Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

SNHG16:39

Sequence Length

1190 nt

GC Content

0.4387

CUUUUCGAGGUCGGCCGCGUGGCUGGAAGACAUGGCCACUCCAGUCGGUGUUGAGCACGGCGAGCAGUCUCAGGCCUUUAGUGAUGAUGAUUAAAGGUGGUGGCUGUGGCCUUGAAAACAGUCAUGUGAAAACUCAUCACCUUAAGGUGUUAAGUGUAAGGAUCUUCAUGAUGAAAUUUCUGUAAAUGGUGCAGUCAGCCUCAGUUUCCAAAGCCGGAAAAGGAUCCUCUAGUAGCCACGGUGUGGCAGCUGCUCUGAACCAGGACCUGGACCCGGACCCAAAGUGCCAUGUCUUUAAUGUUAGCUCCCAGCGAUGCCAGAUGGGAUCAGCACAGCCCUGCCUCUGCUGCUAAUUGUUCCUCUAAAGUAAUCGCCAUGCGUUCUUUGGGCUUCAUCUUUAAAGGAAUGAAGCAACUGAGAUUAUUCUGGAAAACCUUUUGGCAGUUAGUGAAAUUAGAGUACAACUAAGAACAUUUUCAGACCUCCACUGUGGAUGACCUGGGUAUAAUCUCACAAAUCGAUGGGACUGCAAGGAUUGUAAACUGAAAUGAACAUGAUUAUACUCUGUUGGAAGAGCCUAAGAGGAAACUGAUGCCAUGAGUUUCAGAGAGUAAUGCUUAACCCCAGUUACACAGGAUGCCGUCUUGUGUUUCCUCUUGUUUAGUUACCCACUACAGUGAUUUUGUGAUCUGCUAAUGGGUUGCCACCCACAACCAUUGCUUUAGCACUUUUACUUCAAAUCAAUGAAGGAUUGAUAAAAGUUCUCCUGGUGUCUCCGCAGAGUGCCUUCCAGGAACAGAUCUUUGCAUAGAAUAUCAGUGGUUUCCUUUUUUGUUUCAAAUAGUGGUCAGAAAAUACCCAGUGUUGACUCACCAAGGCAAUCAGCUUCCUUUUUCCCUUUUUUUGUUUUUUUUUUAACAUUUUAUAUUUUUGCUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUUUGAGACGGAGUUCCACUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGAAGUGGUACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGGCUCAGCCUCCUGAGUGCUGGGACUACAGGCGCGUACCUUCUUUAGUAGAGACUGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCUAUCUCCUGACUUCAAGUGAUCCACCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-324.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -351.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 373.71

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((((.((((((((((.....((.((((((((..((((((.....)).)))))))(((((.(..(((((((((.......))))))))).).)))))))))).))....))))))))))...(((...((((....))))...)))....((.((..((((.(((((((((((((((.(((((.((..((((.((((.(((..(((((...(((......((((.(((((...))))).))))..((((.(((((((.(((((((((..((((((.((((((...................(((((((.(((.((((((((((.((......)).)))))......))))))))...)).))))))))).)).))))))((((((((((...))).)))))))...((((((((((((((....((....))...(((((..............)))))...(((((.(((.......))).)))))..))))).)))))))))..((((..((......))..))))(((((.(((((((((((.((.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((((.((..(.(((..(((.(((....(..(((((((((...)))))))))..).....))).)))...(((((...(..(((((((((((((....(((((....)))))........((....))((((((((((((......)))))......)))))))..((((((.(((((....))).))...)))))).)))))).....)))))))..)))))).....(((((((..(((.....))).)))))))))).)..))..))))))....))).))))).))))))))...............)))))))))))...)))).)).)).))))))))).))))).....................................((((((((...))))))))...(((.(((((((.(((((..((....))..))))).))..)))))))).))))))))).)......)))))).))))))).))).))..)))))))..)))))))))))...)))).))))).....)))))).))))..)))).((((((...)))))).))))))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,,..(((({{((,,(((((,((((((((((((({{(((,,.(((((,{{{,(({{.(((..((((((.{..(((((((((.......))))))))).}.)))))).))).,|...,{{,,|,||}{,..{{(,,.((((....)))).,.)))...{{{{{{{{,,}|}}||..,,,|{{{,..,{{|}|||.{{{{.||,.(((((......))))),})),,,,..,,,.(((((...))))).)))),,)}}.}))},}},)),))}}}}},,....}))))))))))))).....{{(.(((((((({{,((,,..||{|}},(({.{{,...},,.,||{||{{{{..{{{{{.((((((.,,.(((...))),,))))))((((((((({...}))}})))))).....(((....}}}|}}}...}..}})))}}}.|{({{{{,,{{{{{{..,}|||{,.{{{||,|{|...,,,,,,},)))}|,{{{{{(,{,,,{({{{....,,..|}}}}.,|},,|}|},{((({.(((((((((((.{(.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((({.,,..{.(((,,{{{.{((....(..(((((((((...)))))))))..,.....))}.}))}}}.{(({.,.{{{(((((.((({({((((.{((((....})))}.|{{{{{{(,.,,,|||{{{{{{{{(({..,{..}},}},}}}}}}}}}}}}.,((((((.(((((....))).}}...))))))..,},,}},}}}.,))),},,))))))},......,,{{...,,,,}}})))})).))))),,.,},)),,))))))....))),,)))).))))))))...}}},,,..,....,,,}})))))...)))).)}.)).))))))))).)))}}............,,...,,....,...........|.((((((((...))))))))...(((.(((((((.(((((..((....))..))))).)}..)))))))),}|)))},,..,......,}}})|(((((....)))))})))))))))}))),))))},)),,||},.,.}))),.{(({{.{{{{,.{|..||,|((((.(({....)))))))),)},)}.}}}}...))}}.