Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
PRKCQ-AS1:53
Sequence Length
3470 nt
GC Content
0.4153
GGAGAAGCCUGGUUUGAGUGAGUUUUUCCUGAAGCAAAAGGGAAGAGCUUAAUUUCAAAAGGAAUAUCUUGAAAGACGCAUCAACUCACCAUUAGAAAACAUGAAACGACAGAUUAUAUCCUAAGAUUGUGUGAACCUCUUACCUGGAAACCCGUACAAUUGCUUUAUCUACCAAUCCUAAACUAUUAUAUCUUGAUCUUUACUCAAUCCUAAUUACACACCCACAUUGAAAGACCUAUCUUAAUUCAGACUUCAAAAUCUUACAAACGUCCAAGUCCCUCCUUUGAAAUGCUACUAAGACUGCAGUAAGAAUACAUAGCAUGCAGUGACUGAGAGGAAGAGAGAUACUAACACUUGAAGUAAUCCAGUCUAUCAAUAGGAGAUGGACUGCUUUGAUUUAAAGCGAUUUACAAAAGGAUUUGGAUACCUCAUCUCUCCUGUUUCGCCAAGGUCUUGACUCAUCGCUGCAGAUGACUAAAUCCCAUUGAGCUAAAUCUCCUGAGGUUUUCCUGGAGUUGGAAGAAUCCAUCUAUUUUGCUAGGGAAGCAAAGAGAUGCUGGACCGUGACACGAAUGUGGCCAUUUCCACUGUCACCAAGCUCCCCUAGGUCUCCAUCAGCUUCAGUGACCUGGGCUCUUUCACUUCUCAGAGAUGCUCAUCUGUGCAUCUCCUGUCAGUUCUCGCUCUUUUUUUUGAGAUGGAAUCUCACUCUGUCGCCCAGGCUGGAAUGAAGUGGCACGAUCUUGGCUCACUGCAAUCUUCACCUCCCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUUUCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCGUGCACCACCAUGCCUGGCUACUUUUUGUAAUUUUAGUAGAGAUAAGGUUUCACCACGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGAUCUUAAGUGAUCUGCCCGCCUUGGCUUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUAAGCCACUGUACCCGCCUCCUGUCAGUUCUCUUAAAAUAGCCGAGUGAUCUUUCCUUCCCAUUCAUCUGCUAUCUGUCUGCUGGCUCUUUCUUGCCAAUAAAGACUCAUUUUCUCCUAUCUAGACUUCUCUGGCAUGAGGAAUGAGCCAAUUUAAUGCAUGUCUUAGGUGGGAGUGUGGUGAGUUGCGGAAAGGAGGUUUGGGGAGCUGGAUUCUCUGUGAAAACGUGUAGCAAGGAGAAAGGUCACUGGGGAGAUUAUCAUCUGCAAGGCAUGAGAGGCUGUUCUAUUGUCAUUCACAUGUCAUCAGCCCAGUUAUUAAUACUUUCCUUCCUCUACCCCCUUGUCGUUGUUAAGGAGUUCCUUGGAAAAAACAAGUACUUUCCCUCCCCUGGUUGGUGUCUCUGUGUCUUCAAGAUACUGCCUAUUUUUUUGAGGUUUCAACACAAACAGAUCUAGUCAUGGCAAAAUGGUGACAUUAAUUCUGACUUCCCAGCUUCAACACUCUUCCCCUAAGAGGCAGAGAAUCCUAGCACAGUAAGGGGUCUUAAUGUUCUGGUCAACCCUUCUUGCCCACACUAGUCAUGGAAGUCUUUGUUGAAAUGCCCCCAGUGAAAGGAGGUUCAUUUCCACCCAAGGUAGCUCAUUCAAUUUUGCCACAACUGUGUGUGUGUGUGCGUGUGUGUAAAUGUGUGGGUGCAUGUGUGUAUGUGUGUGUUGGUCCAUGUGUGUGUGGCUUCCUCCACCCAUUAAUUGUAAUUCUAGCAGUUGGGGCCAUGAAGAAAAAUGCAACAACUCUUCUGGGCAGGAGGCUUUUAGAUGACUGAGUACUCUUUUGACAUGUUUCUUUAUUUCUUUACCAUCGAUCUCUUUCCUCCAGGAUUAGCAUAAUCAGUUCUUGUUUUUUUUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUAUUUCUCUGAGAGGGACUCUUGGUCUAUCAGCCAGGCUGGAGUGCCGUGGUGUGAUCUGGGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGAUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAACCCAAGCUGGCAGUUUUUCCGCUGGAACAAUUUUCUUAAGAAGUCGGUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUGUGGGAGGUGGAGGCAGGCGGAUCACAAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUAGCUAACACGGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGGCCGUGUUGGCGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGAGUGAACCCGGGAGGCGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACGACGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAAAAAGGUCAGUGGGUCUUUGGUGAAUUUCACUGGAUGUCACUGUAUUUGAUAAAAGCCACAUCCACAGAUCUUUUCAAGGUAAUCAGUUCACUCUCUUUAGCUUCUGUGGAAAUGGCUGAAGGAUACCCUAGUUCUCCCUAGAGGCUCUUUGACGUGAUUGACGUAUACCUUUACUCUCUUAAAAGGGCCCUUUAUUUAACUGAAUACACUGGCUUUUUGAUCUUUCUGAAGUUGAUCUAUUCAACCGUUGGUAGAUGUUUUGGUUAUUUCCAGUUUUGGGCUACUAUAAAGAAAGCUGCUGUAAAUGCUUGUUUACAAGUCUUUGUGUGGGCACAUACUUUCAUUUCUCUUAGGUAAAUAUUUAGGAGUGCAAUUGCUGGGUAGUAGGGGAAAGACCUUAUGGGAAACUGUUAAAUUUUUUCCAAAAUUGUUUUACCACUUUACAUUCCUACCAGCAAUGUAUGCCGCUUCUGAUUGUUCAAUAUUUUAAAUUUUAGCAAUUUUAGUGGCUCUAUAGUGAUAUCUCUUAAUGAUUUUAAUUUGCAUUUCCCUGAUGAUGACAACACAUUGGGUAUUUGUCAUGUGCUUAUUGACUAUUAACACAAAUGUAUUUGUAAAGUGUCUAUUCAAGUUGUUUUGCCCAUGUUUUUAAUGGGUUGUCUUUUUAUUAUUAAAUUGAAGGGAUUCUUUAUACAUUCUGGAUACAGGUUCUGUUUUAGAUUUAGGUAUUGCAAAUAGUUUUGCCCAGUCUGUGGCUCACCCUUUCAUUUUCUUAACAGUGUUUUUUAAUGAGAAAUUUUUUAUUUUGAUGAAGUGUAGCUAAUCAAUAUUUUCUUUUAUAGUUAGUGAUUUCUGGAUCCUGUCUAAUAAAUAUUUGUCUGCUAGGUCUUGAAGAUAUUCUCCUAUGCUUUUCCUAGAAGUUUUAUAGUAUUAAUUUUUACAUUUAGGCCUAUAAUCCACCAUGAAUUUACUUUUAUAUGCAAUGUGAGAUAUGCUUCCAGGUAUGUUUUAUUCUGUACGUAUAUGUAACUGUUCCAUCUCCAAUUACUUAAUGACUUACACUUUCCCAUUCAGUUGCUUUGGUGUCUCACUUGUAAAUAAAUUGACCAUAUGAAUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1146.68 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1208.5
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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