Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:45
Sequence Length
2448 nt
GC Content
0.4338
GUAAAGGACUGGGGCCCCGCAACUGGCCUCUCCUGCCCUCUUAAGCGCAGCGCCAUUUUAGCAACGCAGAAGCCCGGCGCCGGGAAGCCUCAGCUCGCCUGAAGGCAGGUCCCCUCUGACGCCUCCGGGAGCCCAGGUUUCCCAGAGUCCUUGGGACGCAGCGACGAGUUGUGCUGCUAUCUUAGCUGUCCUUAUAGGCUGGCCAUUCCAGGUGGUGGUAUUUAGAUAAAACCACUCAAACUCUGCAGUUUGGUCUUGGGGUUUGGAGGAAAGCUUUUAUUUUUCUUCCUGCUCCGGUUCAGAAGGUCUGAAGCUCAUACCUAACCAGGCAUAACACAGAAUCUGCAAAACAAAAACCCCUAAAAAAGCAGACCCAGAGCAGUGUAAACACUUCUGGGUGUGUCCCUGACUGGCUGCCCAAGGUCUCUGUGUCUUCGGAGACAAAGCCAUUCGCUUAGUUGGUCUACUUUAAAAGGCCACUUGAACUCGCUUUCCAUGGCGAUUUGCCUUGUGAGCACUUUCAGGAGAGCCUGGAAGCUGAAAAACGGUAGAAAAAUUUCCGUGCGGGCCGUGGGGGGCUGGCGGCAACUGGGGGGCCGCAGAUCAGAGUGGGCCACUGGCAGCCAACGGCCCCCGGGGCUCAGGCGGGGAGCAGCUCUGUGGUGUGGGAUUGAGGCGUUUUCCAAGAGUGGGUUUUCACGUUUCUAAGAUUUCCCAAGCAGACAGCCCGUGCUGCUCCGAUUUCUCGAACAAAAAAGCAAAACGUGUGGCUGUCUUGGGAGCAAGUCGCAGGACUGCAAGCAGUUGGGGGAGAAAGUCCGCCAUUUUGCCACUUCUCAACCGUCCCUGCAAGGCUGGGGCUCAGUUGCGUAAUGGAAAGUAAAGCCCUGAACUAUCACACUUUAAUCUUCCUUCAAAAGGUGGUAAACUAUACCUACUGUCCCUCAAGAGAACACAAGAAGUGCUUUAAGAGGUAUUUUAAAAGUUCCGGGGGUUUUGUGAGGUGUUUGAUGACCCGUUUAAAAUAUGAUUUCCAUGUUUCUUUUGUCUAAAGUUUGCAGCUCAAAUCUUUCCACACGCUAGUAAUUUAAGUAUUUCUGCAUGUGUAGUUUGCAUUCAAGUUCCAUAAGCUGUUAAGAAAAAUCUAGAAAAGUAAAACUAGAACCUAUUUUUAACCGAAGAACUACUUUUUGCCUCCCUCACAAAGGCGGCGGAAGGUGAUCGAAUUCCGGUGAUGCGAGUUGUUCUCCGUCUAUAAAUACGCCUCGCCCGAGCUGUGCGGUAGGCAUUGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCUUCUGCUGAGGGGGCAGGCGGAGCUUGAGGAAACCGCAGAUAAGUUUUUUUCUCUUUGAAAGAUAGAGAUUAAUACAACUACUUAAAAAAUAUAGUCAAUAGGUUACUAAGAUAUUGCUUAGCGUUAAGUUUUUAACGUAAUUUUAAUAGCUUAAGAUUUUAAGAGAAAAUAUGAAGACUUAGAAGAGUAGCAUGAGGAAGGAAAAGAUAAAAGGUUUCUAAAACAUGACGGAGGUUGAGAUGAAGCUUCUUCAUGGAGUAAAAAAUGUAUUUAAAAGAAAAUUGAGAGAAAGGACUACAGAGCCCCGAAUUAAUACCAAUAGAAGGGCAAUGCUUUUAGAUUAAAAUGAAGGUGACUUAAACAGCUUAAAGUUUAGUUUAAAAGUUGUAGGAUGAAACAAUUUGGAGAAGAUAGAAGUUUGAAGUGGAAAACUGGAAGACAGAAGUACGGGAAGGCGAAGAAAAGAAUAGAGAAGAUAGGGAAAUUAGAAGAUAAAAACAUACUUUUAGAAGAAAAAAGAAAAAGCUAAGGGCAAAAUGUACAAACUUAGAAGAAAAUUGGAAGAUAGAAACAAGAUAGAAAAUGAAAAUAUUGUCAAGAGUUUCAGAUAGAAAAUGAAAAACAAGCUAAGACAAGUAUUGGAGAAGUAUAGAAGAUAGAAAAAUAUAAAGCCAAAAAUUGGAUAAAAUAGCACUGAAAAAAUGAGGAAAUUAUUGGUAACCAAUUUAUUUUAAAAGCCCAUCAAUUUAAUUUCUGGUGGUGCAGAAGUUAGAAGGUAAAGCUUGAGAAGAUGAGGGUGUUUACGUAGACCAGAACCAAUUUAGAAGAAUACUUGAAGCUAGAAGGGGAAGUUGGUUAAAAAUCACAUCAAAAAGCUACUAAAAGGACUGGUGUAAUUUAAAAAAAACUAAGGCAGAAGGCUUUUGGAAGACUAGGAAGAAGGAAGGAGCGCUAACGAUUUGGUGGUGAAGCUAGGAAAAAGGAUUCCAGGAAGGAGCGAGUGCAAUUUGGUGAUGAAGGUAGCAGGCGGCUUGGCUUGGCAACCACACGGAGGAGGCUUAUACUCAUGAAUCUUGUCUGAAGCUUUUGAGGGCAGACUGCCAAGUCCUGGAGAAAUAGUAGAUGGCAAGUUUGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-721.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -762.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 524.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((((........))))))))))((((((..((((.((.(((((..((.(((.(((...(((.((.(((((((((((((..((((.((.((.(((..(((......)))))))).))))))..)))))))))...((((...))))(((((.((.....))))))).((((((((..(((((...(((.(((((.((.(((.((((((.((.....)).))))))((((((....)))))).....((((((((((((((((.......)))))))))((((..((((....((((.(((...))).)))))))).)))).....(((...)))........))))))).......(((.(((((((..((((....))))))))))).))).))))).)))))))).....(((((..((((((.((....(((((.((((((((((((((((((.....(((((.....(((.(((((......)))))))))))))((((((((((((((((((((((.((..(((....((((.((.....(((((((..(((((.(.((((((((..(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))..)))))))).))))))..)))))))....))))))....)))..)).))))..)))))(((((((.(((((....((((((..(((((((....(((((((((((..((((.(((....)))........))))..)))...)))))))).....(((.(((....))))))..((((.(((.(((.....))).)))..))))..((((((..((.(((((((.((..(((((((...((((..........)))))))))))..)).((.((((((((.(((((((((((..((..((..(((((.....(((((.((....((((....(((((((((....)))))))))....))))..(((((((((((.((.(((....))))).............((((((..(((((((((......((((...((((...(((((((.((.((((.(..(((((((.((((...((.(((.((((.(..(((((((((.......((((((((...(((((..........))))).....))))))))........(((((((((((.((........)).)))))))))))((((.....))))((((.(((.....))))))).........((((.((((...(((((((((..((......)).))).))))))...((((....)))))))))))))))))))))).)))).))).))..((.((..(((((.........)))))..)).))..((.((((((.......(((..(((((((.((((((........(((((((....))))))).)))))).))))))).))))))))))).......)))))))))))..).)))).)).)))))))..(((.........)))....(((((.(((((((.......))))))))))))))))...)))).....)))))))))..)).))))......)))))))))))...............)).)))))..((((((((((((((...(((.((.......)).)))....)))))))))))))))))))..))..))..)))))))......)))).))))))))))...(((.....)))..))).)))).))(........)....))))))...)))))))))))))...))))).)))))))...............(((((..((((.....((....))((((((..(((((((......(((((..(((((...((....)).)))))....)))))....................(((((..(((...((((.....((((.............))))...))))...)))..)....))))........(((((.....))))).....))))))).))))))..)))).....(((((((((((......)))))))))))......))))).......))))))))))))))))))))..(((((((((.........(((........)))...)))))))))..((((.((((((.....((......))...)))))).))))......)))))).)).)))))))))).))))))..)).)))...)))))..))))).)))..)))).))..))).((((......))))........)))..)))))..))))).))..(((.((((((......)))).)).)))...((((.((((.((((....)))).)))).))))..))))..))))))(((((((((..(.(((......))).)..)))).)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((..((((((........))))))))))((((((..((((.({,(((((..({.(({.(((...,{({{({{|{,(((((((((..((((.((.(.{(((..(((......)))))))).))))))..))))))))).,.|{{{..,))}}(((((,,{,....))))))).,(((((((,.{((((...(((.(((((.{,{(((.((((((.({.....}}.)))))|((((((....)))))).....((((((((((((((((.......)))))))))((({,.((((....((((.(((...))).)))))))).)))).....(((...}))........))))))).......(((.(((((((..((((....))))))))))).))).))))}.)))))))).,,,,{((((..((((((.({,...{((((.((((((((((((((((((.....(((((.....{((.(((((......)))))})))))))(((((((((((((((({{((((.((..(({....((((.((.....(((((((..(((((.({((((((((..(((..((((.((.((((........)))).)).))))..)))..))))))))}.)))))..)))))))....))))))....}))..)).)))).,||||}{((((((.(((((....((((((,,,((((((...,(((((((((((..((((.{{{....}}}........))))..)))...))))))))}}.,.((,,(((....))))))..((((.(((.(((.....))).)))..))))..((((((..((.(((((((.,{..{((((((...((((..........))))))))))}..||.(({,(((((.((((({{((((((,{(({.,....,,|}|||,,(((((.((..,.({{(....{{{(({(({....,||||||}}...,||||,.(((((((((((.((,{{{....})))}.........,,,.{(((((..(((((((((......((((...((((...(((((((.((.((((.(..(((((((.{((({{{({,{{,.,,,|}|,,,{{{({({,.{{{((((((((((....{{{{{....,,....}}}||{{{{{||,,,,||{{,{,...{((((((((((.((,,......)).))))))))))).||,..,}.)))){{((,({({,.,,|||||||,.......,(((({((((...(((((((((..((......)).))).))))))}}}}{{{.,..)))))))))))))))),,,}}},})})}))).,...((.{(..(((((.,.....,.)))))..}}.}}.,{{,,,,........,}}}.}}}}}}}}.||{{{...,,,))),|((((((....)))))))..})))))))))))).)}}}}},,,,,,,.,...)))))))))))..).)))).)).)))))))..{((.........}}}....(((((.(((((((.......))))))})))))))))...)))).....)))))))))..)).))))......)))))))))))},,,,,,,,,,....)).))))}..((((((((((((((...(((.((.......)).)))....))))))))))))))|}|,},.,,..})..)))))))))))}.))))}.)))))),.....(((.....)))..))).)))).)),........,....))))))...)))))))))))))...})))).))))))).................,((,,({{{............)||}|,,..,,{{{{{....,.,,,,{..{{{{,....,.....,.}}})}....|||||{.........}},,......(((({..(({...((((....,(((,.............))),...)))}...)))..}....)))).{{.,....,|,|,...,}}|||||...)))))}}.}}||..{{||}},,{..(((((((((((......))))))))))).,}....)))).......))))))))))))))))))))}.(((((((((.........{{{.....,,.},}...)))))))))..((((.((((((.....((......})...)))))).))))......,))))))}).)))))))))).))))))..))}.}}...}}}}}.,||||}.},,.||||},|.,||||||||.......}|||.....}}})||..|||}|,,|}}}}.,}.,|||.|||{{|..,,,,)))),)).)))...((((.((((.((((....)))).)))).))))..))))..)))))){((((((((..(.(((......))).)..))))}})))}....
Back