Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG15:11
Sequence Length
3116 nt
GC Content
0.4968
AGACCUGUACUCCGUACUCCGUACUUCGUAGUCGCAGCGGCGCGGUCUUCGGCAGUCUAGUCAUCCACCGCCAUCCUGGGCCCCACGUGUUGCCUGACCAUUCCUGAGCCCAGGUAGGGGUCCUGGGGGAUUGGGUUCAGUGGCGGGCGGCGUGGGAGGCUGGGCCGCAGUGAGUGGGGGCACCAGUGAUUCUUGGAGACCAAGCCUUCACUACACGUGCUACUUCCUCUCAAGAGGCGGUUGAGCGCGUUCGGAACAUUUUACCCGGAGGAGACUCGGGGAUUACUUGAUGAGUAACCUCGUGCUUCUCUUUCAGCCGAGAAGUGGGGCUUCUGCAUGACCUGGGUGGACCCCAGUAGGUGGGAUGGGACGUGUGGUCAGGAGGGACCUCACCGGAAGGCAUGGGGUGGCGUGUAGACCUGCCGCAAGAGAGGCUGUAGAGUGGGCCAGGCGUUGCAAGGAGCUAGAGCUGGAUAAUGGUUCAGAGGCACAAGCUGAAGCUAACUGCGUUUGGAGCUAACUGCAUUUGUUCCCUUCUAGGUGGGAGCCGUGGCUGAGGUGACGGUCUCAAAGUGGAAGAGCUUACUGUCACAGCAACUCCUUUGCAAGAUGCCCCGGUAAAUCACGUUGCAGAGACCCCAACUCUGCCUUCCUGGAACUAGGCCUGCGUUUUCUCUGAACCAUUAUUUCAUGGGGAAAAUGAAAUCUACUUCAUGUGCCUGGUCUACUUACUCCUUCAGAAGUGAUUUCUGAGCCGUAAGAUACAUGAGAAAAAAAUGAAGGGGAAAAGGCAGUAUUUAUAUUAACUACAUGAUGAUAAGGAUGUUUCUGGUCACAGUGAAAAGCCAUGCUAGAAUUGUAGUGUCAUAGAAUAAUGUGGAAGUUUAGUUCGUGUUGUCUGAUCUAUUUAAUAAUUUAAUAAGGUUAUCUCUUCCAAGACACCUUCCCUUCUUCCUCAGCCAGAAAGGAUCUUUCCCUGAGAGUCAUUAGUAGCUCUGGGCUCCUGGAACCAAGCUCAGGUGCCUAAUUGAACUCUGGUCUCUUCCCACAGCCCCCAGCAGGGACUGGUGCUUAGUGAGAGUGGACUGCCAGAUUCCUUGAGUGUGGGGGAUUUGGGUGAAUGAGGGUAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCGGUGACCCUAUGCAUUCCUUCAGUGCUUGCUAGAACAGUUUUGAAACGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACAAUGACUUCCUCCCUCCUGGAUCUAGUGUCCUGGGCCUUGUAUAGAUCCGUGCCAUCUAAUGUGGUAGCCACUUGGCACACAUGAUUAAAUUAAAUUUGGAGUUUUAUUUCAUUUUCACACUAGCCACAUUUCAGAUGAUCAGUAGCCACAGGUGGCCAGUGGCUACCAUAUUGGACCGCACAGAUUAGAGGGCAUUUCUGUCGCUGUGGAAGUUGUUUUGGACAAUGCUGGUGUGAAAGGUGAAGGGAAUCCUGAGUGUUUGCUGUGCUCCAGGCUCAGUACAAAUUUUAUUUUAUUAUACACUUAAAGCAAAAGUCUUAUAAAAGUUGAGGAUGAAGCCAAGAGUGGUGGUAAGGGUAGGAGUUGAAACAGUGAAGAGGAAUAACAGGGAAGAGUCCUGCCCUGAGAGACUCAUGGAAUAGGAUAUUUACAAGGCAAAGCAAAGAGAACCAAAGUCUCAGUUCUGCAGAGGAGCUGAGUGCCCCAGGAGCUAGUGGAGGGUGAGGUCAAUGUGUGCUCAUCUUAAAGGAAAAACUCAUGGAAGAGGAAGGUGCUAAUGUUGAACACCUAUUUUGCGCCAGACCUCUUAAUUGUUUUAAAUCUUUGAGGUAUCAUCAUGAGGUCGUUUUUAAGUUCAGUACAGAUGAGGGGCCCAAGGUCAGAAUUAUGUGUCCAGGGUUGCCCAGCCACAAACCAGCAGAUCAGGGUUUGAUGCCAGGCCUCUCUAACCCUGCAUCCUGAGUGGAAUAUAGAAGCCGGUGGGAAGUUUGGAUGGGAAGGAGAUGGAUGCCUUCAAGUUCUUGUCUUGGUGUUAGGUGUGUUAAAGGACUGGCUGGGAUGAGAAGAGUGUUGCUGGCUUGAGCAUAGCACGAGCAGCACAGCUCCUGUGUUCCUCUGGGUGGUGGGGUCACCUCUCUUAAAGGUAGAGGCUUUCAGCUGAUUCUGUCUUUUCAGGCCAGGAAUAGUUGCUGAACACCCCAGGCCUGCUGAGGUCCCUCCUUGAGUCUCAUGUUCAAGCAGUCUUGUGAGUAAAGCACUGGCUACCCCUUUUCACUUACUAUCUUUUCAAGCAUGUUCUACCACCUUGGAAGGUAAGAGGUUAGUACCUUCUUCCAGAGCAGAGGGCAGGCAUUCUUGCUGUGCGUUGUGAAAGGGUAGAGUCCUGCGCUCCUUUCUUGUAGUAGUCCAAUGGCUCAUGCAGGUGCCUCUGACUCCCCUAUGGGAACUGGGGCUUGGGAGGGUGGUGGAAAAUGCUGAUGCUCUGGCUAUUGCUAUUGUUUUGAAUAAUCAGUGGUCCCUUGUCCCUAAUCGAGGAAUUUUGUAUUUUCUACCAGUGUCCAUGAAACUGGGAGGCGACCGUGUUAGCUGCCAGUUCCUGACAGCCACCUCUCACCAGUGGCUUCACUCUGUGUCCCUGACCCAGCACAUGGCACAAGAGUGCCUGCCAUCCGUCAGUGUUUCUACAGCAGCAAUCCCAAGAUGCUGGAGCUAGAGGGGACCUGACCUGAGAGAAGAUACCUUCAGUGGCUGCCAGGCUGUUCCUUGGAACCUGUGCAGGGAUGAGGCCUGCCUGUGUUAAUACACCUAGUGAGGAGUGGAGCUGAAUUUGAAUGCAAGCCUUGGCACCUUAAUUGAGCAAGUUUGAAACCUCGCUUGUUGCCCUUCUGGAAGGAGUCAGGAAUUUCCAGUUCUGGGCCUGGGCUGUGGGUCUGGCAGACAGACCUCUGGCCCUAGGUUUGGGUGCCAGGUUCUCUGCUUCCAGAAUGAGAAGCUUUGCUGUGCACCAGGACCUGGGCCCUUCUGGUAUCUCCUGAAUGAAAAACAAGGGAUAUUUAAUAAAUAUGGAUUUAAAUAUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1128.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1187.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 740.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((..(((((.((((..((((((((.(((((.((((((((.((.(((..........((((((..((((((((.....(((.(((((((...((((....))))....))))..))).))).))))))))))))))..))))).)))))))).)))))((((((.(((((..((((((...(((.(((((...((.....((..((((((((((.((((....)))).)))..)))))))..))..(((((((((.(((((((.(.(((((.((((((...))))))))))).)))))))).(((((..((((((...)))))))).))).(((((.....)))))..)))))))))(((((((.(((((((((((((((((.....((((.(((((((..((....))(((((..((((((((.(((((((.(((((.((((((...((((((((((((((..((((((((((((.(((..(((....)))...))).))))))((.....))....((((((........))))))..(((((((((.((.((........((((((((.(((((((..(((.((((((((..((..(((...((........))..((((((.......))))))...((((....)))).((((.((((((((....((((.((((((((((...(((((......)))))...)))......(((((...(((((((.....)))))))..)))))...)))))))....))))..)))))))).))))...............)))..))..))))).))).)))...)))))))..((.((.((..((((((.....(((((......))))).....))))))..)))).))(((((..((((....))))..)))))..))))))))..........)).))..)))))))))....(((....))).......)))))).))))))).)))))))((.(((.......))).)).....((((((((((((((.((((...((((((.(((((((((((((((.....)))).....)))))..))))))....))))))...)))).((((.....((((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))))).....))))......((((((.(((...(((.(((((......))))).)))..................(((((((..((((((.....(((((.((((((((((((((...((((...((((...(((((...(((....))).)))))...........((((((.((((..((((((((((((((((((.....((((((((....((((((((.((...)).))))))))))).)))))(((((..(((.((((.....)))))))..)))))..((((((...)))))))))))))))))).)))))).)))).))))))...(((((.(((...))).)))))............((((((.(((((...((.....(((((.......))))).....))...)))))))))))(((((((((.((....(.((...........)).)....)).)))))))))(((...)))))))....))))...))))))))..................(((((((((((.....))))))))).)).))))))))))).)))))).)))))))((.((((((...((((((((.....((((((.((((((..(((((....................)))))...))))))................(((....))).))))))....))))))))...)))))).))...((((((..((.((........)).))..))..)))).))).)))))))).)))))))))))))))))).))))))))))(((((((..(((.((.(((((((((...((((........))))....(((((.........)))))...(((((((((((((....(((.(......).))).)))))))))))))((((..(((((.((((.((...)).)))))))))..))))))))))))).)))))..)))))))))))))))))...))))).....((((((..(((((((((....))))..)))))....))))))))))))).))))..)))))))))))).))).)).)))))))..)).)))))..))).....))))))...))))).))))))...(((((((((.....((((((........(((((....(((((....))))))))))))))))((.(((((((((((((((((((.((((.(..((((((((((.....(((((.(((((((((.((((....(((.(......).)))...))))...)))))))))..)))))...(((.(.(((((((((((((.........((((((((.((((......))))..))))))))(((((........)))))......))))))))))))).).)))....((((((.((..(((...)))..)).))))))...((.((((((.........))))))))))))))...))))..).)))).)))))))..)))))))))))).)).(((((.((((((.((((((((.((....))))))...))).).)))))))))))....)))))))))......))))))))((((((..((((((.(.....).))))))...))))))...((((....))))..)))).)))))))))....((((((((.(((((((.(((.((..(((((.(.(((((.....(((.((((.((.((.....)))).)))).))))))))))))))..))))).)))))..(((((((.....)))))))..(((((.((((((.((((((((.......(((((((...)).)))))....))).))))).))))))))))).....((((((.(((............))))))))).........)).))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,,.,,((((.,((({(.{(((..{,{{{,(({((((({(((((,{{{((,,{{.,{{,.{(({(((((.{{((((((((((.{{((((((((.(((,.{((({,((({||.....||}|,}}},}})))))))))))))))))))))||,||||||||{|||||,{((((.(((((,,(|(((({..((({(,,,|}}}}|.,}}}}}..{((((({{((.((((....)))).)))..))))))}.{{{.....,,,,,|}|((((((.{.(((((.((((((...))))))))))).}||||||,.,,,,,.}||||||{{{||,|{{{({{{{,(,{,,{{{{{,,}||{{{|||||{.{(((((((.({(((((((((((((((..,,.((((.(((((((..,,.....|(((((..((((((((.{{(((((.(((((.((((((.,.((((((((((((((..((((((((((((,(({..(((....||,...})).)))},}||,....))....((((((........))))))..(((((((((.((.((........((((((((.(((((((..(((.((((((((..((..(((...,({,...,..}}..((((((.......))))))...{{{{....)})).((((.((((((((....{{({.((((((((((...(((((......)))))...)))......(((((..{{((((((,...,)))))))..)))))...)))))))....,}}}..)))))))).))))...............)))..))..))))).))).)))...)))))))..,{,,,.((..((((((.{.{.(((((......))))).,.,.))))))..)),}..{(((((..((((....))))..)))))}.)))))))).........,)}.))..))))))))){,,,({,.,,,))}}},,},,}))))).)))))))}}})))))|{.||{...,...}),,)}..{{{((((((((((((({.((((...((((((.(((((((((((,,,{,,,..,,,,..,}}))))).,))))}}..,.))))))...)))).{{{{.....((((((((((..((.((((..(((((......))))).,.))))..))..)).)))))))).....}}},......((((((.(((,,.(((.(((((......))))).)))...,|......|,.{{{.(((((((..((((((.....(((((.((((((((((((((...((((,{,(((,...{{((({..{||,,.,)))})}}}},,,,.......,||,{{,,{(({.{(((((((((((((((((.....(((({(((....((((((((.((...)).))))))))}}).})))}(((((..((,,((((,...,)))))))..)))))..((((({...)))))}))))))))))))))))))},))}}||{((((.({(((((.(((...))).))))}............((((((.(((((...((....,(((({.......))))),}...))...)))))))))))(((((((((.((....(.((...........)).}....)).))))))))).|}).)))))}))....))))...))))))))..................{{(((((((((.....))))))))).)).))))))))))).)))))).))))))),|}|({(((.,.((((((((.....((((((,((((((..(((((.{{,{..........,,,..)))))...)))))).......,,...,...|||,,,.}},,))))))....))))))))...)))))}.)),,{((((((..((.((.,....,.)).)).,)),.}))).))).))))))}}.)))))))))))))))))).))))))))))((((((({{((,.((.(((((((((...(({{..,,....}}}},{..(((((,......,.)))))..,|((((((((((({..,{(,{.{......,.,))}))))))))))))}((((..(((({{((((.((...)).)))))))))..))))))))))))).)})))},}))))))},))))))))...)))))..,,.{(((((..{((((((((....)))).,)))})....)))))}))))))).)))).,))))))))))))}})).)).))))),,.,{{{|||||..,,,..}}},)))))}).,))).}))))))))}|,,(((((({{(..{({,,...,,.}}}||||||.,,(((((....))))))))}}||||,,(({,(((((,(((({{(((,(,.,,,,.,..|{|||||||}}}}}},|||,.||||,{,{|.,|||}}..||,}}}}}}})).)))}},,})|{{{,,,,))))),})))))}))))}.|}|||||||,,,|||}}}}}},..((((((((.,((({,,...))))},))))))))(((((........)))))......,,,,,,|||,|||{|.||,..|,.|||||.||,.}}}}}}))}.)))})|||,,.}||.{((((((,{{{{,...|||||..{{|||||{{.||,|{...,,,,.)),))))},}))))),,,)))})..(((((.((((((,(,,(((({,((....)))))))..),),),))})))))))).})})))|||,...,,}}.))))))),((((((..((((((.{.....}.))))))...))))))...((((....))))..)))).))))))})|{{.,((({{,,(,(...,,,,,}},....},,,.||{({((..(,...|,,}}}|}||.,((({....,}}),,((((((..,.((((....((((({((((((.(((((((.....))))))).}))))),((((({.((((((((.,.....((((((,...,).)))))...,))).))))).})))))))))))..)))).,..)))))).......,}))))}|{{{{{....,,,,}).}}))))))......
Back