Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
RBM5-AS1:1
Sequence Length
1387 nt
GC Content
0.4124
AAAUGCCGCCACAGACUUUCACUAUGUUCUCUUCACUGUCAAAUGGAGAGUUUGAUAUACUAAGCUUACUCUCAAUGGACAUAAUAGGAAUAUAACAAACUAGAAAAAAGGGAAACAUUAAGAUGUUUUAGUGAUUACCAGACAGGUAUUCAGUAGUUAACAAAGCCCUGCCAGGUAGGUAGCCAUGUUUAAAGGCAGAACAAAUUCUAUAAUGAAGUCCUUGGUACUGUACUUAUUCUAGUAACAUCAAUUUUAAUAUAUACAAAGCUUUUUUUUUAAAAAAAAGUCACUCCUUUGGAACAAACCACUCCUUCAACCUUUUUUUAAAAUUGUACAGACUUGUUCCAUUUUCAUGAAUAUCUAGACUUGGUGAGUGAAGCAACCUGAUUGGCUUCCAUCCAGCUGGUAGCAUCUUGCAAGUGAUAAAACUCCACGAAGGCGAAACCACGGCUUACACCUAGAGACAGCAUUCAGAUAUAGACGGGAUACUUGUGUUAGUCAGUUCCUUUAUAACAGGUGAAUCUCUCUCCCACUGCUUCAACACUGCGUGACAAAGCCAAUUGGGAAGCAGCUUUACAAAUGUGACUUGACUUGGGGAUCUUCUUGAUACUUUGCCAUGGCAAGGAACAAGCCGCCUGAACUAAAUGCCACUCCAUUUGAUUCCACGCUUAAAGUAACCAUGCAACCGACUAUAGUCAAAAAAAAAAAGGAGUUUAUAAAUCAUUACUUACCUAAGGAAAAAAAAGUCCCUAAAACAAAGUUUAAAAAAGUUCCUCAGAUGCUAACAUGGUUUUCAAAGAGUCACAUUCCUUAGCCAUGGCAAACCUUUCAUUCUGAAUUCAUGUGCUUGAAGACUGGGGGAAUCAGGAUGUUCUUUAGGGACUGAGGUGGGAAUGGGGAAGAGAACAAUAAUAUCAGGAACUAAGCAAGCUCUCACCUGUUUUCCUCUUCAUCAGCCUCACAUCCGCAGGCUGAGGGCCUUCGAAGGACUCCAUCAUUUCUCGAAUCUGCACAGGGUUUUACAUUAUUUACAGUUAAAGCUUUUGCCACACACUAUUCCCCAUGGAAUAGGAAUUACAUCAACUGUUUAAUUAGCCAAGUUUUUUUUUUUUUUAAGAUGGGAGUCUCUGUCUCUCACUCACUUGAUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAACCACCACCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUAUAGGUGUGCACCACCAUGCGUGACUGAUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGACGUGAUCUCGGCUCACUUCAACCUCCACCUCCUGGAUUCAAGCGAUUCUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-351.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -375.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((...((..(((((((.((....((((.....((((((..(..........)..))))))....))))....)))))))))((((....((((((((((((((((....)))))))(.(((.((((.....)))).))).)............(((((...)))))..(((.........)))((((....))))....(((((....((((..((((..((((..(((.......)))..))))..))))..(((((((((...)))))))))...(((...)))....))))...))))).)))))))))....))))(((....))).(((((((...(((.....(((((((((.(((.(((((..(((..(((...)))..)))(((((((..((..(.(((((((.....(((.(((((((........(((((.......((((.((.(((((..((((((.((((((((......)))..))))))))))).....))))))).)))).(((.((.........)))))...)))))....(((((((((..........((((((((.(((((.....(((((((((.(((((((((((((((((.((((.....(((.((((((......)))))).)))...)))).....(((((((.....(((....)))............((((............))))..((.(((((..........((.......))..........))))).)).......)))))))..............)))))).)))))))))))(((..((((((.(.((((.((.((((((((((((.....)))).....)))))))).)))))).).))))))))).............))))))))))))))))))...)))))))))))))......((((((((......).)))))))..)))))))..)))....))))))))..))..)))).)))(((((((.(((......))))))))))...........(((((((....))))))).............))))).))).))))))))).....)))...)))))))(((.((((((((((((.((((((((..(((((((.(((..(((((((((.((....)))).)))))))....)))...)))))))))))(((.......)))((((((..(....)..))))))......((((.....))))....)))).)))...............))))))))).)))(((.((....(((((.(((((...(((((.((.......))))))).....)))))...)))))...)))))))....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........((((...,,..(((((((.((....((((...,.((((((..(..........)..))))))....))))....))))))))),,,,..,,((({((((((((((((....))))))|(.(((.((((.....)))).))).)},........,|(((((,..}}})),.{{(.{,....,.})){(({....,}}}.,..{((((,...((((..((((,,,,,,..|||,.,,...}}}..},}}..,,,,..(((((((({...}))))))))...,,,..,|||,,,.,}}}...,,,}|.}}}}}}}}}.,..}))}..,|,.}}}}}|||{{{{,{,|{{.....{{{{|||||,,(({((((,.{(((({((((({,{{,.|||,(({,(({,,,.,{.,{(((,,.....|,|.|{((({(,......,|,|||...,,..((((.((.(((((,.((((((.((((((((......})}..})))))))))).,...))))))).)))}.,,,}|||,,,...}}),)))...)))))}}}}|||,,,,,}}}}}}}....|||||||,,|||||||{,|,|,,{|||..{((((((((((((((((.,{{,.,...(((.((((((......)))))).)))..,))}}...,.(((((((.....(((....)))..........{((({(,,..........}}},..,|.,(((........}}).|........}},,.....,,|}}}}..,..,,,..)))))))......,.,.....)))))).))))))))))},}}|||||||}}|.,|||.||{((((((,.(,(({{{..,,||{,,|,},,,,,||{|{{(((({{{({,{(((,.{(((,.,,........|{{|,..,||||,|...,..}}))))))))},,||.((((((((......).))))))),}}}}}}}}..|||{{{,|||}}}},..}}..,,||{,||(((((((,,,,......,}}}))))))},}))......(((((((....))))))),.......,,,,,|}}},.,,.,))},}))),.....,,,...,})))))|}|}||{|||||||{,}|||(((((..(((((((.(((.,(((((((((.((....)))).)))))))....)))...))))))))))))......}}})))|||||,.}|}}{{|{{||||||{{{{{.(,(({{{.{||||.{{.||||{.||..............,|||||}}|)})))|,}},))}}},||||.|||,|}}}|,|,,.|||}}}}))))),)))},,.}))}},,}}))})}.}}))))))}....)))).
Back