Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MAPT-AS1:1
Sequence Length
3602 nt
GC Content
0.5694
ACACGCCGGGCGCCCUGCGCUCCGAGCGCUGAGAAAGAAAUCCGCCCCGAGAUGCACCUGCAGCCCCGCGCCCAUCCGUGCGUGGCUGCGGCUGUGCGUGCCCGCGAACGGGGACCAGCGGCCGCCGAGUCCGUCCACAUCGCCAGGCCAGGAGUCAGAACAAGGACGGGCCUGUGAUGUGUCUGUCUAUGACGAGGAGGACAAUGUCCUAAGGAAUGGAGAGGAAGAAAGUGAAGGGAACCAGGUCCCUGGAUUCCAUGUGGAACAGUAGCCCAGGAUGUGCACUAUGGACUGUUACAAGAGAGAGACAUGAUCUUCCUUAAGGCAUUGAUUUGUCAUGAGUCUCUUUGUUAUAGCCACUUAACGUUACCUUAAUACACCCACUUCAUGGAUAAGUAAAACUGAGGCUUGGAGAAGCCCACAUUGACACAGCAAAGAAGGCUGGGGCUCUUGUGCUGGUUAAAUGGACCUUGAUGUCUUCCAAAUGUUUUCAUGCUGGAUUCUGAGCCACUCUCCUGGCUGCAACUCUGAGGCCGGGCAGACUUUCCGCUGGAAAGAGAACUCAAAUACUGGUCCUGGGGACAGGAGGAGGCAGUGCUGGGGUCUUCUCACCUGAGCCGCAGAAAGAGGACAAAGGCCACCAGGAGGGCCACCAGGGAGAUACAGUGGCCCAGGUAGUUGAUGAUGACUGCGACAUGGUAGUGCACCUUGCUUUUUUUCUGGAGCAGGAGAGAGGGGCAGAGAGCCACCAAGGAGCUACUGGCCACCAAGGAGCUACUCCAUAGGCCUUCCUGUUGGAAUUACAGAACCCACUUGAAACCAGAGAUCAAGUCCAGCCCUAUCCACCAGGCAUCCCAGGAGAAGCCAAGACCCUAUGCCCAGUUCCGCCCGGCCACCAAGGCCCUUCUGAAGGAGCACCCUCAUUGGGGAACCUCUCCAGAGGCUGCUACAGAAGCUCUGUUCUUGGAGCUGGUUUCCAGGCAGAGGCUUUCUGGAACAUGGCAGCUGCCCUUGGAGACUGCUCCUCUCAUCCCAGUUCUUUCCGUAGAAGAGACUGAAUAAUUGGCCACGCCACGCAGCCGGUAUCUGGAACCUGGGUCUGCCUGGCUUUAAGCUCCCUCUUUUCCCUGUUUCCCAGGGACAUUUCUUUUUUUGGGUGGGGGAGGGAUGGAGUCUCACUCUGUCGCCCAGUCUGGAGUGGUGCAGUGGCAGGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCUGCUUCCUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUCACAGGCAUGCACCACCAUGCCCAGCUAAUAUUUUGUAUUUUUUGGUAGAGAUGGGGUUUUGCCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGAGCUCAGGCAAUCCACCUGUCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGUGUCCGGCCCCCUGCGACAUUUCUUGGGGGACAAGCAGGAAUUGAAAGCAGAGGCACUCUCUGGGGUGGUCUCACGCCACUUUGGGCCCAGGAGCCUCGGGGGACCUCCUGCUGGGACAAUAGCGCCCAAGAGGGCUUUCCUCCAAGAGCCUGAGGGAGAAUCAGGCCAAACCAUUCCCGGGGGACAAAGUCUCAGUGUGCCUCCCUGAGCAGUCGGGCCUGGGCCGGGUUCAAGCCCUGUCUCUCAUCGGCCACAUCAGCAUCAUGCAACCUGAGAAGACAGCUGGAGAGACAGCCUGAGGGAUGGCUGCUGAUACCCUGAGACAAAUACAUCCUGCGACACCCAGACAGAAGCCAGUGACACUGUGACAUUUCCAAUAACAACCAGAGUUCUGGCCAGCAUUAUUUAGAGAGACAGCAAGGCCUUAAGAGGCACCCAGGAACACCCUGAGAGGUGGCCAGUGAUACCUGGAGAGGAGAGUCAGCAGCACCCCCAGGGACAGCCAGUGACACCCCGACCGAUGGCCACGAUAACAGCAAAGCAGCUGGGAUGUCCGAAGGACAAAUGGGCACAGCUACCCCUCGGGCCCUGACCAGCACUCCAUCUCCAUCCAGUCUGGAGACCUAAGACCAGCAGGCACCCCGCCCUAAGGAGGGUGGCACAGCGUGGUACUUGGCAGAGGCCACUCCGCUGUACCCUCAGUGAUCUGAAUUGAAUAAGCAAUUUGUGCCCGGCUGACUCUGACUGGACUCUCUGCAGGACACCACCUCGUCCCAGGCGCUGCAGUGCCAGAUCCGUCCUGAUGCCUCUCUGGGUUGGUGGCAAUGAGACCUCCCUUCCAAGCUCCCCACUGGUGCCCACUCCAUUCUGGCACGUCCUCUCCACCGAGGCUUCCAGAGCUACUCCUCUUACCCUGCAGUGGGCACUCACUCCAGCCCCUCGAUCCUCAAAGGGUGGCCCCUGGCCCAGCAACAGCACGCAGAGGAGCACGCAGAGAUCUUGAGGAAAGUGGAAUGUAUGCCCUACGCCAGGCCCAUGGAAUCGGAGCUUGGUUUUAGGAAAAAGCACCUCUGCAGUUCAGAAGCCCUGGUCCAACCACCACUCACCUCUCCCCACACGCUAGCACUGAUGCUCAGCUUGGGAGAGUCCCCAGAGCCCCCAGGGGUCAGGGACCGCACUGGCCUUCGGCAGAGCCACAGCUGGACAGCCAUCCUUCAACACGGUCCCUCGCCCUUCUGCUGAGCCCCAAGGCAGUCCUGUCACUGGCUGUGUGGCUUUCGGUGAGUCACCUGACUCCUCUGAGACUCAACAUCCUCAUCUGUGAAGUGGGGGCAAUGUGGUCUUUCUUACCCACUUCACUGGGAGAUGGACCAUUUGUGGGGAACCAGGAGACCUGCAUCUGCAAUAUAAAGUCCCUACAAGCAUCGGCAGGGUCAUCAGCCCAGCUUGGCUGUUCUGGGCCCCAGAAUGCACCUCCACUGCAGAGGGCUGGCCUGGAGCAGCUUUCCUGAUGUCCCUUCCGGGCCCUGGGGGAGGCCCCGCAGGCUGGACCUGGCCUCUCCUCAUCUUCCGCCAGGUCCUUCUGCCUUCUCAGGAAGCCUUGCUUUGGGAAGGAGUUUUUCCAUUUAAAAGGCUGCCUGCGGAGGGCCUCAGACACUGGGUUGAGAUGGAUCCAGUCGGCCUGGAGCACCAUGGCAGGUUCCUGAGCAGUGAAUUAUCCCAGCUUGUCACCCUCAUCAUCCCAGCGAGACAGCCGACAGUCACCUGUUCCACGGAGGCGGUUCAGCAGGUCAGAGUGAAACCAGGCCUUGUUGCCUUCCCUGGCCUGGGAGACUCUGGCGGACCCUGACUCGGGGCCCAGAGAAGCCCUUGACUCUCCAGUGUGGCCAAGAUCGAAGAUGUACCUGGUGACCCCAGAGGCAAGGGCCCCAGCCCACACUUUCCAUCUGCUGGCCAAGGUCCUGGGUCCUGGGGUCCUGCAGGCUCCACAAUCCCAAUAUCCGACCCUUCUGACUCUGCUUUGCUUUGCACUGUGUUCAGGUGGAGCCUAUUUUAAGCAAAGGCAAGAGAAGAAAAUCUAAACGCGAAAAAGAAAUGAGGUCAUAAAUGAAGAUUUCUGUAAAAAGCUGGGUCCGCCGUUGCAUUUAAAUACUGGGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1423.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1481.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 778.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((...)))).))).))).))........((((((((((((..((((((((((((.(((((......))))).))))))))..))))((.((((....)))).))(((.((((((((((((........((.((((((((((...........(((((((.((((....(((((..((((((.((((..(((....(((........))).(((((....((.(.(((..(((((((.((((((.((((.(.((.((((..((((((((((......(((.((((.(((.((((((..((((((.....((((....))))...))))))..))))))))).)))))))....))))............((((((((((((((.((......((((.(((((((.((((..(.(((......))).)..))))((((((((.(((.((((....((((((.........((((.(((....)))..))))((((((((...((((((((((.((....)).))))))).)))((((((...))))))............((..(((((....)))))..))((.(((((((((((((((...(((.....)))..)))))))...(((((((....(((((((...(......).)))))))..((((((......)))))).....(((.....)))..(((((......)))))((((..(((((((((((((.......((((((...((((.....((((...))))...)))).(((((..(((............((((((.........))))))...(((..........))).))))))))(((((((((((((.....((((....(((.((((.....))))..((((.(((..(.(((.....))))..)))...))))((((((.(((((...)))))....(((((.(((((((((((((..(((...........)))..)))))..)))))))))))))........(((((.((((....)))).)))))......((((...)))).)))))))))..)))).....))))))...))))))).))))))))))))((((((.....))))))............(((((((((((((((.(((((((((...(((((((.(((((((((.(((((((.(((.((((((.....(((((((((.......((((((((((((((((((((.((((.((........))))))..)))))))).((((((......))))))......................(((.(((((((((..(((((.((..((.((((..(((.....))))))).)).)))))))..).)))))))).)))(((((......))))).....(((((((((((((...(((.((((((((.((....)).))))))....)).)))........(((((.....))))).))))).))))))))...))))))))))))((((...(((((.....((((((((......((((....))))..((((((..((((((((.......))))))........))..))))))....))))))))((((((((((((....)))))...(((((((((....))))((((((((.((((....(((((((((((.(..(((.((......((((......)))))).)))))))).)))))))...))))............((((........).)))..(((((.(((.(((...................))).))))))))............))))))))....)))))...))))))).((((.....)))).(((((((...((....((((.((((((((((((((.((((....(((((((((.((((...((.(..((((..((((((((..((((......))))..))((((...))))...((....))(((((((((.((((((((............((((((.......))))))...........))))......))))...)).)))))))....))))))..))))..).)).))))..))))).))))(((....)))(((((......))))).))))...)))))))))........))))).)))))).)))))))))))))))))))))))))..)))))))))))).)))).)))))))))))))))).))))).))))..)))...))))))...((((((((((.((((((((.(.(.((((......))))).)))))))...............)).))))))))))))).))))))))))..)))).....))))))).....)))))).)).))..(((((((.(((.(((.....(((.....))).....))).)))((((.(((((((((........)).)))))))..))))........))))))).)))))))).....)))))))))).)))....(((((((.....(((((((....)))).)))..))))))).....)))))))).((((((.((((((((...((((.((((((.........))))))..))))..........)))))))).))))))..((((((((.((((.((((......)))).)).)).)))..)))))(((((....)))))))))))).)))).....)).))))))))))))))......(((((((.(((..((((......))))))).)))))))(((((((((..((((...))))................)))))))))((.((((.((((.((((((........((((((((((((((((....((((.......))))...))..))))))))))))))...)))))).)))).)))))))))))).((((((((((((((.(((((((((...............)))))))))(((((......)))))((((((....(((((((....))))))).....)))))))))))))..)))))))....))))..)).).))))))))))..)))))))..).)).).))...)))))((((.(.((....)).).)))))))..)))).))))...))..)))))....))))...)))))))...(((((((.....(((((((.(........).)))).))))))))))))))))))))))))))).))))).))))).))))))))...((((..(....)..))))((((((............(((((((..(((((..(((((..(((.(((((((((((((.((((((((.....)))..)))))..))))..))))))))))))(((((((((...........................(((........)))(((....)))))))))))).......((....)).(((........)))...........((((((....(((....)))..))))))........)))))..))))).)))))))..)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,((((((((((...)))).))).))).}|.........,{,{{(((({{{{((((((((((((.(((((......))))).))))))))..))))||.{{{(,.,,||||{||((({(((((((,,,(({{{.{{{{(({{((((((,,,.(({.......,||}.||}}}}}}}})}|,(({(((((({.{(((,,(((,..,|||,..,,..,||,,((({,...,((.,.((({,(((((((,(((({{((({(.(.(,.{{((..(((((({{{(......(((.((((.(({(((((((..((((((.....,{{{....,}))...))))))..))))))))).)))))))....}}}},.,.......,.((((((((((((((.,,......{(.(((((....)))))},..(((((.((((({(({.({(....}))))).))))))))))..(((..((((.(((,((((.(((....)))..))))....(((((((..((((((.(((..((((((((((..((.{.(((((.(((((....(((((((...,((((((((((((((((((((((((.((((((((,(((((((...(((.....)))..))))))).{{..(((.((((((((((....,({{{...{.((((((..(((((((.....,{(((((......))))).},{((((((((,,,,,,|}}}))))}}}}}||(((.....))).}),,}})))))))))))))...|,,,...))))...)))))))))).)))..}}.........((((((.........)))))))))))........(((((((.((((((.,..,({,,,,,{,..,{{{,.{,,,,{,..((((.....))))..{{{{.,{|{{{.{((,,...}))|...,)}||}}}}((((((.(((({...}))))....(((((.(((((((((((((..(((...........)))..)))))..)))))))))))))........((((({((({....))))})))))......((((...)))).))))))))}.}))))..))))))..)))))))......))).))))))...))))}}})))))).....{{((...((((((((..(.{((((((..(((((({{.((((.(((.,...((((((((((((((((.,,....}.)).)))))),.,....{{{{(((((((((((((((((((.((({{((........))))))..)))))))).((((((......))))))..,..,,,,....}},,.....(((.(((((((((..(((((.((..((.((((..({,.....,),)))).)).)))))))..).)))))))).)))(((((......))))).....(((((((((((((.,.{{{.((((((((,{,,,.,||,||}}}}....}),))),.,,...,|||{||....}}))).))))).))))))))...)))))))))))))}{{.((((((..{(((..((((.(......)))))..))))...)))))).}}.((((((.......))))))...)))))))),))).)))).,||.((((({.((((((((.(({....((((.(((((...))))).))))((((((((..((((....((((,.....,....})))...,...)))))))))))))})).))))).)))}))))).,,..}))))).....)))))).)..)))))))).))))))))))}....{{{,............,,.....)))))))..)))))........))))).}.))..)))))),})))))).))))))...(((((.(.((((,{...((((.(((....)))...))))...}))))},)))))(((((((((((((...,..({...{({........((((({((..((.(((((({..((((((.....((((((((((((((((,((((((((.,..,.......((((((.......)))))).....,....,))))......))))...)).)))))))((((((.(({.,.{(((.,,,)))))).))))))....((((....)))}((((......)))).)))))))(((((.{((((..(((.(((({{(,.((((........))))}}},,((((.((.(((((..{.((((((((.((((((((((.((((((...((.((((.,,{{{(,,((((,,.((.,(({((,...{{{.,(((((.{.(.((((......)))))..)))))|,.....,........,|,.({(((((..((.((((...(((((({,(((...(.(((.,(((({,{...((....))..}))).))..))).).)))}}},,))))....)))).))..))))).}}{{||||{{{..,,....)),))))))}....)))....||}}},,||.}}}},,))})....)))))).)))))).....(((((((.,...(((((((....)))).))).,)))))))..))))))).....))).))))))))).)..))))))).))))))))))})))..)).))))).))))))...}},}))))..)).))).))))).|||....))}.)...)))))))))))))))))))),(((.(((((....)))))..)))))))))))..)))..)))))))))))))),|,{,.(((((((.(((..((((......))))))).)))))))||||{{|||.}||||.,,))||{....}}.........}|||||}},((.((((.((((.((((((....,...(((((((((((((({{....{(({,,,,...}}}},,,)),.))))))))))))))...)))))).)))).))))))}})))),((((((((((((((.(((((((((...............))))))))){((((......))))}((((((....(((((({....})))))).....)))))))))))))}.}))))))....||||{{||.}.}}}))))))),.)||||||..,.)),,,)).|}))))),,{|,|,|,....))}}.)))))))..)))).))))....}..)))))}..{||||...,)))))}.,}}}|||||}},,,{{,,((({({((....{{{{{||..|..,.,,,,},,))))))),.,))))})))||{|||||{||||||||{..{,,..{{{{{{{.{||||,,{,((,{{{{,,,,,..,{|{{{..,||||,}}{|,||,,{|}|||||,((((({,{.{,{|,|,|...,,)))..,,)))}})))))}.,)))))))}}}(((((((((.............|,....,{{|{{.,(((..,,,...))),,|.,.,)))))))))))).......{{....}).,|{|,......)))....,|.....((((((....((,....,))..)))))).......))))))}))}))),))),,,,..,,,,)))),..
Back