGAAGGAGCGAGUGCAAUUUGGUGAUGAAGGUAGCAGGCGGCUUGGCUUGGCAACCACACGGAGGAGGCGAGCAGGCGUUGUGCGUAGAGGAUCCUAGACCAGCAUGCCAGUGUGCCAAGGCCACAGGGAAAGCGAGUGGUUGGUAAAAAUCCGUGAGGUCGGCAAUAUGUUGUUUUUCUGGAACUUACUUAUGACAGGUAUCUCUUCGUUAUCAGAAGAGUUGCUUCAUUUCAUCUGGGAGCAGAAAACAGCAGGCAGCUGUUAACAGAUAAGUUUAACUUGCAUCUGCAGUAUUGCAUGUUAGGGAUAAGUGCUUAUUUUUAAGAGCUGUGGAGUUCUUAAAUAUCAACCAUGGCACUUUCUCCUGACCCCUUCCCUAGGGGAUUUCAGGAUUGAGAAAUUUUUCCAUCGAGCCUUUUUAAAAUUGUAGGACUUGUUCCUGUGGGCUUCAGUGAUGGGAUAGUACACUUCACUCAGAGGCAUUUGCAUCUUUAAAUAAUUUCUUAAAAGCCUCUAAAGUGAUCAGUGCCUUGAUGCCAACUAAGGAAAUUUGUUUAGCAUUGAAUCUCUGAAGGCUCUAUGAAAGGAAUAGCAUGAUGUGCUGUUAGAAUCAGAUGUUACUGCUAAAAUUUACAUGUUGUGAUGUAAAUUGUGUAGAAAACCAUUAAAUCAUUCAAAAUAAUAAACUAUUUUUAUUAGAGAAUGUAUACUUUUAGAAAGCUGUCUCCUUAUUUAAAUAAAAUAGUGUUUGUCUGUAGUUCAGUGUUGGGGCAAUCUUGGGGGGGAUUCUUCUCUAAUCUUUCAGAAACUUUGUCUGCGAACACUCUUUAAUGGACCAGAUCAGGAUUUGAGCGGAAGAACGAAUGUAACUUUAAGGCAGGAAAGACAAAUUUUAUUCUUCAUAAAGUGAUGAGCAUAUAAUAAUUCCAGGCACAUGGCAAUAGAGGCCCUCUAAAUAAGGAAUAAAUAACCUCUUAGACAGGUGGGAGAUUAUGAUCAGAGUAAAAGGUAAUUACACAUUUUAUUUCCAGAAAGUCAGGGGUCUAUAAAUUGACAGUGAUUAGAGUAAUACUUUUUCACAUUUCCAAAGUUUGCAUGUUAACUUUAAAUGCUUACAAUCUUAGAGUGGUAGGCAAUGUUUUACACUAUUGACCUUAUAUAGGGAAGGGAGGGGGUGCCUGUGGGGUUUUAAAGAAUUUUCCUUUGCAGAGGCAUUUCAUCCUUCAUGAAGCCAUUCAGGAUUUUGAAUUGCAUAUGAGUGCUUGGCUCUUCCUUCUGUUCUAACUUCACAGAGAAUGCAGUUGUCUUGACUUCAGAUGCAACCUUAAAAUCAGUGACAAGAAACAUUCCAAACAAGCAACAGUCUUCAAGAAAUUAAACUGGCAAGUGGAAAUGUUUAAACAGUUCAGUGAUCUUUAGUGCAUUGUUUAUGUGUGGGUUUCUCUCUCCCCUCCCUUGGUCUUAAUUCUUACAUGCAGGAACACUCAGCAGACACACGUAUGCGAAGGGCCAGAGAAGCCAGACCCAGUAAGAAAAAAUAGCCUAUUUACUUUAAAUAAACCAAACAUUCCAUUUUAAAUGUGGGGAUUGGGAACCACUAGUUCUUUCAGAUGGUAUUCUUCAGACUAUAGAAGGAGCUUCCAGUUGAAUUCACCAGUGGACAAAAUGAGGAAAACAGGUGAACAAGCUUUUUCUGUAUUUACAUACAAAGUCAGAUCAGUUAUGGGACAAUAGUAUUGAAUAGAUUUCAGCUUUAUGCUGGAGUAACUGGCAUGUGAGCAAACUGUGUUGGCGUGGGGGUGGAGGGGUGAGGUGGGCGCUAAGCCUUUUUUUAAGAUUUUUCAGGUACCCCUCACUAAAGGCACCGAAGGCUUAAAGUAGGACAACCAUGGAGCCUUCCUGUGGCAGGAGAGACAACAAAGCGCUAUUAUCCUAAGGUCAAGAGAAGUGUCAGCCUCACCUGAUUUUUAUUAGUAAUGAGGACUUGCCUCAACUCCCUCUUUCUGGAGUGAAGCAUCCGAAGGAAUGCUUGAAGUACCCCUGGGCUUCUCUUAACAUUUAAGCAAGCUGUUUUUAUAGCAGCUCUUAAUAAUAAAGCCCAAAUCUCAAGCGGUGCUUGAAGGGGAGGGAAAGGGGGAAAGCGGGCAACCACUUUUCCCUAGCUUUUCCAGAAGCCUGUUAAAAGCAAGGUCUCCCCACAAGCAACUUCUCUGCCACAUCGCCACCCCGUGCCUUUUGAUCUAGCACAGACCCUUCACCCCUCACCUCGAUGCAGCCAGUAGCUUGGAUCCUUGUGGGCAUGAUCCAUAAUCGGUUUCAAGGUAACGAUGGUGUCGAGGUCUUUGGUGGGUUGAACUAUGUUAGAAAAGGCCAUUAAUUUGCCUGCAAAUUGUUAACAGAAGGGUAUUAAAACCACAGCUAAGUAGCUCUAUUAUAAUACUUAUCCAGUGACUAAAACCAACUUAAACCAGUAAGUGGAGAAAUAACAUGUUCAAGAACUGUAAUGCUGGGUGGGAACAUGUAACUUGUAGACUGGAGAAGAUAGGCAUUUGAGUGGCUGAGAGGGCUUUUGGGUGGGAAUGCAAAAAUUCUCUGCUAAGACUUUUUCAGGUGAACAUAACAGACUUGGCCAAGCUAGCAUCUUAGCGGAAGCUGAUCUCCAAUGCUCUUCAGUAGGGUCAUGAAGGUUUUUCUUUUCCUGAGAAAACAACACGUAUUGUUUUCUCAGGUUUUGCUUUUUGGCCUUUUUCUAGCUUAAAAAAAAAAAAAGCAAAAGAUGCUGGUGGUUGGCACUCCUGGUUUCCAGGACGGGGUUCAAAUCCCUGCGGCGUCUUUGCUUUGACUACUAAUCUGUCUUCAGGACUCUUUCUGUAUUUCUCCUUUUCUCUGCAGGUGCUAGUUCUUGGAGUUUUGGGGAGGUGGGAGGUAACAGCACAAUAUCUUUGAACUAUAUACAUCCUUGAUGUAUAAUUUGUCAGGAGCUUGACUUGAUUGUAUAUUCAUAUUUACACGAGAACCUAAUAUAACUGCCUUGUCUUUUUCAGGUAAUAGCCUGCAGCUGGUGUUUUGAGAAGCCCUACUGCUGAAAACUUAACAAUUUUGUGUAAUAAAAAUGGAGAAGCUCUAAAUUGUUGUGGUUCUUUUGUGAAUAAAAAAAUCUUGAUUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1269.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1365.95
Frequency: 0.0000
Diversity: 1425.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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