Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SNHG11:33

Sequence Length

1224 nt

GC Content

0.5858

GUAUUUCCGCGGGCGCUGAGCACUAGAGAGAGCGUCUUGUGGCUGCGGCCUGCCCCUCAGCCUCCUCCGCGCGGUUACCCCUGUACCCGCCGCCAUCCGUCCUGGCGCUCCGGAUGAGUCAAUGAGGGGCAGGGCCCGAGGAGUGGUCUUCCCAAGAACCCCUGGUGGCCUCCCAAGGCCGGUGCUGUGUACCUCCUCCCCGACAAAAGGGGAAACUGAGGCCCCGAGGGGAGUGGGAAGAGCCGGCUGGACGUCAGGCCCAGCCGCUGGUGCAGUGGUCCGUCCCCUCUGCCGGGGUGGGCCCCUCGGGUUUCGCGUGUCCUCGGGAAAGAGACUGGCGGGCCUCGUGGGCUGUGCGGCUAUCCUGGAGACAGAUGACAGCUCUCCCUUGGAUGGCUUUGCUGGUUCCGCACCAGCCAGCGCCCCCAUUUUUCCUGCAGCACCCUGAUCUGCACUCCCUGAGGGGCUCCCACUGUCCGCGGUGUGAGGAUGUCCCUGGUCCACUGUGUGCAGAGGCAUGGGAGUUGUCAUGUUGGGAACAUGCUAGACCUCAGUAUCCUUGAGCUUGAAGAAAGACGACAGAACACUGGAGACCAAGUACUUACAGCCUUCUGCUCUGUGGCCCCUCCUCACUCCAGGGAUGCUGCCUUGGGUCUGGAAACUGUUAGAGGAAACCCCAAGAGGUGCAGGCACUGAGCCUCUCAGGACAAUGACCUGGGGUCCCAGCUCCCCUGGAGGGGCCUCCUCAUGGUAAGUGAAUGCCAAGAGGUUAAGUUGGCCUGUGUUUCCGAGGUGGAAAUUCCAGGUCGCUGGCUUCAUUUGUCUUCUCUUUUAGAUUGUUUGGGGGUUGAUCACAGACCAAGAGUGACGAGUGAUGUCACCCUGUGACUCAUGGCUGGACCUUCUUGCCCCUAUUGUCUCAGCACAACAUUAUUCGACUUUUCCCUCAGCGUGGGUGGGCAGAGGAAAAGCCCUGUGGCUCUGGGGACUUGGGAUCCAGAGUUGAAGACCCUUCAGCUGGCUCUGCCCUGCCAGUGCCACAGAGUGCCAUGGCCCAGGAAGACAGGUUUUCUUCCAUCUAGGCCAGGCCAUCCAGUGGCCAUCCUCCGUGUCCUCCCGCCUCCUCCUGGUGUGACUUCUGAAAACCAAGAAUUUGUUCCUGUUGACUUUUUCUGUGCUAUGGACCAUUGUCCUCUCACCCACUCAAUAAAUCUUGAAACAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-513.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -533.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 249.92

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.((((((((((((.(..((((.....))))..)))).))))((((((((((..(((.((((.((((.(((....))).))))(((((.......)))))...)))).)))....)))))))))).))))).)))).((((((((((....(((((((.((((((....((..(((((...))))).))(((((.......)))))....)))))))).)))))..)))))))).))((((((.(.....).))))))((.((.(((((((.(((.((((......)))))))((((((((((....(((.((((((((((((((...(((.((((...((.((((((((((((((((.((((((........).)))))...)))))))...........)))).))))).)))))))))))))))))).))......))).)))....))))))))))..)))))))))))((((.((((((.....((((((((((....))).((((((((((..((((...(((((((((((((((((((((.....)))))((.(((((((((((((((((..((((((........))).)))..)))))......(((((((((.......((((..(((((((((((((......(((.....((.....)).((((((.(((...))).)))))))))......)))))))))...))))..))))))))))))).((((.(((((......))))).))))...(((.((((((.((((((.....))))))..)))))))))........))))))).))))).))......(((((((.((((.(((.(((.((((.(((.(((....)))..))).)))).))))))))...))..)))))))..)))).)))).......................((.(((((.((((((((((...((((((((((.((((.(....(((...(((((((((((...)))))....)))))))))).)))).))))))).).))..(((((..((((((.......)))))).....)))))((((((...)))))).)))))..))))).)))))))..((.((((.............)))).))...)))))))).))))..)))))))))).)))))))..)))))).))))...((((......))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({..{((,(((((((({{((.{..{{{{..,..)))),,)))).)}}|((((((((((..(((.((((.((((.(((....))).))))(((((.......)))))...)))).)))....))))))))))}))))).)|||{((((((((((....(((((((.((((((...,((..(((((...))))).))|((((.......))))}....)))))))).)))))..)))))))}{}|((((((.(.....}.))))))||,((.(((((((,(((,((((......)))),||((((((((((....(((,(({{{(((((((((...(((.((((...((.((((((((((((((((.((((((........).)))))...))))))}..........,))))}})))).)))))))))))))))))).}),,,...))}.}))....)))))))))),})}}||||}|||((((.{((({{...,,|{{{{|||||,|.|))).((((((((((..((((...{(((((({{((((((((((((....,|})))({.((((({(((((((((({..{(((((.{,..,,.}},.}||..}}})).,,.,.(((((({{.....,{{((((..(((((((((((((......(({.....{{....||}.((((((.(((...))).))))))}}),.....))))))))),..})))..))))))))))))).((((.(((((......))))).))))...{(,,((((((.((((((,...,))))))..)))))))))}))))},.}))))}).))))).))......{((((((.({{{.(((.(((.((((.(((.(((....))).||)).)))).))))))|}...))..))))))}..)))).)))}..}}}}....,},,...,,.,..{{.(((((.((((((((((...((((((((((.((((.{....(((..,({{((((((((...)))))})}}),))),}))}.)))).))))))).).))..(((((.,((((((.......)))))).....)))))((((((...)))))).)))))..))))).)))))},,,||.||||.,,..,{{{....,,,,})),..}))))))}.))))..)))))))))),))))))),)))))}}.}}})},,||{,......}))}....,,,