Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

PRKCQ-AS1:25

Sequence Length

880 nt

GC Content

0.3705

AUUUUACAGAAAGUAUGCUGGGCUACACAGGAUAUUCUAUCAGGUUUCUUCCAGCUAUAAAAUUCUGAGACUAAAUAUCAAAUUAAAGAAAGUACUAAUUGUCAGCGAUGGGGGAUGUACUGCUAUUUGCUUCUAGUGGUACUCACUGCUCAUUUCCUAUAUUCACUGGUAUAAAAAAAUUUCAAACACCCUCAAAAAAGCCUAUACUGGUGGUACCAGGAAAACGCUGAAAAUCAUUACUUUCUGUGUGGUGUCCAGCUCUUUUGGUUACAUCAUCACUUCGACCAUUCACUUUUAAAGAAAAACUUUUGUGGAACAAAAAUAUAAAGAUUUAUUUUUUUUCUUGGUGGCUUAGCACAGUGGCCUAAUGUGGCUGACCAUGUGCACCUGUUGUGUGAGUCACUUAGACGUGCUUUGUUUCUUGGUCACAGUUGAUCCCUCAACUCAAGCAUCUCACCCUCAAAAUGUUUGUUUGGGACCCAAGAGGCAAACCUUGAGAUGGGUUAUUUCUUUCACCUUGGAUUGGCUCAUCUGCUGGGAGUGGAGCCAAGCUGACAUUUCCUUUCCUUUUUGUCUGCCUAUCACUACGUAGAGGCAGCACAUAAGAGAGGGAAAGCCAUGCGCGUGGAGUCCAGCACAUCACCCAGAAGGCAGAUGUUCUAUCUCCAUUUUACUCAUUAAAACAAACAAAACCACACCUGGAUUGCCUGGUACUUAAAUAAAAUGCACUAUGAUGAUUGAAGAAAAAUAUCUUAUAUUUAAGGAAUAGUUUUAAUAGCUUACAUCUGUAUUUCUAUUAGCUUCCGUUUCUAUUUUUAAUAUUUGUAUAAUAUUAAAAGUAAUUUUAAAAAUGAACUAAUCUUUUUACAUCUCUUAUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-219.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -238.3

Frequency: 0.0000

Diversity: 223.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...........(((((.(((.......))).))))).((((((((....(((((...........(((.........)))......((((((((...(((.((((((..(.((((.(((((((((........))))))))))).)).)...((((((....(((((((((((.............................)))))))))))....)))))).)))))).)))...))))))))(((((((..(((((.....(((((.............)))))(((((..................)))))..(((((((........)))))))..(((.(((((((((.(((((.((....((((((....))))))...))..)))))))))))))).))).....((((((((((((((..((((((....))))))((((((..................)))))).)).)))))))))))).....((((((((((.(((.........))).)))))))))))))))(((((((((((.(((....(((((((((.....(((((((((............)))))).)))...))))))))))))..)).))((((((...((.(((((..((....))..))))).))..)))))))))))))...............))))))))))))..))))))))...................((((...(((((.((((((...))))))..(((..(((..((((((..(((....)))...)))))))))))).....(((((((((((((.....)))))))))))))..................)))))...)))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

...,,,,{{{,{(({{{(((({,..,,|||{|||||.{{((((((....{{{{{.......,,|.|||.........)),......((((((((...(({.((((((,{({({(,.(((((((((........))))))))),,.}).)}},|(((((....(((((((((((.............................)))))))))))....))))),.)))))).}))...))))))))((((((({{{{(({,...,{((({.,,,...|||.,.,|||,{{{{{....,,{{.....,}},.))))}..{{(((((,,,.,,..}}|||||,,(((.(((((((((,(((((.((....((((((....))))))...,)},)))))))))))))).))}.{,{,((((((((((((((.,((((((....))))))((((((,............,}},,))}}}),))})))))))))))),|...((((((((((.{((,........))).)))))))))),,,})|||||||||}},||||,}.{((((((({{((,.(((((((((..,.....,...)))))).))).}}))))))))),|{...}}}}((((((...((.(((((..((....))..))))).))..)))))),,,,..................,}}}}}}}))|,..)))))))},,,...,,.....,,....{{{{...|||||,}}|}}}}}}}))))),|(((,,{((,,{(((((..(((....)))...))))))}}}}}},,,..(((((((((((((.....)))))))))))))....,,,,,,,}},.,..))}}}.....,|{{....)},