Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MIR1-1HG-AS1:36
Sequence Length
2821 nt
GC Content
0.6090
GCAGAAGUGCCGAGUCCCGGCCGGGGGCAGCCUCGCCGCCGCUCAGCUCGGGAAUCCCUGCCCCCCACCAGCACCUCAGUGGGGGAUACUGCAAGUUCAAGGUGGUUUAAGGCGUGAAUGAAUGAAGGAGCAAGCAGUAAGCCCCGACAGCAAGGCCACCACAGCCCUCGCCCCACAGGGACGCCUGAGCAAGGACCCAAGCAGGGGACAAGCAGGCUCACCCCGCCCUUGCGGGGCUGACCACGAGGCCCCGUCCGGUGGAACACGCCAUGACGCUUCAGGAGGCUCAUGUAGCUGGCGCCGUAUGGGACAGCGGGGGAGAGAGAAAAUGCACAGCCCAGGGAAUGUGGAGACAGGCCCAGCGCCAGGCAUGGGGGCCGGAAGGAGCAGCCGGGGAGCAGGGGGCAGGGCCUGGAGUCCCGCCUUGCAGGGCACCUCGCGCACGAGGGGAGUUCACCACACAAGCUGAGCGGAGGGCGGACGCAGGAGAGCAGCGGUUUCUCGGAAGCCAAGGGCGGUCAUGGAGCCCCACGCCACAGCGCUUCCCACGGGGCCACACCAUCCGGUCUGCGGAGGGGGCUGCAUUGCCGGGAAGGACCAUCUGAUUCUGGAUUCCAGCCUCACCCUGGGCCACCGCUGAGUGUCCCAAGUGGCCCCUUAGCCCCCAGGGCCAGGCGGCAUCCCAAUCCCCUAGGGAUGUCUGUGCUCAGAAUGUGGCACACACGCCCCGGCAGGGCCAUCCUCCUCCUCCUGCACCCGCCACAGCCGUGGAUUCGGGGUCUCUAUCGUGGGCAGAAAUUCACACAGUCAAGGUGAGGGUCCCAGGAGCAGCUGUGACCAGGCCCCGGCUGCCAGGGAGAGGGGGUCUUCAGCCGACGGGGCAGACACCCUGAGAUGGACCCUUGUCCAGGGGAGGGCCCUGCCACCCACAAUUCCUUGGCAUUCCUGCACCAGCAGGACGGGCUGAGGGAGGCGCCUCACCAGUGCCAGCGCCCAGCAUCACUGUGCCCCGGUGGAGGGGGAGGCCCUUCCGAGCCUGGGCCUGGGUGUGGAUGAGGGCAGGUCUCUCACCUCUCUGACCUCAGCUUCCUCAACUGGGAAGGGGGGCCACAGCACCCCCUUAGGGGUGAUGAGGAAGUGGGAGCUCAGGGAGGACCCCGGGCAGGGCUGCCUCCUCACCUCUCUUCGGCCUUUGGACACUGGAGCUCAGAGGACCAAGUGAAUGAAUGAAUGACUCGAUCAAUCAACUGAUCCAUGAAUCCAUGGACCCCUGAACAGCUGGACAGCUGGGCUGUGGGCAGGACAGGGGACUCUGGCUGAAGCCGCGUUCAUAUGUGUUCAGCUUUGUGAGUGGGGCGAGGUUGAGGGCUUAUUCAGUGGGGGAGGUGCACGGCAGGGCCAGUACCCUUGGAGGGUCAGGCCACAGGGGCGGGGACACCUGCCAGGAUGCCCAACCCCAGAGGCAGUGGGAGCUGUUGGGGAGCCGUGGUCCCAGUCAGCGGUGGCUUGAUGAGGGCUGCUCCCACUUCAUCCGCAGGAUUCCAGCCGCAGCUACCCCACACCCGAGCUGUCCCUAGUCGCCCACCGCGGCCGGACAAAGCCCCAGCAGCCAAGGUGCUCCGUGGGGAGGGUUUCUUGGGUUUCUUGAAGCCAGUAUUUCCCAUAGUAUCUUACGUCCCAGCAGAGGCCUCCACUGUGCCCGGACCAGCGGCCCACUCAGUGAGUCGAGUGUGCACCUGGCACCCCUCUUUCUGGAAAUCCACGAACAAUGGGCUCCCAGCAGAGGACUGAGGCUGAGCAGGCCACUUCCCUGGAGCUGACCCCACAGCUGUGUAGGUACAGGGUGGCCGUGAACACUUAGGGCUCUCUCGGGCUGUGCGCUUCUUGUUCACUGCAAGGAGCAGGGUGUUGGCUCCUGACCAAGCCCUGUCACUGCUGCCCAGCCACACGUGGGGCCCCUUCACCCACCCCUGACCACCUCAUGCAGGUGAAGCCACUGUGGAAACAGCCUGGCAGUCCCUUGAAAAAUGAAGUCAUAAACCCCAGCAAUUGCACUCCUGGGCCUCUGACAGAGCUUGCACGUCCCCUCCAAAGCUCGUGUUAAGCUGUGAGCCCCAGUGCCGGAGGUGGGGCCUGGUGUGUUUGGGUUCUGGGGGUGGAUCCCUCAUGGCUGGGUGCCAUGAACCCACUCACCACAGUGAGUUCUCACGAGAUCUGGUUGUUGAGAAGUGUGUCAUACCUCCCCCACAACUCUCUGUCUUUUGUUCCGGCUCUGGCAAUGUAACAAGCCUGCUCCUCCUUCGCCUUCUGCCAUGACUGUAAGCUUUCUGAGGGCUGACCAGAAGCCCAGCAGAUGCCAGCACCAUGCUUCCUAUACAGCCUGCAGAACCGUGAGCCAGCUAAACCUCUCCUCAUAAAUCACCGAGCCCCAGGUUUAUCUUUACAGCAAUGCAAGACCUGACUAAUACAGCACCAGCUCCCCAAAAUAAAAAGAAAUAUUCAAACAAAUAAGCGCACAGAAGUGUUCCCAGCAGCACUAUUCACAGCAGCCAAAAGGCGGAGGAGCCACAGGCUUGUCAGCUGAUGACAGAUAAAGAAAGCAUGGCCUGUCAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCAGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGUGUGAUGAUGAGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGAAGGCUGAGGAACAAGAAUCGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGGUCGCAGUGAACCGAGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1207 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1250.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 835.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....))).((((..((((.((((....))))))))..))))..(((((...((.(((((((((((..........))))))).((((((..((((....(.(((((.....))))).)......))))..))))))(((((.((((((.(((((.((((..((..((((.(((((.(((((..((((..(((........((((((..((((((((.((((((....)))))).....((.((((((.((((.((((.....))))..))))...((((((((.......((((((((((((((((....((((((.(.(.(((......((((((((((((.((((.....(((((((..(...((.((((((((.(..(((....((((((((.((((((((((((..((....))))))))).((((((((((....)))))...(((((.(......).)))))(((((.((((((.(((((((..((((((((..((((.(((((((((....(((....)))))))..(((.(((((((((((((...(((.(((((.((((((.((((((((.((.((((((..((.....(((...(((((.(((.((........(((((((((((((.((..(((..((((((((((((.((((..(((.((.(((((((..(((((...)))))((.(((((.((.....))))))).))((((((....(((...(((((((.(((((..((((((((....))))...)))).......((.((((......(((((.(......))))))...)))).))(((((((.(........))))))))))))).)))))))......)))..))))))......((((.....(((((...((((((((..(((((((((........(((((((((..((((((....))))))...))))))))).(((((((.(((.(((((.(((((((.........((((.((((((((((....)))))))..))).))))))))))))))....((((((.((((((.(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).))))))))).....))).))).))))))(((((((((.(((((((((((((.(......).))))))).)).(((((.(((.(((.....))).))).)).)))..((((((....))))))((((((..(.(((..(((((...))))).))).)..))))))((((.(((((((..(((((....))))))))))))....)))))))).)))).))))).......)).)))..)))))))..)))))))))....)))))))))))))......))))((((((....)))))).))))))).....))...)))..)))).))))..)))).)))))))...)).)))))))))))))(((((((..........))))))).)).))).)))))...))).....))...)))).)).))...))))).))).)))))))))))....((....))......)))))))))))))))).))).))))).))))..)))))).))..)))........)))).))))).......).)))))....)))))...((((..((.(((((........))))).))..))))..)))))))))))))...)))........).))))))))))...)..))).)))).......)))))))))))).)))).((((((....((((.(((...(((((((.((((.....((.(((((....))))).)).(((((((((.....)))))))))(((((.(((((....).))))))))).)))).))))))).)))))))))))))....))).).).)))))).....))))))).))))..((((((((....))))..)))).....(((........))).........)))))....)).))))))))))))))...))))))))..)))))))))...)))))))))...))))).).....)))..))..))))))))).)).)))).))))).((((((.((.....(((((((.....)))))))....((((((....))))))((((((((.......))).)))))...........)).))))))..((.(((((((((.....((((.((.(((......(((((((((...((((((((((((((((..(((((((..((((((((.((((((....(((((...((........)).....))))).....)))))).))))...((((...((.(((((((...(((..........)))....))))))).))))))(((..(((.................)))...)))...............................))))..)))).((((((......))))))..)))..))))....))))))))))))...)))))))))..(((((((((((................))))))))..)))(((((((....)))))))(((((...))))).(((((((..........)))))))(((...(((.((.(.(((((((.......................))))))).).)).)))...)))(((..((((((((........))))).))))))......))).))..))))))))))))))).)))).)).)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,....|||.((((..((({{((((....))))))))..)))).(((((((..((((((.(((((((..........))))))).((((((..((((....(.(((((.....}}}}).},}....))))..)))))).{|||.,.,.{{.{(((,.,,.,.}||,|.||..,.|}|}}}..))))}}}.,(({{{{{{{{(((((((..((((((((.((((((....)))))).....{{.((((((,((((.((((.....))))..))))...{(((((((..,..,.((((((((((((((((,,,{((((((.,.,.{,.......((((((((((((.((((.....(((((((,.{{..((.((((((((.,..(((....((((((((.((((((((((((..((....)}))))))).((((((((((....|}}}|,,.(((((,{......},}}}|}(((((,((({{(,((((({{,.(,((((((..((((,(({{(((((....(((....)))))))..,{{,{{{{{{{{|||||,.,(((....||.||||(((((((({(({.{(((((((..(((,,(,{{.....}))},))).((((..(((((((.....((((((.(.,({....)).,})))))).)))))))..))))((((((((.........))))))))(((((,({.....})))))).....)))))))},)},..)))))}|)||||||.{|||||{{{,(((((((((({(((((,,..,{,{{{{..,...{((((.{......})))}}({({||,.|{((,,(|({(.{{{{{,,,}|||||},,{(((((((((((,{.,.(((...,,))),)},.}||{(,{.,(({{(({{||((,((((((((,((((((..((({{..,(((,(((..((((((....)))))){{{|||,,|||{((,(((((.{({,{{{{.{{{{,{,||..,|||}.|{(({|{||{,||||}}}}))))))).}))))),))),))))))))..,.,)))}}).))))).(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).))))))))).))),))))))))}}.))}})))})))}}}}|,|||||||||.|,,.,..)}))}}})),)).{{(((.(((.(((.....))).))).))}.}}))))),|))))}))))).((((((..(.(((.,{((((...))))).))).)..)))))).,,,.(((((({..(((((....))))))))))))}}))).))))}}||,}},{|,|{((({.....((((((.{(.(({..(((.{((((.{.(((({...)))))).)))).,.((((..(((.({(({...})).)))))..))))...|{|{(({{(,{|||,,{{{{{{||..{((({.,(((({{..,,))},))).,}))))))))))})}.}{||{,..)))}.,,.)))))).)}.))))})....,.,,{((((...(((((.....))))).))))}}}))))},))))))..|}})))}}})))))}),))|,))))}.}}))..)))))).}}.})))},..,}},)))}.)))))..,,,.,|.}}}}).,,.)))}},|.{(((..((.(((((........))))).))..)))),.)))))))))))))...)))........}.)))))))))).,.},.))).))))...,...)))))))))))).)))).||||{{.,,,{{((.(((...(((((({.((((,....,{((((({,,.,{((||{,{{(((((((((.....))))))))){{{{{.|{{||.,..),}}})))))))))}}.)))))}),)))})}))})))),,,.))),),),)))))).},.,)}))))).))))..((((((((....))))..)))).....{{{......,.,}}.,,,.....))))).,,.)).))))))))))))))...))))))))..))))))).,...{(({|.||...}}},})}}|,((({,{{{,,.,,}}})))}}}},,|}}}})))}|||(((((.((.....{((((((.....)))))))....{(((((....)))))|((((((((.......))),}))))...,...,,}.)).)))))}..,,,(((((((({,.,{{({((|{{,{{{......(((((((((...((((((((((((((((..(((((((..((((((((.((((((....(((((...((........)).....))))).....)))))).)))),..(((({..{(.{{{{{{{...|||..........}}}...,||||||}.|}|,,,.,....},.}}},}}}........||{....))),.............,,....,},........,)))..)))).((((((......))))))..)))..))))....))))))))))))...))))))))).,{({((((((((................)))))))|,||}}{{{{|||,.,,)))))))|({{{..,}}))}.(((((((..........))))))){{(...(((.((.{.(((((({,.....................,))))))).}.)).))).,.))){{{..((((((((........))))).)))}},......))).)),,}}))))))))))))}.))},,.,.}}}}}...
Back