Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MIR1-1HG-AS1:28
Sequence Length
2449 nt
GC Content
0.6129
AAACGCCUCCUGACCCUGACGUGGCUGGGAGAGCUGCAGAAGUGCCGAGUCCCGGCCGGGGGCAGCCUCGCCGCCGCUCAGCUCGGGAAUCCCUGCCCCCCACCAGCACCUCAGUGGGGGAUACUGCAAGUUCAAGCACCAGCCUCACAGUAACAGCCGGCACACAGCACUUAGGCUGCCUGGUGUUCCAGAAGCUUCUGCAGGGGCUCUAUGCUGCACUCAAGGCAUCCCUAAGAGGAGAGCAUUUUGCUGUCCCCACUUUACGGAGAAGGAACGUGGGCUCAGGGUGGUUUAAGGCGUGAAUGAAUGAAGGAGCAAGCAGUAAGCCCCGACAGCAAGGCCACCACAGCCCUCGCCCCACAGGGACGCCUGAGCAAGGACCCAAGCAGGGGACAAGCAGGCUCACCCCGCCCUUGCGGGGCUGACCACGAGGCCCCGUCCGGUGGAACACGCCAUGACGCUUCAGGAGGCUCAUGUAGCUGGCGCCGUAUGGGACAGCGGGGGAGAGAGAAAAUGCACAGCCCAGGGAAUGUGGAGACAGGCCCAGCGCCAGGCAUGGGGGCCGGAAGGAGCAGCCGGGGAGCAGGGGGCAGGGCCUGGAGUCCCGCCUUGCAGAUCUGAACCUGCCCCAGCCCCAGGACUCUGAGUGCAGCAAGAGGGGAGCCGGGCUGGAGAGUGGGGAGCACGGAGACUGUGGCCUGGAUGGUGCCAGAGCAAACAGGAGAGAGGCUGCCCAACGCAGAGGCUGCAGCACAGACCAGAGGGUCCCGGGGCUGACUGGGUGGGGGCAGCUCCCAGCGAGAGGCCCCUGGGAUUUGGGUAAGUAGAGGCACAUGCAGACUCUGGCCACAGGGCACCUCGCGCACGAGGGGAGUUCACCACACAAGCUGAGCGGAGGGCGGACGCAGGAGAGCAGCGGUUUCUCGGAAGCCAAGGGCGGUCAUGGAGCCCCACGCCACAGCGCUUCCCACGGGGCCACACCAUCCGGUCUGCGGAGGGGGCUGCAUUGCCGGGAAGGACCAUCUGAUUCUGGAUUCCAGCCUCACCCUGGGCCACCGCUGAGUGUCCCAAGUGGCCCCUUAGCCCCCAGGGCCAGGCGGCAUCCCAAUCCCCUAGGGAUGUCUGUGCUCAGAAUGUGGCACACACGCCCCGGCAGGGCCAUCCUCCUCCUCCUGCACCCGCCACAGCCGUGGAUUCGGGGUCUCUAUCGUGGGCAGAAAUUCACACAGUCAAGGUGAGGGUCCCAGGAGCAGCUGUGACCAGGCCCCGGCUGCCAGGGAGAGGGGGUCUUCAGCCGACGGGGCAGACACCCUGAGAUGGACCCUUGUCCAGGGGAGGGCCCUGCCACCCACAAUUCCUUGGCAUUCCUGCACCAGCAGGACGGGCUGAGGGAGGCGCCUCACCAGUGCCAGCGCCCAGCAUCACUGUGCCCCGGUGGAGGGGGAGGCCCUUCCGAGCCUGGGCCUGGGUGUGGAUGAGGGCAGGUCUCUCACCUCUCUGACCUCAGCUUCCUCAACUGGGAAGGGGGGCCACAGCACCCCCUUAGGGGUGAUGAGGAAGUGGGAGCUCAGGGAGGACCCCGGGCAGGGCUGCCUCCUCACCUCUCUUCGGCCUUUGGACACUGGAGCUCAGAGGACCAAGUGAAUGAAUGAAUGACUCGAUCAAUCAACUGAUCCAUGAAUCCAUGGACCCCUGAACAGCUGGACAGCUGGGCUGUGGGCAGGACAGGGGACUCUGGCUGAAGCCGCGUUCAUAUGUGUUCAGCUUUAGGCCUCCACUGUGCCCGGACCAGCGGCCCACUCAGUGAGUCGAGUGUGCACCUGGCACCCCUCUUUCUGGAAAUCCACGAACAAUGGGCUCCCAGCAGAGGACUGAGGCUGAGCAGGCCACUUCCCUGGAGCUGACCCCACAGCUGUCCUGCUCCUCCUUCGCCUUCUGCCAUGACUGUAAGCUUUCUGAGGGCUGACCAGAAGCCCAGCAGAUGCCAGCACCAUGCUUCCUAUACAGCCUGCAGAACCGUGAGCCAGCUAAACCUCUCCUCAUAAAUCACCGAGCCCCAGGUUUAUCUUUACAGCAAUGCAAGACCUGACUAAUACAGCACCAGCUCCCCAAAAUAAAAAGAAAUAUUCAAACAAAUAAGCGCACAGAAGUGUUCCCAGCAGCACUAUUCACAGCAGCCAAAAGGCGGAGGAGCCACAGGCUUGUCAGCUGAUGACAGAUAAAGAAAGCAUGGCCUGUCAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCAGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGUGUGAUGAUGAGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGAAGGCUGAGGAACAAGAAUCGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUCGCAGUGAACCGAGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1063.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1098.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 553.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((...((((.(((((.(.(((.(((((....(.((((.....)))))....)))))))).).)))))))))..((((....)))).(((((((..........))))))).........((((((((....((((((((...(((.(((((.....(((...(((((..((((....)))).))))).))).(((((((..(((((((((((((((.(((((....(((.((((...)))).)))((.......))....((..((.(((((...((((((((...((.........((..((.((.........)).))..)))).))))))))..))))).))..))..))))).))))..((..(..(((.....)))..)..)).((.(((((((((....)))))).)))))....(((((((((.((((.....))))..)))((((....)))).(((((..(((((((....((((...(((..............)))....))))(((..(((....)))..))).)))))))))))))))))).....(((...((.(((.((..((((((((..(.(((.((..((...)).))))))..)))))))).))))).)).)))))))))))))).((((((((...((((((...((((((((((.((...((((.((((((......)))).))..))))....((((.(((((....(((((.(((((((((..(((...(((((((((((((..((.(.((((((...)))))).).)).)))))).))))))).)))..))....))...))))).)))))......)))))))))((.((((((((((.(((.((((....((((.......(((((..(((((((.((((.((((((..(((((((...((((....(((....)))))))...).))))))...))))))..(((....)))))))((((((((((...((((((((..((((((........)))..))).((((..(((((((.....((((((.(..((....))..))))))).)))))))..))))((((((((.........))))))))(((((.((.....))))))).....)))))))))))).))))))..)))))))..))))).)))).))))....))).))))).))))).))..........((((((((((((((((...(((((.((((((((....((...(((((.((((((((..((((.(((((((((.(((((......)))))...(((((....)))))(((((((((((((((..(((........)))...((((((....))))))((((.(((((((.((.((((((((...((((.((((((..((((((.....))))(((((((....)))))))))..))))))))))...))).)))))))...)))))))(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).)))))))))..))))))))))))..))))))).(((((((((((((...))...))))))...)))))..((..(((.(((.(((.....))).))).)))..)).((((((....))))))((((((..(.(((..(((((...))))).))).)..))))))....)))))))))))((((....))))((((((((((((.((((..(((.((((((.((((..((.(((((........))))).))..))))..)).....((((((....))).)))....))))...)))..)))).))))))))))))...))..))))))))))))).)).))))))))))))).....))))))))).......)))))))..((..((((.(((((.......)))))..)))).)).....)).)))))))))).....((.((......))))))))))....))))))))..........)))))))...((((((((((((((...(((((.((((...............(((((((.............................((.......((((((......)))))).......)).(((....))))).)))))..)))))))))..)))).))).)))))))........((((.....((((((....))))))))))(((((((((...((((((.(((((((..........))))))).).......))))).))))).))))....................))))).)))..)).)))).))((....((((((((........))))).)))...))....)))))))).))))))))...(((........)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((...((((.(((((.(,(((.(((((....(.((((.....)))))....)))))))).),)))))))))..,(((...}))||,(((((((..........))))))).....,,..((((((((..{{(((({{{({,.{((,(((((...{,{{,...,|)))).((((....)))).|((|,{{||,(({((((..(((((((((((((((.(((({..,.(((.((({...}))).))),|.{{{...,,.,..|{..{(.(((((..{((((((((..{((.,...{{..((..{{.{|,..,,....)),)}..},|||||||}||}.{|||||{}|,|||.,|||}}.}))),.((..(..(((.....)))..)..)).,({((,((((((....||||||{||,|,....|||||||{{.((((.....))))..}}}((((,...,|||,(((((..((((((({,,.,{,,...|||,{{...........,,)....))),(((..(((....)))..))).))))))))))))})))))....}}||},||{,|{|.||..||||||||,.{,|{,||,..||,,,)).},)))),,))}))))}.))))).)).)),))))))))))).{{((((((,.{((((((.,,(((((({{((,((.({((((({(((({.,,.,.}}}},}),..))),...((((.(((((...{(((((.(((((((((..(((...{((((((((((((..((.(.((((((...)))))).).)).)))))).))))))).)))..))....))...))))).))))).}....)))))))))((.((((({{(((,{{{,((.{....,{{{.{{{{..(((((..(((((((.((((.((((((..(((((({...((((....(((....)))))))...}.))))))...))))))..{((....)))))))(((((((({(,,.((((((((..(((,,({{{.....}))}}))).((((..(((((((.....((((((.(.,({....))..,)))))).)))))))..))))((((((((.........))))))))(((((,({.....})))))).....))))))))}))).,))))),,)))))))..))))).,.,)})))}....))),))))).))))).)).........}}|||||{(((((((((...(((((.((((((((....((...(((((.(((((((({{({((.(((((((({.(((((......))))).,.,({,({{{{||||,(((((((((((((((..{{{,....{{{||{{..((((((....)))))){{{|||||||(({({{((((,(({.,.(({(,((((((|.,|||||.,{,,}|||(((((((....))))))),}))))))))))))}}}))).}|||)}}..,}))))),(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).)))))))))..},,}))))))))..))))))).{{(({((({((((,,,||...}}}}}).,,))))).,|,|{(((.(((.(((.....))).))).))}.,),.((((((....))))))(((({(..(,(((...{|||,,.})})},))}.),,)))))).,,,})))))))))).|.|,....|.(((((((((((((.((((..(((.((((((.((((..((.(((((........))))).))..))))..,}.....((((((....))).))}....))))...)))..)))).))))))))))))).,,,..})))))))))))).}),))))))))))))).....)))))))))|,,,...,|,||||..((..((((.(((((.......)))))..)))).)).,||,}}.))))}}}}}).}}},}||||,..,,}))..))}})}....))))))}}..........)))}}}|,||{(({{({{{{{{{{...|{{||,||||.......,}},.,,.|||||||..........,,....,},..........{(,,...,.{(((({......}))))}..,,...)).(((....)))}|,}||||,.}})))))})}.)))).|||,||}}}},........{(({|,,,,|((((,....})))))))))(((((((((...((((({,(((((((..........))))))).},,..,,.))))).))))}.}}}}....................))))),)}).,),.)))),})}})},}{{{{{|||....,..,))))).))}.........)))))))).))))))))...((((.....,..}),...,,
Back