Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG17:5
Sequence Length
1086 nt
GC Content
0.5645
GCGAAACGAGCGUAGCUUCCUUGUCGUGUGGCCUCAGUCCUUCGCCGUCCCUCGCCGUCCUUCGCCAUCGCACGCCACCGCACCCCAUCUCUCGAAAUCUGCAGACAUCUUGAUUUUUCCCACGCUGUCUGUCAGGUCUCCGCCGCCACUCGACGCCAGGGCGCCGGGCCUUGUGGGCUGUGCUGCACCUCGGACGGCUUCGCACCAGCCAGCGCCCUCUCUCUCCUGCAGCACUCUGAUCUGCACCCCCUGAGGGGCUUCCACUGUCCGCGGGGUGAGAAUGCCCCUGGGAGUGUCACAUGACUGCCGCCCCAUGUGUGUGAGAGGCGUCCUCUGGGAGAGCAUGGAUCCUGAGGUCCCAGGAUUGUCAGCUGACCUCUGUCCUGUGUGCCCAGUGGCCCCAGGUGACGUGUCUUCAAGAAGAGGCUGAGCUGCGGUGCUUGUAAGAGUCAUGUGCUGUUCCUGGGGCUUGGAUGAUGUAGGGGAAGCAAGGUGAAAGUGGUAUCCCGUGGUUCCACGUUCUGUCCUGCUGUGGGGCUGUCCCUCACAUGCUUUCAGUGGCUGUUGCAGAGGAAGAGCCUCCGGAAAUCUGCGUGGGUAAAGUCUCAGCCUUAGAUCCAAGGACAGUCCAAGGAAGUCCUAAGACCAUGGAGUUGGUGAUCUGGGAUCUGGGUUUGCUGAUAUUUCUCACCGUGAAUCUCUUGGUGGUGUUUGUGGGCACGAGAGGGGCAGAGAAUGGAGAGUGAGGCUACCACAUGAAGCGUCACCAGAGCUGCUCCCUGCUGCCUGCUCAGAGCACCCCGGAUCCACUGUUCAAUCUGCACAAGAUUCGGGGUCCAGACAUGGGAGACUUCAGCUGCCUCAGAGGACCGUGGACAGGGAAGGCCAGCCUCGCAUCCCUCUGUCCAUGCCUGGAAUGACUUUAAUAACCAAGAGUUUUAUUUUUGAAUUUGUAGCUGUCGUUCACUUUUUACCCACCCAUUCAAUAAACCUUACAGAAUUGCUCCAUGUGCUUCUUAAAUCAGUGACAACCUGUGAGCCUGCCAGGCUGGCUUUGGAGAAGAGGGAGGAAUCUACACAUGUCCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-396 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -417.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 307.45
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...(.((....(((((((((((.(((((((((.((((((.(.(((((((..(((.....(((..((.((((((((((((..........((.(((((((((((.(.((........)).).)))))).))))).)).((.((((((.((.((.(((((((..(((..((((((((((.(........).))))).)))))...))).)))))))...(((((((((.((.((((((((.(((((((.((.((.......)).)).).)))))))))..(((((.((((..(.((((((((((((((.((((((.(.(.(((((...))))).).)..))))))((((((......)))))).((((.(((.((.(((..(.....)..))).))...))).))))((.((((....)))).))......))))).........))))))))))..)))).)))))))))))).)))))))))((((.((.(((.((((.(((....))).)))).)))...))))))((((((.....))))))..)).)).)))))).)).((((((((......))).....)))))(((((..((((.((((((((((((((.(((((..((....)).)))))...((((......))))......)))))))))...))))).))))))))).))).......))))))))).))..)))))).))))))).).))).)))...)))))))))).((((...(.((.....(((((((((((((((...(((...)))((((((((((...(((.......)))...)))))))))).))).)).)))))....)))))......)).)..))))))))))))))....))))))).(((((((.((((.(((..(((((((....((((.(((((((...)))))))...))))....)))))))............................(((((..(((.((..((............))..))))).)))))(((((...))))))))..))))..)))))))(((...........))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,...,{(.(,(({(,((((((,({{{(((((((((.((((((.(.(((((((..(((.....(((..((.(((((((((,......,.....({.{(({(((((({.,.,({,,,..{,||,|,}}||||.}||||,||,((.((((((.((.((.(((((((..(((..((((((((((.(,,.....,),)))))},))))...))).)))))))...(((((((((.((.((((((((.(((((({.{,.(({{.....,,,))},.)))))))))..(((((.((((..(.(((((((((((((({((((((.{.(.(((((...))))).).,..))))))((((((......)))))).,.{((((.{(((((,,({((.{.(({..,.))}|,)))),,}},..|,,.,,..,))))).).)))))))))},.......))))))))))..)))).)))))))))))).))))))))){((,,((.(({.((((.({(....))}.)))).}))...)))))}((((((.....))))))..)).}),)))))).}}.,|.{{||,.,,,))),)}}}..,,,))|||||.,||||}((((((((((((((.(((((..((....)}.)))))...((((......))))..,,,.)))))))))...))))).,}}}}}}},.,,),......})))))))).}),,)))))).))))))).).))}.)),,}.)))))))))|}||{|,{{{.{{..,,{((({(((({{,(({{...||,..,)))((((((((((...(((.,.....)}),,.)))))))))).}}}.}},))}}|.,..|||||{{,|,.,|{|..{{{{{{{{|{||,|{{..,,,,,)).|||||||}}||}}|||},(((((((.,,.{{{{.(((((({...)))))))...}})),,..)))))))...............,,,,........,,,,{|,,,,|||,|||||},|||,,....,,|,,,,,,,}}||}|{(({...)))))})).,)))},}})))))))}}}.))}}.}.}})...
Back