Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG17:26
Sequence Length
2004 nt
GC Content
0.4441
UUUUUUUAAUUACUCCUUUAUACCAGUAAGCAAACUUGGAGAAUCUAUUCCCAAAAAUUUUACAGGGAUGUGGAGUAGACACUUUUGUCUACCAUUAAGGCUUAGCUGGAGUCAGAAAGAAAGAUAUAAUUAGGGGUCACAAAAGGUUUUUACCUGAUGCUCUUUUUUUUGUUAUUGUUGUUGUUUUGUUUUUGUUUUUGUUUUUUUGACCUUGAGGGAUUAAGGAAGAAGAAGGGGAACAGAGAAGCAGAUGACAAGAGGCUCACAUGGGUGUCCCAAUUUCCCUUCUCUGGACUUUGACUUGGAGAGGGUGCAAGUACAUUAGAGAGAACACUGAGAACAAGAGAGGAGACAUUGACUUUGCUUCCCAUUUAACACUGUGCAAGAGGCCACCUCUUGAAUUGCCCCCUGCCCUAAACUGUAGUAUAGCCAUGGCAACUGGACAGCUUGGUGUGGUUGGGCAGAGGGACGUAUCUUCGCCAUCUUGGGCUGCCAUAACAAAAUUCCAUAGAUUGAGUGAUUUAAACAACAGAAGUUAAUUUUCUCAAAGUUCUGGGGGCCAGGAAGUCCAAGAUCAAGGUGCUGGCUGAUUCAAUUUCUGAUGAGAGCUCUCUUCCUGGCUUGCAGAUGGCUGCCUUGCUGUGUCCUCAUAUGGUGGAGAGCGAGGGAAUGGCCUCCCUGGUGUCUCUUCUUAUAAGGGCACUAAUUCUAUCAGAUUAUGGCUCCACCCUUAUGACCUCAUUUAACUUUAAUUACCUCCUUAAAGGCCCUAUCUGUAAAUAUAGUUACAUUGAGGGUUAGGCUUUGUGUUAGUCUGUUCUCACGCUGCUAAUAAAGACAUACCUGAGACUGGAUAGUUUAUAAAAGAAAGAGGUUUAAUUGACUCACAGUUCCAUAUGGCUGGGGAGGCCUCACAGUCAUGGUGAACGGGGAAUGAGGAGCAGUCACGUCUUACUAACGGUGGCAGGCAAGACAGCUUGUUCAGGAAAAUUCCCGUUUAUAAAACCAUCAGAUCUCCUGAGACUACAAUGAGAACAGUAUGGAGGAAACCACCCCCUUGAUUCAGUUAUCUCCAUCUGGCCCUGCUCUUGACACAUGGGGAUUAUUAUAAUCCAGGGUGAGAUUUGGGUGGGGACACAGCCAAACCACAUCAGGCUUCAAUAUGUGACUUUUGGGGGUACAAAGUUCAGUCCAUAGCAAUUCAGUCCUUUGGAAUUUAGCAUCCUGGAGCUGCCCUGGGAUCCUGAAUGGUCUACGUCAACCCAGAGGUGGCUGAGGAUGUGGCUGAAGAGUUUCCUAGCAGGGGCCACAGUACCAGAGUGAGGUACCAGACCUGCAUCCUGCUUAAAAAUCCAGCAUGCACCCUGGAGAAUUGCUGGCACUUGGCAAAUAUUUAUUGAAAUGAGCCGUUGGGCUGUAUCUUCUUUUUGCAUGUGUAAUAGGAGUGUCCCUUGUUCUCCAGCCUUCAGGAGUCACCCUUUCCUUGAACGUCCUCUGAAUAUCAGCCCCAGAUCUGUAGGAAGUCCACUUGAGUCUUCAGUAAAUGCUGAUAUGUUCUUUUUCUUUGAGACGGCGUCUCGCUGCUGACUCCCAGGCUGGAAUACUCUGGCGUGAUCUUUGCUCACUGCAACCUCCACCGCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAACUGGGACUACAGCAUCCCCCUUGGGAGGAUGAGGAAGAAGGUCACAUUCUCAGGAUGGUGGAGAAAAAAGCUAGAAGGAGACUGGGUACCUGAUGUCCGUGGUGCUGCCCUGUUAGCUCUGGACUGCCUUUCUUCAAAUUCCUUAUUAAGAAAAACAACCUCUGUCUUGACUGAUAUGCUUUUAUUUGUUUUUUUGUUUGUUUGUUUUUUGGUUCCCUGCAGUUGAAUUUAAUUCCCAACUGAUAUAAUUAUGUUUAGUGCAAAGGCUCAACUGGGUAUGAUUGUCAUGAGAUCACUUCAGCCAAUAAACAGAAAUUAUGAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-612.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -654.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 564.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......................(((((((((...(((((.(..(((((((((............)))).)))))(((((((....)))))))).))))))))).))))).(((((.((((..........(((((((..((..((((....))))..)).(((((((..(((..(((((((((((...(((((((((((.(((((((..((((((....)))))).))))))).)))))))))))....))))))).((.((((....)))).))........((((((((((........)))))))))).))))..)))..)))))))...........((((((((.......(((((((.....(((........)))(((((((...)))))))...(((((((((((.....((((...))))....))))....((.((((((((((((((.(((.(((((.....)))))))).....((((.(((((................(((((.((.((((.(.......))))).)).)))))....(((.(((((((((((...........((.(((..((.(((........))).))))).))))))))))))).)))))))).)))).(((((((((((((..(((((.(((((((((..((((((((.((.((((((...(((((((((((.(((((......)))))))......)))))))))..........((((((........))))))(((((...(((((......)))))...)))))((((((((((..((((.((....)).))))...)))))).....)))).(((((...((((.((.(((........))).)).))))..)))))...(((((((((((....))).))))))))(((((((((((.(((.((((.(((..((((((((...))))..))))..))).))))..)))......))))))))))).......((((.....)))).........))).))).)).)))))...)))..)))))).)))..))))).((((((.((((((((((........))))............)))))).)))..))))))))))))))))..))))))))))))))))..............))))))))))))))(((((((.(((..(((((((............(((((((..((((((((((((....(((.((.....))))).))))).))))))).))))))))))))))........((((((((....((((((((..((.(((((((....((.(.((..((((.....((((.(((....((((.((((((((((.....)))))................((((....))))((((((((((.((((....))))((((((.(((.((((...((((((((...(((((((.......((((((..........((((((((.......(((.((((..((.....)).))))))).....))))))))..........)))))).(((((...))))).))))))).))))))))..((((.((((((....((((.....))))....)).)))).)))).)))).))).))))))(((((.(((((((((.....((((........)))).))))))))).))))))))))))).)))))))))))))).)))).....))))..)).).))....))))))).)).....))))))))))))))))))).))))))))))))))).......................)))))))))))..)))))......(((((....((((((((((((.(((...(((((.(.((((((((...........))))))..(((((((((((((((((....))...))))))))))))))))).).)))))....))).))))))))))))....)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,....,,,,,..,,..(((((((((...,{(((.{,.{{{{{||||,......,,,,.)))}.)))))(((((((....))))))),....,,)))),})))),||{{{{{{|{{{{{,,.,{,,((({{{..,...((((....)))),,}|,|||||{|||||{,.{{,{((((({{,{((((((((((((.(((((((..((((((....)))))).})))))),||||||,|||||||||||||||{(({({,{...,|||}.,)}},.....((((((((((........)))))))))).,.||{{|.|{{||,||||.{{..{{{...{(((((((.......(((((((.,{{{((.....{{{.||.(((((((...)))))))...{((({,{((((,{,.,(,,,.},,)))....))))...|{,.((((((((((((((,(((.((((,.....})))}))).....((((.(((({................(((((.((.(({{{(.......))))).)).)))))...,(((.(((((((((((...........{{.{{{,,({.{,{{{.....}}}}.)}))),,,))))))))))).)))))))).)))).(((((((((((((,.((((((({{{(((((..,{{{{|||,{({(((({({,.,,{{||||||}||{,,{,,...,}},,,,}}}},,,))}}))))|{(((.,,,..{{((((...,,,,.}}}}}|(((((...(((((......)))))...)))))|,{(({,{{{{,{{{{{{(,,{{{|.}}{|||.,,,.}).},..,,}||{{{{|,..||||},,.,,.....}}}}}},,||,|}}|,.}}|||,|,(((((((((((....))).)))))))}(((((((((((,{{{,((((.(((..(((({,({...,}}),.})))..))).)))).))}}......))))))))))}...,,..{{{{...,,)))),.......,))))})),}}.)))))...|||,,|}}}}},|},.,}}}}}|{{(({(.(((({{{{{,...,..,.)))|{{{{...,)))))))))).)))..,))))))))))))))),.))))))))))))))}}.....})}.....}))))),,)))))))(((((((.(((..(((((((............(((((((..((((((((((((....((,,((.....))))).))))).))))))).)))))))))))))}..|,...,((((((((....((((((((,.((.((((((({(..((.(.((..((((.....((((.(((....{{{{((((((((((({,...||||},.,,,,,....|,}},((((....)))){|{|||||{,.{|||..,,))}}{(((((.(((.{{{(...((((((((...(((((((..........({{,{,..,,..,((((((((.......(((.((({,.((.....)).))))))).....))))))))..,,........,}))}{|{{|,..))}}).))))))).))))))))..{(((.((((((....((((.....))))..,.}}||))).)))}.}})).))).))))},(((((.(((((((((.....((((........)))).))))))))).))))),))})))),,),})))))))))).)))).....))))..)).).)).)},))))))).))..,..))))))))))))))))))).))))))))))))))}....{,,......,,)}}.......)))))))))..))))).}))},.,..,,}}}}))})}}}|}||}|||}}}|,||}}}}}.((((((...........))))))..(((((((((((((((({....)}...))))))))))))))).,,|{|,..,.,}}))}})),))))))))),.,,))},.
Back