Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NEAT1:34
Sequence Length
3300 nt
GC Content
0.4664
UGUGUGGAAGGAGGAAGGCAGGGAGAGGUAGAAGGGGUGGAGGAGUCAGGAGGAAUAGGCCGCAGCAGCCCUGGAAAUGAUCAGGAAGGCAGGCAACCAAGGGCUGUGAACCCGCCUGGGGAUGAGGCCUGGUCUUGUGGAACUGAACUUAGCUCGACGGGGCUGACCGCUCUGGCCCAGGGUGGUAUGUAAUUUUCGCUCGGCCUGGGACGGGGCCCAGGCCGGGCCCAGCCUGGUGGAGCGUCCAGGUCUGGGUGCGAAGCCAGGCCCCUGGGCGGAGGUGAGGGGUGGUCUGAGGAGUGAUGUGGAGUUAAGGCGCCAUCCUCACCGGUGACUGGUGCGGCACCUAGCAUGUUUGACAGGCGGGGACUGCGAGGCACGCUGCUCGGGUGUUGGGGACAACAUUGACCAACGCUUUAUUUUCCAGGUGGCAGUGCUCCUUUUGGACUUUUCUCUAGGUUUGGCGCUAAACUCUUCUUGUGAGCUCACUCCACCCCUUCUUCCUCCCUUUAACUUAUCCAUUCACUUAAAACAUUACCUGGUCAUCUGGUAAGCCCGGGACAGUAAGCCGAGUGGCUGUUGGAGUCGGUAUUGUUGGUAAUGGUGGAGGAAGAGAGGCCUUCCCGCUGAGGCUGGGGUGGGGCGGAUCGGUGUUGCUUGCCUGCAGAGAGGGUGGGGAGUGAAUGUGCACCCUUGGGUGGGCCUGCAGCCAUCCAGCUGAAAGUUACAAAAAUGCUUCAUGGACCGUGGUUUGUUACUAUAGUGUUCCUCAUGGCGAGCAGAUGGAACCGGGAGACAUGGAGUCCCUGGCCAGUGUGAGUCCUAGCAUUGCAGGAGGGGAGACCCUGGAGGAGAGAGCCCGCCUCAAUUGAUGCCUGCAGAUUGAAUUUCCAGAGGCUUAGGAGGAGGAAGUUCUCCAAUGUUCUGUUUCCAGGCCUUGCUCAGGAAGCCCUGUAUUCAGGAGGCUACCAUUUAAAGUUUGCAGAUGAGCUUAUGGGGGGCAAUCUUAAAAAGUCCACAGCAGAUGCAUCCGGCUCGAGGGGCCAUCAGCUUUGAAUAAAUGCUUGUUCCAGAGCCCAUGAAUGCCAGCAGGCACCCCUCCUUUCCUGGGGUAAAGGUUUUCAGAUGCUGCAUCUUCUAAAUUGAGCCUCCGGUCAUACUAGUUUUGUGCUUGGAACCUUGCUUCAAGAAGAUCCCUAAGCUGUAGAACAUUUUAACGUUGAUGCCACAACGCAGAUUGAUGCCUUGUAGAUGGAGCUUGCAGAUGGAGCCCCGUGACCUCUCACCUACCCACCUGUUUGCCUGCCUUCUUGUGCGUUUCUCGGAGAAGUUCUUAGCCUGAUGAAAUAACUUGGGGCGUUGAAGAGCUGUUUAAUUUUAAAUGCCUUAGACUGGGGAUAUAUUAGAGGAAGCAGAUUGUCAAAUUAAGGGUGUCAUUGUGUUGUGCUAAACGCUGGGAGGGUACAAGUUGGUCAUUCCUAAAUCUGUGUGUGAGAAAUGGCAGGUCUAGUUUGGGCAUUGUGAUUGCAUUGCAGAUUACUAGGAGAAGGGAAUGGUGGGUACACCGGUAGUGCUCUUUUGUUCUUGCUUCGUUUUUUUAAACUUGAACUUUACUUCGUUAGAUUUCAUAAUACUUUCUUGGCAUUCUAGUAAGAGGACCCUGAGGUGGGAGUUGUGGGGGACGGGGAGAAGGGGACAGCUUGGCACCGGUCCCGUGGGCGUUGCAGUGUGGGGGAUGGGGGUAUGCAGCUUGGCACUGGUACUGGGAGGGAUGAGGGUGAAGAAGGGGAGAGGGUUGGUUAGAGAUACAGUGUGGGUGGUGGGGGUGGUAGGAAAUGCAGGUUGAAGGGAAUUCUCUGGGGCUUUGGGGAAUUUAGUGCGUGGGUGAGCCAAGAAAAUACUAAUUAAUAAUAGUAAGUUGUUAGUGUUGGUUAAGUUGUUGCUUGGAAGUGAGAAGUUGCUUAGAAACUUUCCAAAGUGCUUAGAACUUUAAGUGCAAACAGACAAACUAACAAACAAAAAUUGUUUUGCUUUGCUACAAGGUGGGGAAGACUGAAGAAGUGUUAACUGAAAACAGGUGACACAGAGUCACCAGUUUUCCGAGAACCAAAGGGAGGGGUGUGUGAUGCCAUCUCACAGGCAGGGGAAAUGUCUUUACCAGCUUCCUCCUGGUGGCCAAGACAGCCUGUUUCAGAGGGUUGUUUUGUUUGGGGUGUGGGUGUUAUCAAGUGAAUUAGUCACUUGAAAGAUGGGCGUCAGACUUGCAUACGCAGCAGAUCAGCAUCCUUCGCUGCCCCUUAGCAACUUAGGUGGUUGAUUUGAAACUGUGAAGGUGUGAUUUUUUCAGGAGCUGGAAGUCUUAGAAAAGCCUUGUAAAUGCCUAUAUUGUGGGCUUUUAACGUAUUUAAGGGACCACUUAAGACGAGAUUAGAUGGGCUCUUCUGGAUUUGUUCCUCAUUUGUCACAGGUGUCUUGUGAUUGAAAAUCAUGAGCGAAGUGAAAUUGCAUUGAAUUUCAAGGGAAUUUAGUAUGUAAAUCGUGCCUUAGAAACACAUCUGUUGUCUUUUCUGUGUUUGGUCGAUAUUAAUAAUGGCAAAAUUUUUGCCUAUCUAGUAUCUUCAAAUUGUAGUCUUUGUAACAACCAAAUAACCUUUUGUGGUCACUGUAAAAUUAAUAUUUGGUAGACAGAAUCCAUGUACCUUUGCUAAGGUUAGAAUGAAUAAUUUAUUGUAUUUUUAAUUUGAAUGUUUGUGCUUUUUAAAUGAGCCAAGACUAGAGGGGAAACUAUCACCUAAAAUCAGUUUGGAAAACAAGACCUAAAAAGGGAAGGGGAUGGGGAUUGUGGGGAGAGAGUGGGCGAGGUGCCUUUACUACAUGUGUGAUCUGAAAACCCUGCUUGGUUCUGAGCUGCGUCUAUUGAAUUGGUAAAGUAAUACCAAUGGCUUUUUAUCAUUUCCUUCUUCCCUUUAAGUUUCACUUGAAAUUUUAAAAAUCAUGGUUAUUUUUAUCGUUGGGAUCUUUCUGUCUUCUGGGUUCCAUUUUUUAAAUGUUUAAAAAUAUGUUGACAUGGUAGUUCAGUUCUUAACCAAUGACUUGGGGAUGAUGCAAACAAUUACUGUCGUUGGGAUUUAGAGUGUAUUAGUCACGCAUGUAUGGGGAAGUAGUCUCGGGUAUGCUGUUGUGAAAUUGAAACUGUAAAAGUAGAUGGUUGAAAGUACUGGUAUGUUGCUCUGUAUGGUAAGAACUAAUUCUGUUACGUCAUGUACAUAAUUACUAAUCACUUUUCUUCCCCUUUACAGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1083.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1153.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 1068.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((..(((..((((.((((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((.((...((((........))))...))..))..(((((((..(((...(((((((((((((((((.(((((.(((.(..((.(((...((((.((.(((((((((((((((...)))))))))...........((((((((((((......)))))))))))).)))))).)).)))).....(((((((.(....).)))))))(((((((((.((((((((.((((((...((.(.......).))..)).)))))))))))).(((.((..(((((..(((.((.(((...))).)))))..))))).))))).))))))))).))).))..).)))..)))))..)))))).)))))))))))...)))..)))))))((((......))))..))).)))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))...))).))).)))))....((((.((((.(.((..((((.....))))..(((..((((....)))).))))).).)))).)))).((((.((.((((((((((((((((.(((.(((((((..((((((.((......)).)))))))))).))).(((((((.(.(.....).).)))))))))).)))))).((((((((.(((((((..((((.....((((((((((((.(((((.....))))).)).....)))))..)))))(((((((((((((((((.((((((((.((((.....(..((((((((..((.(((((.(.(((..(((((((......((.((((..((((.((((...((.......))...)))))))))))).))...)))))))..))).).)))))..))..)))).))))..)((((....)))).))))((((((((((((((.(((.((((((((.((((((.(((..(((((((((..(((.(((((((.(((((((..(((((((((((....((((((....))))))....(((..((((((.((.((.(((((((((((((.(((((((...(((((..(((((...)))))...)))))..))).))))......((((......(((((..((((((..((..(((.((((((((((.((((...((((((((((..((((((((.(((......))).))))..((((.((((.......)))).)))).(((((.((((.((((((((((..(((.((((((((((.(.((((((......((((((.((((.(.(......).).)))).((((....((((((..((((((((.(((......))).))...)))))).))))))....))))....(((((((((..((((((((((((.((..((..((((.((((((......((((((((((((..(((...(((.(((((((((...))))).)))).))).))).)))))))..)))))(((((((((((.((((((.......))))))..)))))))..)))).........)))))).))))..)).))))))....)))))))).....)))))))))..........(((......))).......))))))...)))))).).)).((.((.(.((.(((((.((.((......)).)).))))).))).)).))..(((.((.((.((.((....)).)).)).)).))).....)))))))).))).......)))).)))))))))))))))))))...)))....))))))).......)))).))).))))))).)))..)).))))).)..))))).....))))(((((((((.....)))))))))(((((((...(((((((...(((((...((((.((((.(........).))))))))...)))))....)).)))))...)))))))((((((...))))))..((((.((((...)))).))))(((.....)))(((..(.((((((.((((((.....)))))).)))))).)..)))..))))))))))))).)).)).))).)))..))).((((((.((.......))..)))))))))))))))((((((((((........))))))))))((((((.((....((.((.((((((((.....)))))))))).))..)).))))))((((((.((((((((((((((..(((..(.(((......))).)..)))..)))))))))...)))))...)))))).....))..)))))))((((((.((((.(((((..((((.((((((...)))))).)))).(((.((((((......))))))))).........))))).)))))))))).((((((((..((((((((...))))))))........))))).))).(((((((......)))))))((((..(((((...(((..((((.((((.....((((((((((.((((((((......(((((((((((.....((((((...))))))....)))))))((((((((((((((((.((....(((((((((((......)))..............))))))))..(((.......)))(((((....)))))((.((((((...)))))).))......(((((((.((....))..)))))))..)).))))))).(((.((.....)).))).....)))))))))......)))).....)))))))).))))))...))))......))).).))))..)))..((((.......)))).)))))..))))((((......))))))))))).))).(((((((......))))))))))))))))..))).)).....)))).)))).)))).)))))))))))).....))))).............)))).)))).)))))))).)))))))))......(((((............))))).))))))))))).....((((((((....((.((((.......))))))))))))))..((((.(((.......(((((((((..(.((((.....)))).).)))))....)))).......))).))))....))))))))...((((..(.((((.((...((.((((....))))))...)).)))))..))))..............)))))))))))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.(((..(((..((((.((((.(((((((((((((((((((((((((.(((((({,.((((((((((...{{.{{.|....}).,}},.))||))))))},...(((((((((((((((((.(((((.(((.{..((.(((...((((.((.(((((((((((((((...)))))))))...........((((((((((((......)))))))))))).)))))).)).)))).....(((((((.(....).)))))))(((((((((.((((((((((((({(...{{.(.......}.))..}}.)))))))))))).(((.((..(((((..(((.((.(((...))).)))))..))))).))))).))))))))).))).))..).)))..)))))..)))))))))))))))))).,,|||{{|,,,,||{{{,...,..))),..))).)))...))))))))...)))).))))))))))))).))))))))...))).))).)))))....((((.((((.(,,(.{((((..,,,||||,.{,,..,{||....)))).}}))).),)))).)))).((((.((.((((((((((.{(((({((({(,...||.,})},})}||{{{{.{({.|(((..((((((...(((((((.(.(.....).).)))))))..))))))..)))))}}}}},,,{{,,{((.........}}}}}|,|||,,{|{{{,.,,.)))}|,|{|,,,..((((((((((((((((((((((((((((.((((((((,{(((({{((....,,,.||}}})|.{(((((({({,..,((((((((({{{(,.{{(({{{.(({(((({,{((,...,,,}||.|||||{|.{||||.||,.,||,,,,,...}))).}))))}))))}}|||{{||,(((((((....)))).}))),||,,,{{{{((((.{{{.{|{{(|{({(((((({((({{{,{{,((((({({({{{{{||.{(((((((..({({(((((,(((((((((({....)))))}})))}|({{{,.,({(({.((.((((((((((((({{((((((..,(((((,,((({(..,||}}}.{{|}|}|{,}||.},)}},,...{{{{.,||,|(((||,|{({|{{,,||.|{{,.((((((((((.((((.,{(({{,,{,{{|,||({((((.(((......))).))))..{{{{.((((,,,....}}}}.)}}}.((({({((((.((((((((((,{(((.((((((((((.(.((((((,,,,..{{|||{.((((.(.{......|.}.)))).((((.,,.((((((..((((({((,(((,.....))),,),,.}})))}.)))))).,,.)))}.,{,{((((((((..(((((((({{,{{((..{{,|((({.((((({,.....(((((((((((({{(({...(((.(((((((((...))))).)))).)))}))),)))))))..)))))(((({((((((.((({{(,,.....))))}),.}}))))}..)))).,,,.....}))))).}))}|.}|,}))}}}....)))))))).....})))))))}..,...}|,,{{||,,},.})}.})),}})))))),,,)})))).}.}),{(,{,.(.((.(((((.({.((....,.)).)).))))).))}.},.}),.|||.||.||,{|.|{..,,))))).)),)).))),,.,,)))))))).))).......)))).)))))))))))))))}}},.....)})}})))|||,.,..},,)))).)))}}}))))).}}}.,{|||{||}}...)))}}....,}}}}{((((((((.....))))))))|(((((((...(((((((,{,(((((...(((,.{{{{.{.....,}}},)}}}||||...}}})),}},)),)))))...)))))))|{{(({...,}}))},{((((,{{{{,,|))}},||||(({,..,,,||(((..{,((((((.((((((.....)))))).)))))).,..,}},.,}))))))))))).)}.,{{{||..,.,,||}|(((({,.,{......,},,,}))))))))}))))(((((((((((........))))))))))),||||.||,}}}|,.,,.((((((((.....)))))))).,}))}}}){|||,||({,(((,,{{{,(((((((((..(((..(.(((......))).}..)))..)))))))))...})))).}})),)))}....}},,|||}}}}|{((({{((({.(((((,.((({.((((((...)))))).)))}.(((.{(((((......))))))))).........))))).)))})))))}}))))}|||..((((((((...}))))))|,,,.,,}}}))))|},..{{{{{((,,..,,||||})}.|}}}}}}}}||{||}}..,}}}}}||{,,,,,{{|{|||{{{,{{{(((((..,{{{((({(((((((.....((((({...})))))..,.))))))){{(((({({,,{,,{{{{{....(((((((({{{,.,,,.))}.....,,,,,....))))))))..}}}},..,|,|,,{((((....))))){{.{{{{{{...}}}}}}.}}.,,.}}|||||||.{{{{{.((((.......))))))))))}},{(({{{.....}).)))....,)))}))))),..,,,)))),....}))))))),}}})})},,}|||||,,,,|||,|{|||,,.})))),,,}},}}}}})),})))),.,,)}}}}},})))))))))),))))),,)))}(((((((......))))))))))))))),..,))})).}}}}))))})|||||||,.,.)))))))}|||....|||||.,....,},,}}.)))).)))).)))))))),)))))))}|{{(({{....|}}}}},,,{,..|||}},..,{{|.((((((({.((((((((..{{,,{(..{.......}}}.}}))))))))..{.(({((({{{{{{{((((((({({,({((({.....)))).,.))))),,..)))}..,,..{|||{|,.......))))))...,,,})))))))...))))}).,}..)))))))),,.}))))).))))))).,,,....,,,,,..,.)))))))))))).))))...
Back