Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
PRKCQ-AS1:11
Sequence Length
5242 nt
GC Content
0.3709
CUGGAGCGGGAGGCGGCGGCCGGAGGGCCCAGGACAGCCCCGGGAGGGCGGCGAGGCGGAGCAGGAGCGCCCCGGCUCCGGCCACAUUCUCAGAGUCAGGAAAAGGGGCGAGAGGCCACAUGUCUCCCUCUCGCCCAACUGAAAACGAAACGGCGCUCCAGCAGAUUGGGUGGAAAGAGCUGGGUCUCUUUUCUCUGUUUUUCACGCUAGAAAGGGCUUGUAAACAUUGUUCCUUUUAAAAUGACCUACCCCAGGCAUUUGUUUGGGCACACUUCUGUCCUGGGGUCAUCGUUCCUAGGUGGCUUCGGACCUGGGACUUUUCCUGUAUCUGCACAUUGUCGUUUUAUACACAAUUGCCAAGGUGGGACUGCUUUCAACUUUACUGUGCUUGAAGCUGCAAAGGUUCUGCCCUGAUGUUUCCUGGAAUAAUGCUGAGGACUGCCUUUCGGGUAGCCGCCCUAUUCAGUUCACUUCAUCUCGGAAAUACCUGACCCCUGCCUUGGAUCCAGCGGCCCUCCUGAGAGCUGAGGAAGGAGGAAAUCCUAUGUGUCUGCUCCCGGAGCUGCCACAACCCAUCUUCCCACAACUCGGAACUUGGAAAAAGGAACCCAGGACACGACUUUGCUUUUCUUUUGGACCUAGUUGGUGAUUAUACUCUGUCUCCCAUGGAGACCACGUCUUGCAUCCUUCCUUCUAUAUGGGAUUUAGGAUAGAAAUUAAAAAGAAAACAUAUUAUUUUGAGUCUUGAUUUGGAGAAAGGUAGUAUUCAGGAGGAAGUAGGCUAUGAUACACAUAGAAAAUUUGAGGACAGUGUUACUUAACAAGGACAUUUCUGUCUCUGCAGAAGUCACAGCUUGGAGGAAACCAGUUUGCACUAUUUGAUGAGGAAUUUGGCCACCAAACCACUGAUACUUUCCCAAAGGUUUGGCAGAAAUUGUUUUUUGAGUGGCUCACCAGAGUACCCAGAAGAAUCAGUAUGGAAUUAGAGGACAGUGGCCUACCCUAAAUAAAGACAUGAGUGAUGUAUAAAGUCUAGUGUCAAUUUAUUCAGAAAAUAUCAAAAUUAUUCUGGGAGCUAUGGGUCAAAGUUGAUAGGCACAAACAAACAAAAACGAAAGGUAUUUUAAAUUCACAGCUUGGAUAAGUAAAAGGGAGAUGUUGUCAUUUCUCUUCUUCAAUCCAACUUUAGAUUUUCAAGCCGGAAAAAGGGUAAUUAGAAGUUAGAAAUUGUUAUUGCCAGAAAAUAGCUCUAAACCCUGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACUGACCCUCCUCUUGGGGAGUGAUAAACCUCAAUUACUGUUGAUAGUAAAACUGAUAUCAACUCUUCGAAACCAGUGAAAGGUGAAUGGAAACCUUACCCUAGGUUAAGGUUUAAAAAAUGUUCAUAAUAUAUAUUUGAAAGUUCCAUUAUUUAAAAUAUUCAUUAGACAUGCUUUGUAAUGUUAAGUUACUUCAAAAAAUCUUACACAAGGGAAGGGAAGUAUGUAUUAUUCCUUCAUUUAAGAGAAAGAUAAUGUGUGAAUAUUAGUUAAUAUUUAUCGUACAUUUACUACCUGUGUCGAAGCGUAGUGUUACACACUUAAUUUCAAUUAUUUAAUUUGAUUCUAACAAUGAAUCCCCUGAGAUGGAUAAUAUCCUCUUCAUUUUACAGAUGAGACAAUUGAGACUUAAAGGUUAAACAAAUGAUUUCCUAAGCUCAUUCAGCUAAUAAACGGUAGGGGACUGCUUGACACCAGUCCAGUUGACCCUCAAAUCCAUGAUUUCUGCCACCAUAUUCACAGAAACAAGACAAGAGCUGAAAAUAUAGCCUGACUCUUGAAACAGUCAAAGAAUUGUGUAUGUUUAUGAAAGUUCUGAUUAAUAAGAUAUUCUGAGGACAAAAGACAAGGCAUGGGUAGAGGGGCAAUGUGUAGAUUAGAAUGUAUCACAAUGCCCACUAAAUAGUAAAACCAUAGAAAAUGAAAUUUAAUCCUUACUGUGUAGAAUAUUUAGAGUAGAUUGUUUUUUCCUCGGUGUCAAUUACUAUUACAACUAUCAAAGAAUGAAAUUAAACAAGAAACGGUUCCUUUGGUUUUUUUUUUUAAAGGUGGGAGUUAUAAAAACAGUAUUUGCCAUCUGGUUUUAGUUAUGGCUGUGGAAAUUCUAUGGGUACAAUUUGUUGUCAUUGUUGUUACCACUACCAAUACAGAGAUGCUAAUUGUAACAUCAGUUUCUAAAUCAGAUAGUGAAUAAUUACAUUUUCAAUGUUUUCUUAACAUAGAUACAAGUUAACAGGAUAUGCUUCUGGCCUGUUUCUGGAUUCUAAGGGUAGAACCAGCAUAAAACUAGUCAGUCCAAGUAUUUCUAAAGAUCCACAGACACAGUUCUCCUGGAUUUGGGAAGCCUAGAGAUAUUAGCACAAUAAUUAAGGCCCAAGUGAGUAUAAAAUUUUAUCUGAAAUUGAAGAGAUAUUGAUUAGAUAAUCCACAGAGACUACUUUUUAGUGAUUAUCUUCCACCAGGGUAAAAGCAACAGCAGCCUGAAAAUGCAAAAGACCAUACAUUUUAAUGGUAAGUCCUCCCCAGGAAGGAUUAAUAAAUCUCAGGAGGAAGAUUUAUUAUCUGUAAAUCCAGGAGGAAGAAAUCAAGAUGAAAACUAUCAUAUUUAUAAAUUUGAUUGUUGCAAUUUUAUAGUUUGACAUAGUGCAAUUGCUUUAGAUUUGAAGGGGAACUUACUUUAGAGUAAGUCACUCAAUCUCUUUUUUGGAAAGGCAAAUGCCACACCUGAUCCUCAUCACUCCCUUCUCCUUUGUCCAUAGCCUGGCUUUAUUCUGCCAUUAACACACACACACACACACACACACACACACACACAAAUUGGGAAGAGGAUUUCUCAUUUUACAGAAAGUAUGCUGGGCUACACAGGAUAUUCUAUCAGGUUUCUUCCAGCUAUAAAAUUCUGAGACUAAAUAUCAAAUUAAAGAAAGUACUAAUUGUCAGCGAUGGGGGAUGUACUGCUAUUUGCUUCUAGUGGUACUCACUGCUCAUUUCCUAUAUUCACUGGUAUAAAAAAAUUUCAAACACCCUCAAAAAAGCCUAUACUGGUGGUACCAGGAAAACGCUGAAAAUCAUUACUUUCUGUGUGGUGUCCAGCUCUUUUGGUUACAUCAUCACUUCGACCAUUCACUUUUAAAGAAAAACUUUUGUGGAACAAAAAUAUAAAGAUUUAUUUUUUUUCUUGGUGGCUUAGCACAGUGGCCUAAUGUGGCUGACCAUGUGCACCUGUUGUGUGAGUCACUUAGACGUGCUUUGUUUCUUGGUCACAGUUGAUCCCUCAACUCAAGCAUCUCACCCUCAAAAUGUUUGUUUGGGACCCAAGAGGCAAACCUUGAGAUGGGUUAUUUCUUUCACCUUGGAUUGGCUCAUCUGCUGGGAGUGGAGCCAAGCUGACAUUUCCUUUCCUUUUUGUCUGCCUAUCACUACGUAGAGGCAGCACAUAAGAGAGGGAAAGCCAUGCGCGUGGAGUCCAGCACAUCACCCAGAAGGCAGAUGUUCUAUCUCCAUUUUACUCAUUAAAACAAACAAAACCACACCUGGAUUGCCUGGUACUUAAAUAAAAUGCACUAUGAUGAUUGAAGAAAAAUAUCUUAUAUUUAAGGAAUAGUUUUAAUAGCUUACAUCUGUAUUUCUAUUAGCUUCCGUUUCUAUUUUUAAUAUUUGUAUAAUAUUAAAAGUAAUUUUAAAAAUGAACUAAUCUUUUUACAUCUCUUAUGAGAAUUUAAUGGAGAUAUGAUGUUUGAAGAUCAAAGAUACGUGGUAUUUGAAAUCAGAAAAUGUGUUUGCUUUUCUACACAGAUUACAAAUAUCAUGCAUUAUUUCACAAACUCUUCUCAAAGUGUUGAUUUUAAAAUUAGUAAAAGGAGGGUAUAUUCAUAUCACAUCCUGGCAUUUUUAUAGGCAAGAUUGAGCAGCUAUAACCUCUAAAGUGCUUUGAUCCCUAUAAGCCUCAAGAAGAGAAUGGUGCAAUUUGAAUUAAUAACUACCCAUUAUAGAGCAUUUGUAUCACAGUAUUUUCCAAAUACUAUCUUAUUUAACCCUACAGCAAUCCUAUGAUAUGGGGAUUAUGUACACAUUACAGAUGAGAACUUGAGGCUCGGAGAAAGUAAAUAACUUACACAAGAUCACAAAGCAAGUGACUGCCAGAGCCAGGAUCAGAACCCAGUCAGGCUUCAUUAGGAGCUCUGCUGAACUCUGUCUAGAGAAUUCUCACCACCUGCUGCAAAGGCUAAAAGAAAGGGUCAUAUUCCACAUGUAGAUUUUGAGAAAUAUUUGUUAUUUUUCUUAUGAUAAAGGUUAUGCAUACACACUCACACACACACACACACACACACAACUAGAAAUUACAGAAAAGAAAAAAGAUUAGCCAGAAUGUCACCACCUAAAGACAGAUAAUAUUUUGGUGUUUUCAAAUAUUCUUUUAUCUAUACUUUUUUGAAUUAUUUUAUUUUAAAAAUAACUUUUACUGGUUGCCUGAUUAUGAAGUAAUAAAUAUUCACCAUAAAUAUUUUGAAAAAUAUAAAACUGUCUAUAAAAGAAAUUUGAAAUGAUUGCUAAUCUCAAAAUAUAGAUACCUGUCAGUACUUUGGCAUUUUAUCCUCCUUGUGGCUGAGGUCACAUAUCUUGAGACUGAAGCACAAAAUUUCUAUACCAUACAGUUUAUAGUUUAGGCCACAACAUCAUUUUUAAAAUUGUUUCUUUGGUUUUUACUUGAUUUGCUGAUGUUUUAUUUUUUAGAAAAUUGCAGAUGUGAUUUUUAGGCAGCUGAUUGGAAUGUUCUGGUUGCUCUGAAUAGGACUAGCUACUUUGUUUUUUACUGAAGGACAAAUAUUAUUCCUACACACAUAAAAAACCUCAAAGAAUGAGUAAUGAUACUGUUUAAAUCUGCCCUUAUAACUCCAAAGAAUGACUUCAAAUUUUCUUUCUUCCAAAGCAACUUUU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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1319.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1423.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1457.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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