Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG11:38
Sequence Length
1597 nt
GC Content
0.5905
GUAUUUCCGCGGGCGCUGAGCACUAGAGAGAGCGUCUUGUGGCUGCGGCCUGCCCCUCAGCCUCCUCCGCGCGGUUACCCCUGUACCCGCCGCCAUCCGUCCUGGCGCUCCGGAUGAGUCAAUGAGGGGCAGGGCCCGAGGAGUGGUCUUCCCAAGAACCCCUGGUGGCCUCCCAAGGCCGGUGCUGUGUACCUCCUCCCCGACAAAAGGGGAAACUGAGGCCCCGAGGGGAGUGGGAAGAGCCGGCUGGACGUCAGGCCCAGCCGCUGGUGCAGUGGUCCGUCCCCUCUGCCGGGGUGGGCCCCUCGGGUUUCGCGUGUCCUCGGGAAAGAGACUGGCGGGUGAGCCGCGCCCUCGGCCUUCGCUGGGCUAAGCCGACCCCAUGCAGACGUCAAACCCCCCUAGGUCGGCACAGCCUCUCUGCGGGGAGGCUUAGUGCCCCCUUGAGAAACGGCUUGGCAACGCUGUGCCCGGGGCCUUGCACGCGGGCUGAGGGGGCUAGAGACCUCGCGACUUUUACUCCCCCGACCCCGAUCUCCGACUCCUGACUUUGGAAGCCCCCAAAGCUGCUUUUCGGUUGCCUACAAAGUGUCGGUCAUUGUGCCACGUCCUUGGAACCGUGAACUCAUUUUCUCCUCAAUAACCUUUAAAAAGUAGCUGUAAAACCUCCAUUUUACAGACCAGUUGGCUGAGGUUUAAAUGGAGGACGCUCCCAGGGCCCCAGAGGGGCGAAUUCCAGACUCCUUUGCCAGGACCUUGUACUAAGCCCCUUCCCUACGCUUUUCCCUGCCUAGGCCUCGUGGGCUGUGCGGCUAUCCUGGAGACAGAUGACAGCUCUCCCUUGGAUGGCUUUGCUGGUUCCGCACCAGCCAGCGCCCCCAUUUUUCCUGCAGCACCCUGAUCUGCACUCCCUGAGGGGCUCCCACUGUCCGCGGUGUGAGGAUGUCCCUGGAUAGUCCACUGUGUGCAGAGGCAUGGGAGUUGUCAUGUUGGGAACAUGCUAGACCUCAGUAUCCUUGAGCUUGAAGAAAGACGACAGAACACUGGAGACCAAGUACUUACAGCCUUCUGCUCUGUGGCCCCUCCUCACUCCAGGGAUGCUGCCUUGGGUCUGGAAACUGUUAGAGGAAACCCCAAGAGGUGCAGGCACUGAGCCUCUCAGGACAAUGACCUGGGGUCCCAGCUCCCCUGGAGGGGCCUCCUCAUGAUUGUUUGGGGGUUGAUCACAGACCAAGAGUGACGAGUGAUGUCACCCUGUGACUCAUGGCUGGACCUUCUUGCCCCUAUUGUCUCAGCACAACAUUAUUCGACUUUUCCCUCAGCGUGGGUGGGCAGAGGAAAAGCCCUGUGGCUCUGGGGACUUGGGAUCCAGAGUUGAAGACCCUUCAGCUGGCUCUGCCCUGCCAGUGCCACAGAGUGCCAUGGCCCAGGAAGACAGGUUUUCUUCCAUCUAGGCCAGGCCAUCCAGUGGCCAUCCUCCGUGUCCUCCCGCCUCCUCCUGGUGUGACUUCUGAAAACCAAGAAUUUGUUCCUGUUGACUUUUUCUGUGCUAUGGACCAUUGUCCUCUCACCCACUCAAUAAAUCUUGAAACAUGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-650.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -673.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 485.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((.(((.((((.((....)).)).))..))).))))))(((((((((((..(((.((((.((((.(((....))).))))(((((.......)))))...)))).)))....)))))))))))((((((((...((((((((((....(((((((.((((((....((..(((((...))))).))(((((.......)))))....)))))))).)))))..)))))))).))((((((.(.....).))))))((((...))))((((((.((((......))))))))))))))))))...((((((..((((((........((.(((((((..((((((((((((...(((((((((((((..((((..(((((......(((......))).(((...)))..))))))))).))))))))((((((((.....(((((........)))))(((((.(((...)).).))))).))))))))..((((..(((.(..................))))))))..........((((((......))))))((((((((.(((((.....((((((....((((.((.(((......))).)).))))...))))))........)))))....))))))))((((((((......)))))))).))))).)))))))).......((((((((((((((((.((((((((((((......(((..((((.....))))..)))......)))))....(((((((((((((((((((((....(((((..((((((((((((.((((((........).)))))...))))))))..((((((.....))))))..)))).)))))....))))(((....))).....((((((((((((((((((((((((.(((((((.((...((((....)))).))))))))).)))).....)))))))(((..((((((((.((..(((((((((((((((((((.(..(((.((..(.(.(((((.((((((((........))).))).....)).))))).).)..)).)))..))))))))))))....))))))))((((.(((((((((..((((.((((((.(((...))).))))))((......)).((.((((........)))).)).))))..))))).)))).))))((((((.((((.(((.(((.((((.(((.(((....)))..))).)))).))))))))...))..))))))..))))))))))..))).............))))))).).)))))))))).))))))))...)))).))))))).))))))).....((((((((...))))))))(((........))).(.(((((.((..(((.(((((..((((((.......)))))).....))))))))..))..)))))).......)))))))))((((.......))))................((((...(((......)))...))))))))...((((....)))).))))))).)).......)))))).)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,...(((((((((((,,{(.{..,..,.})}}))}}))))})})||(((((((((((..(((.((((.((((.(((....))).))))(((((.......)))))...)))).)))....)))))))))))})}||{|({(((({(((((((....(((((((.((((((...,((..(((((...))))).))|((((.......))))}....)))))))).)))))..)))))))|{||((((((.(.....}.)))))))}}((.((((((((((({,,{({{{{{{|}||{(((((({{{(((,...((({((,,((((((,,{{,..{((,(((({{(,{(({(((((((((...(({(((((((((({.{{,,..{,,{..,,....,,.....,||}.((({{{|||{(((...,)))}))))..))))),|||,,.,..,||||}}}}}...}}}}}|||{{,|||...}}.).))))),}}|||||},.((({,.{{{,{........,,.,.,}....}),}}}}.,..|,|.,.{{{(({.,,,,,))}}||((((((((.(((((.....((((((..,,((((.((.(((......))).)).)))).,.))))))........}))))....))))))))||((((({......})))))}}.}|||}.}|||||||....,,,(({({,{{||||(((({((,(((((((((......,,|.}||||}}}..,)),}}))).....{|||||...((((.((,,.,,,,,||,|}}}....|.))))}||}||(((((((.((((((........).)))))...)))))))}..((((((.....)))))).}))))})))))}},,)))||||}...,,).,}})},,.,}|}}||||}|{,,,((((({((,(({{,,,..}||,|}.}}))))})))))),)).))))}}{{{||||||,.(({{.,,{(((((({..((((((((((((((((((({(..(((.((..(.(.(((((.(({{((((.,...,,.,,,.}}).,}}})).))))).).}..)).)))}}})))))))))))....)))))))),{{(.{((((((((..((((.{(((((.(((...))).)))))){{,,....|,,{{.((((,,,,....}}}}.)).))))..))))).)})).)))|((((((.{{{{.(({.(((.((((.(((,(((,,,,}}}.|||},||}}.}|||}|||...)),.)))}}}...))),)))}}..))},,,,,}},,....,,},,||.{{{{{.{({(||{((|...||{({{{{{{.{{||,|.,..{({,.,{{,{(((((((...)))))})}|||,,,.,,,,,)))).}))})}}.}.||,.(((((.,((((((.......)))))).....)))))||{{{|...)))))).})))).,))))),)))))|,,,,,.|)}|},...,|||,.....,.|}},..}}}}}}},.})))..})))))))).,}))))))))))))....,,))}))}.......,}}},...,}}}.
Back