Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
RBM5-AS1:2
Sequence Length
1386 nt
GC Content
0.4120
AAAUGCCGCCACAGACUUUCACUAUGUUCUCUUCACUGUCAAAUGGAGAGUUUGAUAUACUAAGCUUACUCUCAAUGGACAUAAUAGGAAUAUAACAAACUAGAAAAAAGGGAAACAUUAAGAUGUUUUAGUGAUUACCAGACAGGUAUUCAGUAGUUAACAAAGCCCUGCCAGGUAGGUAGCCAUGUUUAAAGGCAGAACAAAUUCUAUAAUGAAGUCCUUGGUACUGUACUUAUUCUAGUAACAUCAAUUUUAAUAUAUACAAAGCUUUUUUUUUAAAAAAAAGUCACUCCUUUGGAACAAACCACUCCUUCAACCUUUUUUUAAAAUUGUACAGACUUGUUCCAUUUUCAUGAAUAUCUAGACUUGGUGAGUGAAGCAACCUGAUUGGCUUCCAUCCAGCUGGUAGCAUCUUGCAAGUGAUAAAACUCCACGAAGGCGAAACCACGGCUUACACCUAGAGACAGCAUUCAGAUAUAGACGGGAUACUUGUGUUAGUCAGUUCCUUUAUAACAGGUGAAUCUCUCUCCCACUGCUUCAACACUGCGUGACAAAGCCAAUUGGGAAGCAGCUUUACAAAUGUGACUUGACUUGGGGAUCUUCUUGAUACUUUGCCAUGGCAAGGAACAAGCCGCCUGAACUAAAUGCCACUCCAUUUGAUUCCACGCUUAAAGUAACCAUGCAACCGACUAUAGUCAAAAAAAAAAAGGAGUUUAUAAAUCAUUACUUACCUAAGGAAAAAAAAGUCCCUAAAACAAAGUUUAAAAAAGUUCCUCAGAUGCUAACAUGGUUUUCAAAGAGUCACAUUCCUUAGCCAUGGCAAACCUUUCAUUCUGAAUUCAUGUGCUUGAAGACUGGGGGAAUCAGGAUGUUCUUUAGGGACUGAGGUGGGAAUGGGGAAGAGAACAAUAAUAUCAGGAACUAAGCAAGCUCUCACCUGUUUUCCUCUUCAUCAGCCUCACAUCCGCAGGCUGAGGGCCUUCGAAGGACUCCAUCAUUUCUCGAAUCUGCACAGGGUUUUACAUUAUUUACAGUUAAAGCUUUUGCCACACACUAUUCCCCAUGGAAUAGGAAUUACAUCAACUGUUUAAUUAGCCAAGUUUUUUUUUUUUUUAAGAUGGGAGUCUCUGUCUCUCACUCACUUGAUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAACCACCACCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUAUAGGUGUGCACCACCAUGCGUGACUGAUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUGGAGUACAGUGACGUGAUCUCGGCUCACUUCAACCUCCACCUCCUGGAUUCAAGCGAUUCUUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-351.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -375.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 412.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((...((..(((((((.((....((((.....((((((..(..........)..))))))....))))....)))))))))((((....((((((((((((((((....)))))))(.(((.((((.....)))).))).)............(((((...)))))..(((.........)))((((....))))....(((((....((((..((((..((((..(((.......)))..))))..))))..(((((((((...)))))))))...(((...)))....))))...))))).)))))))))....))))(((....))).(((((((...(((.....(((((((((.(((.(((((..(((..(((...)))..)))(((((((..((..(.(((((((.....(((.(((((((........(((((.......((((.((.(((((..((((((.((((((((......)))..))))))))))).....))))))).)))).(((.((.........)))))...)))))....(((((((((..........((((((((.(((((.....(((((((((.(((((((((((((((((.((((.....(((.((((((......)))))).)))...)))).....(((((((.....(((....)))............((((............))))..((.(((((..........((.......))..........))))).)).......)))))))..............)))))).)))))))))))(((..((((((.(.((((.((.((((((((((((.....)))).....)))))))).)))))).).))))))))).............))))))))))))))))))...)))))))))))))......((((((((......).)))))))..)))))))..)))....))))))))..))..)))).)))(((((((.(((......))))))))))...........(((((((....))))))).............))))).))).))))))))).....)))...)))))))(((.((((((((((((.((((((((..(((((((.(((..(((((((((.((....)))).)))))))....)))...)))))))))))(((.......)))((((((..(....)..))))))......((((.....))))....)))).)))...............))))))))).)))(((.((....(((((.(((((...(((((.((.......))))))).....)))))...)))))...)))))))....))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........((((...,,..(((((((.((....((((...,.((((((..(..........)..))))))....))))....))))))))),,,,..,,((({((((((((((((....})))))|(.(((.((((.....)))).))).)},........,|(((((,..}}})),.{{(.{,....,.))){(({....,}}}.,..{((((,...((((..((((,,,,,,..|||,.,,...}}}..},}}..,,,,..(((((((({...}))))))))...,,{..,|||,,,.,}}}...},,}|.}}}}}}}}}....}))}..{|,.,}}}}|||{{{{,,,|{{.....{{{{|||||,,(({((((,.{(((({(((({{,{{,.|||,(({,(({,,,.,{.,{((({,.....|,|.|{((({(,......,|,|||...,,.,((((.((.(((((,.((((((.((((((((......})}..})))))))))).,...))))))),)))}.{,,}|||,,,...}}),)))...)))))}}}}|||,,{,,}}}}}}}....|||||||{,|||||||,,|,|,,{|||..{((((((((((((((((.,{{,.,...(((.((((((......)))))).)))..,))}}...,.(((((((.....(((....)))..........{((({(,,..........}}},..,|.,(((........}}).|........}},,.....,,|}}}}..,..,,,..)))))))......,.,.....)))))).))))))))))},||||{|||||}|.,|||.||{((((((,,(,(({{{..,,||{,,|,}}}}}}||{|||||{{|{|({,{(((,.{(((,.,,.......,|{||,.,,||||,|...,..}}))))))))},,||.((((((((......).))))))),})}}}}}}..|||,{,,|||}}}},..}}..,,||{,||(((((((,,,,......,}}}))))))},}))......(((((((....))))))),.......,,,,,|}}},.,,.,))}})))),.....,,,...}})))))|||}||{|||||||{{}|||(((((..(((((((.(((.,(((((((((.((....)))).)))))))....)))...)))))))))))}......,}})))|||||,.}|}}{{|,{||||||{{{{{.({(({{{.,||||.{{.||||,,||..............,|||||}}|)})))},}}|))}},{||||.|||{|},}|,|,{.|||}}}})))})})))},,.})))),,},))})}.}})))))),....})}}
Back