Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG16:14
Sequence Length
1947 nt
GC Content
0.4520
UGGAAGACAUGGCCACUCCAGUCGGUGUUGAGCACGGCGAGCAGUCUCAGGCCUUUAGUGAUGAUGAUUAAAGGUGGUGGCUGUGGCCUUGAAAACAGUCAUGUGAAAACUCAUCACCUUAAGGUGUUAAGUGUAAGGAUCUUCAUGAUGAAAUUUCUGUAAAUGGUGCAGUCAGCCUCAGUUUCCAAAGCCGGAAAAGGAUCCUCUAGUAGCCACGGUGUGGCAGCUGCUCUGAACCAGGACCUGGACCCGGACCCAAAGUGCCAUGUCUUUAAUGUUAGCUCCCAGCGAUGCCAGAUGGGAUCAGCACAGCCCUGCCUCUGCUGCUAAUUGUUCCUCUAAAGUAAUCGCCAUGCGUUCUUUGGGCUUCAUCUUUAAAGGAAUGAAGCAACUGAGAUUAUUCUGGAAAACCUUUUGGCAGUUAGUGAAAUUAGAGUACAACUAAGAACAUUUUCAGACCUCCACUGUGGAUGACCUGGGUAUAAUCUCACAAAUCGAUGGGACUGCAAGGAUUGUAAACUGAAAUGAACAUGAUUAUACUCUGUUGGAAGAGCCUAAGAGGAAACUGAUGCCAUGAGUUUCAGAGAGUAAUGCUUAACCCCAGUUACACAGGAUGCCGUCUUGUGUUUCCUCUUGUUUAGAUGGUCUCUAUCUCCUGACCUUGUGAUCUGCCUGCCUCAGCUUCCCAAAGUGCUGAGAUGACAGGUGUGAGCCAUCAGACCCAGCAUUUUUUUUUUUAAUUUAAAUUUAAAUUUUUUUUCAUUUUUUUGAGAGGUUUUUUUUGUUUUGUUUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUGAGACAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCUGCAACCUCUACCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUUGUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGUGCACGCUACCACACCUGGCUGAUUUUUUUUGUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCAACCAUGUUGCCCAGGUUGGUCUCAAACUCCUGAGCUCAGGCAAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACACCCAGCUAUUUUUUCUUUCGUUUUUUAAUUUUAAAGUUGGGGGGGGGUCUCAAUUUGUUACCCUGGCUGGUCUCGAACUCCCGGACUUAAGCGAUCCUCUGGCUCCAAGCCCACUACCAGUCUCAGGUUUCUUUACUAAAAGAUCACUACCUUUUUUUCUCUUAUCUGCUGCCAUGUGAGAUGUGGCUUUCACCUUCCGCCAUGAUUGUGAGGCCUUCCCAGCCAUGUAGAACUGUAAGUCCAAUAAACCUCUUUUGUAAAUUAAAAAAAAAAAAUCACUAUUUAAGAUACUAGGAUGGAUUGUGACUGUUGAGGAGUACUUACAUAUCCUACAUUUGACUACAUUAUUUCCAAACCAAGUAUUCCAUCCAAAGGAACAUACUGCUAUCAUAGAGACCAAGGAGGGACUGUUUAAGGUUGCCAAGGUGAAGCGAGCUGAGAGGCUUUGUCCUCGUGCCAGUAACUCUGAAAUCUCUCUUAAUUCCUGCUGUCCAGGCAGCAGAAUGCCAUGGUUUCCCCAAGUAGGUAGCUGCUUUAGCAGUUAAAGCCCAAAUGUCUGUUCUGUUGAUCAGAGGUCUCUGAAUUUCUGAAGUGGUGUUUCGUUUCUGGUGACUGAGUUAAUCCUUUACAAUCCCUCUUGUAAAGUGUGCUAAUAGAAAGAAUCCACCUUUCAAAGCUGCAGAACCAGACCGUGCCCUAAAUUGACCAACGUAACUGAUGUGCCUCAGGAAGUCUCUUGCCAGCUGUCCCUGUGAAGACCCCCCUCCUCCCCCCCAGCUGCUGCCUUGCACACUGAAGCAUCUCAGACUGUGCAAAGCCGUGUAGUCAUCAAGACAGUAAAUCCCAGGGCUUGGUUAAGUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-546.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -585.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 508.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((.(((...(((((.(((.((((.(((..((((((.(..(((((((((.......))))))))).).)))))).))).))...(((....)))....(((...((((....))))...)))...((((..((((...))))..))))((...((((.(((.((((.((..(((((......)))))..))..........(((((...))))).))))..))).))))..)))).))))).)))....)))))))))))))).......(((...)))(((.((....)).))).((((((((..((((((((((((((..(((((.((((((....(((...)))..))))))((((((((((...))).))))))).....(((....)))))))...)..))))))))..........))))............(((((.(((.......))).))))).((((((((((((((......((.....))......)))))))).((((...(((...(((((((((.......(((((((..((((((((((((..(((.((((((.(((.((((..............(..(((((((((...)))))))))..).(((.....))).((((..........))))(((.((((.((((..((((((..........)))))).(((((((.((((((..(((((..(((((..........((((..((((..(((...(((((((......)))))))...)))..))))......))))..........)))))..)))))....).))))))))))))(((((((((((((.((.(.(((((((....((((((((.........)))))...)))....))))))).).))))))).)))..)))))....((((((..........))))))............((((((....))))))((((..((....))..)))))))).)))).)))))))))))))))))))(((((...(((.((((....)))).)))...)))))...((((((......)))))))))...)))))))))..)))))))........(((((((((((((((((..((((..(((......)))..)))).....(((((((.....((..((((((....((((((....((((..((((.(((((....))))).....)))).......((((((.((....)).)))))).(((((...........)))))))))))).)))......))))).)..))....)))))))..............(((..(((((...............)))))..)))...(((((..(((..((...(((((((((((..............((....)).............))))))))).))...))..))).....)))))...)))))).(((((((.........((((..(((((.(((((..((.((((((((...((((.((((((((.((...((((((.......((((.((((((....)))))))))).....))))))..(((.(((((((((((....)))))))..........(((((((((((.(.(((((....))))).....(((((.((((.(((.((((((.......(((..((.((((((((......)))))))).)))))..)))))))))..)))))))))...).)))))).))))).....))))..)))......)).))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).))))))))))))))))))...((.(((((((((((......))))..))))))).)).))))))))))))...))))....))))))))..))))..))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((({,(((,,.(((((,{{{,(({,.(((..((((((.,..(((((((((.......))))))))).}.)))))).))).,|...{{{.,,,||},,..{{(,,.((((....)))).,.)))...{{{{{{{{,,}||}||..,,,|{{{,..,{{|,|||.{{{{.||..(((((......))))),})),,},......(((((...))))).)))),})}}.)))}.,},)),))}}},,,,....)))))))))))))).......{.(((({.{,...,,.,.})))).}.((((((((,,({(.{{((((((((..(((((.((((((.{,.(((...))),,))))))((((((((({...}))}})))))).....(((....))))))}...}..)))))))},||{{...{{{{,,.....}}}|,,.|{||{,{((..,,,,,,,|,)))||,{||{(({{{,,(({{{....,{..|||||.,{|{,,|||}}},.{({(...{({...{((((({{(,,.,,,,(((((((..((((((((((((.,(((.(((({{{(((.((((....{{.{{{....{..(((((((((...)))))))))..}.|||.},,.}}|.((((..........)))),{{.((((.(((({.((((((..........))))))..,.{{((({((({{..|||{|,.(((((..........,((,.,(({,..{{{...(((((((......)))))))...,}}..)})).,.,,.},},..,..,.,},})}|},,},}}}|||||.,.|{{{||||}.(((((((((((((.((.(.(((((((....((((((((.........)))))...)))....))))))).).)))))))},))..)))))...,||||{|,..,,,..,,)))))){{{{{........|,,||}}}.}})})}|(({..{,,},.}),,})}))))),)))).})}))))))))))))))))|((((...(((.((((....)))).)))...)))),...((((((......)))))))))...)))))))))..)))))))}},.....(((((((((((((((((....,{..{{,.,{({((({,.{{.......{({{{,.,{,{.{{..,,((((...||||,,,...,||||..{||{.{{{{,....||||}.......,,,,.....{{{{({.{{....}}.)))))).|,(((,,,{{{..{{.,,,,.))..))))))))...,}))))).}|||,.,,,|,|||||,{{...{{{(((..(((..(((({...............}))))..))).}))},)}}}}||}}||.,,{{((({{{{{{.....,,,,.,...,{....,,.............,||||||||.,,....))},.}}}}}.........)))))).(((((((.........((((..(((((.(((((..((.((((((((,..((((.((((((((.{{...({{{{{.......{{{,(((((((....)))))))}}),...,}}}}},..,.,,||||(((((((....)))))))..,,......(((((((((((.{.(((((....})))}...,.(((((.((((.(((.((((((.......(((..,,.((((((((......)))))))).},)))..)))))))))..)))))))))...,.))))))}})))),||,..|,.....}..,...)}.))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).)))))))))))))))))),,.((.(((((((((((......))))..))))))).)).))))}))))))}..,))))....}})))))),.))),..))))
Back