Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:36
Sequence Length
725 nt
GC Content
0.4000
UUUCCAAAGUUUGCAUGUUAACUUUAAAUGCUUACAAUCUUAGAGUGGUAGGCAAUGUUUUACACUAUUGACCUUAUAUAGGGAAGGGAGGGGGUGCCUGUGGGGUUUUAAAGAAUUUUCCUUUGCAGAGGCAUUUCAUCCUUCAUGAAGCCAUUCAGGAUUUUGAAUUGCAUAUGAGUGCUUGGCUCUUCCUUCUGUUCUAACUUCACAGAGAAUGCAGUUGUCUUGACUUCAGGUCUGUCUGUUCUGUUGGCAAGUAAAUGCAGUACUGUUCUGAUCCCGCUGCUAUUAGAAUGCAUUGUGAAACGACUGGAGUAUGAUUAAAAGUUGUGUUCCCCAAUGCUUGGAGUAGUGAUUGUUGAAGGAAAAAAUCCAGCUGAGUGAUAAAGGCUGAGUGUUGAGGAAAUUUCUGCAGUUUUAAGCAGUCGUAUUUGUGAUUGAAGCUGAGUACAUUUUGCUGGUGUAUUUUUAGGUAAAAUGCUUUUUGUUCAUUUCUGGUGGUGGGAGGGGACUGAAGCCUUUAGUCUUUUCCAGAUGCAACCUUAAAAUCAGUGACAAGAAACAUUCCAAACAAGCAACAGUCUUCAAGAAAUUAAACUGGCAAGUGGAAAUGUUUAAACAGUUCAGUGAUCUUUAGUGCAUUGUUUAUGUGUGGGUUUCUCUCUCCCCUCCCUUGGUCUUAAUUCUUACAUGCAGGAACACUCAGCAGACACACGUAUGCGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-193.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -208.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 132.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((..((((...........))))..))((((((.(((((((((((((((........))))).)))........((((((..(((((((((.(((((..............)))...)).))))))))).)))))).....))))))))))))).....(((((((((.((((((((...(((((((...((..((((((((((...((.((((.....)))).))..)))))..((((((.(((((.((.....(((.......))).....))))))).))))))((((((.(((((((((..............)))))).)))..))))))..)))))...)).....))))))).....)))((((((((......((((((.(((((((......((.(((((((((((((......))))..)))))))))))..(((((((((............)))))))))........(((((...))))).(((((((((..(((((((.((..........((((((...(((((((((.((((...((((((((((.....((..((((..............))))))...))).))))))).....).))).)))).))))))))))).......)).)))))))....)))))))))....))))))).))))...)).....)))))))))).))).)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((..((((...,....,..))))..))((((((.((((((({(((((((........))))).))}........((((((..(((((((((.(({((..............}}},,.)).))))))))).)))))).....))))))))))))).....(((((((((.((((((((.,.(((((((...{(,.{(((((((((...((.((((....,)))).))..)))),..{(((((.((((||((.....(((.......))).....))))))).))))))((((((.(({((((((....,.....,...)))))).}))..)))))).,)))))}}.)}.....))))))).....)))((((((((......((((((,(((((({......{{.(((((((({((((......})))..)))))))))||,,(((({{(({,|,|,,......}}))))))),.......,{{{,...}}}},.(((((((((..(((((((.,,..........((((((..,(,((,((((.((({...((((((((((.....((..((((.,............))))))...)))}}}))))).....},))).)))).))})))))))).......,,.)))))))....)))))))))....,}}}}}}.))}),,.})}}.,,))))))))}}.))).)))))))))..
Back