Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG16:4
Sequence Length
2534 nt
GC Content
0.4420
GCGUUCUUUUCGAGGUCGGCCGCGUGGCUGGAAGACAUGGCCACUCCAGUCGGUGUUGAGCACGGCGAGCAGUCUCAGGCCUUUAGUGAUGAUGAUUAAAGGUGGUGGCUGUGGCCUUGAAAACAGUCAUGUGAAAACUCAUCACCUUAAGGUGUUAAGUGUAAGGAUCUUCAUGAUGAAAUUUCUGUAAAUGGUGCAGUCAGCCUCAGUUUCCAAAGCCGGAAAAGGAUCCUCUAGUAGCCACGGUGUGGCAGCUGCUCUGAACCAGGACCUGGACCCGGACCCAAAGUGCCAUGUCUUUAAUGUUAGCUCCCAGCGAUGCCAGAUGGGAUCAGCACAGCCCUGCCUCUGCUGCUAAUUGUUCCUCUAAAGUAAUCGCCAUGCGUUCUUUGGGCUUCAUCUUUAAAGGAAUGAAGCAACUGAGAUUAUUCUGGAAAACCUUUUGGCAGUUAGUGAAAUUAGAGUACAACUAAGAACAUUUUCAGACCUCCACUGUGGAUGACCUGGGUAUAAUCUCACAAAUCGAUGGGACUGCAAGGAUUGUAAACUGAAAUGAACAUGAUUAUACUCUGUUGGAAGAGCCUAAGAGGAAACUGAUGCCAUGAGUUUCAGAGAGUAAUGCUUAACCCCAGUUACACAGGAUGCCGUCUUGUGUUUCCUCUUGUUUAGUUACCCACUACAGUGAUUUUGUGAUCUGCUAAUGGGUUGCCACCCACAACCAUUGCUUUAGCACUUUUACUUCAAAUCAAUGAAGGAUUGAUAAAAGUUCUCCUGGUGUCUCCGCAGAGUGCCUUCCAGGAACAGAUCUUUGCAUAGAAUAUCAGUGGUUUCCUUUUUUGUUUCAAAUAGUGGUCAGAAAAUACCCAGUGUUGACUCACCAAGGCAAUCAGCUUCCUUUUUCCCUUUUUUUGUUUUUUUUUUAACAUUUUAUAUUUUUGCUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUAUUUUUUGAGACGGAGUUCCACUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGAAGUGGUACAAUCUUGGCUCACUGCAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGGCUCAGCCUCCUGAGUGCUGGGACUACAGGCGCGUACCUUCUUUAGUAGAGACUGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCUAUCUCCUGACCUUGUGAUCUGCCUGCCUCAGCUUCCCAAAGUGCUGAGAUGACAGGUGUGAGCCAUCAGACCCAGCAUUUUUUUUUUUAAUUUAAAUUUAAAUUUUUUUUCAUUUUUUUGAGAGGUUUUUUUUGUUUUGUUUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUGAGACAGUCUUGCUCUGUCACCCAGGCUGGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCUGCAACCUCUACCUCCCAGGUUCAAGCAAUUCUUGUGCCUCAGCCUCCCAAGUAACUGGGACUACAGGUGCACGCUACCACACCUGGCUGAUUUUUUUUGUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCAACCAUGUUGCCCAGGUUGGUCUCAAACUCCUGAGCUCAGGCAAUCCACCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACACCCAGCUAUUUUUUCUUUCGUUUUUUAAUUUUAAAGUUGGGGGGGGGUCUCAAUUUGUUACCCUGGCUGGUCUCGAACUCCCGGACUUAAGCGAUCCUCUGGCUCCAAGCCCACUACCAGUCUCAGGUUUCUUUACUAAAAGAUCACUACCUUUUUUUCUCUUAUCUGCUGCCAUGUGAGAUGUGGCUUUCACCUUCCGCCAUGAUUGUGAGGCCUUCCCAGCCAUGUAGAACUGUAAGUCCAAUAAACCUCUUUUGUAAAUUAAAAAAAAAAAAUCACUAUUUAAGAUACUAGGAUGGAUUGUGACUGUUGAGGAGUACUUACAUAUCCUACAUUUGACUACAUUAUUUCCAAACCAAGUAUUCCAUCCAAAGGAACAUACUGCUAUCAUAGAGACCAAGGAGGGACUGUUUAAGGUUGCCAAGGUGAAGCGAGCUGAGAGGCUUUGUCCUCGUGCCAGUAACUCUGAAAUCUCUCUUAAUUCCUGCUGUCCAGGCAGCAGAAUGCCAUGGUUUCCCCAAGUAGGUAGCUGCUUUAGCAGUUAAAGCCCAAAUGUCUGUUCUGUUGAUCAGAGGUCUCUGAAUUUCUGAAGUGGUGUUUCGUUUCUGGUGACUGAGUUAAUCCUUUACAAUCCCUCUUGUAAAGUGUGCUAAUAGAAAGAAUCCACCUUUCAAAGCUGCAGAACCAGACCGUGCCCUAAAUUGACCAACGUAACUGAUGUGCCUCAGGAAGUCUCUUGCCAGCUGUCCCUGUGAAGACCCCCCUCCUCCCCCCCAGCUGCUGCCUUGCACACUGAAGCAUCUCAGACUGUGCAAAGCCGUGUAGUCAUCAAGACAGUAAAUCCCAGGGCUUGGUUAAGUGCUGUGUGAUAACUUGUUUGGAUGAGACUUAACUUAAAACCACUUACAAUAAACUUGGGAAACUACCGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-701.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -752.6
Frequency: 0.0000
Diversity: 817.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.((..(((((.(((((((((....)))))...(((.(((.....))))))(((.(((((((((((..(((((((.(((.((((((((.((.......(((((((((((((.((........(((....)))....(((...((((....))))...)))....((.((((.((((((.......((.((((((((.(((((((((...(((((......)))))))).........((((((.(((((((.((((((((((..(((((((.(((((((((..((((((.((((((...................(((((((.(((.((((((((((.((......)).)))))......))))))))...)).))))))))).)).))))))((((((((((...))).)))))))...((((((((((((((....((....))...(((((..............)))))...(((((.(((.......))).)))))..))))).)))))))))..((((..((......))..))))(((((.(((((((((((.((.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((((.((..(.(((..(((.(((....(..(((((((((...)))))))))..).....))).)))...(((((...(..(((((((((((((....(((((....)))))........((....))((((((((((((......)))))......)))))))..((((((.(((((....))).))...)))))).)))))).....)))))))..)))))).....(((((((..(((.....))).)))))))))).)..))..))))))....))).))))).))))))))...............)))))))))))...)))).)).)).))))))))).))))).....................................((((((((...))))))))...(((.(((((((.(((((..((....))..))))).))..)))))))).))))))))).)......))))))(((((....)))))(((((((.((...(((.(((((((((....(((((.((.(((((.....(((..(((((...)))))..))).....))))).))..)))))....((((((..........))))))..)).))))))).)))...)).)))))))...........((((((....)))))).(((((((......)))))))............................................(((((.......))))).(((((((((((((.((.(.(((((((....((((((((.........)))))...)))....))))))).).))))))).)))..)))))....)))).))).))).)))))))))))))........((((((....))))))((((..((....))..)))).((((((.((((......))))...((((.........)))).((((((.(((.(((...(((....(((((.(((((((....(((((((...........................)))))))((((((((................(((((((.((......))))))..)))))))))))((((...))))(((...(((...(((((.........(((((........)))))........))))))))....)))....))))))).))))))))..)))..))).))))))...))))))((((((...(((((((...((((.((((((..(((..(((((...............)))))..))).)))).)).)))).(((.......))))))))))....)))))))))))).)))))))).)).....((((((((.......)))..)))))..)))))).)))))).(((((((.........((((..(((((.(((((..((.((((((((...((((.((((((((.((...((((((.......((((.((((((....)))))))))).....))))))..(((.(((((((((((....)))))))..........(((((((((((.(.(((((....))))).....(((((.((((.(((.((((((.......(((..((.((((((((......)))))))).)))))..)))))))))..)))))))))...).)))))).))))).....))))..)))......)).))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).)))))))....))))))))))))))).))))))))))..))).))))))).....))))))...(((((.((((((...(((((((.((((....)))).))).).)))...)))))).))))).......))))).)))...........)))).)))))..)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,({..(((((,((((,(({{({(((((((.....{{,((||||,|,.|||{{({{,,,|||||||,,{(((((,,..(((((((((.......))))))))),|,})|||}|))).}}....||}}}}})}}...{{(.,.((((....)))).,.))}...{(({{{((.{{{{||,...,,|{({(,,{{{|||||{{{||,||..(((((......)))))}})}||},....((((((.(((((((.(((((({{(({,(({(((,.(((({{(((,.,,,,{({((((({,,,....,{,..{,{{{{{(((((,(,,,,.||{|||{(((.{(,..,|,|,{|||||{{{{..|||||,{{{{{{.,|,||{,,.)})}.))))))((((((((({...})),}))))))...,,(((,,,,}||||},..,|..}|}}}}||,||{{...,{{{{,.{{,{|}||,|,{{,|,.||||,,{{{{..,,))},|,{|{|||,|||}|||||..,,,{,.||}}}.,,}|,|||},(((((.(((((((((((.((.((((...(((((((((((...((((((((.((((((((.((((({.,,..{.(((,,{{{.(((....(..(((((((((...)))))))))..,.....))}.}))}}}.{(({.,.{{{(((((.((({({((((.{((((....})))}.|{{{{{{(,.,,,|||{{{{{{{{(({..,{..}},}},}}}}}}}}}}}}.,((((((.(((((....))).}}...))))))..,},,}},}}}.,))),},,))))))},......,,{{...,,,,}}})))})).))))),,.,},)),,))))))....))),,)))).))))))))...},,,.........,,}}})))))...)))).)}.)).))))))))).))))}...................................|.((((((((...))))))))...(((.(((((({.(((((..({....)),,})))).}}..)))))))}.)))))))}}.}......}}}))}{||||,...,,|||(((((((.((...(((.(((((((((,...{{|||,|{.(({{...,|,|.|..((,(({{{.({|,...}},},}})})),.)),.}}}))},,.((((((..........))))))..},.))))))).)))...)).)))))))},,........{(,,,{....}}}},..,{{{(((......))))))),......,},,,,,.,,,},,,..,,,,,.,,,}|,,.....,.||||{.....,.))))).{{{{{||{(((((.((.{.(({{{{{....|{{{{{{{..,..,...})))),,,)))....}}}}))).,.}}}}||||.}}..})))),...})))}))).))).))))))))))))},.......{(((((....))))))((((..({....})..)))){(((((({((((...{((,|||,.,(((,.{{{{{{..|||{{((((,,.,,({((,({.((({{{{,((((((,,,,.,}}}}||,,{{,...........................|||||||((((((({{(....,|..||},|{((((({,.{{......,|{{{{,.,{,,.||,..,((((...}}}},,,..,|||||..{({{.{{{{{....||||}.......}}.......{{{{({.{{....}}.)))))).|||||||.|||..||,..}}}}},,)}))))))...}}))))},|{||,.,|,|||||||,{{...{{{{({..({{..{{{{{...............}}}}}..))).}))},))})}}|}}||.,,{{{{{||||||,,...,,}},,,..||,,,.}},,,,,,.,,.....||||||{{.......))),.}}}))..,,,},,.)))))).(((((((.........((((..(((((.({(((..((.((((((((,..((((.((((((((.{{...({{{{{.......{{{,(((((((....)))))))}}),...,|||}},..,.,,|,||(((((((....)))))))..,,......(((((((((((.{.(((((....})))}...,.(((((.((((.(((.((((((.......(((..,,.((((((((......)))))))).},)))..)))))))))..)))))))))...,.))))))}})))),||,..|,.....}..,...)}.))))..))))...))))))))))))))..))).))))).))..)))).)))))))}}}))))))))||,|{.{(((((|(((|.,....))))..))))))}.)).)),..{((.....|||.|},,||||,||.|||}}}}}))),}),)}).)))..))})))}}))))))))},})))}...,,},.,,,......}))).)))))..}}}},..
Back