Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
SNHG18:12
Sequence Length
1488 nt
GC Content
0.5276
CUCCUCCUCCUCCUCCUCCCCGCCGGGGUGAAACUCGAGCGCCCCACCCGCGCCUGACCUCCCCGAGCCCCUCCCCGGGCCCCGCCCCUUCCCGGUACAGGACCCCCACCUUCGCUCCUGGGAGCCCCGCUGCACCCCAGGAGUUCCAUUCCAGCCUCCCCAGUGCGAGUGCGGCCGAGCGCUGACUUUUGGGGGCUCCCUCCCCCGUCUCACUGGGUCCCUCUGCGGCUCCCCCGCCCGCUGUCCCGGUUCAGACGUGGCUGCACCCCGGAGGGGGGCGCCGGCCGAGACCUGAGACGUGGCGCUCCCUCUCUGCCGGCCUCGGCUUCAGUGCUUGAAUUUCAGCCACAUCCCUAAGCUGCCAUCUCAGACCAGAGGAACAGGGAGGGGGGCUUUCUGGAAAGAACAUCACCUGGAAGAAAUCAGGACAUGACUGUGGGCCAUGAGUGACCUUCAAAGGAAAGCCGGGUAUCUGUGGUCUUUAAGAUGUGAUCCAUGACAUUUAAAAACUGAAGAAAUGGAAAGAUCAUCUGAUCAGGCCCAUCAGUCUUUUUCCUAAUGCUAAACAUUGGUACAAAGACGUGAAGUUUGAUGUCUCACUAAGAUUGCCUAGGGCUGCUUUAUUGCUCACCUACUUCAAAGUAUUGGGAAAACAUGAUUAUGGGUACAGGUGAUGCUGUGUUGCCCCCAGACAGGUUUCUUUUGUCAGGUUCUUUUGAUGGAUUAGGAACCUACAAGUGGGGAGAUUUUAGGGAAAUAGCCCCUCCACUUGGAUUUCACCAAAACGUCUUUAGGGUUCUCUUACCCCAAGAAACACGCAUUCCUCUUUAGUGUGGCAGCCCACUCUAUUGGCAAAGUUAAGCAGACCAGUUUUACUAAAAAGGAGCCACCCAGAAACUUAGACAGAAAAUACUUGAGGCACAGAUGAGAAUGAGCACAAAUGUGCAUAGCAAGUGCAGUUUCCUGGCCCUUAAACUGAAGGGCCAGGUCAGUCUGCUCCUCCAGGCACAGCCUGGGACCCCAUCAUGUGCCCCACUCUGCAGUCUGAGCUUCCACUCAAGUCCACCAGGGCCUGCCUCACAUAUAUAUACAAGACCCAAUGUCAGAGUCUGCCUCUGCCCAUGUCUGGUCAGAGGGUUGCACUUUGCCACUGCUACAUGUUCCCAGAGGUUGGCACAGCAUGACCUGGACCUCACCUAACCCAGGCAAACUCUGCUCAUCUUCGAGCUCUCUGGAACCCAUUUCUCAAGGGAGAACCACAUUCCCCCACCUCACAGCCAAGUUCAAGGAAGCAGCCUGGCUAAAGCAAUGACUCAAGGAUACCAGAAGCAGAGCACGCAUUUAAGAAGAUGCGCUGACUCGCAGGAGCAGCUGACUCUUCUUAAGAAGAGUUUACUGAUUCUUCUUUCAGUACGGGCCUUUUAAUAAGAUAUUGUAUUUUACUUCAGCUAUGGGUGCAGACAAUUAAAGGAUUCUAGAAAUCUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-503.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -530.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 369.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((..(((((...(((((((......(((.((((.......)))).)))...))))).)).(((..(((((...........)))))...)))............(((((((((.((......))..)))))))))..(((((..((((....)).)))))))((((((.(((((..(((((((((((..((.....(((((.((((((.(.....((((.....)))).....).))))))..))))).))..)).)))))))))..)))))))))))....((((((..(((((((........((((....))))....(((.((((...)))).))).......))).))))))))))....)))))...)))))))))).(((((((((.........((((........))))....(((((((((((.(((....(((....)))(((((((........))).)))).(((((...(((((....((((.....))))...))))).....)))))..))))))))).)))))..((((((((((((.....(((((....((((((........)))))).))))).......((((...((......))...))))......))))))))))))(((((((...((((..(((.(((((.(((((..(((((...(((((((((((((((((....)))))))))..)))))))).....))))).......((((.......))))....((((......))))....((((..((((......)))).)))))))))))))))))(..(((.((((....)))).)))..)....(((.((((......)))).)))....((((((.............((((.((...((((((..(((((..((.(......).))..)))))....))))))......((((((((((......)))))))))))).))))))))))((((((...)))))).)))).)))))))((((..((((((..((((.(..(((...((.((((....)))).))..................(((.....))).(((((..((((((.(((....))).))))))(((((.....(((((((((......(((..(((.(((((......((.(((((............)))))))......((((......)))).....((((.....(((((....))))).....))))...........))))).)))..))))))))..))))....))))))))))..)))..))))).))))))...((((((....))))))((((.(((....))))))).((((((((....))))))))((((((........)))))).))))((((((((......((((((((............))))))))...)))))))).))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((((((((..(((((...(((((((.{....(((.((((.......)))).))).,.))))).||,{,,..,,{((|...|||,...,||||...,||....,,......(((((((((.((......}}..)))))))))..{{{{{,,(({{....,},)}))}})((((((.(((((..{{{{(((((({..,...{{.(((((.((((((.{.....((((,....}}))..,,.}.))))))..))))).))..)).))))))))),,))))))))))).,..((((({.,(((((((........((((....))))....(((.((({...}))).))).......))).))))))))))....)))))...)))))))))|.(((((((({.,.,,.{,,(((({......,}}}}...,|,{|||{((({,,|{|,,|{{{,,..,}),,,||{({{|.,||{,||{||{{,({{(({.,(((((..,.|||,....,||||{,,|||}|..,{{|,,.,}}))||((((|{,{{{{.(((((((((((((.....{{(((....((((((.,....,.)))))).})}}}..,|{..((((...((......))...))))......))))))))))))}...}}},,||((|.(((((.((((((((({..(((((...(((((((((((((((((....)))))))))..)))))))).....))))).......,(((......,)))}....{{((......)))}...,((((..((((......)))).)))).....,,,..(((((...(((((((((..........(((((((((...((({,{,.{{,,,........{{,.....}}.(((.(((((((,{........((.((((((((((.{...,.((((....)))).,.....{.((((...((((((((((......))))))))))..,,.)))).,.{((((((...))))))}....)))).)))))).)}.....,.))))))).)))....|,.((((....)))).}}.................,(((.....,,,.).)))),{(((((.(((....))).))))))}))))))))))))))))))))))......))))).,)))))))))).))))).})),,,,,,..,|||}},...{{{{(((({{{{{.||||{,,|{({,,.,,..}}}|,..(((,({{.....})),)}}.......(((((.((({......).))).)))))...,,..,|,}|}.,}}}}.,..)},}))}}),..((((((....))))))((((.(((....))))))).((((((((....))))))))((((((........)))))).})}}||,,,..,,,|,,,||,|}}}}|,|}}|}}.,,}))))}}},,,.,}},}}}}.)))))))}).,.....
Back