Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG15:16
Sequence Length
4481 nt
GC Content
0.4724
GAGAGCACCGCCCACAGGCUGAAGAUCCUGCCCCUUCAGGACGGCCGAGAACGCGCCUGCCUUGCACCACCCCCACCCCGCCCCGCGUCCUUCAGGAGAGCCGGAAACGCUCCUACCCCUACUUCGCUUCUGCACGGCCGCGAGAACGCACCUGUCCAGCCCCCUGUUCGCUCCGCCCACUCAGCGCGCGCGGGAGCGCGCGCGGGAGCAGCUCCAACUUUUUCAAUUUGCCGCCAUCUUUACGGCGGCCGACUUCCCAGCCUGCCUCGCGUCCAGGGAGGCGGAGCUCAGGUCUCUGAAAAGGGGACGGGGGGCGGGGGACGGGGGACGGGGGCCGGCGGGAGGGGACGCGGCCGGCAGAUGGCGAAGGAGGGGCGCGAGGAGGCGGCCACUGUUGAGGGGCGGGGCGUCCCGCCGAGAGUCUGGGUGCGGUGCGGUUUUCUUUUUUCUUGUGUCCCACUUUAUUCCCUGAGCCACAGGGAAUCCGUUUUCUAGUACUUCUCUGUUAUAAAGUCUGCCUGCCUUAGACAAACACAUUUGGAAAAUAGAAGUGCAACCACAAGGAUGUGCAGACCCUAUCAGAAUAAAAUCGUAGAACCUUACCAGUCAUCCGGUAUAAUUUCCACAUUUUCCAGAUGAGGUCCGGGGAAUGAGGUGAUUCGCCCAAAAGCACACUACAAAUUGGAGUCACCAGCAGGUCUGCUAUUUUGCCACUAAACCAAUCUGCCGGUAAGAACUUUGUAGCACAGCUAGAAUGUAAACUGUGUUUUUUUGGUGGUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGCCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCCAGUGGCGUGGAUCUCGGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCGCGGGUUCACGCCGUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCAGCCACCACACCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGGUCUGGAUCUCCUGACCUGGUGAUCCGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCCUAAUAAUUCUUUAUAUUAAACUUUUCUUUACUGUGUUUCUGUCUCCUGACUGGGCCUAUGUUAUACUGAUAUUCAAAAGAAAUACUUGGUCUCUAGACCUCUCCAAAGGCAUAAGUAUUCCAUUCUCUGCAAGAUAAAGCAGAGAUAGUGGAAACACCCUUUCAAUCUGCCUUCUGCAAUAAUCCAGCUUGCCACAUUUACACACGCAAAUGAUGUAGCGCAUCUGGUUGUCAUUAUUUUCCCACCAUUCACAGAACAAAGGCCUGAUAUUUAAAGUCUUCCACCGUCUUCCACAAAUGCAUAUUUAUCACUCCAUAAUACAGUAAACAACACUACUAAAACUUCUCUUAGCCUAACUCUGGAUGUGCUGACUUCCUCAGGCUGUUCUUAUCCAUCAGAAUACCUUUGCCCUGUCUUUGCAUACACAGGUUCAUGCUUCAAGCAAAAGUCCACUGGCUAAUGAUCAGAUGGUGAUAACUGGGAAUAAAGACAAUAAAAUGAGAAAAGCAAAAAGGCUGUUAGCUUGCUAUAACAAGGGAGUCAGCCACCAUCAUUUGUAUUUGGAUGAGACUCAAUGUCAGGCAGAGGAGUGGGUAAGCUUUAUAGUGAAAAAAGGGAAGCCUCCAGGGAUGUCCUCAUUUGAGGCUGUUGGCCUGGGGAAGCAAGGGGCAGGGCAUCCCAAGUGAUUGGUUAGGGGCACAUAUUUGUCUUUCUCUGGUUGCUCCUAAGCUGGAAGCAGGACCGAAAACUAGGAAAGCUGCCAGUUUUUUUUUAAUUGACAAAUAAUUUUUUGUUUCUUUUGUAUUUUUAGAGAUAAAGUCUCACUCUGUCCUUCAGGUUAGAGUGCAGUGAUGCAGUCAUGGCUCACUGAAGCUUCAACCUCCUGGGCUCAAGCAAUCCUCCCAUCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAAGGACGCAUCACCAAGCCUGGCUAAUUUUAGUAUAUUUUUGUUGAGACAAGGUCACACUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUAGGCUCAAGCAAUCCUCCCUCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGCAUGAGCCAUCGCACCCAGCUAACACAUAAUAAUUGUACAUAUUUAUGAGGUACAUGUGAUUUGUGUGUGUGUGUGAGGCAGAGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUUUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCUUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGCACCACCACACCAGGCUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUCUUACUCUGUAUUGCCCAGGCUGUAGUGCAGUGGUGCAAUCUCAGCUCACUGCAACAUCCACCCCCCAGUUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCCGGAGUAGCUGGAAUUACAGGUGCCCACUACCACGCCCGGCUAAUUUCUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAUGUGAUCUGUCCACCUUAGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCACCCGGCCAAAAUACAUGUGAUAUUUUGAUACAUGCAUAUGAUGUGUAAUAAUAAAAUCAGGGUAUUUAGGAUAUUCGUCACCUGAACACUUAUUUCUUUGUGUUGGAGACAUUUCAGAUCUCUCCUAGCUAUUCUGAAAUAUACAGUACAUUGUUAUUAACUAUAGUCAUCUUACUCUGCUAUGGAACAUUAGAAUUUAGGCUGGGUGUGGUGGCUCAAACCCGUAAUCCGAGCACUUGGAGAGGCUAAGCUGGGAAGAUCACGUGAACCCAGGAAUUGGAGACCAGCCUGGGCAAUAUAGUGAGAUCCUUCUUCUACAAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCAUAGUGGUGUGCACCUGUGGUCCCAGCUACUCAGGGGCCUGAAGUGGGGUCCUUGAGCCCAGGAGGUCGAGGCUGCAGUGAGCUGUCAUUGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAAGCCAGAUCUGUCUCACACACACACACACACACACACACACACACACACCCAUGAGAAAUUAUUGCUUCUAUUUAGCUGUAUGUUUGUACACGCUAACCAACCUCUCUUCAGCCCCCUACUUUCCCCCAACACACACCCUUCCCAGCCUCUGGUGGCUAUCAUCCCAGUCUCUAUCUCAAUGAGAUGAAUAUUUGUUUAGCUCCCACAUAUGAGUGAGUAAAUGCAAUACUUGUCUUUGUUUUUUUGUUUAAAAAAAAAUUUACAGGGAUGAGGUCACUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCCAACUCCUAGGUUCAAGCCAUCCUCCCACUUCAGCCUCCCAAGUAUUGGGAUUACAGGCUUACAUAGUGACCUCUAGCUCUAUUUAUGUUGCUGCAAAUGACAUUUUCAUUUUUUUUUCCUAUGGCCAAAUAGUAUUCUAUUGUGUAUAUAUACUAAUUUUUUUUGACAUGAGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUAUGAUCACUGCUCACUACAGCCUUGAUCUCAUAGACUCAAGAGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCCCAGUAGCUGGAACCACAGGUGUCUGCUAUCACACCUGGCUAAUUUUUUUACUUUUUGUAGAGAUGAGGUCUCUAUGUUGCCCAGGCUGCUCUCAAAUUCCUGGGCUCAAGCAAUCCUCGCGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGCUUGAGUCACCACGCUCAACCUUAUUUUUUGUCUUUUUUUUUUUUUUAGAGACAGGGCUUCCCUCUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUUAGCUCACCGCAGCUUGAGCUAAGGAGCUGGGCUCCUGGGCUCAAUGGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUAAGUAGCUGGGACUGCAGGUGCGCCAACACCCUUAUUUUUUGCCUUUUUGAUAAUAACCAUUCUAAAUGGGGUGAAAUGGUAUCUCAUUGUGGUUUUGAUUUGCAUUUCCCUGAUGACUCAUGAUAUUGAGUAUUUUUUUAUAUGUACCUAUUUGUUUUUUGUACAUCUUCUUUUGAGAAAUGUCUACUCAGAUUCUUCGCCCACUUUUUAAUGGAUUAUUUGUGGUUUUUUGCUGUCAAGUUGUUUGAGUUCCUUGUAUAUUCUGGAUAUUAGUCCCUUGCCGCAUGAAUAGUUUGCAAAUAUUUUCUCCCAUUCUAAAGGUUGUCUUUUCACUCAGUUGAUUGUUUCCAUUGCUGUGCAGAAGCUUUUUAGUUUCGCUUAAUAUAGUCCCAUUUGUCUAUUUUUGGUUUUGUUGCCUAUGCUUUUGAAAUUUUAGCCAUAAAAUCUUUGCCUCGUUCAAUGUCUUGAAGCAUUUCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1636.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1711.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 924.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.((((((.....(((((......)))))((((.(.((.(((.((((((((.((.((......((((.((.(((((((((((((((...((....))))))).......((((((((((((.((((((((....(.(.((((.((.((((((.((((.((((((((.(((.((((((((....)))))))).((((...))))..((((((((....((((((........)))))).(((((...((((((((((.(.....).))))))).))).)))))..))))))))....))))))))).....)).)))))))))).)))))).).)..))))))))))))).))))))))))))))))).)).)).))....)).)).)))))))))))))).))))..)))))))).)))))))...))))......(((((((..((((((((((((((.(((((((((((...((........))))))))))......(((((.......))))).....((((((((((((.(((((...(((....(((((((.((...((((..((......))))))...))...))..))))))))...)))))...)))))))))))).))).))))))))))))))..(((((.(((((((((.((((.....((((((((.((((((..((......))..........)))))).)))..).))))(.((((...)))).).))))...)))))))))..))))).................((((((((...))))))))((..((((.((((.((....(((((((((((.(((..............)))....))))))))))))).)))).))))..)).(((((......)))))..(((((.(((((((((((.....((((((.....((...((((((((((..((((..((((((.((((.((....)).))))))))))..).)))..)))(((((((((......))))).....((((((......)))))).))))(((((........)))))........(((((((((((...(((....))).((((((.((((....(((.........((((((...((((....))))......((((((...((.(((((((((((((........)))))))..))))))))............)))))).....((((.((((..(((((((((.............))))).).))).))))))))...))))))........)))...)))).))))))((((..(((((.(.......).)))...........))..)))).......)))))))))))......))))))))).....))))))......))).)).))))........(((.((((((........)))))))))..)))))))........)))))))...((((((((((((((((.....(((((((.((.(((((((.((((((((((...(((((((((.....(((((((.((((((((((((((........)))))((((.((..((((((.(((((((....)))))))(((.....)))((((.((((..((((...(((..((((.(((((((((((((((.((((((..(.((((....)))))((((((...(((((((...(((((.(((...))).(((((((((..(((((((......)))))))..)))))))))...(((((((.(((....((........))...))).)))))))..........((((((......))))))...............(((((...))))).....((((...(((((.((((.((((((..((....))..))))))..)))).)))))...))))..(((((((.......((((((((((.....((((((((......((((......((((.((((((.((((..((((....((((((....))))))....)))).)))).)))))))))).......)))).((((((.((.........(((.((((((.....)).)))))))......)).))))))......))))))))..(((.......)))..........)))))...((((...(((((((((((((((((((((.(((..((.(((..((((((((((((((((((((..((((..((((((((((((.((((.((((((..((((((((.........(((((.....(((((......)))))....)))))...(((.((((..((((((...........................(((((((...)))))))(((((..((((((...((((((((.((.......))))))))))............))))))...)))))..........((.((((((((((.(((((((((((.((((((...(((((((((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((.((((((..(((((((((((.((((.(((((((((((((.(((((..((((((.((..(((((((((((((((((((.((((.((((((.(((........)))))))))..(((((.........((((((((.((((((...(((((.((..(((((..........))))))).)))......))....)))))).)))))))).........))))).........((((((.((........)))))))).........)))).)))))))))))))))))))..)).))))))..))))))))).))))))))).)))).)))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))))).)))))))))))).))))).))))))))).)))))))))))))...)))))).))))))))))).)))))))))).))))))))..))))))).))))))))..)))))).)))).))))))))))))..))))..))))))))))))))))))))..)))))..))))))))))))))))))))))))..))))..................)))))....)))))))....((((((((((....))))).)))))..............)))))...)))))))))))))...............)))))).))))....))))......((((((...)))))).....((((...(((((((....)).).))))....)))).....((((((((((((((......))))))....))))))))(((((((((((((.(((..((((((.............(((....)))...........))))))((((((...)))))).....)))..)))))))))))))((((............)))).((((((.....))))))))))))))))))))..(((((....)))))((((....))))..........(((((.(((......))))))))...((((((.(((((((((((...))))))))..))).)))))).((((((..........))))))..)))))))).))))..((((...)))).....(((((((........))))))).......(((((((.....))))))).((((..(((((...(((((((..((((.....(((((.(((((((((.......((((.(((((((((((......))))...(((((.((((((......)))))).)))))....(((((((...........)))))))(((.............)))))))))).)))).((((..(((.......))))))).))))))))).)))))..)))).)))))))...))))).))))....((((((..(....)..))))))......)))).))..)).))))........))))))))).......(((((..(((..(((((((.........(((((.((...((.....))...)).)))))(((((......)))))..........((((((.............)))))).....((((((.........))))))...)))))))..)))..)))))..(((((((((..((((((.(.((((....((((..(((...........)))..))))...))))).))).)))....))))))))))))))))...........)))))))))...)))))))..................((.((((((....))))))))........)))))))))))).......(((......)))...............)))))))......))))...........)).)))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({(((((((((.((((((.....(((((......)))))((((.(.(.{(((.((((((({.((.{(......{,((,((,((((((((((,(({({(,{(....)))))}}.,,....((((((((((((.((((((((....(.(.((((.((.((((((.((((.((((((((.{{{.((((((((....)))))))).((((...))))..,,,,,,,,....((((((........)))))),(,((({,,((((((((((.(.....).))))))).))).,,|||{{|,,,,,))}}}})))))))))))}.}))})))))))))).)))))).).)..))))))))))))).))))))))))))))))).)).)),))....}).)).))))))))))))}},))))..)))))))).))))))),,...,,......{{{((({..((((((((((((((.(((((((((((...,,......,.,,))))))))......(((((.......))))).....((((((((((((.(((((,,,{((....||{|||||,,...{{{{..{,......}}}}}}...,,{,{|.,.}}})}))),..}})))...)))))))))))).))).))))))))))))))..,((((.(((((((((,((({....{{{{{,(((.((((((.,({...,..||..........)))))).)))..}.,|}||.{{((...}}}}.},,)),...))))))))}..))))}...............,.((((((((...)))))))){{..((((.((((.((....((((((((((({(((.....{,,.....,)),..},))))))))))))).)))).)))),,||.(((,({{,.{{|||||.,{{{({,...{|||{.......}||||,,...,,||,.{((((((((((..((((..((((((.((((.((....)).))))))))))..,.)))..})}(((((((((......))))).....((((((......)))))).)))){{(((........)}}}}........{((((((((({...(((....))).{(((((.((((....(({..,,,....|||,,,...((((....))))......(((({{...{{.(((((((((((((........)))))))..)))))),,............}||}}}..},,((({.((((..((({(((((.............))))).).))).)))))))}....,,,,.........,}},,,)))).)))))}({{{..,,,,{,,.......,.,,............,,..}}}}.......))))))))))}.....,)))))))}....,,)))))}..||}|,|},{{{||,|{{...,..(((.((((((........)))))))))..}....))}...)))})}}))))...{((((((((((({{{(.....,(((,{{.({,(((({({.((((((((((...(((((((((...,,(((((((.((((((((({((((........}}})|((((,{(.,((((((.((((((,....}))))))(((.....)))((((.((((..((((...(({.,((((.(((((((((((((((.((((((.,(.((((....))))|((((((...(((((((...(((((.(((...))).,({(.((((((,(((((,..{{{{{{{{..,..,,(({{({{{{...,,,||.,||,..}|||,,{,{{.||...||,.)))))))},........}|||||}}....|||||{{{{...........}||||}}}}},,,|,,,,,({((...{||{{,||||,((((((.,({....}},,))))))..||}}.}}}}}...)))}..,|||..({{{....(((((((..(....}..))))))).....||||.,,...(((,{((((((.((((..((((....((((((....))))))....)))).)))).)))))))))).......,,,,.((((((.((.....,...(((.((((((.....)).)))))))......)).))))))...}}.)))))))}}}}}...,....||,......,,,,||{||...((((...(((((((((((((((((((((.(((..((.(((..((((((((((((((((((((..{(({..((((((((((((.((((.((((((..((((((((.......,.(((((,,,..{(({{...,,,))))}....)))}},{{(((,((((..((((((........................}}}(((((((...))))))).,,,,..,|{|||..}||{{||||,||.......|}}}}))))}.,.......,,,|{,||{{,.|,|,.......|{{,({.((((((((((.(((((((((((.((((((.,.(((((((((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((.((((((..(((((((((((.{(((.((((((((((({{{(((((..((((((.((..(((((((((((((((((((.((((.((((({.({{,...,{||||,.,,,,,}}}|}|,..,,,,...((((((((.((((((...{{(((.((..(((((..........))))))).)))......)}....)))))).)))))))),{{,.{{{.....}}))}}},..((((((.((........)))))))).,},,....}))).)))))))))))))))))))..)).))))))..))))))))).))))))))).)))}.)))))))))))..)))))).)).)))))))))))))))))))).))))))))))))}})))).))))))))).))))))))))))).,.)))))).))))))))))).)))))))))).)))))))),,))))))}.))))))))..)))))).)))).))))))))))))..)))}..))))))))))))))))))))..)))))..)))))))))))))))))))))))).,}})}..................}}|||{...,,,,,))}}..{(((((((((....))))).))))),,,},,})......))))).,.))))))))))))}...........,,,,)))))).))))....)))).,,,{{.{{{{{...)))))},.,,,{(((,,.((({,,,.....|,},||||,,,.},,,...,,((((((((((((((......})))))}...))))))))(((((((((((((.(((.{(({(((.,,..,,,,....|||,..,))),.,,,......,}}}}}{(((({...}))))}.....)))..))))))))))))){{((.,......,}..)))).{(((((.....)))))}))))))))))))))..{{(((,,,.}}||},,{{,...)))),,........(((((.(((......))))))))...((((((.{((((((((((...))))))))..))}.)))))).((((((..........))))))..)))))))).))))..((((,.,||||,....(((((((........))))))),......(((((((.....))))))).((((..(((((...(((((((..((((.....(((((.(((((((((.......((((.(((((((((((......))))}..{{(((.((((((......)))))),))}}}....{((((((...........))))))}(((...},,...,...,,}})))))).)))).((((..{({.....,.})))))).))))))))).)))))..)))).)))))))...))))).))))..,,{{{{({.|||...)..)))))).,,,.,)))).))..}}.)))}........))))))))).......(((((..(((.,(((((({,,{{.,,,|||}|{,((.,,{{{...{(((({{...||,,(((((......)))))..,.......((((((..{.......,..))))))..,,....}|)))}}}},,,,}}))),,}})))))).,}))..)))))..{(((((({{,{{{.(((.(.((((..,.{(((..(((..,........)))..)))).,.))))}.))).}))....})))))))}})))))).,,},......)))))))))...))))}}}|,..,,.,,,},,||,},||.((((((....))))))}|......,|})}))),)))}).,,.,,,|||,.....)))...}}}}}}}..,,,|||}},,}}}}}},,,,,,.........,,.))))))))))..,..
Back