Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NEAT1:2
Sequence Length
1913 nt
GC Content
0.5363
CUGACCUGGCUUCAGAACAAGAUGUGGGGCUCCAGGCACCCGGGAGACCAGUGACCCUGAUUGGCAAUAGCCGCAAGAAAGGGCUUGGAGACAGGGGCCAGGCGCGGUGGCUACCCCUGUAAUCGCAGCACUUUGGGAGGUCAAGGCAGGUGGAUCACUGGAGGGAGGGUGCAGUGAGCAGAGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGUGAGACUCCAUCAAAAAAAAAAAGAAAAGAAAGAAAGGGCUUGGAGACAGGGCCCUAACCCUGGAAUCCAGAUGUUGCCAAAGCAGCCCCCUCCUGUUCCUCUGUCUGCCUGGGAAGAAGCAGGAGUUGGCCACCCACACAGGCAGGGCGGGCCCUUCACCACCCAGCUCCACCCCGGAAUCCAAGGGCCUCUGUUUGCUGCUGUUUUCUGGAACAACUUGUUUUGAUCUAGAGAAAUCUGCUGACACCGGCCUUCCUGCUCUCACCCUCCAGCUGGGCAGAGGUAUUUUUAGACUUAUUUGUAGAGGAAGAGAGCAGAACCCAGGCCCAAUGUGUACCCUCCUUACUGUGGGCACAGCUUUGGCCCCUUAAGGCAGGACAGAGAUAUCCAUGUGGUUGUCUACCCUCAGCUCAUCUCUCCUUAAAUACAUUCCUUUCCCGAGAAAAACGAGCUGUGUGGAACUUGGAGGCCAGCAAAGCUUCUACAUAAGGACCCUCUGAAACAGUGCCCUUUUGUCCUUGAAAACCCAGGGUGGCAAAGGCAGCUCCAGAUACAAGGGCACAAAGGAGACUUGGUUCCCUUUGUGACAGGGAAGCCCGGGGUCCUUUUUCAUCCUCUACCUCAGGGGCCAGAGCUUCCUCAUCACCCUGCACCCCCUAGCAAGGGAGGUGCCCGCUACACGGUCCAAAGUCCUCUCCAGACAUUCGGGCCCUGCCCGCCUUGCUGGAGGGCUCAGGAGUUCACCAGGUUUGCUUCCAGAAGAGCCAGGCUGGGGAUGCCUGCUUGCAAAUGCAGCAAAUAAAAAAUAAAUAAAUAAAUAAAAAUCACCUUUCUCCCCACCCCCACCCAAAUGUAAAAUGAGCCGACAGCCUGUCCCUCGGCUAUGUCAGAUACUGCUUUCCGCACAAUAUCUUGGUUUUACAUUAUUUUGCAACGGCCUCUUCCCACUUAAUCCAUCCUGAACACACUUCUUGAAUGUUCUACCCCGGCAGGGAUGCGCAUUCUCAGGAAACACGUCCCCUCGCCAGGCCCCUGGGAAGAGUCAAAACCACGAUGCCUGCCCCUGAAGCGCCCGCGCGGCUCCACGGGGCUCCAUGUUGUCACCCACUAGCUCCUGGCCUUGAGCGCUGUCCGCGAUCCCAAAAAGCACUGUUAAAGAGAAGCGGGGAUACACUGGGGUCCUUGCGUGGGGGCCGCCUGGGAGACCAUGCACCGCCCGGGAGUCUCUCCGGGCAGGGUCGGGGAGGGACUUUUUUGCCGGUGGCCGUGGAGGAAUCGUCCCGUUGAGCAAUGACCCCGGUGACGCGGCUGAGGGCUAUAAAAGCAAAAGUUGUGGCAAGUCCCCUCCUUGCCUCCACUCCAAUCCAGGGGCUGGGGCCACAUUCUUUGCCUUCAUUUAUCCUCAGAUCAGGUGAGAUCGACAGGAGGUGUUGAUGGCAGUGCCAGCAAUUAUUGCUAAUCCGUUUGCAUCCUUAUGCAUAGAUCUGAAUUCAGACUUUGUGAAUUUCCAGAGGUGUGGGUAAUAUAAUAGAAUUCAGUGAGUGGGCAUGGCUGAUCUUGUGCAAAUUAAAAGUUAUGGGGCAUAAGAAUAGCAAAAGUUGAACUUCUUUUAAAAAGGAAAGUACCCUGAGAGCCAGUAUUGGUUGAGGCUCUUCAGUAUGCCCAGGUUGGCAGCACUGAGAACCGCAGGAACGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-685.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -719.67
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.4
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((...........(((((...(((((..((((...((((.(.((((...((((....))))......)))))))))...((((((((.((((.((.(((.....((((....)))).....(((((((...((((.(((((....((((((((.((((((((((..............))))))))))...(((((((((((((((((.......)))...............(((....((((.(((((..(((((......)))))...)))))..(((((....))))).))))....))))))))).))))))))..((((((((((((((....))).))..((.(((.((........)).))).))(((.....)))......(((((..((((.((.....(((((((((.(((......))).)))))))))....)).))))..)))))))))))).)).)))))))).((((.(((((((((((((...((((((((.(((((................(((((..(((.........)))..)))))..(((((((((((((..(((.((((...(((((.((....)).))))).(((.((((((...((((....................)))).....)))))).).))....(((((((.......)))))))...(((((((((.......(((..(((((((((((((........((((.((....)).))))......)))))))).)))))..))).((((((((.......)))).)))).))))))))).....))))...))).))))))))))))))))))........(((((((((....)))).)))))(((.....)))(((..((.((.((((((.((..(((((...)))))...))))))))))))..)))((((.((((.((.((((......)))).)).))))))))...((((.((....))))))............)))))))).))))))).))))))...))))...)))))....((((((((((((((((((((........)))..))))(((((.(((.....)))...))))).)))......))))))))))...))))))))))).........((((((...........((((((..((.(((....))).)).)))))))))))).....))).)).)))).)))))))).............)).)).))))))))))))))))(((.....)))....(((..(((..((((((((.((.(((((((((((..((((((.((..((((((((((......(.((.....)).).....))))).((((((((((.((((...(((((..(((......(((((((((((..((((((((((((.(((...)))..))))))))))))..).)))))..))))))))....))))).....)))).)))))))))).)))))...)).)))...........(((.(.((((((.......)))))).).))).))).)))))))))))(((.((......((((.(((....((((..((((......))))...)))).....))).)))))))))(((((...))))).(((....(((((....)))))..)))((((((((.....(((((....((((......))))...)))))..))))))))....((((((((((((.((((((((..((........))...)))))))).)))).........((((((((....)))).))))...(((((((((............))))).)))))))))))))).))))))))..)))..)))))))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.((((({(((({...,,{,|{|{{({((((((((.{{{{((,..{{{{,{.{||{,..{(((....)))}.......}}|}}|||||.((((((((.((((.((,(({..,,,((((....}})}...,,(((({((,..{(((,(((((....((((((((.((((((((((..............))))))))|)|..(((((((((((((({((,.,,,,.||................,...,..,((({(((((..(((((......)))))...))))}..(((((....)))))}},|||||,|}})))))).)))))))).|{{{((((({|.,(({,..||,....{((.(({.((,,,,,...}}.}}}.}}|{{.....)),....,||||{|..((({.((.....(((((((((.(((......))).)))))))))....)).))))..))))))))))))|||.)))))))).((((.(((((((((((({...{(((((({.{((({.|,,,,,.,......|(((((..(((.........)))..))))).,{((((((((((((..(((.((((..,(((({.((....)).})))}.({{.((((((.,.((((...,{,........,},...)))).....)))))).),))....(((((((.......))))))).,.{((((((({|||....,(((((((({((((((((......}}|||,.||,,,})),}}}||.},,,,}})))}||{((({..,||.{|{{{|||,,,,,..}})),,,)),))))))))).....))))...))).)))))))))))))}})))........(((((((((....)))).)))))(((.....))),{,..((,((,{(((((.{{..(((((...)))))...}}))))))))))..)))||{{.((((.{{.((((......)))).)),))))))}},},(((.,{{....)))))}............}))},,,..))))))).)))))),},)))}...)))))..,,(((((((({(((((((((((........)))}.,)))(((((.(((.....)))...))))).}))}},,}})),}}}})},..||}|||||||||.........,,{{((,,,..,.....|{{|||,},,.(({,,,.|||,||.|}}|||}}}})),.,.,)))})}.}))).))}}}}))}||||||||....||}},,|}|||||}}}}||}}|,(({{.{{|||{{{{((({{((({{(({{(((,{((.((.{((({({(,.,,{{{{{({..,.|||,,|||....,}}.{{.,...,},}.}}.))))))}|}|)))}})))|,,|}}}|||||}||.|||,...||},||,{{(((((((,,,.,||}})))).|||,|{{|{{{{||||||{{.((((((.((((.((.{,.,{.{|,,,.....)),)},,))))))).)),)))).,}}.((({{{...,,....|})))}|||}}}}}}}))))))))}|||||{|...}},))))})))||||{|,,,,.,((((.(((....((((..((((......))))...))))...,.))).))))}||||((({,...,}))}........(((({....})))}.,,.{(((((((({.,..,|,||}}},,,|))},,}}))})}.,,,,....,,,})))).,.,|((((({{((((.((((((((..,,,,.....,),...)))))))).)))).........{{((((({....})))}}})}...(((((((((.........},.)))))}})}}}})))))},),})))),,}}})))..}},))))..}},
Back