Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

PRKCQ-AS1:39

Sequence Length

926 nt

GC Content

0.5421

ACCUCUAGCCAGGGACGCGCGCUCGGUCCCCCGCCGUGCGCCCCCGGUCCCGCGCCCAGGCUCCCGCCCCUGGCCUCCUUACCAGCCACUUGUCGCCCAGCUGCGAACUGGAGCGGGAGGCGGCGGCCGGAGGGCCCAGGACAGCCCCGGGAGGGCGGCGAGGCGGAGCAGGAGCGCCCCGGCUCCGGCCACAUUCUCAGAGUCAGGAAAAGGGGCGAGAGGCCACAUGUCUCCCUCUCGCCCAACUGAAAACGAAACGGCGCUCCAGCAGAUUGGGUGGAAAGAGCUGGGUCUCUUUUCUCUGUUUUUCACGCUAGAAAGGGCUUGUAAACAUUGUUCCUUUUAAAAUGACCUACCCCAGGCAUUUGUUUGGGCACACUUCUGUCCUGGGGUCAUCGUUCCUAGGUGGCUUCGGACCUGGGACUUUUCCUGUAUCUGCACAUUGUCGUUUUAUACACAAUUGCCAAGGUGGGACUGCUUUCAACUUUACUGUGCUUGAAGCUGCAAAGCGGAUCCUGUUACAGUGCAAAGAAGAAAUGGCAAACGGAUAACAGCUACUGUGCCUAGAAGAUGGUUCUGCCCUGAUGUUUCCUGGAAUAAUGCUGAGGACUGCCUUUCGGGUAGCCGCCCUAUUCAGUUCACUUCAUCUCGGAAAUACCUGACCCCUGCCUUGGAUCCAGCGGCCCUCCUGAGAGCUGAGGAAGGAGGAAAUCCUAUGUGUCUGCUCCCGGAGCUGCCACAACCCAUCUUCCCACAACUCGGAACUUGGAAAAAGGAACCCAGGACACGACUUUGCUUUUCUUUUGGACCUAGUUGGUGAUUAUACUCUGUCUCCCAUGGAGACCACGUCUUGCAUCCUUCCUUCUAUAUGGGAUUUAGGAUAGAAAUUAAAAAGAAAACAUAUUAUUUUGAGUCUUGAUUUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-328 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -344.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 216.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((((..(((((..((((.((((.....)))).)))).....)))))..))...(((....)))((((((((((...((.(((.(((.((((((((.......)))).)))).))).)))))..)))))..))))).(((((.(((((((((.(((((((((.((.((((((((..(((....)))......((....((((......((((((((((...........))))))))))..))))....))...)))))))).))......((((..((((((.(((........))).))))))..)))).((((((((.......(((((((((.....(((((.(((.....))))))))(((.(((((.((((((((((.(((((((((.......)))))))))))))(((((((.....(((((((((....((((((((((........((((....(((((((((((((((.(((((.......))))).)).))))))).))))...))...))))....)))))))))).))))).)))).....)).))))).))).)))..))))).))).......)))))))))....((.((((((...))))))))))))).))).............((((......))))...))))))).......)).))))))))).).)))).(((((((((....))).((((.(.((((...)))).).))))..(((..((((........))))..)))...(((((...((((((.(((((..(((........)).)..)))))(((..........((((((...)))))))))))))))..)))))))))))....(((((((((((((.....................)))))))))))))....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((((((,.((({((,((((.((({.....)))).))))....,))}}),.}}...(((....}}}((((((((((...((.(((.(((.((((((((.......)))).)))).))).)))))..))}))}}}}))).((((,,(((((((((.((,.((((((((.((......)).)))))},)).......((((..(((((((((((((((((((...........))))))))))....,.....,,.{(((,{((((({({{{.,,{{{(|{((((({.{{{.,..,,,,)}}.}}}}}},,}}}}.((((((({.,{....}}..},}))))))...,,{,...,,(((((((,...|}}}}}}..}}..}})).,))))))},.))))|(((((((........)))))))})))))))))..)))),,.(((((.((.....)))))))}}((((((((((..(((((((..(((((((((({..{{.,(({{..,)))).}}..},})))))}.,)))..))}..}))}..,{{...,{{{...})))|||,,{,{...||}}}}},.,.{.{(({(((.{((,....(({({((.((((((...)))))))),},....))))).....,},}}}.))}}}}}.}.,...)))))))))).....)).))))))))).).)))).(((((((((....}}}.((((.(.((((...)))).).))))..(((..((((........))))..)))...,{(({...((((((.(((((..{{(........)),}..))))){{{..........((((((...)))))),,.))))))..)))))))))))....|(((((((((((({...................}))))))))))))),...)))))