Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MALAT1:50
Sequence Length
839 nt
GC Content
0.3683
AGGCAUUGAGGCAGCCAGCGCAGGGGCUUCUGCUGAGGGGGCAGGCGGAGCUUGAGGAAACCGCAGAUAAGUUUUUUUCUCUUUGAAAGAUAGAGAUUAAUACAACUACUUAAAAAAUAUAGUCAAUAGGUUACUAAGAUAUUGCUUAGCGUUAAGUUUUUAACGUAAUUUUAAUAGCUUAAGAUUUUAAGAGAAAAUAUGAAGACUUAGAAGAAAAAAAGAAAAAGCUAAGGGCAAAAUGUACAAACUUAGAAGAAAAUUGGAAGAUAGAAACAAGAUAGAAAAUGAAAAUAUUGUCAAGAGUUUCAGAUAGAAAAUGAAAAACAAGCUAAGACAAGUAUUGGAGAAGUAUAGAAGAUAGAAAAAUAUAAAGCCAAAAAUUGGAUAAAAUAGCACUGAAAAAAUGAGGAAAUUAUUGGUAACCAAUUUAUUUUAAAAGCCCAUCAAUUUAAUUUCUGGUGGUGCAGAAGUUAGAAGGUAAAGCUUGAGAAGAUGAGGGUGUUUACGUAGACCAGAACCAAUUUAGAAGAAUACUUGAAGCUAGAAGGGGAAGUUGGUUAAAAAUCACAUCAAAAAGCUACUAAAAGGACUGGUGUAAUUUAAAAAAAACUAAGGCAGAAGGCUUUUGGAAGACUAGGAAGAAGGAAGGAGCGCUAACGAUUUGGUGGUGAAGCUAGGAAAAAGGAUUCCAGGAAGGAGCGAGUGCAAUUUGGUGAUGAAGGUAGCAGGCGGCUUGGCUUGGCAACCACACGGAGGAGGCUUAUACUCAUGAAUCUUGUCUGAAGCUUUUGAGGGCAGACUGCCAAGUCCUGGAGAAAUAGUAGAUGGCAAGUUUGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-169.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -186.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 238.4
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((...((((((........)))).(((((.....)))))((((............))))......((.((..(((((.........)))))..)).))..((.((((((.......(((..(((((((.((((((........(((((((....))))))).)))))).))))))).)))))))))))............(((((.................))))).))..)))))....................................................(.((((((((((((((((((..((((.......(((((..(((...((((.....((((.............))))...))))...)))..)....))))....................(((((...)))))(((((((..((((....(..(((((((((((......)))))))))))..)....))))...))))))).(((((.......((((((..((..(((((..............)))))..))....)))))).......)))))....((((.(((((((..((..(((..((((........)))))))..)).))))))).)).)).............((((.((..((...((((.((.((((((((........((((.....))))((..(((.((((........)))).)))..)).)))))))).)).))))..))..))..))))....))))...)).)))))))))))))))).)(((((((((((..(.(((......))).)..)))).)))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{(,{{.,,{{.{((.,{.,...||||,{{{({.....}))})|{{{.,|||.......}}}}...({{((((({{((((({,,,{,...||}||,,|,.....{{{,,,........,}||{..{{{,{,.{{{{{,,.,,,||||{((((((....})))))}.,||||||}..}}},,..}})}))))})),....,}))))))).................,|||||.}}...,},}.....}}}}}.......||,...........,,...................(.((((((((((((((((((..((({.......(((((..(((...((((....,(((,.............))),...))))...)))..}....}}}}.,{......,|,|,....},|||{{...))}}|{{{((((..((((....(..(((((((((((......)))))))))))..}....))))...})))))},{{{{{,,.....((((((..((..(((((..,.....,)....)))))..))....))))))....,,.|||||....,{((.{{,,{{{..{||,|||..|||.......,,|||||||...,|)}}||||,|,.||........,....{(((.((..({...{((|.((.((((({((........||||.....)))}{{..(((.{(((........)))).)))..)}.)))))))).)).)))).,))..))..))))....))))...))}}))))))))))))))).){((((((((((..(.(((......))).)..))))},)))))),.
Back