Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
PRKCQ-AS1:14
Sequence Length
421 nt
GC Content
0.4846
CUGCCCUGAUGUUUCCUGGAAUAAUGCUGAGGACUGCCUUUCGGGUAGCCGCCCUAUUCAGUUCACUUCAUCUCGGAAAUACCUGACCCCUGCCUUGGAUCCAGCGGCCCUCCUGAGAGCUGAGGAAGGAGGAAAUCCUAUGUGUCUGCUCCCGGAGCUGCCACAACCCAUCUUCCCACAACUCGGAACUUGGAAAAAGGAACCCAGGACACGACUUUGCUUUUCUUUUGGACCUAGUUGAAGUCACAGCUUGGAGGAAACCAGUUUGCACUAUUUGAUGAGGAAUUUGGCCACCAAACCACUGAUACUUUCCCAAAGGUUUGGCAGAAAUUGUUUUUUGAGUGGCUCACCAGAGUACCCAGAAGAAUCAGUAUGGAAUUAGAGGACAGUGGCCUACCCUAAAUAAAGACAUGAGUGAUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-110.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -118.7
Frequency: 0.0000
Diversity: 106.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.(((((((((.(........).)))).........((((((((((....((((((((........((((......))))..(.(((((.((.(((.(.(((.((((.(.((((.((.(.((((.....))))...).)).))))).))))..))).)...(((..((((........))))..))).....))).)).))).)).)....((((.(((((((((.((.(((((......))))).)).((...((((.((.(.(........).).)).)))))).(((((((..((.........))..)))))))((((((....))))))....((((....))))..)))))))))..))))..))))).)))....)))).))))))........))))).))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,((.(((((((((.(.......,}.}||,.....,,..((((((((((,,,.{{{(((((........((((......))))..,.(((((.((.(((.(.(((.{(((.(.((((.((.(.((((.....))))...).)).))))}.)))),.))).,...(((..((((........))))..))).....))).)).))).}}.|.,,.((((.(((((((((.((.{((((..,,,.}}}}}.||.{,...||||.{{.{.{.....,..}.}})),}}})},.(((((((..((.........}}..)))))))((((((....)))))).||||(((....)))),,)))))))))..)))).,))))).)))}...))))},))))).......,))))).)).}....
Back