Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG16:3
Sequence Length
2538 nt
GC Content
0.4421
GCGUUCUUUUCGAGGUCGGCCGCGUGGCUGGAAGACAUGGCCACUCCAGUCGGUGUUGAGCACGGCGAGCAGUCUCAGGCCUUUAGUGAUGAUGAUUAAAGGUGGUGGCUGUGGCCUUGAAAACAGUCAUGUGAAAACUCAUCACCUUAAGGUGUUAAGUGUAAGGAUCUUCAUGAUGAAAUUUCUGUAAAUGGUGCAGUCAGCCUCAGUUUCCAAAGCCGGAAAAGGAUCCUCUAGUAGCCACGGUGUGGCAGCUGCUCUGAACCAGGACCUGGACCCGGACCCAAAGUGCCAUGUCUUUAAUGUGAGUUAGCUCCCAGCGAUGCCAGAUGGGAUCAGCACAGCCCUGCCUCUGCUGCUAAUUGUUCCUCUAAAGUAAUCGCCAUGCGUUCUUUGGGCUUCAUCUUUAAAGGAAUGAAGCAACUGAGAUUAUUCUGGAAAACCUUUUGGCAGUUAGUGAAAUUAGAGUACAACUAAGAACAUUUUCAGACCUCCACUGUGGAUGACCUGGGUAUAAUCUCACAAAUCGAUGGGACUGCAAGGAUUGUAAACUGAAAUGAACAUGAUUAUACUCUGUUGGAAGAGCCUAAGAGGAAACUGAUGCCAUGAGUUUCAGAGAGUAAUGCUUAACCCCAGUUACACAGGAUGCCGUCUUGUGUUUCCUCUUGUUUAGUUACCCACUACAGUGAUUUUGUGAUCUGCUAAUGGGUUGCCACCCACAACCAUUGCUUUAGCACUUUUACUUCAAAUCAAUGAAGGAUUGAUAAAAGUUCUCCUGGUGUCUCCGCAGAGUGCCUUCCAGGAACAGAUCUUUGCAUAGAAUAUCAGUGGUUUCCUUUUUUGUUUCAAAUAGUGGUCAGAAAAUACCCAGUGUUGACUCACCAAGGCAAUCAGCUUCCUUUUUCCCUUUUUUUGUUUUUUUUUUAACAUUUUAUAUUUUUGCUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUUUGAGACGGAGUUCCACUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGAAGUGGUACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGGCUCAGCCUCCUGAGUGCUGGGACUACAGGCGCGUACCUUCUUUAGUAGAGACUGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCUAUCUCCUGACCUUGUGAUCUGCCUGCCUCAGCUUCCCAAAGUGCUGAGAUGACAGGUGUGAGCCAUCAGACCCAGCAUUUUUUUUUUUAAUUUAAAUUUAAAUUUUUUUUCAUUUUUUUGAGAGGUUUUUUUUGUUUUGUUUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUGAGACAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCUGCAACCUCUACCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUUGUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGUGCACGCUACCACACCUGGCUGAUUUUUUUUGUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCAACCAUGUUGCCCAGGUUGGUCUCAAACUCCUGAGCUCAGGCAAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACACCCAGCUAUUUUUUCUUUCGUUUUUUAAUUUUAAAGUUGGGGGGGGGUCUCAAUUUGUUACCCUGGCUGGUCUCGAACUCCCGGACUUAAGCGAUCCUCUGGCUCCAAGCCCACUACCAGUCUCAGGUUUCUUUACUAAAAGAUCACUACCUUUUUUUCUCUUAUCUGCUGCCAUGUGAGAUGUGGCUUUCACCUUCCGCCAUGAUUGUGAGGCCUUCCCAGCCAUGUAGAACUGUAAGUCCAAUAAACCUCUUUUGUAAAUUAAAAAAAAAAAAUCACUAUUUAAGAUACUAGGAUGGAUUGUGACUGUUGAGGAGUACUUACAUAUCCUACAUUUGACUACAUUAUUUCCAAACCAAGUAUUCCAUCCAAAGGAACAUACUGCUAUCAUAGAGACCAAGGAGGGACUGUUUAAGGUUGCCAAGGUGAAGCGAGCUGAGAGGCUUUGUCCUCGUGCCAGUAACUCUGAAAUCUCUCUUAAUUCCUGCUGUCCAGGCAGCAGAAUGCCAUGGUUUCCCCAAGUAGGUAGCUGCUUUAGCAGUUAAAGCCCAAAUGUCUGUUCUGUUGAUCAGAGGUCUCUGAAUUUCUGAAGUGGUGUUUCGUUUCUGGUGACUGAGUUAAUCCUUUACAAUCCCUCUUGUAAAGUGUGCUAAUAGAAAGAAUCCACCUUUCAAAGCUGCAGAACCAGACCGUGCCCUAAAUUGACCAACGUAACUGAUGUGCCUCAGGAAGUCUCUUGCCAGCUGUCCCUGUGAAGACCCCCCUCCUCCCCCCCAGCUGCUGCCUUGCACACUGAAGCAUCUCAGACUGUGCAAAGCCGUGUAGUCAUCAAGACAGUAAAUCCCAGGGCUUGGUUAAGUGCUGUGUGAUAACUUGUUUGGAUGAGACUUAACUUAAAACCACUUACAAUAAACUUGGGAAACUACCGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-706.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -757.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 704.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((..(((((.(((((((((....)))))...(((.(((.....))))))(((.(((((((((((..(((((((.(((.((((((((.((.......(((((((((((((.((........(((....)))....(((...((((....))))...)))....((.((((.((((((.......((.((((((((.(((((((((...(((((......)))))))).........((((((.(((((((.((((((((((..(((((((.(((((((((.((...(((.((((........(((((((((...(((((.(((.((....)).))).(((......)))((((((((((((..(((((.((((((....(((...)))..))))))((((((((((...))).))))))).....(((....)))))))...)..))))))))..........))))............(((((.(((.......))).)))))..)))))..))).)))))).....)))).)))....))...(((((.(((((((((((.((.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((((.((..(.(((..(((.(((....(..(((((((((...)))))))))..).....))).)))...(((((...(..(((((((((((((....(((((....)))))........((....))((((((((((((......)))))......)))))))..((((((.(((((....))).))...)))))).)))))).....)))))))..)))))).....(((((((..(((.....))).)))))))))).)..))..))))))....))).))))).))))))))...............)))))))))))...)))).)).)).))))))))).))))).....................................((((((((...))))))))...(((.(((((((.(((((..((....))..))))).))..)))))))).))))))))).)......))))))(((((....)))))(((((((.((...(((.(((((((((....(((((.((.(((((.....(((..(((((...)))))..))).....))))).))..)))))....((((((..........))))))..)).))))))).)))...)).)))))))...........((((((....)))))).(((((((......)))))))............................................(((((.......))))).(((((((((((((.((.(.(((((((....((((((((.........)))))...)))....))))))).).))))))).)))..)))))....)))).))).))).)))))))))))))........((((((....))))))((((..((....))..)))).((((((.((((......))))...((((.........)))).((((((.(((.(((...(((....(((((.(((((((....(((((((...........................)))))))((((((((................(((((((.((......))))))..)))))))))))((((...))))(((...(((...(((((.........(((((........)))))........))))))))....)))....))))))).))))))))..)))..))).))))))...))))))((((((...(((((((...((((.((((((..(((..(((((...............)))))..))).)))).)).)))).(((.......))))))))))....)))))))))))).)))))))).)).....((((((((.......)))..)))))..)))))).)))))).(((((((.........((((..(((((.(((((..((.((((((((...((((.((((((((.((...((((((.......((((.((((((....)))))))))).....))))))..(((.(((((((((((....)))))))..........(((((((((((.(.(((((....))))).....(((((.((((.(((.((((((.......(((..((.((((((((......)))))))).)))))..)))))))))..)))))))))...).)))))).))))).....))))..)))......)).))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).)))))))....))))))))))))))).))))))))))..))).))))))).....))))))...(((((.((((((...(((((((.((((....)))).))).).)))...)))))).))))).......))))).)))...........)))).)))))..)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,({..{((((,(((({{{{(({(((((((.....{,,{{||||.|,.|||{{({{,,,|||||||,,{((((({,,,({(((((((,......}}}}}||||,|{|||||}||}}.}}....}}}}}})))}...{{(.,.((((....)))).,.))}...{(({{{((.{{{{||,....,|(({({,{{{||,||{{{||,||..(((((......)))))}})||||,....((((((.(((((((.((((((.((({.(((((({.(((((((((.,(,..(((.((((....,...(((((({{{...(((((.(((.((,...||.}}}.(((..,...,}}{,{||{{((({{..{(({{.((((((.,,.(((...))),,))))))((((((((({...}))}})))))).....(((....)))))}}...}..))))))}},||{,...,,,,.......))}}...{{{||,|{{...,,,.}}}.)))})..)))))..}}}.)))))),,...)))).)))....))...(((((.(((((((((((.((.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((({.,,..{.(((,,{{{.(((....(..(((((((((...)))))))))..,.....))}.}))}}}.{(({.,.{{{(((((.((({({((((.{((((....})))}.|{{{{{{(,.,,,|||{{{{{{{{(({..,{..}},}},}}}}}}}}}}}}.,((((((.(((((....))).}}...))))))..,},,}},}}}.,))),},,))))))},......,,{{...,,,,}}})))})).))))),,.,},)),,))))))....))),,)))).))))))))...},,,.........,,}}})))))...)))).)).)).))))))))).)))))...................................|.((((((((...))))))))...(((.(((((((.(((((..((....))..))))).)}..)))))))).))))))))).)......)))))).||||......{{((((((((.((...(((.(((((((((,...{{|||,|{.((({...,|,|.{..((,(({({,{||,...}}}}}}})})),.)),.}}}))},,.((((((..........))))))..}}.))))))).)))...)).)))))))}},........{{,,,{,,..,|||,..{((((((......)))))))........,.,,.....................,,,.......,|||||....,,.||||}.(((((((((((((.((.(.(((((((....((((((((.........)))))...)))....))))))).).)))))))},))..)))))...,)))).))).))).))))))))))))}........((((((....)))))}((((..((....})..)))){(((((({((((...{{{,|||,.,(((,.{{{{{{..||||{((((,,.,,({((,{{.((({{{{,(((({(,,,,,,}}}}||,{{{,...........................|||||||{{((((({{(....,|..||},|{((((({,.{{......,|||{{,.,|,,.||,..,((((...}}}},,,..,|||||..{({{.{{{{{....||||}.......}}.......{{{{({.{{....}}.)))))).}||||||.|||,,||,..}}}}},,)}))))))...}}))))|,|{||,.,|,|||||||,{{...{{{{{{..({{..{{{{|...............}}}}}..))).}))},))})}}|}}||.,,{{|{{||||||,,...,,}},,,.,||,,,.}},,,,,,.,,.....|{{{{{((.......))),.}})))..,,}},,.)))))).(((((((.........((((..(((((.({(((..((.((((((((,..((((.((((((((.{{...({{{{{.......{{{,(((((((....)))))))}}),...,|||}},..,.,,|,||(((((((....)))))))..,,......(((((((((((.{.(((((....})))}...,.(((((.((((.(((.((((((.......(((..,,.((((((((......)))))))).},)))..)))))))))..)))))))))...,.))))))}})))),||,..|,.....}..,...)}.))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).)))))))}}}))))))))||,||,|{{{{||||||,,...,)})),,)))})}}.)),))},.{((,,,..|||,||,,||||,||.||||}}}}))),}),)}).)))..))})))}})))))})),,}}))}...,,},.,,,......}))).)))))..}},},..
Back