Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

PRKCQ-AS1:43

Sequence Length

781 nt

GC Content

0.5339

ACUUGUCGCCCAGCUGCGAACUGGAGCGGGAGGCGGCGGCCGGAGGGCCCAGGACAGCCCCGGGAGGGCGGCGAGGCGGAGCAGGAGCGCCCCGGCUCCGGCCACAUUCUCAGAGUCAGGAAAAGGGGCGAGAGGCCACAUGUCUCCCUCUCGCCCAACUGAAAACGAAACGGCGCUCCAGCAGAUUGGGUGGAAAGAGCUGGGUCUCUUUUCUCUGUUUUUCACGCUAGAAAGGGCUUGUAAACAUUGUUCCUUUUAAAAUGACCUACCCCAGGCAUUUGUUUGGGCACACUUCUGUCCUGGGGUCAUCGUUCCUAGGUGGCUUCGGACCUGGGACUUUUCCUGUAUCUGCACAUUGUCGUUUUAUACACAAUUGCCAAGGUGGGACUGCUUUCAACUUUACUGUGCUUGAAGCUGCAAAGCGGAUCCUGUUACAGUGCAAAGAAGAAAUGGCAAACGGAUAACAGCUACUGUGCCUAGAAGAUGGUUCUGCCCUGAUGUUUCCUGGAAUAAUGCUGAGGACUGCCUUUCGGGUAGCCGCCCUAUUCAGUUCACUUCAUCUCGGAAAUACCUGACCCCUGCCUUGGAUCCAGCGGCCCUCCUGAGAGCUGAGGAAGGAGGAAAUCCUAUGUGUCUGCUCCCGGAGCUGCCACAACCCAUCUUCCCACAACUCGGAACUUGGAAAAAGGAACCCAGGACACGACUUUGCUUUUCUUUUGGACCUAGUUGAAGUCACAGCUUGGAGGAAACCAGUUUGCACUAUUUGAUGAGGAAUUUGGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-272 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -285.2

Frequency: 0.0000

Diversity: 184.93

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((...((.((((((((((.......((((((..((((.((((........))))(((((((((.(((((((((.((.((((((((..(((....)))......((....((((......((((((((((...........))))))))))..))))....))...)))))))).))......((((..((((((.(((........))).))))))..)))).((((((((.......(((((((((.....(((((.(((.....))))))))(((.(((((.((((((((((.(((((((((.......)))))))))))))(((((((.....(((((((((....((((((((((........((((....(((((((((((((((.(((((.......))))).)).))))))).))))...))...))))....)))))))))).))))).)))).....)).))))).))).)))..))))).))).......)))))))))....((.((((((...))))))))))))).))).............((((......))))...))))))).......)).))))))))).((((.((.(.((((.....))))...).)).)))))))).)))))).....(((..((((........))))..)))..........(((((....(((((((((.(((....)))...)).)))))))....)))))......))))))))))))...)))))))..........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((...((.((((((((((...,{{.((((((..((((.((((........))))(((((((((.((,.((((((((.((......)).)))))},)).......((((..(((((((((((((((((((...........))))))))))....,.....,,.{(((,{((((({({{{.,,{{{(|{((((({.{{{.,..,,,,)}}.}}}}}},,}}}}.((((((({.,{....}}..},}))))))...,,{,...,,(((((((,...|}}}}}}..}}..}})).,))))))},.))))|(((((((........)))))))})))))))))..)))),,.(((((.((.....)))))))}}((((((((((..(((((((..(((((((((({..{{.,(({{..,)))).}}..},})))))}.,)))..))}..}))}..,{{...,{{{...})))|||,,{,{...||}}}}},.,.{.{(({(((.{((,....(({({((.((((((...)))))))),},....))))).....,},}}}.))}}}}}.}.,...)))))))))).....)).))))))))).((((.((.{.((((.....))))...).)).)))))))).)))))).,..}||{..((((........)))},.|}}....,,....(((((....((((({{({.{{(,...))}...))}}})))))...,))))).}....))))))))))))...)))))))..........