Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NEAT1:10
Sequence Length
1457 nt
GC Content
0.5820
GGGAUGCGCGCCUGGGUGUAGUUGUGGGGGAGGAAGUGGCUAGCUCAGGGCUUCAGGGGACAGACAGGGAGAGAUGACUGAGUUAGAUGAGACGAGGGGGCGGGCUGGGGGUGCGAGAAGGAAGCUUGGCAAGGAGACUAGGUCUAGGGGGACCACAGUGGGGCAGGCUGCAUGGAAAAUAUCCGCAGGGUCCCCCAGGCAGAACAGCCACGCUCCAGGCCAGGCUGUCCCUACUGCCUGGUGGAGGGGGAACUUGACCUCUGGGAGGGCGCCGCUCUUGCAUAGCUGAGCGAGCCCGGGUGCGCUGGUCUGUGUGGAAGGAGGAAGGCAGGGAGAGGUAGAAGGGGUGGAGGAGUCAGGAGGAAUAGGCCGCAGCAGCCCUGGAAAUGAUCAGGAAGGCAGGCAGUGGGUGCAGGGCUGCAGGAGGGCCGGGAGGGCUAAUCUUCAACUUGUCCAUGCCAGCAGCCCCUUUUUUUCCAGACCAAGGGCUGUGAACCCGCCUGGGGAUGAGGCCUGGUCUUGUGGAACUGAACUUAGCUCGACGGGGCUGACCGCUCUGGCCCAGGGUGGUAUGUAAUUUUCGCUCGGCCUGGGACGGGGCCCAGGCCGGGCCCAGCCUGGUGGAGCGUCCAGGUCUGGGUGCGAAGCCAGGCCCCUGGGCGGAGGUGAGGGGUGGUCUGAGGAGUGAUGUGGAGUUAAGGCGCCAUCCUCACCGGUGACUGGUGCGGCACCUAGCAUGUUUGACAGGCGGGGACUGCGAGGCACGCUGCUCGGGUGUUGGGGACAACAUUGACCAACGCUUUAUUUUCCAGGUGGCAGUGCUCCUUUUGGACUUUUCUCUAGGUUUGGCGCUAAACUCUUCUUGUGAGCUCACUCCACCCCUUCUUCCUCCCUUUAACUUAUCCAUUCACUUAAAACAUUACCUGGUCAUCUGGUAAGCCCGGGACAGUAAGCCGAGUGGCUGUUGGAGUCGGUAUUGUUGGUAAUGGUGGAGGAAGAGAGGCCUUCCCGCUGAGGCUGGGGUGGGGCGGAUCGGUGUUGCUUGCCUGCAGAGAGGGUGGGGAGUGAAUGUGCACCCUUGGGUGGGCCUGCAGCCAUCCAGCUGAAAGUUACAAAAAUGCUUCAUGGACCGUGGUUUGUUACUAUAGUGUUCCUCAUGGCGAGCAGAUGGAACCGGGAGACAUGGAGUCCCUGGCCAGUGUGAGUCCUAGCAUUGCAGGAGGGGAGACCCUGGAGGAGAGAGCCCGCCUCAAUUGAUGCCUGCAGAUUGAAUUUCCAGAGGCUUAGGAGGAGGAAGUUCUCCAAUGUUCUGUUUCCAGGCCUUGCUCAGGAAGCCCUGUAUUCAGGAGGCUACCAUUUAAAGUUUGCAGAUGAGCUUAUGGGGGGCAAUCUUAAAAAGUCCACAGCAGAUGCAUCCGGCUCGAGGGGCCAUCAGCUUUGAAUAAAUGCUUGUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-610.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -637
Frequency: 0.0000
Diversity: 389.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((((((((((((((((((.(((((.......(((((((((..((((..(.......)..))))......)))))))))..........((.((...((((((((.((((.....((((((((..((((..........((((((((.(.(((((.....((....))......))))).))))))))).(((......)))...))))..)))))))).(((((.((.((....))))))))).))))))))))))....)).)).))))).)))))))..))..))))))))))))((......(((((.(((..(((..((((.((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((((....((((..(((((.(.((.((((((..((((.((......(((((((.((.((((.((((((......))))..)).))))...)).)))))))......((((((.((...))))).))).(((((((((((((((((.(((((.(((.(..((.(((...((((.((.(((((((((((((((...)))))))))...........((((((((((((......)))))))))))).)))))).)).)))).....(((((((.(....).)))))))(((((((((.((((((((.((((((...((.(.......).))..)).)))))))))))).(((.((..(((((..(((.((.(((...))).)))))..))))).))))).))))))))).))).))..).)))..)))))..)))))).))))))))))))).)))))))))).))).)))).)..)))))))).)))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))...))).))).)))))......))(((((.........))))).)))((((((((((((.((.(((((.((.(((((((...(((........(((((....((((.(((((((.((.((((((((((.(((((((((.(((..(((..((((((...(((((((.(.(.....).).)))))))..))))))..))))))))))((((...))))........((((((((...(.(((((.....((((..(((((((...)).))))).))))))))).)...)))))))).((((..((((((........))))))))))((((....))))...((((((...((.((((..((((.((((...((.......))...)))))))))))).))...))))))...)))))..))))).)))))))...((.(((((((....)))..)))).)).....((((((......))))))..)))))))..))))......))))).......))).))))))).)).))))))).))).........))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..(((((((((((({((((((((.(((((...{{,,(((((((((..((((..(.......)..))))......))))))))}.........,((((({{.(((({((({(({{.....{(((((((..{{{{.|},,||||.((((((((.(.(((((.....{{,,..}}......))))).))))))))).|||......))).})))))..}))))}))}|||||.{{|((,..,}||||}},..})),})))))))..,}})})).))))).))))))),.,}..)))))))))))),,...,..(((((.(((..(((..((((.((((.(((((((((((((((((((((((((.{{(((({,.{(((((((((,...{.{{,(({{{(,.{(({.{,,.,||,(({{(({.((,((((,{{{{((|,...}))))..}}.)))).,,)).))})))),,,,,}||||||.||.,})))))},...(((((((((((((((((.(((((.(((,{..((.{((...((((.((.(((((((((((((((...)))))))))...........((((((((((((......)))))))))))).)))))).)).))))...,.(((((((.{....}.)))))))(((((((((.((((((((((((({(...{{.(.......}.))..}}.)))))))))))).(((.((..{((((..(((.((.(((...))).)))))..))))}.))))).))))))))),}}|,}}..}.)))..)))))..))))))}}}})))))))),||||||||,||||||,,,...},,))),.,))),))}...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))...))).))).)))))......},(((((.{{....).))))).)))((((((((((((.({.(((((.((.(((((((...(((,..,....(((((..,,(({{.((({{(((({{,((((((((({(((((((((.(({.,(((..((((((...(((((((.(.(.....).).)))))))..))))))..)))))))))).||{,..,{{.........|||{{{{{..{{,(((({....,||||.,|{(((({,..,|,,}|||.,|||}}|||{|.{,|}}}}})))))}}}))),}})..}}{{{.{|,..)))))((((....)))).}}||||,..,}||}||}},......,,(({{{(({{,........{((((((.((((|,({{.,||,,,,.,..)))).}))))))))))),,...((.(((((((....)))}.}))).))...,..||}}}}}}}..,))))).,)))))))..))))......))))),.,....))}.))))))).)).))))))).))),........,))}}))))).
Back