Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
MIR1-1HG-AS1:51
Sequence Length
2942 nt
GC Content
0.6061
AGCAGUCUGCAGGCCUGGGCAGGCGGCUCUGUAAAGGAUGCGGGUGCUUUGUGGUGGUGAGAGAGAGGGUAUGCAGCAGACGUGGCCAUAAAUCACCCUCCUCACGGCAGCCCCACACCCACGGACCAGGGCACGGGCACAGGGCCAUCUCCUUCCAGGAGAAGGGCUGGUGUGGGUGGCCAGAUCUGACAGCCCCCAGGCCGUAGGACAGAGCCAGAAGACAGAGCAGUUCCCCCGUUUACCCAUAGCACCAGCCUCACAGUAACAGCCGGCACACAGCACUUAGGCUGCCUGGUGUUCCAGAAGCUUCUGCAGGGGCUCUAUGCUGCACUCAAGGCAUCCCUAAGAGGAGAGCAUUUUGCUGUCCCCACUUUACGGAGAAGGAACGUGGGCUCAGGGUGGUUUAAGGCGUGAAUGAAUGAAGGAGCAAGCAGUAAGCCCCGACAGCAAGGCCACCACAGCCCUCGCCCCACAGGGACGCCUGAGCAAGGACCCAAGCAGGGGACAAGCAGGCUCACCCCGCCCUUGCGGGGCUGACCACGAGGCCCCGUCCGGUGGAACACGCCAUGACGCUUCAGGAGGCUCAUGUAGCUGGCGCCGUAUGGGACAGCGGGGGAGAGAGAAAAUGCACAGCCCAGGGAAUGUGGAGACAGGCCCAGCGCCAGGCAUGGGGGCCGGAAGGAGCAGCCGGGGAGCAGGGGGCAGGGCCUGGAGUCCCGCCUUGCAGGUCAGAGAUCUGAACCUGCCCCAGCCCCAGGACUCUGAGUGCAGCAAGAGGGGAGCCGGGCUGGAGAGUGGGGAGCACGGAGACUGUGGCCUGGAUGGUGCCAGAGCAAACAGGAGAGAGGCUGCCCAACGCAGAGGCUGCAGCACAGACCAGAGGGUCCCGGGGCUGACUGGGUGGGGGCAGCUCCCAGCGAGAGGCCCCUGGGAUUUGGGUAAGUAGAGGCACAUGCAGACUCUGGCCACAGGGCACCUCGCGCACGAGGGGAGUUCACCACACAAGCUGAGCGGAGGGCGGACGCAGGAGAGCAGCGGUUUCUCGGAAGCCAAGGGCGGUCAUGGAGCCCCACGCCACAGCGCUUCCCACGGGGCCACACCAUCCGGUCUGCGGAGGGGGCUGCAUUGCCGGGAAGGACCAUCUGAUUCUGGAUUCCAGCCUCACCCUGGGCCACCGCUGAGUGUCCCAAGUGGCCCCUUAGCCCCCAGGGCCAGGCGGCAUCCCAAUCCCCUAGGGAUGUCUGUGCUCAGAAUGUGGCACACACGCCCCGGCAGGGCCAUCCUCCUCCUCCUGCACCCGCCACAGCCGUGGAUUCGGGGUCUCUAUCGUGGGCAGAAAUUCACACAGUCAAGGUGAGGGUCCCAGGAGCAGCUGUGACCAGGCCCCGGCUGCCAGGGAGAGGGGGUCUUCAGCCGACGGGGCAGACACCCUGAGAUGGACCCUUGUCCAGGGGAGGGCCCUGCCACCCACAAUUCCUUGGCAUUCCUGCACCAGCAGGACGGGCUGAGGGAGGCGCCUCACCAGUGCCAGCGCCCAGCAUCACUGUGCCCCGGUGGAGGGGGAGGCCCUUCCGAGCCUGGGCCUGGGUGUGGAUGAGGGCAGGUCUCUCACCUCUCUGACCUCAGCUUCCUCAACUGGGAAGGGGGGCCACAGCACCCCCUUAGGGGUGAUGAGGAAGUGGGAGCUCAGGGAGGACCCCGGGCAGGGCUGCCUCCUCACCUCUCUUCGGCCUUUGGACACUGGAGCUCAGAGGACCAAGUGAAUGAAUGAAUGACUCGAUCAAUCAACUGAUCCAUGAAUCCAUGGACCCCUGAACAGCUGGACAGCUGGGCUGUGGGCAGGACAGGGGACUCUGGCUGAAGCCGCGUUCAUAUGUGUUCAGCUUUAGGCCUCCACUGUGCCCGGACCAGCGGCCCACUCAGUGAGUCGAGUGUGCACCUGGCACCCCUCUUUCUGGAAAUCCACGAACAAUGGGCUCCCAGCAGAGGACUGAGGCUGAGCAGGCCACUUCCCUGGAGCUGACCCCACAGCUGUGUAGGUACAGGGUGGCCGUGAACACUUAGGGCUCUCUCGGGCUGUGCGCUUCUUGUUCACUGCAAGGAGCAGGGUGUUGGCUCCUGACCAAGCCCUGUCACUGCUGCCCAGCCACACGUGGGGCCCCUUCACCCACCCCUGACCACCUCAUGCAGGUGAAGCCACUGUGGAAACAGCCUGGCAGUCCCUUGAAAAAUGAAGUCAUAAACCCCAGCAAUUGCACUCCUGGGCCUCUGACAGAGCUUGCACGUCCCCUCCAAAGCUCGUGUUAAGCUGUGAGCCCCAGUGCCGGAGGUGGGGCCUGGUGUGUUUGGGUUCUGGGGGUGGAUCCCUCAUGGCUGGGUGCCAUGAACCCACUCACCACAGUGAGUUCUCACGAGAUCUGGUUGUUGAGAAGUGUGUCAUACCUCCCCCACAACUCUCUGUCUUUUGUUCCGGCUCUGGCAAUGUAACAAGCCUGCUCCUCCUUCGCCUUCUGCCAUGACUGUAAGCUUUCUGAGGGCUGACCAGAAGCCCAGCAGAUGCCAGCACCAUGCUUCCUAUACAGCCUGCAGAACCGUGAGCCAGCUAAACCUCUCCUCAUAAAUCACCGAGCCCCAGGUUUAUCUUUACAGCAAUGCAAGACCUGACUAAUACAGCACCAGCUCCCCAAAAUAAAAAGAAAUAUUCAAACAAAUAAGCGCACAGAAGUGUUCCCAGCAGCACUAUUCACAGCAGCCAAAAGGCGGAGGAGCCACAGGCUUGUCAGCUGAUGACAGAUAAAGAAAGCAUGGCCUGUCAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUGGAUCACCUGAGGUUGGGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCAGUCUCUACUAAAAAUAUAAAAAUUAGCUGGGUGUGAUGAUGAGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1277.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1322.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 751.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((((((((..((((.....))))((((.((((.((((((((((((((((((((((.(((.(((((.((..((((..((((((............((((((.((((((....(((........)))....(((.....))).((((((...)))))).)))))).))))))))))))..))))((.(((....))).))....((((((((((((((((((.((((.(((((...(((((..(((((((((((((........(((((((...(((...(((((..((((....)))).))))).))).(((((((...(((((((...((((.(((((....(((.((((...)))).)))((.......))....((..((.(((((...((((((((...((.........((..((.((.........)).))..)))).))))))))..))))).))..))..))))).))))((((..(((........((((((..((((((((.((((((....)))))).....((.((((((.((((.((((.....))))..))))...((((((((.......((((((((((((((((....((((((.(.(.(((......((((((((((((.((((...(((((((.((.((..((.(...(((.(.......).)))...).))..)).)).)))))))(((((((......((((((...))))))..((((((((((((.((((.((((((((.(((.....((((.(((((...(((((((((((((..(((...((((.((((((......)))).))..))))((((((..((((((....(((((.(((((((((..(((...(((((((((((((..((.(.((((((...)))))).).)).)))))).))))))).)))..))....))...))))).)))))(((....))).(((((....))))).....(((((((((..((((.(((..((((.....((.((..((...((((((...))))))....))..)).))..))))..)))..))))(((......(((((((((((....)))....((..(((((((.....((((((.(((...)))..))))))....)))))))..))((((.(((......))).)))).))))))))..)))..(((((.((((((((((((((.........))))))))(((((.((.....))))))).......(((.((((((.(((((((((.((.((((...((((....))))..(((((((.(((.((((.(((.((..(((((.(......))))))((((.(((......))).))))(((((((..((.(...).))..))))))))).))).))))...))).)))))))..(((((....))))).(((..(((...))).)))....(((((((((..((((((....))))))...)))))))))(((((.......))))).((.....))......))))...)).))))))))))))))).))).)))))).))))))))))).))))))))).)))))).(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).)))))))))..(((.....)))))).))))))).))))))))))))))).....)))..))))))))...((..(((.(((.(((.....))).))).)))..)).((((((....))))))..))))..(((((....)))))))))).)))))))....))))))).(((....)))((((....))))((((((((((((.((((..(((.((((((.((((..((.(((((........))))).))..))))..)).....((((((....))).)))....))))...)))..)))).))))))))))))...)))))))))))).)))).((((((....((((.(((...(((((((.((((.....((.(((((....))))).)).(((((((((.....)))))))))(((((.(((((....).))))))))).)))).))))))).)))))))))))))....))).).).)))))).....))))))).))))..((((((((....))))..)))).....(((........))).........)))))....)).))))))))))))))...))))))))..)))))))))...))))))))..)))...))))))).)))))))..)))))).)))))))...)))))..)))))((((.....(((((((.....)))))))....((((((....))))))((((((((.......))).))))).((((...)))).....))))))))))))))))))).....)))))))............)).)))))))).))))))....)))))))......((..((((.(((((.......)))))..)))).)).)))))).))).)))).)))))))))))).)).))...............(((.((((....((((.(((......((((((((((((((...(((((.((((...............(((((((.............................((.......((((((......)))))).......)).(((....))))).)))))..)))))))))..)))).))).)))))))........((((.....((((((....))))))))))(((((((((...((((((.(((((((..........))))))).).......))))).))))).))))....................))).))))..)))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((.,(((((,((((((((,.((({{,{((((,.,((,,({((({(((.,{{{(({(((((.{.({((((({((.{(,,,.}|{||||,.....,}}}}}|||||{}||||||}.}}|||,}||},}.{(,{{{.,(({{.,{|||.((((((...)))))).))})),}))),,))),)),..}}}}.,.}}}}}}})))}}}}}}.((((((((((((((((((.((({((((({...(((((..(((((((((((((........(((((((.,,(({...{{|||,.((((....)))).}||}}.})).(((((((...(((((((...((((.(((((..,.(((.((({...}))).))){|.,,,...,}.,..((..((.(((((..,(((((({{..,((.,...,,..((..((.((.........)).))..)),}.)}))))))..})))).))..))..))))).))))((((..(({.......,((((((..((((((((.((((((....)))))).....{{.((((((,((((.((((.....))))..))))...{(((((((..,..,.((((((((((((((((,,,{((((((.,.,.{,.......((((((((((((.((((...,.((((((((.((,,{{.{{{((((({{,.{{.((((((((((..|.((,.((((.,(((((.((((((((({(((((((((....))),,))))),(((((((..((.((((...{.........,,)}}}))))))))).,.(((.....)))...(((((((,((((,.{{.{.},,,,,)}..)})}...((((.(((((...,(((((.(((((((((..(((...{((((((((((((..((.(.((((((...)))))).).)).)))))).))))))).)))..))....))...))))).))))),}....)))))))))((.((((({{(((,{{{,((.{....{({{.{{{{..(((((..(((((({.((((.((((((..(((((({...((((....(((....))}))))...}.))))))...))))))..{((....)))))))(((((((({(,,.((((((((..(((,,({{{.....}))},))).((((..(((((((.....((((((.(.{({....))..,)))))).)))))))..))))((((((((.........))))))))(((((,({.....})))))).....))))))))}))}.,))))),})))))))..))))).},,)})))}....})),))))).))))).)).......,.)))))))}))))).))},|))))).....))))..)).,.)))))))))),,(({{(((({(({{{.,.(((..{((((......||||{.{{(({.,..,|)))))|||(((((.((((((..(((({..,(((,(((..((((((....))))))(((({(,,((((((.(((((.{({|{{||.{({,,,,||..,,}}).}|{{||,|||,||}|))))))))))).)))))),))),))))))))..,.,)))))).))))).(((((((((.(((.((((((((((((...(((((((((....)).)))))))...)))..)))))))))..))).))))))))).)))})}}}}))))},))))))).)))))})))))))}}}}|.|.}}||.||}||||||.,|.{{(((.(((.(((.....))).))).))}.}),.((((((....))))))((((((..(.(((..{((((...))))).))).)..)))))).}}}|(((,,..}))|{||,...,|,|((((((((((((.((((..(((.((((({.((((..((.(((((........))))).))..))))..}},....{({(((....))).))}....))))...)))..)))).))))))))))))}.,)))))))))))).)))).||||{{.,,,|{((.(((...(((((({.((((,....,{((((({,,.,{((||{,{{(((((((((.....))))))))){{{{{.|{{||.,..),}}})))))))))}}.)))))}),)))})}))})))),,,.))),},),)))))).},.,)}))))).))))..((((((((....))))..)))).....{{{......,.}}}.,,,.....))))).,,.)).))))))))))))))...))))))))..)))))))))...))))))))..)))...))))))).)))))))..))))))},))))))...)))))..}))))).((.....(((((((.....)))))))....{(((((....)))))|((((((((.......))),})))),{{({{............)))))))))))))))))).....))))))),,...,..{{{{{{{||,..{{|{{{{(({{{{(({,,|{{{(({..(({{((((.((((({....{{|||,,.{|,},.,,.,)),....))})),,.,,)))))),)))),..{{(({..,{.,,,,,{{,..{{{,,........}}}...,|||||||,||||||,{,...|{,||,||||........||,....||||,,,..........,,....,},........,}}}..}}}}.((((((......))))))..))}..))}|,,..}})))))})))),..)))))))))..}}||,{{{{{{.,...........,,,))))}}||(((|,...||}}},|||||||||((,{,..||}||}.(((((((..........))))))),)}}..{{{,||.|.(((((({,,....................,))))))).}.)).))).)}
Back