Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NEAT1:14

Sequence Length

1988 nt

GC Content

0.3944

CAUCUUCUAAAUUGAGCCUCCGGUCAUACUAGUUUUGUGCUUGGAACCUUGCUUCAAGAAGAUCCCUAAGCUGUAGAACAUUUUAACGUUGAUGCCACAACGCAGAUUGAUGCCUUGUAGAUGGAGCUUGCAGAUGGAGCCCCGUGACCUCUCACCUACCCACCUGUUUGCCUGCCUUCUUGUGCGUUUCUCGGAGAAGUUCUUAGCCUGAUGAAAUAACUUGGGGCGUUGAAGAGCUGUUUAAUUUUAAAUGCCUUAGACUGGGGAUAUAUUAGAGGAAGCAGAUUGUCAAAUUAAGGGUGUCAUUGUGUUGUGCUAAACGCUGGGAGGGUACAAGUUGGUCAUUCCUAAAUCUGUGUGUGAGAAAUGGCAGGUCUAGUUUGGGCAUUGUGAUUGCAUUGCAGAUUACUAGGAGAAGGGAAUGGUGGGUACACCGGUAGUGCUCUUUUGUUCUUGCUUCGUUUUUUUAAACUUGAACUUUACUUCGUUAGAUUUCAUAAUACUUUCUUGGAAUUCUCUGGGGCUUUGGGGAAUUUAGUGCGUGGGUGAGCCAAGAAAAUACUAAUUAAUAAUAGUAAGUUGUUAGUGUUGGUUAAGUUGUUGCUUGGAAGUGAGAAGUUGCUUAGAAACUUUCCAAAGUGCUUAGAACUUUAAGUGCAAACAGACAAACUAACAAACAAAAAUUGUUUUGCUUUGCUACAAGGUGGGGAAGACUGAAGAAGUGUUAACUGAAAACAGGUGACACAGAGUCACCAGUUUUCCGAGAACCAAAGGGAGGGGUGUGUGAUGCCAUCUCACAGGCAGGGGAAAUGUCUUUACCAGCUUCCUCCUGGUGGCCAAGACAGCCUGUUUCAGAGGGUUGUUUUGUUUGGGGUGUGGGUGUUAUCAAGUGAAUUAGUCACUUGAAAGAUGGGCGUCAGACUUGCAUACGCAGCAGAUCAGCAUCCUUCGCUGCCCCUUAGCAACUUAGGUGGUUGAUUUGAAACUGUGAAGGUGUGAUUUUUUCAGGAGCUGGAAGUCUUAGAAAAGCCUUGUAAAUGCCUAUAUUGUGGGCUUUUAACGUAUUUAAGGGACCACUUAAGACGAGAUUAGAUGGGCUCUUCUGGAUUUGUUCCUCAUUUGUCACAGGUGUCUUGUGAUUGAAAAUCAUGAGCGAAGUGAAAUUGCAUUGAAUUUCAAGGGAAUUUAGUAUGUAAAUCGUGCCUUAGAAACACAUCUGUUGUCUUUUCUGUGUUUGGUCGAUAUUAAUAAUGGCAAAAUUUUUGCCUAUCUAGUAUCUUCAAAUUGUAGUCUUUGUAACAACCAAAUAACCUUUUGUGGUCACUGUAAAAUUAAUAUUUGGUAGACAGAAUCCAUGUACCUUUGCUAAGGUUAGAAUGAAUAAUUUAUUGUAUUUUUAAUUUGAAUGUUUGUGCUUUUUAAAUGAGCCAAGACUAGAGGGGAAACUAUCACCUAAAAUCAGUUUGGAAAACAAGACCUAAAAAGGGAAGGGGAUGGGGAUUGUGGGGAGAGAGUGGGCGAGGUGCCUUUACUACAUGUGUGAUCUGAAAACCCUGCUUGGUUCUGAGCUGCGUCUAUUGAAUUGGUAAAGUAAUACCAAUGGCUUUUUAUCAUUUCCUUCUUCCCUUUAAGUUUCACUUGAAAUUUUAAAAAUCAUGGUUAUUUUUAUCGUUGGGAUCUUUCUGUCUUCUGGGUUCCAUUUUUUAAAUGUUUAAAAAUAUGUUGACAUGGUAGUUCAGUUCUUAACCAAUGACUUGGGGAUGAUGCAAACAAUUACUGUCGUUGGGAUUUAGAGUGUAUUAGUCACGCAUGUAUGGGGAAGUAGUCUCGGGUAUGCUGUUGUGAAAUUGAAACUGUAAAAGUAGAUGGUUGAAAGUACUGGUAUGUUGCUCUGUAUGGUAAGAACUAAUUCUGUUACGUCAUGUACAUAAUUACUAAUCACUUUUCUUCCCCUUUACAGCACAAAUAAAGUUUGAGUUCUAAACUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-540.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -583.22

Frequency: 0.0000

Diversity: 668.51

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.(((.((((((((..(((((((.((..(((((.....((((((((.....((.(((((((((..(((.((((((((((........)))).((((((((((..(((((((((..(((.((.((..((((.(((.(....((((....))))...)))).))))..))...)).)))(.(((.((((((.((...((((((((.(((.............(((((((.((((.........)))).)))))))))).))))))))...)).))))))))).)...........))))))))))))))))))).....(((((((((((....((((((((((((((....((((.(((((((..(((((..((((((....(((.(((....))).))).....))))))..........((((....))))..((.(.((((((((((((((....((((....))))........((((((.((((............((((((((..(((.((.(.((.((((.....)))).)).).)).)))))))))))......(((((((((.....)))))))))(((((((...(((((((...(((((...((((.((((.(........).))))))))...)))))....)).)))))...)))))))((((((...))))))..((((.((((...)))).)))).)))).))))))......((((((.((((((.....)))))).)))))))))))))..))))))).).)).....)))))))))))).))))))).)))).....))))))))))))))))))...((((((((((........))))))))))((((((.((....((.((.((((((((.....)))))))))).))..)).))))))((((....))))(((((((((..(((..(.(((......))).)..)))..))))))))).(((((((((((((.(((((.....((((..((((((....((((((((...((((.((((((...)))))).)))).(((.((((((......)))))))))....(((((((((((....(((.....)))(((...((((((((...))))))))))).......((((.((((((((((......)))))).((((..(((((...(((..((((.((((.....((((((((((.((((((((......(((((((((((.....((((((...))))))....)))))))((((((((((((((((.((....(((((((((((......)))..............))))))))..(((.......)))(((((....)))))((.((((((...)))))).))......(((((((.((....))..)))))))..)).))))))).(((.((.....)).))).....)))))))))......)))).....)))))))).))))))...))))......))).).))))..)))..((((.......)))).)))))..)))))))).)))).))))).))))))....(((((((......)))))))))))))))...))))))..)))).....))))).))))).............))))))))..)))))).)))))))))))).))......))))))))...............)))))..)))))).)))..)))))))).....((((....))))))).))))...........((...((((((((((((.(.((((.((...((.((((.(((((((.(((....((((....((((((.(..(((...(((((.((.((.(((((....((((.((((...))))..))))......))))).)))).))))))))..).))))))))))....)))...)))))))..)))))))).)))).).))))))))))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,,.,{,.,{{(((((..{{{{(((.((,.,,{{{{,{{{((((((((.....{{,(((((((((..{((.((((((.,...{{{(..(({{{,((((((((({..(((((((((..{{{.((.((..((((.(((.(....((((....))))...}))).))))..))||{||,|||,,({{,((((((,{,...{{{{{{{({{{||.|,.....,.,,||||{((,{{{{.{{{{{{..||||,|||}|||}},.}})))))).,.}},)))})))))},,,.,},,.,..)))))))))))))))))))}....(((((((((({...{((((((((((((((...,((((.(((((((.,(((((..((((((....(((.{((....))).)))..,..)))))},,.,,,,..{((((....))))}.,,.|.|||{{||{{(((({||||((((....}}}}.{{{{.,{((,,,,.,|||}.}}},......((((((((..{((.((.(.((.{(({....,}))}.)).).)).)),)))))))).,{,{,{{{{(({{{.....)))))))}|(((((((...((((((({{,(((((...(((,,{{{{.{.....,}}}.)}}}|}}|,..})))),}},))})})))...)))))))|{{(({...,}}))},{((((.{{{|,,,)))).)))),},}},}}||||,,..|,((((((.((((((.....)))))).))))))})}}}}}.,}}})))),).)},,,,,)))))))))))).)))))))}}})).....))))))))))))))))))..{((((((((((........))))))))))|{{{((,({.,,,{{.{{.((((((((.....)))))))),}.}}|,}),})}}}}{{(({,.{{|{{(((((((((..(((..(.(((......))).}..)))..)))))))))...||}}}.,|||||||{.,..,,{(((({.,,(((({,{((((.(((({..((((.((((((...)))))).)))}.(((.((((((......)))))))))....,,,,,|}}||,}}}}||}}}}}})))|,,...(((((({(.,.|||||||||,,.|||||||||{,{,,{{{,,||,|.,,{|||||||{{{{|||||{({({(,,..,)}))),,{{{{{{{(({,,{,,|,|{{|||||,,,{{{((({(((((((.....((((({...})))))..,.))))))){{(((((({,,{,,({{{{....(((((((({((,,,,..||}..,,.,...,....))))))))..)))},...,,|..(((((....))))),{.{|||{,...,}}}}}.}}.,,,|}|,||||,.{{{({.((((.......))))))))))}}.|{(||{.....}).))).....)))}))})},..},,))))..,,.}})||||||||,|||||,,{||{,,{{,{{{{(((({...|))}},,||},},,,}})}}}}}},..,||}},}}}})))},))))}.}))}}}....(((((((......))))))),}))))))},,))})))},))))))||||||||||.}}}))))))}.,,..}))),,)))}.)))))).))}))))))))),)}......)))))))).,{{{{{{....})))))},,,||||||.|||,,}}}||}||,,...(((({{{{.,|||||{|,|,......,,,.,}))}}}|||,{{{{|||,|,||||,||}}.||,|(((.(((((((.(((.,,,({{{.,,.{{{||{...,|||.,,||{((,(({,({(((({....((((.{({(,,,,||,..}}}|,,,...})))).,,}}})})))))}.,)})}}}}}})))..,,))),,.)))))))..)))))))),)),,.},),}|||||,,,},)}),